bp_fetchp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

bp_fetch.pl - ബയോപെർൾ ഇൻഡക്‌സ് ചെയ്‌ത ഡാറ്റാബേസുകളിൽ നിന്ന് സീക്വൻസുകൾ ലഭ്യമാക്കുന്നു

സിനോപ്സിസ്

bp_fetch.pl swiss:ROA1_HUMAN

bp_fetch.pl net::genbank:JX295726

bp_fetch.pl net::genpept:ROA1_HUMAN

bp_fetch.pl ace::myserver.somewhere.edu,21000:X56676

bp_fetch.pl -fmt GCG സ്വിസ്:ROA1_HUMAN

വിവരണം

ബയോപെർളിലെ ഡിബി ആക്സസ് സിസ്റ്റങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് സീക്വൻസുകൾ ലഭ്യമാക്കുന്നു. ഇതിന്റെ ഏറ്റവും സാധാരണമായ ഉപയോഗം
bpindex.pl ഉപയോഗിച്ച് നിർമ്മിച്ച bioperl സൂചികകളിൽ നിന്ന് bp_fetch സീക്വൻസുകൾ, അല്ലെങ്കിൽ സീക്വൻസുകൾ ലഭ്യമാക്കുക
NCBI വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്ന്

സീക്വൻസുകൾ വീണ്ടെടുക്കുന്നതിനുള്ള ഫോർമാറ്റ് ബോധപൂർവ്വം GCG/EMBOSS ഫോർമാറ്റ് പോലെയാണ്
താഴെ:

db:പേര്

ഒരു 'മെറ്റാ' ഡാറ്റാബേസ് തരത്തിൽ ഇടാനുള്ള സാധ്യതയോടെ

meta::db:name

മെറ്റാ വിവരങ്ങൾ മൂന്ന് തരങ്ങളിൽ ഒന്നായിരിക്കാം

ലോക്കൽ - ലോക്കൽ ഇൻഡക്സ്ഡ് ഫ്ലാറ്റ് ഫയൽ ഡാറ്റാബേസ്
നെറ്റ് - നെറ്റ്‌വർക്ക് ചെയ്ത http: അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഡാറ്റാബേസ്
ace - ACeDB ഡാറ്റാബേസ്

മെറ്റാ ഡിബി വിവരങ്ങളില്ലാത്ത ഡാറ്റാബേസ് പേരുകൾക്കായി ഈ വിവരങ്ങൾ സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 'ലോക്കൽ' ആയി മാറുന്നു

ഓപ്ഷനുകൾ

-fmt - ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്
ഫാസ്റ്റ (ഡിഫോൾട്ട്), EMBL, റോ, സ്വിസ് അല്ലെങ്കിൽ GCG
-acc - സ്ട്രിംഗ് ഒരു പ്രവേശന സംഖ്യയാണ്, ഒരു അല്ല
id.

വിദഗ്ദ്ധ ഉപയോഗത്തിന് മാത്രം ഓപ്ഷനുകൾ

-dir - സൂചിക ഫയലുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിനുള്ള ഡയറക്ടറി
(BIOPERL_INDEX പരിസ്ഥിതി വേരിയബിളിനെ മറികടക്കുന്നു)
-type - തുറക്കാനുള്ള DBM ഫയലിന്റെ തരം
(BIOPERL_INDEX_TYPE പരിസ്ഥിതി വേരിയബിളിനെ മറികടക്കുന്നു)

ENVIRONMENT

bp_index, bp_fetch കോർഡിനേറ്റ് എന്നിവ എൻവയോൺമെന്റ് വേരിയബിൾ ഉപയോഗിച്ച് ഡാറ്റാബേസുകൾ കിടക്കുന്നിടത്താണ്.
BIOPERL_INDEX. -dir ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് ഇത് അസാധുവാക്കാവുന്നതാണ്. സൂചിക തരം (SDBM അല്ലെങ്കിൽ
DB_File അല്ലെങ്കിൽ മറ്റൊരു സൂചിക ഫയൽ) BIOPERL_INDEX_TYPE വേരിയബിളാണ് നിയന്ത്രിക്കുന്നത്. ഈ
SDBM_File-ലേക്കുള്ള ഡിഫോൾട്ടുകൾ

ഉപയോഗിക്കുന്നു IT സ്വയം

ബയോ::DB::BioSeqI പിന്തുണയ്ക്കുന്ന ബയോപെർൾ മൊഡ്യൂളുകൾക്ക് ചുറ്റുമുള്ള ഒരു റാപ്പറാണ് bp_fetch
അമൂർത്തമായ ഇന്റർഫേസ്. ഇതിൽ ഉൾപ്പെടുന്നവ:

രചയിതാവിന്റെ കോഡ്

ജെയിംസ് ഗിൽബെർട്ട് - ഫാസ്റ്റ സൂചിക, അമൂർത്ത സൂചിക
Aaron Mackay - GenBank, GenPept DB ആക്സസ്
ഇവാൻ ബിർണി - EMBL .dat സൂചിക
നിരവധി ആളുകൾ - SeqIO കോഡ്

ഈ മൊഡ്യൂളുകൾ നേരിട്ട് ഉപയോഗിക്കാൻ കഴിയും, ഇത് ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് ഒരു സിസ്റ്റമായി ഉപയോഗിക്കുന്നതിനേക്കാൾ വളരെ മികച്ചതാണ്
വിളിക്കുക അല്ലെങ്കിൽ വായിക്കാൻ ഒരു പൈപ്പ്. bp_fetch-ന്റെ സോഴ്‌സ് കോഡ് വായിക്കുക, അത് എങ്ങനെ ഉപയോഗിക്കുന്നുവെന്ന് കാണാൻ.

വിപുലീകരിക്കുന്നു IT

ഡാറ്റാബേസുകളിലേക്ക് ആക്സസ് നൽകുന്നതിന് bp_fetch വ്യത്യസ്ത മൊഡ്യൂളുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഏതെങ്കിലും മൊഡ്യൂൾ
Bio::DB::BioSeqI ഇന്റർഫേസ് സബ്‌സ്‌ക്രൈബുചെയ്യുന്നത് ഇവിടെ ഉപയോഗിക്കാം. ഫ്ലാറ്റ് ഫയലിനായി
ഇൻഡെക്‌സറുകൾ, ബയോ::ഇൻഡക്‌സ്::അബ്‌സ്‌ട്രാക്റ്റ് വിപുലീകരിക്കുന്നതിലൂടെയാണ് ഇത് ചെയ്യുന്നത് നല്ലത്.
ബയോ::ഇൻഡക്സ്::ഇഎംബിഎൽ, ബയോ::ഇൻഡക്സ്::ഫാസ്റ്റ. മറ്റ് ഡാറ്റാബേസുകളിലേക്കുള്ള ആക്‌സസ്സിന് നിങ്ങൾ ചെയ്യേണ്ടത് ആവശ്യമാണ്
നിങ്ങളുടെ സ്വന്തം ഇന്റർഫേസ് റോൾ ചെയ്യുക.

പുതിയ ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റുകൾക്കായി, നിങ്ങൾ ഒരു പുതിയ SeqIO മൊഡ്യൂൾ ചേർക്കേണ്ടതുണ്ട്. നോക്കുക എന്നതാണ് ഏറ്റവും എളുപ്പമുള്ള കാര്യം
Bio::SeqIO::Fasta-ൽ, നിങ്ങളുടെ സ്വന്തം ഫോർമാറ്റിനായി ഇത് എങ്ങനെ ഹാക്ക് ചെയ്യാമെന്ന് കണ്ടെത്തുക (ഇതിനെ എന്തെങ്കിലും വിളിക്കുക
വ്യത്യസ്തമായി).

ഫീഡ്ബാക്ക്

മെയിലിംഗ് ലിസ്റ്റുകൾ
ഇതിന്റെയും മറ്റ് ബയോപെർൾ മൊഡ്യൂളുകളുടെയും പരിണാമത്തിന്റെ അവിഭാജ്യ ഘടകമാണ് ഉപയോക്തൃ ഫീഡ്‌ബാക്ക്. അയക്കുക
നിങ്ങളുടെ അഭിപ്രായങ്ങളും നിർദ്ദേശങ്ങളും ബയോപെർൾ മെയിലിംഗ് ലിസ്റ്റിലേക്ക് അഭികാമ്യമാണ്. നിങ്ങളുടെ പങ്കാളിത്തം
വളരെ വിലമതിക്കപ്പെടുന്നു.

[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു] - പൊതുവായ ചർച്ച
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - മെയിലിംഗ് ലിസ്റ്റുകളെക്കുറിച്ച്

റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നു ബഗുകൾ
ബഗുകളുടെയും അവയുടെയും ട്രാക്ക് സൂക്ഷിക്കാൻ ഞങ്ങളെ സഹായിക്കുന്നതിന് ബഗുകൾ ബഗുകൾ ബഗ് ട്രാക്കിംഗ് സിസ്റ്റത്തിലേക്ക് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
പ്രമേയം. ബഗ് റിപ്പോർട്ടുകൾ വെബ് വഴി സമർപ്പിക്കാം:

https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് bp_fetchp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക