codonw - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

codonw - കോഡൺ ഉപയോഗത്തിന്റെ കറസ്‌പോണ്ടൻസ് വിശകലനം

വിവരണം

codonW [inputfile] [outputfile] [bulkoutfile] [ഓപ്ഷനുകൾ] പൊതുവായ ഓപ്ഷനുകളും ഡിഫോൾട്ടുകളും:

-h(എൽപി)
ഈ സഹായ സന്ദേശം

- നാമം
മെനു ഇന്റർഫേസ് പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നത് തടയുക

- ഇപ്പോൾ മുന്നറിയിപ്പ്
സീക്വൻസുകളെക്കുറിച്ചുള്ള മുന്നറിയിപ്പുകൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നത് തടയുക

- നിശബ്ദം
നിശബ്ദമായി ഫയലുകൾ തിരുത്തിയെഴുതുക

-ആകെ
ഇൻപുട്ട് ഫയലിൽ എല്ലാ ജീനുകളും സംയോജിപ്പിക്കുക

- യന്ത്രം
മെഷീൻ റീഡബിൾ ഔട്ട്പുട്ട്

- മനുഷ്യൻ മനുഷ്യർക്ക് വായിക്കാവുന്ന ഔട്ട്പുട്ട്

-കോഡ് N
മെനു 3 ഓപ്ഷൻ 5-ന് കീഴിൽ നിർവചിച്ചിരിക്കുന്ന ജനിതക കോഡ്

-f_type N
മെനു 3 ഓപ്‌ഷൻ 6 പ്രകാരം നിർവചിച്ചിരിക്കുന്ന Fop/CBI കോഡണുകൾ

-സി_തരം N
മെനു 3 ഓപ്‌ഷൻ 7 നിർവ്വചിച്ചിരിക്കുന്ന Cai ഫിറ്റ്‌നസ് മൂല്യങ്ങൾ

-t (ചർ)
ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകളിൽ ഉപയോഗിക്കേണ്ട കോളം സെപ്പറേറ്റർ (കോമ, ടാബ്, സ്പേസ്)

കോഡൺ ഉപയോഗ സൂചികകളും അമിനോ ആസിഡ് സൂചികകളും

-കായ് കോഡൺ അഡാപ്റ്റേഷൻ ഇൻഡക്സ് (സിഎഐ) കണക്കാക്കുക

-fop ഒപ്റ്റിമൽ കോഡൺ ഇൻഡക്സിന്റെ (എഫ്ഒപി) ആവൃത്തി കണക്കാക്കുക

-സിബിഐ കോഡൺ ബയസ് ഇൻഡക്സ് (CBI) കണക്കാക്കുക

-enc ഫലപ്രദമായ കോഡണുകളുടെ എണ്ണം (ENc)

-ജിസി ജീനിന്റെ G+C ഉള്ളടക്കം (എല്ലാ 3 കോഡൺ സ്ഥാനങ്ങളും)

-ജിസിഎസ്3 പര്യായമായ കോഡണുകളുടെ ജിസി മൂന്നാം സ്ഥാനങ്ങൾ

-സിൽ_ബേസ്
പര്യായമായ മൂന്നാം കോഡൺ സ്ഥാനങ്ങളിലെ അടിസ്ഥാന ഘടന

-L_sym പര്യായമായ കോഡണുകളുടെ എണ്ണം

-L_aa പര്യായവും അല്ലാത്തതുമായ കോഡണുകളുടെ ആകെ എണ്ണം

-എല്ലാ_സൂചികകളും
മുകളിലുള്ള എല്ലാ സൂചികകളും

-ആരോ പ്രോട്ടീന്റെ സുഗന്ധം കണക്കാക്കുക

-hyd പ്രോട്ടീന്റെ ഹൈഡ്രോപതിസിറ്റി കണക്കാക്കുക

-cai_file
{file} CAI മൂല്യങ്ങളുടെ ഉപയോക്തൃ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ

-cbi_file
{file} CBI മൂല്യങ്ങളുടെ ഉപയോക്തൃ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ

-fop_file
{file} ഫോപ്പ് മൂല്യങ്ങളുടെ ഉപയോക്തൃ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ

കറസ്പോണ്ടൻസ് അനാലിസിസ് (COA) ഓപ്ഷനുകൾ

-coa_cu
കോഡൺ ഉപയോഗ ആവൃത്തികളുടെ COA

-coa_rscu
റിലേറ്റീവ് സിനോണിമസ് കോഡൺ ഉപയോഗത്തിന്റെ COA

-coa_aa
അമിനോ ആസിഡ് ഉപയോഗ ആവൃത്തികളുടെ COA

-coa_വിദഗ്ദ്ധൻ
COA-യിൽ വിശദമായ (വിദഗ്ധ) സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക

-coa_axes N
രേഖപ്പെടുത്താനുള്ള അച്ചുതണ്ടിന്റെ എണ്ണം തിരഞ്ഞെടുക്കുക

-coa_num N
ഒപ്റ്റിമൽ കോഡണുകളുടെ മൂല്യങ്ങൾ മുഴുവനായും തിരിച്ചറിയാൻ ഉപയോഗിക്കേണ്ട ജീനുകളുടെ എണ്ണം തിരഞ്ഞെടുക്കുക
സംഖ്യകൾ അല്ലെങ്കിൽ ഒരു ശതമാനം (5 അല്ലെങ്കിൽ 10%)

ബൾക്ക് ഔട്ട്പുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ | ഒരു വിശകലനത്തിന് ഒരെണ്ണം മാത്രമേ തിരഞ്ഞെടുക്കാനാവൂ

-ഓ അമിനോ ആസിഡ് ഉപയോഗം (AAU)

-raau ആപേക്ഷിക അമിനോ ആസിഡ് ഉപയോഗം (RAAU)

-ക്യു കോഡൺ ഉപയോഗം (CU) (ഡിഫോൾട്ട്)

-കുട്ടബ് കോഡൺ ഉപയോഗത്തിന്റെ പട്ടിക

- കട്ടോട്ട് ഡാറ്റാസെറ്റിന്റെ കോഡൺ ഉപയോഗത്തിന്റെ ടാബുലേഷൻ

-rscu ആപേക്ഷിക സിനോണിമസ് കോഡൺ ഉപയോഗം (RSCU)

- ഫാസ്റ്റ ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റ്

-വൃത്തിയായി ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റ്

-വായനക്കാരൻ
റീഡർ ഫോർമാറ്റ് (കോഡണുകൾ സ്‌പെയ്‌സുകളാൽ വേർതിരിച്ചിരിക്കുന്നു)

-വിവർത്തനം
ഡിഎൻഎയുടെ അമിനോ ആസിഡിലേക്കുള്ള ആശയ വിവർത്തനം

-അടിസ്ഥാനം കോഡൺ G+C ഘടനയുടെ വിശദമായ റിപ്പോർട്ട്

-dinuc മൂന്ന് കോഡൺ പോസിന്റെ ഡൈന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ഉപയോഗം.

-noblk ഫയലിലേക്ക് ബൾക്ക് ഔട്ട്പുട്ടൊന്നും എഴുതേണ്ടതില്ല

ഇവിടെ {file} ഒരു ഇൻപുട്ട് ഫയൽനാമത്തെയും N ഒരു പൂർണ്ണസംഖ്യ മൂല്യത്തെയും പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു <>

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് codonw ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക