cleanasn - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

cleanasn - NCBI ASN.1 ഒബ്‌ജക്‌റ്റുകളിലെ ക്രമക്കേടുകൾ വൃത്തിയാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

വൃത്തിയാക്കൽ [-] [-A ഫയലിന്റെ പേര്] [-C str] [-D str] [-F str] [-K str] [-L ഫയലിന്റെ പേര്] [-M ഫയലിന്റെ പേര്]
[-N str] [-P str] [-Q str] [-R] [-S str] [-T] [-U str] [-V str] [-X str] [-Z str] [-a str]
[-b] [-c] [-d str] [-f str] [-i ഫയലിന്റെ പേര്] [-j ഫയലിന്റെ പേര്] [-k ഫയലിന്റെ പേര്] [-m str] [-n പാത]
[-o ഫയലിന്റെ പേര്] [-p പാത] [-q പാത] [-r പാത] [-v പാത] [-x ext]

വിവരണം

വൃത്തിയാക്കൽ NCBI ASN.1 ഒബ്‌ജക്‌റ്റുകളിലെ ക്രമക്കേടുകൾ വൃത്തിയാക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു യൂട്ടിലിറ്റി പ്രോഗ്രാമാണ്.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഓപ്ഷനുകളുടെ ഒരു സംഗ്രഹം ചുവടെ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.

- ഉപയോഗ സന്ദേശം അച്ചടിക്കുക

-A ഫയലിന്റെ പേര്
പ്രവേശന ലിസ്റ്റ് ഫയൽ

-C str അനുക്രമ പ്രവർത്തനങ്ങൾ, str ലെ ഫ്ലാഗുകൾ അനുസരിച്ച്:
സി കംപ്രസ്
d ഡീകംപ്രസ്
v സെഗ്മെന്റഡ് സീക്വൻസിനുള്ളിലെ വെർച്വൽ വിടവുകൾ
സെഗ്മെന്റഡ് സെറ്റ് ഡെൽറ്റ സീക്വൻസിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക

-D str str-ലെ ഫ്ലാഗുകൾ അനുസരിച്ച് ഡിസ്ക്രിപ്റ്ററുകൾ വൃത്തിയാക്കുക:
t ശീർഷകം നീക്കം ചെയ്യുക
c അഭിപ്രായം നീക്കം ചെയ്യുക
n Nuc-Prot സെറ്റ് ശീർഷകം നീക്കം ചെയ്യുക
ഇ പോപ്പ്/ഫി/മട്ട്/ഇക്കോ സെറ്റ് ശീർഷകം നീക്കം ചെയ്യുക
m mRNA ശീർഷകം നീക്കം ചെയ്യുക
p പ്രോട്ടീൻ ശീർഷകം നീക്കം ചെയ്യുക

-F str str-ലെ ഫ്ലാഗുകൾ അനുസരിച്ച് ഫീച്ചറുകൾ വൃത്തിയാക്കുക:
u ഉപയോക്തൃ ഒബ്ജക്റ്റുകൾ നീക്കം ചെയ്യുക
d db_xrefs നീക്കം ചെയ്യുക
ഇ നീക്കം ചെയ്യുക /തെളിവ് ഒപ്പം /അനുമാനം
r അനാവശ്യ ജീൻ xrefs നീക്കം ചെയ്യുക
f ഫ്യൂസ് ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റ് സവിശേഷതകൾ
k പാക്കേജ് കോഡിംഗ് മേഖല അല്ലെങ്കിൽ ഭാഗങ്ങളുടെ സവിശേഷതകൾ
z ഇസി നമ്പറുകൾ ഇല്ലാതാക്കുക അല്ലെങ്കിൽ അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യുക

-K str str-ലെ പതാകകൾക്കനുസരിച്ച് ഒരു പൊതു വൃത്തിയാക്കൽ നടത്തുക:
b BasicSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup (ഒരു ബാഹ്യ യൂട്ടിലിറ്റി വഴി)
s SeriousSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n വിവരണ ക്രമം സാധാരണമാക്കുക
u NcbiCleanup ഉപയോക്തൃ ഒബ്ജക്റ്റുകൾ നീക്കം ചെയ്യുക
c ജനിതക കോഡുകൾ സമന്വയിപ്പിക്കുക
d CDS ഭാഗികങ്ങൾ വീണ്ടും സമന്വയിപ്പിക്കുക
m mRNA ഭാഗങ്ങൾ വീണ്ടും സമന്വയിപ്പിക്കുക
t പെപ്റ്റൈഡ് ഭാഗങ്ങൾ പുനഃസമന്വയിപ്പിക്കുക
ഒരു സമവായ സ്പ്ലൈസ് ക്രമീകരിക്കുക
ഞാൻ "മോശം" സെക്-ഐഡിയിലേക്ക് പ്രമോട്ട് ചെയ്യുന്നു

-L ഫയലിന്റെ പേര്
ലോഗ് ഫയൽ

-M ഫയലിന്റെ പേര്
മാക്രോ ഫയൽ

-N str str: ലെ ഫ്ലാഗുകൾ അനുസരിച്ച് ലിങ്കുകൾ വൃത്തിയാക്കുക:
o ഓവർലാപ്പ് വഴി CDS mRNA ലിങ്ക് ചെയ്യുക
p ഉൽപ്പന്നം പ്രകാരം സിഡിഎസ് mRNA ലിങ്ക് ചെയ്യുക
r ഫീച്ചർ ഐഡികൾ വീണ്ടും അസൈൻ ചെയ്യുക
നഷ്‌ടമായ റെസിപ്രോക്കൽ ഫീച്ചർ ഐഡികൾ പരിഹരിക്കുക
c ഫീച്ചർ ഐഡികൾ മായ്‌ക്കുക

-P പ്രസിദ്ധീകരണ ഓപ്ഷനുകൾ:
a എല്ലാ പ്രസിദ്ധീകരണങ്ങളും നീക്കം ചെയ്യുക
സീരിയൽ നമ്പർ നീക്കം ചെയ്യുക
f ചിത്രം, നമ്പറിംഗ്, പേര് എന്നിവ നീക്കം ചെയ്യുക
r പരാമർശം നീക്കം ചെയ്യുക
u അപ്‌ഡേറ്റ് PMID-മാത്രം പ്രസിദ്ധീകരണം
# പ്രസിദ്ധീകരിക്കാത്തത് പിഎംഐഡി ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റിസ്ഥാപിക്കുക

-Q str റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക:
c റെക്കോർഡ് എണ്ണം
r ASN.1 BSEC റിപ്പോർട്ട്
s ASN.1 SSEC റിപ്പോർട്ട്
n NORM വേഴ്സസ് SSEC റിപ്പോർട്ട്
e PopPhyMutEco AutoDef റിപ്പോർട്ട്
ഓ ഓവർലാപ്പ് റിപ്പോർട്ട്
l അക്ഷാംശ-രേഖാംശ രാജ്യ വ്യത്യാസം
d SSEC വ്യത്യാസങ്ങൾ രേഖപ്പെടുത്തുക
g GenBank SSEC വ്യത്യാസം
f asn2gb/asn2flat വ്യത്യാസം
h സെഗ്-ടു-ഡെൽറ്റ GenBank വ്യത്യാസം
v വാലിഡേറ്റർ SSEC വ്യത്യാസം
m ജീൻ/ആർഎൻഎ/പിസിആർ നവീകരിക്കുക
u പ്രസിദ്ധീകരിക്കാത്ത പബ് ലുക്ക്അപ്പ്
p പ്രസിദ്ധീകരിച്ച പബ് ലുക്ക്അപ്പ്
j സൂചികയില്ലാത്ത ജേണൽ റിപ്പോർട്ട്
x കസ്റ്റം സ്കാൻ

-R ഐഡിയിൽ നിന്ന് റിമോട്ട് എടുക്കൽ (NCBI സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസ്)

-S str തിരഞ്ഞെടുത്ത വ്യത്യാസ ഫിൽട്ടർ (വലിയ അക്ഷരങ്ങൾ ഒഴിവാക്കുക)
എസ് എസ് ഇ സി
ബി ബിഎസ്ഇസി
ഒരു രചയിതാവ്
പി പ്രസിദ്ധീകരണം
എൽ സ്ഥാനം
ആർ ആർഎൻഎ
q ക്വാളിഫയർ അടുക്കൽ ക്രമം
g Genbank ബ്ലോക്ക്
k പാക്കേജ് CdRegion അല്ലെങ്കിൽ ഭാഗങ്ങളുടെ സവിശേഷതകൾ
m മൂവ് പ്രസിദ്ധീകരണം
o ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റ് Bioseq പ്രസിദ്ധീകരണം ഉപേക്ഷിക്കുക
d ഓട്ടോമാറ്റിക് ഡെഫനിഷൻ ലൈൻ
ഇ പോപ്പ്/ഫി/മട്ട്/ഇക്കോ സെറ്റ് ഡെഫനിഷൻ ലൈൻ

-T ടാക്സോണമി ലുക്ക്അപ്പ്

-U str str: ലെ പതാകകൾക്കനുസരിച്ച് നവീകരിക്കുക:
g ജീനുകൾ
ആർ ആർഎൻഎ
പി പിസിആർ പ്രൈമറുകൾ

-V str വാലിഡേറ്ററിന്റെ തീവ്രത അനുസരിച്ച് സവിശേഷതകൾ നീക്കം ചെയ്യുക:
r നിരസിക്കുക
ഇ പിശക്
w മുന്നറിയിപ്പ്
ഐ വിവരം

-X str വിവിധ ഓപ്ഷനുകൾ, ഓരോ str:
d ഓട്ടോമാറ്റിക് ഡെഫനിഷൻ ലൈൻ
ഇ പോപ്പ്/ഫി/മട്ട്/ഇക്കോ സെറ്റ് ഡെഫനിഷൻ ലൈൻ
n തൽക്ഷണ NC ശീർഷകം
m തൽക്ഷണം NM ശീർഷകങ്ങൾ
x പ്രത്യേക XM ശീർഷകങ്ങൾ
p പ്രോട്ടീൻ ശീർഷകങ്ങൾ ഉടനടി നൽകുക
c കോഡിംഗ് സീക്വൻസുകൾക്കായി mRNAകൾ സൃഷ്ടിക്കുക
റെസിപ്രോക്കൽ പ്രോട്ടീൻ_ഐഡി/ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ്_ഐഡി പരിഹരിക്കുക

-Z str സൂചിപ്പിച്ച ഉപയോക്തൃ ഒബ്ജക്റ്റ് നീക്കം ചെയ്യുക

-a str ASN.1 തരം
ഏതെങ്കിലും (സ്ഥിരസ്ഥിതി)
ഇ സെക്-എൻട്രി
ബി ബയോസെക്
ന്റെ ബയോസെക്-സെറ്റ്
m Seq-സമർപ്പിക്കുക
ടി ബാച്ച് പ്രോസസ്സിംഗ് [സ്ട്രിംഗ്]

-b ഇൻപുട്ട് ASN.1 ബൈനറി ആണ്

-c ഇൻപുട്ട് ASN.1 കംപ്രസ് ചെയ്തു

-d str ഉറവിട ഡാറ്റാബേസ്
ഏതെങ്കിലും (സ്ഥിരസ്ഥിതി)
g GenBank
ഇ EMBL
ഡി ഡിഡിബിജെ
b EMBL അല്ലെങ്കിൽ DDBJ
r RefSeq
n എൻ.സി.ബി.ഐ
v സെഗ്മെന്റഡ് സീക്വൻസുകൾ മാത്രം
w സെഗ്മെന്റഡ് സീക്വൻസുകൾ ഒഴിവാക്കുക
x EMBL/DDBJ ഒഴിവാക്കുക
y gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts എന്നിവ ഒഴിവാക്കുക

-f str സബ്‌സ്ട്രിംഗ് ഫിൽട്ടർ

-i ഫയലിന്റെ പേര്
സിംഗിൾ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ (സ്റ്റഡിനിലേക്കുള്ള സ്ഥിരസ്ഥിതി)

-j ഫയലിന്റെ പേര്
ആദ്യ ഫയൽനാമം

-k ഫയലിന്റെ പേര്
അവസാന ഫയൽ നാമം

-m str ഫ്ലാറ്റ് ഫയൽ മോഡ്:
r റിലീസ്
ഇ എൻട്രസ്
സെക്വിൻ
ഡി ഡമ്പ്

-n പാത
asn2 ഫ്ലാറ്റ് എക്സിക്യൂട്ടബിൾ (ഡിഫോൾട്ട് ആണ് /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)

-o ഫയലിന്റെ പേര്
സിംഗിൾ ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ (ഡിഫോൾട്ടായി stdout)

-p പാത
പൊരുത്തപ്പെടുന്ന എല്ലാ ഫയലുകളും പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുക പാത

-q പാത
ffdiff എക്സിക്യൂട്ടബിൾ (ഡിഫോൾട്ട് ആണ് /netopt/genbank/subtool/bin/ffdiff)

-r പാത
ഫലങ്ങൾക്കുള്ള പാത

-v പാത
അസ്നവൽ എക്സിക്യൂട്ടബിൾ (ഡിഫോൾട്ട് ആണ് /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)

-x ext ഉപയോഗിക്കുന്നതിനുള്ള ഫയൽ തിരഞ്ഞെടുക്കൽ പ്രത്യയം -p (സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി .ent)

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനിൽ cleanasn ഉപയോഗിക്കുക