cmbuild - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

cmbuild - ഘടനാപരമായി വ്യാഖ്യാനിച്ച RNA മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസിൽ നിന്ന് കോവേരിയൻസ് മോഡൽ(കൾ) നിർമ്മിക്കുക
വിന്യാസം(കൾ)

സിനോപ്സിസ്

cmbuild [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

ഓരോ മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റിനും ഒരു covariance മോഡൽ നിർമ്മിച്ച് അത് സംരക്ഷിക്കുക
ഒരു പുതിയ ഫയൽ .

അലൈൻമെന്റ് ഫയൽ സ്റ്റോക്ക്ഹോം അല്ലെങ്കിൽ സെലെക്സ് ഫോർമാറ്റിൽ ആയിരിക്കണം, കൂടാതെ സമവായം അടങ്ങിയിരിക്കുകയും വേണം
ദ്വിതീയ ഘടന വ്യാഖ്യാനം. cmbuild നിർണ്ണയിക്കാൻ സമവായ ഘടന ഉപയോഗിക്കുന്നു
മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ വാസ്തുവിദ്യ.

'-' (ഡാഷ്) ആയിരിക്കാം, അതായത് ഈ ഇൻപുട്ട് വായിക്കുന്നത് stdin ഒരു ഫയൽ എന്നതിലുപരി.
'-' ഉപയോഗിക്കുന്നതിന്, നിങ്ങൾ അലൈൻമെന്റ് ഫയൽ ഫോർമാറ്റും വ്യക്തമാക്കണം --വിവരങ്ങൾ , എന്നപോലെ
--വിവരങ്ങൾ സ്റ്റോക്ക്ഹോം (ഞങ്ങളുടെ നടപ്പാക്കലിലെ നിലവിലെ പരിമിതി കാരണം, MSA ഫയൽ
റിവൈൻഡുചെയ്യാനാവാത്ത ഇൻപുട്ട് സ്ട്രീമിൽ ഫോർമാറ്റുകൾ സ്വയമേവ കണ്ടെത്താനാവില്ല.)

'-' ആയിരിക്കില്ല (stdout), കാരണം മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് ഫയൽ അയക്കുന്നു stdout സംഘട്ടനമായിരിക്കും
പ്രോഗ്രാമിന്റെ മറ്റ് ടെക്സ്റ്റ് ഔട്ട്പുട്ടിനൊപ്പം.

മുഖ്യമന്ത്രി(കൾ) എന്നെഴുതിയതിന് പുറമേ , cmbuild ഓരോന്നിനും ഒരൊറ്റ വരിയും ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്നു
stdout-ലേക്ക് സൃഷ്ടിച്ച മോഡൽ. ഓരോ വരിയിലും ഇനിപ്പറയുന്ന ഫീൽഡുകൾ ഉണ്ട്: "aln": എന്നതിന്റെ സൂചിക
മുഖ്യമന്ത്രി പണിയാൻ ഉപയോഗിച്ച അലൈൻമെന്റ്; "idx": മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ സൂചിക ; "പേര്":
മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ പേര്; "nseq": മുഖ്യമന്ത്രി നിർമ്മിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന അലൈൻമെന്റിലെ സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം;
"eff_nseq": മോഡൽ നിർമ്മിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന സീക്വൻസുകളുടെ ഫലപ്രദമായ എണ്ണം; "alen": നീളം
മുഖ്യമന്ത്രി പണിയാൻ ഉപയോഗിച്ച അലൈൻമെന്റിന്റെ; "clen": വിന്യാസത്തിൽ നിന്നുള്ള നിരകളുടെ എണ്ണം
സമവായ (പൊരുത്തം) നിരകളായി നിർവചിച്ചിരിക്കുന്നത്; "bps": മുഖ്യമന്ത്രിയിലെ ബേസ്‌പെയറുകളുടെ എണ്ണം; "ബിഫ്സ്":
മുഖ്യമന്ത്രിയിലെ വിഭജനങ്ങളുടെ എണ്ണം; "rel entropy: CM": ആകെ ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി
സമവായ നിരകളുടെ എണ്ണം കൊണ്ട് ഹരിച്ച മാതൃക; "rel entropy: HMM": ആകെ ആപേക്ഷികം
ദ്വിതീയ ഘടനയെ അവഗണിക്കുന്ന മോഡലിന്റെ എൻട്രോപ്പിയെ സമവായത്തിന്റെ എണ്ണം കൊണ്ട് ഹരിക്കുന്നു
നിരകൾ. "വിവരണം": മോഡലിന്റെ/അലൈൻമെന്റിന്റെ വിവരണം.

ഓപ്ഷനുകൾ

-h സഹായം; കമാൻഡ് ലൈൻ ഉപയോഗത്തിന്റെയും ലഭ്യമായ ഓപ്ഷനുകളുടെയും ഒരു ഹ്രസ്വ ഓർമ്മപ്പെടുത്തൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

-n പുതിയ മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ പേര് . വിന്യാസത്തിന്റെ പേര് ഉപയോഗിക്കുന്നതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി (ഒന്ന് ആണെങ്കിൽ
അതിൽ പങ്കെടുക്കുക ), അല്ലെങ്കിൽ, പരാജയപ്പെട്ടാൽ, പേര് . If
ഒന്നിലധികം വിന്യാസങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, -n പ്രവർത്തിക്കുന്നില്ല, ഓരോ വിന്യാസവും
എന്നതിൽ വ്യാഖ്യാനിച്ചിരിക്കുന്ന ഒരു പേര് ഉണ്ടായിരിക്കണം (സ്റ്റോക്ക്ഹോമിലെ പോലെ #=GF ID വ്യാഖ്യാനം).

-F അനുവദിക്കുക തിരുത്തിയെഴുതണം. ഈ ഓപ്ഷൻ ഇല്ലാതെ, എങ്കിൽ ഇതിനകം
നിലവിലുണ്ട്, cmbuild ഒരു പിശകോടെ പുറത്തുകടക്കുന്നു.

-o സംഗ്രഹ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിലേക്ക് നയിക്കുക , എന്നതിലുപരി stdout.

-O ഓരോ മോഡലും നിർമ്മിച്ചതിന് ശേഷം, ഒരു ഫയലിലേക്ക് വ്യാഖ്യാനിച്ച ഉറവിട വിന്യാസങ്ങൾ വീണ്ടും സംരക്ഷിക്കുക
സ്റ്റോക്ക്ഹോം ഫോർമാറ്റിൽ. ഏത് ആപേക്ഷിക അനുക്രമ ഭാരങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ചാണ് സീക്വൻസുകൾ വ്യാഖ്യാനിക്കുന്നത്
ചുമതലപ്പെടുത്തിയിരുന്നു. അലൈൻമെന്റുകൾ ഒരു റഫറൻസ് വ്യാഖ്യാന ലൈൻ ഉപയോഗിച്ച് വ്യാഖ്യാനിച്ചിരിക്കുന്നു
ഏതൊക്കെ നിരകളാണ് സമവായമായി നൽകിയതെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്നു. ഉറവിട വിന്യാസം ഉണ്ടെങ്കിൽ
റഫറൻസ് വ്യാഖ്യാനം ("#=GC RF") ഇത് സമവായ അവശിഷ്ടം ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റിസ്ഥാപിക്കും
സമവായ നിരകൾക്കുള്ള മാതൃകയും '.' നിരകൾ തിരുകുന്നതിന്, ഒഴികെ --കൈ
സമവായ സ്ഥാനങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിന് ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ചു, ഈ സാഹചര്യത്തിൽ അത് ആയിരിക്കും
മാറ്റമില്ലാതെ.

--ഡെവലപ്പ് പ്രിന്റ് സഹായം, പോലെ -h , എന്നാൽ അല്ലാത്ത വിദഗ്ധ ഓപ്ഷനുകളും ഉൾപ്പെടുത്തുക
കൂടെ പ്രദർശിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു -h . ഈ വിദഗ്‌ധ ഓപ്ഷനുകൾ ഇതിന് പ്രസക്തമാകുമെന്ന് പ്രതീക്ഷിക്കുന്നില്ല
ഭൂരിഭാഗം ഉപയോക്താക്കളും മാനുവൽ പേജിൽ വിവരിച്ചിട്ടില്ല. ഒരേയൊരു
അവർ യഥാർത്ഥത്തിൽ എന്താണ് ചെയ്യുന്നതെന്ന് മനസ്സിലാക്കുന്നതിനുള്ള ഉറവിടങ്ങൾ ഹ്രസ്വമായ ഒരു വരിയാണ്
എപ്പോൾ വിവരണങ്ങൾ ഔട്ട്പുട്ട് --ഡെവലപ്പ് പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കിയിരിക്കുന്നു, കൂടാതെ സോഴ്സ് കോഡും.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു മോഡൽ നിർമാണം

ഒരു വിന്യാസത്തിൽ സമവായ നിരകൾ എങ്ങനെ നിർവചിക്കപ്പെടുന്നു എന്നത് ഈ ഓപ്‌ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു.

--വേഗത സമവായ നിരകൾ ഒരു ഭിന്നസംഖ്യ ഉള്ളവയായി സ്വയമേവ നിർവ്വചിക്കുക >= സിംഫ്രാക് of
വിടവുകൾക്ക് വിപരീതമായി അവശിഷ്ടങ്ങൾ. (അതിന് താഴെ കാണുക --സിംഫ്രാക് ഓപ്ഷൻ.) ഇതാണ്
സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി.

