ക്ലോണൽഫ്രെയിം - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ക്ലോണൽഫ്രെയിം - മൾട്ടിലോകസ് സീക്വൻസ് ഡാറ്റ ഉപയോഗിച്ച് ബാക്ടീരിയൽ സൂക്ഷ്മ പരിണാമത്തിന്റെ അനുമാനം

സിനോപ്സിസ്

ക്ലോണൽഫ്രെയിം [ഓപ്ഷനുകൾ] ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ

വിവരണം

ഒരു സാമ്പിളിലെ അംഗങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള ക്ലോണൽ ബന്ധങ്ങളെ ക്ലോണൽഫ്രെയിം തിരിച്ചറിയുന്നു
ഹോമോലോഗസ് റീകോമ്പിനേഷൻ ഇവന്റുകളുടെ ക്രോമസോം സ്ഥാനവും കണക്കാക്കുന്നു
ക്ലോണൽ പാരമ്പര്യത്തെ തടസ്സപ്പെടുത്തി.

ഓപ്ഷനുകൾ:

-x NUM ബേൺ-ഇൻ ചെയ്തതിന് ശേഷമുള്ള ആവർത്തനങ്ങളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുന്നു (സ്ഥിരസ്ഥിതി 50000 ആണ്)

-y NUM ബേൺ-ഇൻ ആവർത്തനങ്ങളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുന്നു (സ്ഥിരസ്ഥിതി 50000 ആണ്)

-z NUM സാമ്പിളുകൾക്കിടയിലുള്ള ആവർത്തനങ്ങളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുന്നു (സ്ഥിരസ്ഥിതി 100 ആണ്)

-e ഓരോ ആവർത്തനത്തിനും ബ്രാഞ്ച്-സ്വാപ്പിംഗ് നീക്കങ്ങളുടെ എണ്ണം NUM സജ്ജമാക്കുന്നു (ഡിഫോൾട്ട് ആയതിനാൽ പകുതി
ബ്രാഞ്ച് കൈമാറ്റത്തിനായി സമയം ചിലവഴിക്കുന്നു)

-m NUM തീറ്റയുടെ പ്രാരംഭ മൂല്യം NUM ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നു (സ്ഥിരസ്ഥിതി വാട്ടേഴ്സൺ എസ്റ്റിമേറ്റ് ആണ്)

-d NUM ഡെൽറ്റയുടെ പ്രാരംഭ മൂല്യം NUM ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നു (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.001 ആണ്)

-n NUM, nu ന്റെ പ്രാരംഭ മൂല്യം NUM ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നു (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.01 ആണ്)

-r NUM R ന്റെ പ്രാരംഭ മൂല്യം NUM ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നു (ഡിഫോൾട്ട് പ്രാരംഭ തീറ്റ/10 ആണ്)

-M തീറ്റയുടെ മൂല്യം അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യുക

-D ഡെൽറ്റയുടെ മൂല്യം അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യരുത്

-N nu മൂല്യം അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യരുത്

-R R ന്റെ മൂല്യം അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യരുത്

-T ടോപ്പോളജി അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യരുത്

-A നോഡുകളുടെ പ്രായം അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്യരുത്

-G എല്ലാ വിടവുകളും നീക്കം ചെയ്യുക

-H പോളിമോർഫിക് അല്ലാത്ത സ്ഥാനങ്ങളിലെ എല്ലാ വിടവുകളും നീക്കം ചെയ്യുക

-t NUM ഏത് പ്രാരംഭ മരമാണ് ഉപയോഗിക്കേണ്ടതെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുക: ഒരു നൾ ട്രീക്ക് 0, ഒരേപോലെ തിരഞ്ഞെടുത്തതിന് 1
കോലസെന്റ് ട്രീയും യുപിജിഎംഎ ട്രീയ്ക്ക് 2 ഉം (സ്ഥിരസ്ഥിതി)

-w FILE
പ്രാരംഭ ട്രീക്കായി Newick ഫയൽ ഉപയോഗിക്കുക

-a NUM, nu-ന്റെ ബീറ്റ മുൻ വിതരണത്തിന്റെ ആദ്യ പാരാമീറ്റർ സജ്ജമാക്കുന്നു

-b NUM, nu-ന്റെ ബീറ്റ മുൻ വിതരണത്തിന്റെ രണ്ടാമത്തെ പാരാമീറ്റർ സജ്ജമാക്കുന്നു

-U റോ, തീറ്റ, ഡെൽറ്റ എന്നിവയ്‌ക്ക് യൂണിഫോം പ്രിയറുകൾ ഉപയോഗിക്കുക

-B BURST മോഡിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക

-C ഒരു സൈറ്റ്-ബൈ-സൈറ്റ് ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പ് നടപടിക്രമം ഉപയോഗിച്ച് UPGMA മോഡിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക

-c ഒരു ഫ്രാഗ്മെന്റ്-ബൈ-ഫ്രാഗ്മെന്റ് ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പ് നടപടിക്രമം ഉപയോഗിച്ച് UPGMA മോഡിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക

-S NUM റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്ററിനായുള്ള വിത്ത് NUM ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നു

-E NUM എക്‌സ്‌പോണൻഷ്യൽ വളർച്ചയുടെ നിരക്ക് സജ്ജീകരിക്കുന്നു (ഡിഫോൾട്ട് 0 ആണ്)

-I അലൈൻമെന്റിലെ ആദ്യ ബ്ലോക്ക് അവഗണിക്കുന്നു

-L ClonalFrame പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് മുമ്പ് അലൈൻമെന്റ് വൃത്തിയാക്കുക

-l രണ്ട് റഫറൻസ് സൈറ്റുകൾ തമ്മിലുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൂരം (സ്ഥിരസ്ഥിതി 50 ആണ്)

-v വെർബോസ് മോഡ്

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ക്ലോണൽഫ്രെയിം ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക