Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്‌സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയുന്ന കമാൻഡ് ക്ലസ്റ്റലോയാണിത്.
പട്ടിക:
NAME
clustalo - പ്രോട്ടീനുകൾക്കായുള്ള പൊതു ഉദ്ദേശ്യ മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ് പ്രോഗ്രാം
സിനോപ്സിസ്
ക്ലസ്റ്റലോ [-h]
വിവരണം
പ്രോട്ടീനുകൾക്കായുള്ള ഒരു പൊതു ഉദ്ദേശ്യ മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ് (എംഎസ്എ) പ്രോഗ്രാമാണ് ക്ലസ്റ്റൽ-ഒമേഗ.
ഇത് ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള എംഎസ്എകൾ നിർമ്മിക്കുകയും നൂറുകണക്കിന് ഡാറ്റാ സെറ്റുകൾ കൈകാര്യം ചെയ്യാൻ കഴിവുള്ളതുമാണ്
ന്യായമായ സമയത്ത് ആയിരക്കണക്കിന് സീക്വൻസുകൾ.
ഡിഫോൾട്ട് മോഡിൽ, ഉപയോക്താക്കൾ വിന്യസിക്കുന്നതിന് സീക്വൻസുകളുടെ ഒരു ഫയൽ നൽകുന്നു, ഇവ ക്ലസ്റ്ററാണ്.
ഒരു ഗൈഡ് ട്രീ നിർമ്മിക്കുക, സീക്വൻസുകളുടെ "പുരോഗമനപരമായ വിന്യാസം" നയിക്കാൻ ഇത് ഉപയോഗിക്കുന്നു.
നിലവിലുള്ള അലൈൻമെന്റുകൾ പരസ്പരം വിന്യസിക്കുന്നതിനുള്ള സൗകര്യങ്ങളും ഉണ്ട്, a
ഒരു വിന്യാസത്തിലേക്കുള്ള ക്രമം കൂടാതെ ഒരു ഗൈഡ് സഹായിക്കുന്നതിന് ഒരു മറഞ്ഞിരിക്കുന്ന മാർക്കോവ് മോഡൽ (HMM) ഉപയോഗിക്കുന്നതിനും
എച്ച്എംഎം നിർമ്മിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന സീക്വൻസുകൾക്ക് തുല്യമായ പുതിയ സീക്വൻസുകളുടെ വിന്യാസം.
ഈ അവസാന നടപടിക്രമത്തെ "ബാഹ്യ പ്രൊഫൈൽ വിന്യാസം" അല്ലെങ്കിൽ ഇപിഎ എന്ന് വിളിക്കുന്നു.
HHalign പാക്കേജിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കി, അലൈൻമെന്റ് എഞ്ചിനായി ക്ലസ്റ്റൽ-ഒമേഗ HMM-കൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു.
ജോഹന്നാസ് സോഡിംഗ് [1]. ഗൈഡ് മരങ്ങൾ നിർമ്മിക്കുന്നത് mBed [2] ന്റെ മെച്ചപ്പെടുത്തിയ പതിപ്പ് ഉപയോഗിച്ചാണ്
O(N*log(N)) സമയത്തിൽ വളരെ വലിയ അളവിലുള്ള സീക്വൻസുകളുടെ ക്ലസ്റ്റർ. പിന്നീട് ഒന്നിലധികം വിന്യാസം
ക്ലസ്റ്ററിംഗിനെ പിന്തുടർന്ന് HHalign ഉപയോഗിച്ച് വലുതും വലുതുമായ അലൈൻമെന്റുകൾ വിന്യസിച്ചുകൊണ്ട് മുന്നോട്ട് പോകുന്നു
ഗൈഡ് ട്രീ നൽകിയത്.
അതിന്റെ നിലവിലെ രൂപത്തിൽ Clustal-Omega യ്ക്ക് പ്രോട്ടീൻ ശ്രേണികളെ മാത്രമേ വിന്യസിക്കാൻ കഴിയൂ, പക്ഷേ DNA/RNA അല്ല
ക്രമങ്ങൾ. ഭാവി പതിപ്പിൽ DNA/RNA ലഭ്യമാകുമെന്ന് വിഭാവനം ചെയ്യുന്നു.
USAGE
ടൂൾ ഉപയോഗം /usr/share/doc/clustalo/README-ൽ ലഭ്യമാണ്.
വികാസം
തലക്കെട്ടുകളും ലൈബ്രറികളും libclustalo-dev പാക്കേജിൽ ലഭ്യമാണ്.
ഉദ്ധരിക്കുന്നു
സീവേഴ്‌സ് എഫ്, വിൽം എ, ദിനീൻ ഡിജി, ഗിബ്‌സൺ ടിജെ, കാർപ്ലസ് കെ, ലി ഡബ്ല്യു, ലോപ്പസ് ആർ, മക്‌വില്യം എച്ച്,
Remmert M, Söding J, Thompson JD, Higgins DG (2011). വേഗതയേറിയതും അളക്കാവുന്നതുമായ ഉയർന്ന തലമുറ-
ഗുണമേന്മയുള്ള പ്രോട്ടീൻ മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് വിന്യാസം
ക്ലസ്റ്റൽ ഒമേഗ ഉപയോഗിക്കുന്നു. മോൾ സിസ്റ്റ് ബയോൾ 7.
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ക്ലസ്റ്റലോ ഓൺലൈനിൽ ഉപയോഗിക്കുക