--കൈ ഏതാണെന്ന് നിർണ്ണയിക്കാൻ റഫറൻസ് കോർഡിനേറ്റ് വ്യാഖ്യാനം (#=GC RF ലൈൻ, സ്റ്റോക്ക്ഹോമിൽ) ഉപയോഗിക്കുക
നിരകൾ സമവായമാണ്, അവ ഉൾപ്പെടുത്തലുകളാണ്. വിടവില്ലാത്ത ഏതെങ്കിലും പ്രതീകം a സൂചിപ്പിക്കുന്നു
സമവായ കോളം. (ഉദാഹരണത്തിന്, സമവായ നിരകൾ "x" ഉപയോഗിച്ച് അടയാളപ്പെടുത്തുക, കൂടാതെ നിരകൾ ചേർക്കുക
കൂടെ ".".) ഈ ഓപ്ഷൻ വിളിച്ചു --rf Infernal-ന്റെ മുൻ പതിപ്പുകളിൽ (0.1
1.0.2 വഴി).

--സിംഫ്രാക്
എപ്പോൾ ഒരു സമവായ കോളം നിർവ്വചിക്കുന്നതിന് ആവശ്യമായ അവശിഷ്ട ഭിന്നസംഖ്യയുടെ പരിധി നിർവചിക്കുക
ഉപയോഗിക്കുന്നില്ല --കൈ. സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.5 ആണ്. ഓരോ നിരയിലെയും ചിഹ്ന ഭിന്നസംഖ്യ
റിലേറ്റീവ് സീക്വൻസ് വെയ്റ്റിംഗ് കണക്കിലെടുത്തതിന് ശേഷം കണക്കാക്കുന്നു. ഇത് സജ്ജമാക്കുന്നു
0.0 എന്നാൽ എല്ലാ വിന്യാസ നിരയും സമവായമായി നിയുക്തമാക്കും, അതായിരിക്കാം
ചില സന്ദർഭങ്ങളിൽ ഉപയോഗപ്രദമാണ്. ഇത് 1.0 ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നത് അർത്ഥമാക്കുന്നത് 0 വിടവുകൾ ഉൾപ്പെടുന്ന നിരകൾ മാത്രം എന്നാണ്
സമവായമായി നിയോഗിക്കും. ഈ ഓപ്ഷൻ മാറ്റിസ്ഥാപിക്കുന്നു --ഗാപ്‌ത്രെഷ് ഓപ്ഷൻ
ഇൻഫെർണലിന്റെ മുൻ പതിപ്പുകളിൽ നിന്ന് (0.1 മുതൽ 1.0.2 വരെ), കൂടെ തുല്യം (1.0 -
). ഉദാഹരണത്തിന്, ഒരു കമാൻഡിനായി പെരുമാറ്റം പുനർനിർമ്മിക്കാൻ cmbuild --ഗാപ്‌ത്രെഷ് 0.8
മുമ്പത്തെ പതിപ്പിൽ, ഉപയോഗിക്കുക cmbuild --സിംഫ്രാക് 0.2 ഈ പതിപ്പിനൊപ്പം.

--ഇല്ല ദ്വിതീയ ഘടന വ്യാഖ്യാനം, എന്തെങ്കിലും ഉണ്ടെങ്കിൽ, അവഗണിക്കുക കൂടെ ഒരു മുഖ്യമന്ത്രി പണിയും
പൂജ്യം അടിസ്ഥാന ജോഡികൾ. ഈ മോഡൽ ഒരു പ്രൊഫൈൽ HMM പോലെയായിരിക്കും സെമീ സെർച്ച് ഒപ്പം
cmscan പ്രോഗ്രാമുകൾ ഇതിനായി CM-നേക്കാൾ വേഗതയുള്ള HMM അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കും
മാതൃക. കൂടാതെ, സീറോ ബേസ്‌പെയർ മോഡൽ കാലിബ്രേറ്റ് ചെയ്യേണ്ടതില്ല cmcalibrate
ഓടുന്നതിന് മുമ്പ് സെമീ സെർച്ച് അതിനൊപ്പം. ദി --ഇല്ല ഇല്ലെങ്കിൽ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കണം
ദ്വിതീയ ഘടന വ്യാഖ്യാനം .

--അന്വേഷണം
ഫയലിലെ RIBOSUM മാട്രിക്സ് ഉപയോഗിച്ച് എമിഷൻ സ്‌കോറുകൾ ഒരു ലാ RSEARCH പാരാമീറ്ററൈസ് ചെയ്യുക .
കൂടെ --അന്വേഷണം പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കി, എല്ലാ വിന്യാസങ്ങളും കൃത്യമായി ഒന്ന് അടങ്ങിയിരിക്കണം
ക്രമം അല്ലെങ്കിൽ --വിളി ഓപ്ഷനും പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കിയിരിക്കണം. ഓരോ ശ്രേണിയിലും എല്ലാ സ്ഥാനങ്ങളും
സമവായ "നിരകൾ" ആയി പരിഗണിക്കും. യഥാർത്ഥത്തിൽ, ഇവയ്ക്കുള്ള എമിഷൻ സ്‌കോറുകൾ
മോഡലിംഗിലെ വ്യത്യാസങ്ങൾ കാരണം മോഡലുകൾ RIBOSUM സ്കോറുകളുമായി സാമ്യമുള്ളതായിരിക്കില്ല
Infernal ഉം RSEARCH ഉം തമ്മിലുള്ള തന്ത്രം, എന്നാൽ അവ കഴിയുന്നത്ര സമാനമായിരിക്കും.
RIBOSUM മാട്രിക്സ് ഫയലുകൾ "matrices/" എന്ന ഉപഡയറക്‌ടറിയിൽ Infernal-ൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.
ഉയർന്ന തലത്തിലുള്ള "Infernal-xxx" ഡയറക്ടറി. RIBOSUM മെട്രിക്സുകൾ സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ സ്കോർ ആണ്
പ്രത്യേക സിംഗിൾ സ്ട്രാൻഡഡ് ഉള്ള ഘടനാപരമായ ആർഎൻഎകൾക്കായി പ്രത്യേകം പരിശീലിപ്പിച്ച മെട്രിസുകൾ
അവശിഷ്ടവും അടിസ്ഥാന ജോഡി സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ സ്കോറുകളും. കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക് RSEARCH കാണുക
പ്രസിദ്ധീകരണം (ക്ലെയിൻ ആൻഡ് എഡി, ബിഎംസി ബയോഇൻഫോർമാറ്റിക്സ് 4:44, 2003).

മറ്റുള്ളവ മോഡൽ നിർമാണം ഓപ്ഷനുകൾ

--ശൂന്യം
എന്നതിൽ നിന്ന് ഒരു ശൂന്യ മോഡൽ വായിക്കുക . നൾ മോഡൽ ഓരോ ആർഎൻഎയുടെയും പ്രോബബിലിറ്റി നിർവചിക്കുന്നു
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് പശ്ചാത്തല ക്രമത്തിൽ, ഓരോ ന്യൂക്ലിയോടൈഡിനും 0.25 ഉപയോഗിക്കുന്നതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി.
നൾ ഫയലുകളുടെ ഫോർമാറ്റ് ഉപയോക്തൃ ഗൈഡിൽ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ട്.

--മുമ്പ്
മുമ്പ് ഒരു ഡിറിച്ലെറ്റ് വായിക്കുക , ഡിഫോൾട്ട് മിശ്രിതം Dirichlet മാറ്റിസ്ഥാപിക്കുന്നു. ദി
മുൻ ഫയലുകളുടെ ഫോർമാറ്റ് ഉപയോക്തൃ ഗൈഡിൽ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ട്.

ഉപയോഗം --ഡെവലപ്പ് കൂടുതൽ, അല്ലാത്തപക്ഷം, അല്ലാത്തപക്ഷം, മാതൃകാ നിർമ്മാണ ഓപ്ഷനുകൾ കാണാൻ.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു ആപേക്ഷികം ഭാരം

cmbuild ഭാരക്കുറവിന് അടുത്ത ബന്ധമുള്ള ഒരു അഡ്‌ഹോക്ക് സീക്വൻസ് വെയ്റ്റിംഗ് അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുന്നു
സീക്വൻസുകളും ഉയർന്ന ഭാരവും വിദൂരവുമായി ബന്ധപ്പെട്ടവയും. ഇത് മോഡലുകൾ കുറയ്ക്കുന്നതിന്റെ ഫലമാണ്
അസമമായ ഫൈലോജെനെറ്റിക് പ്രാതിനിധ്യത്താൽ പക്ഷപാതം. ഉദാഹരണത്തിന്, സമാനമായ രണ്ട് സീക്വൻസുകൾ
സാധാരണയായി ഓരോന്നിനും ഒരു ശ്രേണിയുടെ പകുതി ഭാരം ലഭിക്കും. ഈ ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു
ഏത് അൽഗോരിതം ആണ് ഉപയോഗിക്കുന്നത്.

--wpb Henikoff പൊസിഷൻ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള സീക്വൻസ് വെയ്റ്റിംഗ് സ്കീം ഉപയോഗിക്കുക [Henikoff, Henikoff,
ജെ. മോൾ. ബയോൾ. 243:574, 1994]. ഇതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി.

--wgsc Gerstein/Sonnhammer/Chothia വെയ്റ്റിംഗ് അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുക [Gerstein et al, J. Mol.
ബയോൾ. 235:1067, 1994].

--സ്വന്തം
സീക്വൻസ് വെയ്റ്റിംഗ് ഓഫ് ചെയ്യുക; ഉദാ: എല്ലാ സീക്വൻസ് വെയിറ്റുകളും 1.0 ആയി സജ്ജീകരിക്കുക.

--കിട്ടിയത്
ഇൻപുട്ട് അലൈൻമെന്റ് ഫയലിൽ വ്യാഖ്യാനത്തിൽ നൽകിയിരിക്കുന്നത് പോലെ സീക്വൻസ് വെയ്റ്റുകൾ ഉപയോഗിക്കുക. അല്ലെങ്കിൽ
തൂക്കങ്ങൾ നൽകി, അവയെല്ലാം 1.0 ആണെന്ന് കരുതുക. പുതിയത് നിർണ്ണയിക്കുക എന്നതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി
Gerstein/Sonnhammer/Chhothia അൽഗോരിതം പ്രകാരമുള്ള സീക്വൻസ് വെയ്റ്റുകൾ, അവഗണിച്ചു
വ്യാഖ്യാനിച്ച തൂക്കങ്ങൾ.

--wblosum
ഡിഫോൾട്ടിനു പകരം സീക്വൻസുകൾ വെയിറ്റ് ചെയ്യാൻ BLOSUM ഫിൽട്ടറിംഗ് അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുക
GSC വെയ്റ്റിംഗ്. തന്നിരിക്കുന്ന ശതമാനം ഐഡന്റിറ്റിയിൽ സീക്വൻസുകൾ ക്ലസ്റ്റർ ചെയ്യുക (കാണുക --വിശാലം);
ഓരോ ക്ലസ്റ്ററിനും മൊത്തം 1.0 ഭാരം നൽകുക, അംഗങ്ങൾക്കിടയിൽ തുല്യമായി വിതരണം ചെയ്യുക
ആ ക്ലസ്റ്ററിന്റെ.

--വിശാലം
യുടെ പെരുമാറ്റം നിയന്ത്രിക്കുന്നു --wblosum ശതമാനം സജ്ജീകരിച്ച് വെയ്റ്റിംഗ് ഓപ്ഷൻ
ലേക്കുള്ള അലൈൻമെന്റ് ക്ലസ്റ്ററിങ്ങിനുള്ള ഐഡന്റിറ്റി .

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു ഫലപ്രദമാണ് അനുക്രമം NUMBER

ആപേക്ഷിക ഭാരം നിർണ്ണയിച്ച ശേഷം, അവ മൊത്തത്തിലുള്ള ഫലപ്രാപ്തിയിലേക്ക് നോർമലൈസ് ചെയ്യുന്നു
ക്രമസംഖ്യ, eff_nseq. ഈ സംഖ്യയിലെ ക്രമങ്ങളുടെ യഥാർത്ഥ സംഖ്യയായിരിക്കാം
വിന്യാസം, പക്ഷേ അത് മിക്കവാറും എപ്പോഴും അതിനേക്കാൾ ചെറുതാണ്. ഡിഫോൾട്ട് എൻട്രോപ്പി വെയ്റ്റിംഗ്
രീതി (--eent) വിവര ഉള്ളടക്കം കുറയ്ക്കുന്നതിന് ഫലപ്രദമായ ക്രമസംഖ്യ കുറയ്ക്കുന്നു
(ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി അല്ലെങ്കിൽ യഥാർത്ഥ ഹോമോലോഗുകളിൽ ശരാശരി പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന സ്കോർ) സമവായ സ്ഥാനത്തിന്. ദി
ടാർഗെറ്റ് ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി നിയന്ത്രിക്കുന്നത് രണ്ട് പാരാമീറ്റർ ഫംഗ്‌ഷനാണ്, അവിടെ രണ്ടും
പാരാമീറ്ററുകൾ സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു --ഇവിടെ ഒപ്പം --എസിഗ്മ.

--eent ഫലപ്രദമായ സീക്വൻസ് നമ്പർ നിർണ്ണയിക്കാൻ എൻട്രോപ്പി വെയ്റ്റിംഗ് തന്ത്രം ഉപയോഗിക്കുക
ഒരു ടാർഗെറ്റ് ശരാശരി മാച്ച് സ്റ്റേറ്റ് റിലേറ്റീവ് എൻട്രോപ്പി നൽകുന്നു. ഈ ഓപ്ഷൻ സ്ഥിരസ്ഥിതിയാണ്, കൂടാതെ
ഉപയോഗിച്ച് ഓഫ് ചെയ്യാം --എന്തോ. ഡിഫോൾട്ട് ടാർഗെറ്റ് അർത്ഥമാക്കുന്നത് മാച്ച് സ്റ്റേറ്റ് റിലേറ്റീവ് എന്നാണ്
കുറഞ്ഞത് 0.59 ബേസ്‌പെയർ ഉള്ള മോഡലുകൾക്ക് 1 ബിറ്റുകളും മോഡലുകൾക്ക് 0.38 ബിറ്റുകളുമാണ് എൻട്രോപ്പി.
പൂജ്യം ബേസ്‌പെയറുകൾക്കൊപ്പം, എന്നാൽ മാറ്റി --ഇവിടെ. 0.59 അല്ലെങ്കിൽ 0.38 ബിറ്റുകളുടെ ഡിഫോൾട്ട് ആണ്
മോഡലിന്റെ ആകെ ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി ആണെങ്കിൽ സ്വയമേവ മാറും (സംഗ്രഹം പൊരുത്തം
സംസ്ഥാന ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി) ഒരു കട്ട്ഓഫിനേക്കാൾ കുറവാണ്, ഇത് സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 6.0 ബിറ്റുകൾ ആണ്, പക്ഷേ
വിദഗ്ദ്ധനെ ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റാവുന്നതാണ്, രേഖകളില്ലാത്തത് --eX ഓപ്ഷൻ. നിങ്ങൾക്ക് ശരിക്കും വേണമെങ്കിൽ
ആ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് കളിക്കുക, സോഴ്സ് കോഡ് പരിശോധിക്കുക.

--എന്തോ
എൻട്രോപ്പി വെയ്റ്റിംഗ് തന്ത്രം ഓഫാക്കുക. ഫലപ്രദമായ സീക്വൻസ് നമ്പർ വെറും ആണ്
വിന്യാസത്തിലെ ക്രമങ്ങളുടെ എണ്ണം.

--ഇവിടെ
ടാർഗെറ്റ് ശരാശരി മാച്ച് സ്റ്റേറ്റ് റിലേറ്റീവ് എൻട്രോപ്പി ആയി സജ്ജീകരിക്കുക . സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി ലക്ഷ്യം
ഒരു മാച്ച് പൊസിഷനിൽ ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി കുറഞ്ഞത് 0.59 ഉള്ള മോഡലുകൾക്ക് 1 ബിറ്റ് ആണ്
ബേസ്‌പെയർ, പൂജ്യം ബേസ്‌പെയറുകൾ ഉള്ള മോഡലുകൾക്ക് 0.38.

--eminseq
അനുവദനീയമായ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ഫലപ്രദമായ ശ്രേണി സംഖ്യ ഇപ്രകാരം നിർവ്വചിക്കുക .

--അമ്മേ
ടാർഗെറ്റ് HMM ശരാശരി മാച്ച് സ്റ്റേറ്റ് റിലേറ്റീവ് എൻട്രോപ്പി ആയി സജ്ജീകരിക്കുക . വേണ്ടി എൻട്രോപ്പി
ബേസ്‌പെയറിംഗ് മാച്ച് സ്റ്റേറ്റുകൾ കണക്കാക്കുന്നത് പാർശ്വവൽക്കരിക്കപ്പെട്ട ബേസ്‌പെയർ എമിഷൻ ഉപയോഗിച്ചാണ്
സാധ്യതകൾ.

--സെറ്റ്
എൻട്രോപ്പി വെയ്റ്റിങ്ങിനായി ഫലപ്രദമായ സീക്വൻസ് നമ്പർ സജ്ജമാക്കുക .

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു FILTER P7 എച്ച്.എം.എം നിർമാണം

ഓരോ മുഖ്യമന്ത്രിക്കും അത് cmbuild ഇൻപുട്ടിൽ നിന്ന് ഒരു ഫിൽട്ടർ p7 HMM നിർമ്മിക്കുന്നു
വിന്യാസവും. ഈ ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്ന ഫിൽട്ടർ HMM നിർമ്മാണം:

--p7ere
ഫിൽട്ടർ p7 HMM-നായി ടാർഗെറ്റ് ശരാശരി മാച്ച് സ്റ്റേറ്റ് റിലേറ്റീവ് എൻട്രോപ്പി സജ്ജമാക്കുക . By
ഡിഫോൾട്ട് ഓരോ മാച്ച് പൊസിഷനിലും ടാർഗെറ്റ് ആപേക്ഷിക എൻട്രോപ്പി 0.38 ബിറ്റുകൾ ആണ്.

--p7ml ഫിൽട്ടർ HMM ആയി CM-ൽ നിന്ന് നിർമ്മിച്ച പരമാവധി സാധ്യതയുള്ള p7 HMM ഉപയോഗിക്കുക. ഈ HMM ചെയ്യും
മുഖ്യമന്ത്രിയുമായി കഴിയുന്നത്ര സാമ്യമുള്ളവരായിരിക്കുക (സെക്കൻഡറിയെക്കുറിച്ച് അവശ്യം അജ്ഞതയാണെങ്കിലും
ഘടന).

ഉപയോഗം --ഡെവലപ്പ് അധികമായി കാണുന്നതിന്, അല്ലാത്തപക്ഷം, അല്ലാത്തപക്ഷം, HMM നിർമ്മാണ ഓപ്ഷനുകൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു FILTER P7 എച്ച്.എം.എം കാലിബ്രേഷൻ

ഓരോ ഫിൽട്ടറും HMM നിർമ്മിച്ചതിന് ശേഷം, cmbuild ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് അനുയോജ്യമായ ഇ-മൂല്യ പാരാമീറ്ററുകൾ നിർണ്ണയിക്കുന്നു
ഫിൽട്ടറിംഗ് സമയത്ത് സെമീ സെർച്ച് ഒപ്പം cmscan ഒരു കൂട്ടം സീക്വൻസുകൾ സാമ്പിൾ ചെയ്ത് അവ തിരയുന്നതിലൂടെ
ഓരോ HMM ഫിൽട്ടർ കോൺഫിഗറേഷനും അൽഗോരിതവും ഉപയോഗിച്ച്.

--എംഎൻ ലോക്കൽ MSV ഫിൽട്ടർ HMM കാലിബ്രേഷനായി സാമ്പിൾ സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജീകരിക്കുക .
സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 200.

--EvN ലോക്കൽ വിറ്റെർബി ഫിൽട്ടർ എച്ച്എംഎം കാലിബ്രേഷനായി സാമ്പിൾ സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജീകരിക്കുക
. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 200.

--എൽഫ് എൻ ലോക്കൽ ഫോർവേഡ് ഫിൽട്ടർ HMM കാലിബ്രേഷനായി സാമ്പിൾ സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജമാക്കുക
. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 200.

--EgfN ഗ്ലോക്കൽ ഫോർവേഡ് ഫിൽട്ടർ HMM കാലിബ്രേഷനായി സാമ്പിൾ സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം സജ്ജീകരിക്കുക
ലേക്ക് . സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 200.

ഉപയോഗം --ഡെവലപ്പ് അധികമായി കാണുന്നതിന്, അല്ലാത്തപക്ഷം രേഖകളില്ലാത്ത, ഫിൽട്ടർ HMM കാലിബ്രേഷൻ ഓപ്ഷനുകൾ.

ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി പുനർ‌നിർവചിക്കുന്നു ദി ഇൻപുട്ട് അലൈൻമെന്റ്

--ശുദ്ധീകരിക്കുക
പ്രതീക്ഷ ഉപയോഗിച്ച് മുഖ്യമന്ത്രിയെ കെട്ടിപ്പടുക്കുന്നതിന് മുമ്പ് അലൈൻമെന്റ് പരിഷ്കരിക്കാനുള്ള ശ്രമം-
പരമാവധിയാക്കൽ (EM). സാധാരണ പോലെ പ്രാരംഭ വിന്യാസത്തിൽ നിന്ന് ഒരു മുഖ്യമന്ത്രി ആദ്യം നിർമ്മിക്കപ്പെടുന്നു. പിന്നെ,
വിന്യാസത്തിലെ ക്രമങ്ങൾ ഒപ്റ്റിമൽ ആയി പുനഃക്രമീകരിച്ചിരിക്കുന്നു (HMM ബാൻഡഡ് CYK ഉപയോഗിച്ച്
അൽഗോരിതം, ഒപ്റ്റിമൽ എന്നാൽ ബാൻഡുകൾ നൽകിയാൽ ഒപ്റ്റിമൽ) മുഖ്യമന്ത്രിക്ക്, ഒരു പുതിയ മുഖ്യമന്ത്രി നിർമ്മിക്കപ്പെട്ടു
തത്ഫലമായുണ്ടാകുന്ന വിന്യാസത്തിൽ നിന്ന്. സീക്വൻസുകൾ പുതിയ മുഖ്യമന്ത്രിക്ക് പുനഃക്രമീകരിക്കുകയും എ
ആ അലൈൻമെന്റിൽ നിന്നാണ് പുതിയ മുഖ്യമന്ത്രി നിർമ്മിക്കപ്പെടുന്നത്. ഇത് ഒത്തുചേരുന്നത് വരെ തുടരുന്നു,
തുടർച്ചയായി രണ്ട് ആവർത്തനങ്ങൾക്കുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ ഇല്ലാത്തപ്പോൾ പ്രത്യേകിച്ചും
കാര്യമായ വ്യത്യാസം (ഇതിലെ എല്ലാ സീക്വൻസുകളുടെയും സംഗ്രഹ ബിറ്റ് സ്കോറുകൾ
തുടർച്ചയായ രണ്ട് ആവർത്തനങ്ങൾക്കിടയിൽ 1% ൽ താഴെ വിന്യാസം മാറുന്നു). അവസാനം
വിന്യാസം (മുഖ്യമന്ത്രിയെ നിർമ്മിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന വിന്യാസം ) is
എഴുതിയത് .

-l കൂടെ --ശുദ്ധീകരിക്കുക, വിന്യാസം അനുവദിക്കുന്ന ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റ് അൽഗോരിതം ഓണാക്കുക
ആവശ്യമെങ്കിൽ രണ്ടോ അതിലധികമോ തുടർനടപടികൾ സ്പാൻ ചെയ്യുക (ഉദാ: അന്വേഷണത്തിന്റെ ഘടനയാണെങ്കിൽ
മോഡലും ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസും ഭാഗികമായി മാത്രമേ പങ്കിടൂ), ചില വലിയ അളവുകൾ അനുവദിക്കുന്നു
ഘടനയിൽ ഉൾപ്പെടുത്തലുകളും ഇല്ലാതാക്കലുകളും സാധാരണയിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായി പിഴ ചുമത്തണം
ഇൻഡലുകൾ. ക്വറി മോഡൽ ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസുകളിലേക്ക് ആഗോളതലത്തിൽ വിന്യസിക്കുക എന്നതാണ് ഡിഫോൾട്ട്.

--ഗിബ്സ്
യുടെ പെരുമാറ്റം പരിഷ്ക്കരിക്കുന്നു --ശുദ്ധീകരിക്കുക അതിനാൽ EM-ന് പകരം ഗിബ്‌സ് സാമ്പിൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു. ദി
അലൈൻമെന്റ് ഘട്ടത്തിൽ വിന്യാസം അനിവാര്യമല്ല എന്നതാണ് വ്യത്യാസം
ഒപ്റ്റിമൽ, പകരം ഓരോ സീക്വൻസുകൾക്കും ഒരു വിന്യാസം (പാർസെട്രീ) ൽ നിന്ന് സാമ്പിൾ ചെയ്യുന്നു
ഇൻസൈഡ് അൽഗോരിതം നിർണ്ണയിക്കുന്ന വിന്യാസങ്ങളുടെ പിൻഭാഗത്തെ വിതരണം. കാരണം
ഈ സാമ്പിൾ ഘട്ടം --ഗിബ്സ് നിർണ്ണായകമല്ല, അതിനാൽ തന്നെ വ്യത്യസ്തമായ റണ്ണുകൾ
വിന്യാസം വ്യത്യസ്ത ഫലങ്ങൾ നൽകിയേക്കാം. എപ്പോൾ ഇത് ശരിയല്ല --ശുദ്ധീകരിക്കുക ഉപയോഗിക്കുന്നു
ഇല്ലാതെ --ഗിബ്സ് ഓപ്ഷൻ, ഈ സാഹചര്യത്തിൽ അന്തിമ വിന്യാസവും മുഖ്യമന്ത്രിയും എപ്പോഴും ആയിരിക്കും
അതുതന്നെ. എപ്പോൾ --ഗിബ്സ് പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കി ,. --വിത്ത് വിത്ത് പാകാൻ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കാം
റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്റർ പ്രവചനാതീതമായി, ഫലങ്ങൾ പുനർനിർമ്മിക്കുന്നു. എന്ന ലക്ഷ്യം
The --ഗിബ്സ് വിദഗ്‌ദ്ധ ആർ.എൻ.എ അലൈൻമെന്റ് ക്യൂറേറ്റർമാരെ ഘടനാപരമായി പരിഷ്‌ക്കരിക്കാൻ സഹായിക്കുക എന്നതാണ് ഓപ്ഷൻ
ബദൽ ഉയർന്ന സ്‌കോറിംഗ് വിന്യാസങ്ങൾ നിരീക്ഷിക്കാൻ അവരെ അനുവദിച്ചുകൊണ്ട് വിന്യാസങ്ങൾ.

--വിത്ത്
റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്റർ ഉപയോഗിച്ച് സീഡ് ചെയ്യുക , ഒരു പൂർണ്ണസംഖ്യ >= 0. ഈ ഐച്ഛികത്തിന് മാത്രമേ കഴിയൂ
എന്നിവയുമായി സംയോജിച്ച് ഉപയോഗിക്കാം --ഗിബ്സ്. If പൂജ്യമല്ല, സ്റ്റോക്കാസ്റ്റിക് സാമ്പിൾ
വിന്യാസങ്ങൾ പുനർനിർമ്മിക്കാവുന്നതാണ്; ഒരേ കമാൻഡ് സമാന ഫലങ്ങൾ നൽകും. എങ്കിൽ
0 ആണ്, റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്റർ ഏകപക്ഷീയമായി സീഡ് ചെയ്യുന്നു, ഒപ്പം സ്ഥായിയായതുമാണ്
ഒരേ കമാൻഡിന്റെ റൺ മുതൽ റൺ വരെ സാമ്പിളുകൾ വ്യത്യാസപ്പെടാം. ഡിഫോൾട്ട് സീഡ് 0 ആണ്.

--സൈക്ക് കൂടെ --ശുദ്ധീകരിക്കുക, CYK അൽഗോരിതം ഉപയോഗിച്ച് വിന്യസിക്കുക. ഡിഫോൾട്ടായി ഒപ്റ്റിമൽ കൃത്യത
അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഇതിൽ കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ ഉണ്ട് cmalign മാനുവൽ പേജ്.

--നടക്കുന്നില്ല
കൂടെ --ശുദ്ധീകരിക്കുക, വെട്ടിച്ചുരുക്കിയ അലൈൻമെന്റ് അൽഗോരിതം ഓഫ് ചെയ്യുക. ഇനിയും ഉണ്ട്
എന്നതിലെ വിവരങ്ങൾ cmalign മാനുവൽ പേജ്.

ഉപയോഗം --ഡെവലപ്പ് കൂടുതൽ, അല്ലാത്തപക്ഷം രേഖപ്പെടുത്താത്ത, അലൈൻമെന്റ് റിഫൈൻമെന്റ് ഓപ്‌ഷനുകൾ ഇങ്ങനെ കാണുന്നതിന്
മറ്റ് ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ ഓപ്ഷനുകളും സിംഗിളിനായി ഒന്നിലധികം മോഡലുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകളും
വിന്യാസം.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനായി cmbuild ഉപയോഗിക്കുക