Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാവുന്ന cpgplote കമാൻഡ് ആണിത്.
പട്ടിക:
NAME
cpglot - ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസിലുള്ള CpG ദ്വീപുകൾ തിരിച്ചറിയുകയും പ്ലോട്ട് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുക
സിനോപ്സിസ്
cpgplot - ക്രമം തുടർച്ചയായി -ജാലകം പൂർണ്ണസംഖ്യ -മിൻലെൻ പൂർണ്ണസംഖ്യ -മിനോ ഫ്ലോട്ട് -minpc ഫ്ലോട്ട്
- outfile ഔട്ട്ഫിൽ -പ്ലോട്ട് ടോഗിൾ ചെയ്യുക -ഗ്രാഫ് xygraph -obsexp ബൂളിയൻ -cg ബൂളിയൻ
-പിസി ബൂളിയൻ - outfeat ഫീറ്റ്ഔട്ട്
cpgplot -ഹെൽപ്പ്
വിവരണം
cpgplot EMBOSS-ൽ നിന്നുള്ള ഒരു കമാൻഡ് ലൈൻ പ്രോഗ്രാമാണ് ("യൂറോപ്യൻ മോളിക്യുലാർ ബയോളജി ഓപ്പൺ
സോഫ്റ്റ്‌വെയർ സ്യൂട്ട്"). ഇത് "Nucleic:CpG Islands" കമാൻഡ് ഗ്രൂപ്പിന്റെ (ങ്ങളുടെ) ഭാഗമാണ്.
ഓപ്ഷനുകൾ
ഇൻപുട്ട് വിഭാഗം
- ക്രമം തുടർച്ചയായി
ആവശ്യമായ വിഭാഗം
-ജാലകം പൂർണ്ണസംഖ്യ
CG ഉള്ളടക്കത്തിന്റെ ശതമാനവും CG-യുടെ നിരീക്ഷിച്ച ആവൃത്തിയും a-യ്ക്കുള്ളിൽ കണക്കാക്കുന്നു
ഈ പരാമീറ്റർ ഉപയോഗിച്ച് സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്ന വിൻഡോ. വിൻഡോ ക്രമത്തിൽ താഴേക്ക് നീക്കി
ഈ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ വിൻഡോ നീക്കുന്ന ഓരോ സ്ഥാനത്തും കണക്കാക്കുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതി
മൂല്യം: 100
-മിൻലെൻ പൂർണ്ണസംഖ്യ
ഒരു CpG ദ്വീപ് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെടുന്നതിന് മുമ്പ് ഉണ്ടായിരിക്കേണ്ട ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം ഇത് സജ്ജീകരിക്കുന്നു.
സ്ഥിര മൂല്യം: 200
-മിനോ ഫ്ലോട്ട്
ഇത് ഒരു സെറ്റിൽ C പ്ലസ് G യും CpG യും പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന അനുപാതത്തിലേക്ക് നിരീക്ഷിച്ച ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ശരാശരിയെ സജ്ജമാക്കുന്നു
ഒരു CpG ദ്വീപ് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെടുന്നതിന് മുമ്പ് ആവശ്യമായ 10 വിൻഡോകൾ. സ്ഥിര മൂല്യം: 0.6
-minpc ഫ്ലോട്ട്
ഇത് G പ്ലസ് C യുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ശരാശരി ശതമാനം 10 വിൻഡോകളുടെ ഒരു സെറ്റ് സജ്ജമാക്കുന്നു
ഒരു CpG ദ്വീപ് റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നതിന് മുമ്പ് ആവശ്യമാണ്. സ്ഥിര മൂല്യം: 50.
ഔട്ട്പുട്ട് വിഭാഗം
- outfile ഔട്ട്ഫിൽ
ഇത് ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസ് നാമമായ CpG-യുടെ റിപ്പോർട്ട് കൈവശമുള്ള ഫയലിന്റെ പേര് സജ്ജമാക്കുന്നു
ദ്വീപ് പാരാമീറ്ററുകളും കണ്ടെത്തിയ ഏതെങ്കിലും CpG ദ്വീപുകളുടെ ഔട്ട്പുട്ട് വിശദാംശങ്ങളും.
-പ്ലോട്ട് ടോഗിൾ ചെയ്യുക
സ്ഥിര മൂല്യം: Y
-ഗ്രാഫ് xygraph
-obsexp ബൂളിയൻ
ഇത് ശരിയാണെന്ന് സജ്ജീകരിച്ചാൽ, C പ്ലസ് G യുടെ നിരീക്ഷിച്ച അനുപാതത്തിന്റെ ഗ്രാഫ്
ഒരു വിൻഡോയ്ക്കുള്ളിൽ CpG പ്രദർശിപ്പിക്കും. സ്ഥിര മൂല്യം: Y
-cg ബൂളിയൻ
ഇത് ശരിയാണെന്ന് സജ്ജീകരിച്ചാൽ, നിർണ്ണയിക്കപ്പെട്ട പ്രദേശങ്ങളുടെ ഗ്രാഫ്
CpG ദ്വീപുകൾ പ്രദർശിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു. സ്ഥിര മൂല്യം: Y
-പിസി ബൂളിയൻ
ഇത് ശരി എന്ന് സജ്ജീകരിച്ചാൽ, ഒരു വിൻഡോയ്ക്കുള്ളിലെ C പ്ലസ് G എന്ന ശതമാനത്തിന്റെ ഗ്രാഫ്
പ്രദർശിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു. സ്ഥിര മൂല്യം: Y
- outfeat ഫീറ്റ്ഔട്ട്
ഔട്ട്പുട്ട് സവിശേഷതകൾക്കുള്ള ഫയൽ
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് cpgplote ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക
