സർക്കോസ് - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

_____
/ ___(_)_ __ ___ ___ ___
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
| |___| | | | (_| (_) \__ \
\____|_|_| \___\___/|___/

റൗണ്ട് നല്ലതാണ്

സർക്കോസ് - വൃത്താകൃതിയിൽ സംയോജിപ്പിച്ച വിവര ഗ്രാഫിക്സ് സൃഷ്ടിക്കുക

സിനോപ്സിസ്

# കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലിന്റെ സ്ഥാനം ഊഹിക്കുക
സർക്കോസ്

# നിർദ്ദിഷ്ട കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയൽ ഉപയോഗിക്കുക
സർക്കോസ് -conf circos.conf [-silent]

# ആവശ്യമായ മൊഡ്യൂളുകൾ നിർണ്ണയിക്കുക
സർക്കോസ് - മൊഡ്യൂളുകൾ

# മാൻ പേജ്
സർക്കോസ് -മനുഷ്യൻ

# കോഡ് ഘടകങ്ങൾക്കായുള്ള വിശദമായ ഡീബഗ്ഗിംഗ്
# കാണുക http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
സർക്കോസ് -ഡീബഗ്_ഗ്രൂപ്പ് GROUP1,[GROUP2,...]

# പൂർണ്ണ ഡീബഗ്ഗിംഗ്
സർക്കോസ് -ഡീബഗ്_ഗ്രൂപ്പ് _എല്ലാം

ഒരു ബ്ലോക്കിന്റെ (അല്ലെങ്കിൽ ബ്ലോക്ക് ട്രീ) # കോൺഫിഗറേഷൻ ഡംപ്
# REGEXP-യുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന ഏതെങ്കിലും പാരാമീറ്ററുകൾ (ഓപ്ഷണൽ)
circos -cdump [BLOCK1/[BLOCK2/...]]{:REGEXP}

# കോൺഫിഗറേഷൻ പാരാമീറ്ററുകൾ മറികടക്കുന്നു
സർക്കോസ് -പരം ഇമേജ്/റേഡിയസ്=2000പി -പാരം ഐഡിയോഗ്രാം/ഷോ=ഇല്ല

# വിനോദത്തിനായി - ചിത്രത്തിലെ എല്ലാ നിറങ്ങളും ക്രമരഹിതമാക്കുക
# COLOR1, COLOR2
സർക്കോസ് -റാൻഡം കളർ COLOR1,[COLOR2,...]

വിവരണം

ബന്ധങ്ങൾ പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യാൻ അനുയോജ്യമായ ഒരു വൃത്താകൃതിയിലുള്ള ലേഔട്ടിൽ ഡാറ്റ ദൃശ്യവൽക്കരിക്കുന്നതിനാണ് സർക്കോസ്
വസ്തുക്കൾ അല്ലെങ്കിൽ സ്ഥാനങ്ങൾക്കിടയിൽ. ഒരു വൃത്താകൃതിയിലുള്ള ലേഔട്ട് ആകുന്നതിന് മറ്റ് കാരണങ്ങളുണ്ട്
പ്രയോജനപ്രദമാണ്, അത് ആകർഷകമായ വസ്തുതയല്ല.

സർക്കോസ് ഒരു പരിഹാരമല്ല. ദൃശ്യവൽക്കരണ പ്രശ്നങ്ങൾ പരിഹരിക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു ഉപകരണമാണിത്. നൽകിയതിന്
പ്രശ്നം, അത് ഉചിതമാണെന്ന് നിങ്ങൾക്ക് ഉറപ്പില്ല.

ഓരോ ഡാറ്റ എലമെന്റും എങ്ങനെ പ്രദർശിപ്പിക്കണം എന്നതിൽ നിങ്ങൾക്ക് മികച്ച നിയന്ത്രണമുണ്ട്, ഇത് പൊരുത്തപ്പെടുത്താൻ നിങ്ങളെ സഹായിക്കുന്നു
പ്രസക്തിയുടെ പ്രാധാന്യം.

കോൺഫിഗറേഷൻ

ഒരു പ്ലെയിൻ-ടെക്‌സ്റ്റ് കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയൽ ഉപയോഗിച്ച് കൈമാറാനാണ് ക്രമീകരണങ്ങൾ ഉദ്ദേശിക്കുന്നത്. ഈ ഫയൽ ആകാം
സ്വമേധയാ അല്ലെങ്കിൽ മറ്റൊരു സ്ക്രിപ്റ്റ് ഉപയോഗിച്ച് സൃഷ്‌ടിച്ചത്, ഇത് സർക്കോസിനെ പൂർണ്ണമായി യാന്ത്രികമാക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു.

മുഴുവൻ ഡോക്യുമെന്റേഷനായി, കാണുക

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

പദവിന്യാസം
കോൺഫിഗറേഷൻ പ്ലെയിൻ-ടെക്‌സ്‌റ്റും ഹൈറാർക്കിക്കൽ ബ്ലോക്കുകൾ ചേർന്നതുമാണ്. പോലുള്ള ചില ബ്ലോക്കുകൾ
" നിർബന്ധമാണ്, മറ്റുള്ളവർ ഇഷ്ടപ്പെടുന്നു " ഓപ്ഷണൽ ആകുന്നു.

ആരംഭിക്കുന്നതിന്, ദ്രുത ഗൈഡ് ട്യൂട്ടോറിയൽ പരിശോധിക്കുക.

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

ഒരു സാധാരണ കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയൽ ഇതുപോലെയായിരിക്കാം

# ചിത്രത്തിന്റെ വലുപ്പവും ഫോർമാറ്റും

...


# ഐഡിയോഗ്രാമുകളുടെ സ്ഥാനവും വലുപ്പവും

...


# ഡാറ്റ ട്രാക്കുകളുടെ സ്ഥാനം, തരം, ഫോർമാറ്റ്


...

...


# നിറങ്ങളും ഫോണ്ടുകളും ഫിൽ പാറ്റേണുകളും
< >

# സിസ്റ്റം പാരാമീറ്ററുകൾ
< >

മോഡുലാരിറ്റി
"< > നിർദ്ദേശം ഒരു കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയൽ മറ്റൊന്നിലേക്ക് ഇറക്കുമതി ചെയ്യുന്നു. ഈ
കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലുകൾ മോഡുലാർ ആയി സൂക്ഷിക്കാൻ സൗകര്യം സഹായിക്കുന്നു.

വർണ്ണവും ഫോണ്ട് നിർവചനങ്ങളും പോലെ പതിവായി മാറാത്ത പാരാമീറ്റർ നിർവചനങ്ങൾ,
കാണുന്ന ഫയലുകളിൽ നിന്ന് പരമ്പരാഗതമായി ഇറക്കുമതി ചെയ്തവയാണ് തുടങ്ങിയവ/ വിതരണത്തിൽ.

ട്യൂട്ടോറിയലുകളിൽ, നിങ്ങൾ അത് കണ്ടെത്തും " ഒപ്പം " ബ്ലോക്കുകൾ ഇറക്കുമതി ചെയ്യുന്നു
പ്രധാന കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയൽ. ഈ ബ്ലോക്കുകൾ വളരെ വലുതായതിനാൽ, പ്രധാനം
കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയൽ പ്രത്യേക ഫയലുകളിലേക്ക് തരംതാഴ്ത്തിയാൽ കൂടുതൽ വ്യക്തമാകും.

അസാധ്യം കൂടെ *
ഒരു ഫയലിൽ നിന്ന് ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുള്ള ഒരു പരാമീറ്റർ അസാധുവാക്കാൻ, "*" സഫിക്സ് ഉപയോഗിക്കുക. പ്രത്യയം
ഒരു പരാമീറ്ററിന്റെ ഒന്നിലധികം നിർവചനങ്ങൾ അനുവദനീയമല്ലാത്തതിനാൽ, കേസുകൾ ഒഴികെ ആവശ്യമാണ്
ഒരു പരാമീറ്ററിന് ഒന്നിൽ കൂടുതൽ മൂല്യങ്ങൾ ഉണ്ടായിരിക്കാം.


# ഉൾപ്പെടുത്തിയ ഫയൽ 'റേഡിയസ്' നിർവചിക്കുന്നു
< >
# ഇത് റേഡിയസ് മൂല്യത്തെ മറികടക്കും
ആരം* = 2500p


ഒരു ബ്ലോക്കിൽ ഏത് മൂല്യത്തിനാണ് മുൻഗണന നൽകുന്നത് എന്ന് വ്യക്തമാക്കുന്നതിന് "*" പ്രത്യയം ആവർത്തിക്കാവുന്നതാണ്.

ആരം = 1500p
ആരം* = 2500p
ആരം** = 3000p # ഈ ദൂരത്തിന്റെ ഉദാഹരണം ഉപയോഗിക്കും

അസാധ്യം കൂടെ കമാൻഡ് വര
ഒരു അദ്വിതീയ ബ്ലോക്ക് നാമത്തിലുള്ള ഏത് കോൺഫിഗറേഷൻ പാരാമീറ്ററും കമാൻഡ് ലൈനിൽ വ്യക്തമാക്കാം
ഉപയോഗിച്ച്

-പരം പാത/പാരം=മൂല്യം

ഉദാഹരണത്തിന്,


കാണിക്കുക = ഇല്ല
...


-പരം ഐഡിയഗ്രാം/ഷോ=ഇല്ല

ഒപ്പം



സ്ഥിരസ്ഥിതി = 0.01r

...


-പരം ഐഡിയഗ്രാം/സ്‌പേസിംഗ്/ഡീഫോൾട്ട്=0.01r

എപ്പോൾ conf() ഒരു പാരാമീറ്ററിന്റെ മൂല്യം വീണ്ടെടുക്കാൻ കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു (ഏതെങ്കിലും
പാരാമീറ്റർ, -param വഴി സജ്ജീകരിച്ചവ മാത്രമല്ല), മാറ്റുന്നതിനുള്ള ഒരു ഫ്ലെക്സിബിൾ സിസ്റ്റം നിങ്ങൾക്ക് ലഭിക്കും
കമാൻഡ് ലൈനിലെ കോൺഫിഗറേഷൻ.

സ്പീഷീസ് = മനുഷ്യൻ
karytotype = data/karyotype/karyotype.conf(species).txt

-പരം സ്പീഷീസ്=എലി

ഒന്നിലധികം പാരാമീറ്ററുകൾ പുനർ നിർവചിക്കാം, ഓരോന്നിനും അതിന്റേതായ "-പാരം" ഫ്ലാഗ് ഉണ്ട്

-param show_ticks=ഇല്ല -പരം ഇമേജ്/റേഡിയസ്=2000p

ലയിപ്പിക്കുന്നു ബ്ലോക്കുകൾ
ഇനിപ്പറയുന്ന ബ്ലോക്കുകളുടെ ഒന്നിലധികം സന്ദർഭങ്ങൾ സ്വയമേവ ലയിപ്പിക്കുന്നു: " ,
" ," ," ," ," ," ഒപ്പം " .

കാനോനിക്കൽ നിർവചനങ്ങളിലേക്ക് ചേർക്കാൻ നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുക എന്നതാണ് ഇതിന്റെ ഉദ്ദേശം.

# ഈ ഫയൽ ഡിഫോൾട്ട് നിർവചിക്കുന്നു , ഒപ്പം
< >

# കളർ ബ്ലോക്കിലേക്ക് ചേർക്കുക

mycolor = 150,25,25

ഓപ്ഷനുകൾ

കോൺഫിഗറേഷൻ
ഫയൽ കോൺഫിഗർ ചെയ്യുക
കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലിന്റെ പേര്. ഇത് ആവശ്യമാണ്.

"circos.conf" എന്നതിനായി തിരഞ്ഞുകൊണ്ട് ഈ ഫയലിന്റെ സ്ഥാനം ഊഹിക്കാൻ സർക്കോസ് ശ്രമിക്കും.
".", "..", ഒപ്പം "../..".

ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്
-png, -nopng
-svg, -nosvg
PNG, SVG ഫയലുകളുടെ ഔട്ട്പുട്ട് ടോഗിൾ ചെയ്യുന്നു.

ചിത്രം മൂലകങ്ങൾ
-show_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
ടിക്കുകളുടെയും അവയുടെ ലേബലുകളുടെയും പ്രദർശനം അസാധുവാക്കുക. ഇവ രണ്ടും സാധാരണയായി നിർവചിക്കപ്പെടുന്നു
തടയുക.

ഔട്ട്പുട്ട് പാതകൾ
- outputdir DIR, -dir DIR
- outputfile FILE, -file FILE
ഔട്ട്പുട്ട് ഡയറക്ടറിയും ഫയലിന്റെ പേരും മാറ്റുക. ഫയലിൽ ഒരു പാത്ത് അടങ്ങിയിരിക്കാം.

ഡീബഗ്ഗിംഗ്
- ഡീബഗ്
അടിസ്ഥാന ഡീബഗ്ഗിംഗ് ഔട്ട്പുട്ട് ഓണാക്കുക. എന്നതിൽ നിന്നുള്ള വിവരങ്ങൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുന്നു

ചിത്രം, ഐഒ, ലെയർ, സംഗ്രഹം, ടൈമർ

ഡീബഗ് ഗ്രൂപ്പുകൾ (ചുവടെ കാണുക).

-debug_group {+-}GROUP1,[{+-}GROUP2,...]
നിർദ്ദിഷ്ട ഗ്രൂപ്പുകൾക്കായി ഡീബഗ്ഗിംഗ് ഔട്ട്പുട്ട് ഓണാക്കുക. ഗ്രൂപ്പുകളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റിനായി, കാണുക

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

ഔട്ട്‌പുട്ടിലേക്ക് ഒരു ഗ്രൂപ്പ് ചേർക്കുന്നതിന് + ഉപയോഗിച്ച് പ്രിഫിക്‌സ് ചെയ്യുക. ഇത് നീക്കം ചെയ്യാൻ, കൂടെ -.

# ഡിഫോൾട്ട് ഡീബഗ്ഗിംഗ് ഗ്രൂപ്പുകൾ ഉപയോഗിക്കുക എന്നാൽ ലെയറും ഐഒയും ഒഴിവാക്കുക
-debug -debug_group -layer,-io

# ഡിഫോൾട്ട് ഡീബഗ്ഗിംഗ് ഗ്രൂപ്പുകൾ ഉപയോഗിക്കുകയും സ്‌പെയ്‌സിംഗ് ചേർക്കുകയും ചെയ്യുക
-debug -debug_group +spacing

# ഗ്രൂപ്പുകൾ വ്യക്തമായി വ്യക്തമാക്കുക
-debug_group png,io,ടൈമർ

പിന്തുണയ്ക്കുന്ന ഗ്രൂപ്പുകളെ ലിസ്റ്റ് ചെയ്യാൻ, ഒരു തർക്കവുമില്ലാതെ ഫ്ലാഗ് ഉപയോഗിക്കുക

-ഡീബഗ്_ഗ്രൂപ്പ്

- സമയം
സമയ വിവരം അറിയിക്കുക. -debug_group +ടൈമർ പോലെ തന്നെ

- നിശബ്ദം
റിപ്പോർട്ടിംഗ് സൃഷ്ടിക്കരുത്.

-പാരനോയിഡ്, -നോപാരനോയിഡ്
പാരാനോയിഡ് മോഡിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി), അല്ലെങ്കിൽ അല്ല. ഈ ക്രമീകരണത്തിനുള്ള ഡിഫോൾട്ട് നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നത്
etc/housekeeping.conf-ൽ 'പാരനോയിഡ്'.

- മുന്നറിയിപ്പുകൾ, -അറിയിപ്പുകൾ
മുന്നറിയിപ്പുകൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുക, അല്ലെങ്കിൽ അല്ല (സ്ഥിരസ്ഥിതി). ഈ ക്രമീകരണത്തിനുള്ള ഡിഫോൾട്ട് നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നത്
etc/housekeeping.conf എന്നതിലെ 'മുന്നറിയിപ്പുകൾ'.

-fakeerror =ഇനം -fakeerror CAT =ഇനം -fakeerror ,ID =ഇനം -fakeerror CAT,ID
കാറ്റഗറി CAT, പിശക് നെയിം ഐഡി എന്നിവയ്‌ക്കായുള്ള പിശക് സന്ദേശം പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നതിലൂടെ ഒരു പിശക് വ്യാജമാക്കുക. എങ്കിൽ
ഒന്നോ രണ്ടോ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ല, ഏതൊക്കെ പിശകുകൾ ലഭ്യമാണ് എന്ന് ലിസ്റ്റുചെയ്യുന്നു.

പിശക് സന്ദേശങ്ങൾ കാണുന്നത് നിങ്ങൾ ശരിക്കും ആസ്വദിക്കുന്നില്ലെങ്കിൽ, നിങ്ങൾക്ക് ചെറിയ കാരണങ്ങളുണ്ടാകില്ല
ഇത് ഉപയോഗിക്കാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്നു.

ഉപയോഗം
-പതിപ്പ്
പതിപ്പ് കാണിക്കുക.

-ഹെൽപ്പ്
ഹ്രസ്വ ഉപയോഗ സംഗ്രഹം കാണിക്കുക.

-മനുഷ്യൻ
മാൻ പേജ് കാണിക്കുക.

ഗൂഫിംഗ് ചുറ്റും
-റാൻഡം കളർ [കളർ1, കളർ2,...]
ഒരു ഓപ്ഷണൽ ലിസ്റ്റ് ഒഴികെ, ചിത്രത്തിലെ എല്ലാ ഘടകങ്ങളുടെയും വർണ്ണം ക്രമരഹിതമാക്കുക
നിറങ്ങൾ.

ഉദാഹരണത്തിന്, പശ്ചാത്തലം വെളുപ്പും കറുപ്പും നിലനിർത്താൻ,

- ക്രമരഹിതമായ വെള്ള, കറുപ്പ്

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് സർക്കോസ് ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക