disulfinder - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ഡിസൽഫൈൻഡർ - സിസ്റ്റൈൻസ് ഡൈസൾഫൈഡ് ബോണ്ടിംഗ് അവസ്ഥയും കണക്റ്റിവിറ്റി പ്രെഡിക്ടറും

സിനോപ്സിസ്

disulfinder [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

സിസ്റ്റൈനുകളുടെയും അവയുടെ ഡൈസൾഫൈഡ് ബോണ്ടിംഗ് അവസ്ഥയും പ്രവചിക്കുന്നതിനാണ് 'ഡിസൾഫൈൻഡർ'
ഡിസൾഫൈഡ് കണക്റ്റിവിറ്റി ക്രമത്തിൽ നിന്ന് മാത്രം ആരംഭിക്കുന്നു. ഡൈസൾഫൈഡ് പാലങ്ങൾ ഒരു പ്രധാന പങ്ക് വഹിക്കുന്നു
നിരവധി പ്രോട്ടീനുകൾക്കായി മടക്കിക്കളയൽ പ്രക്രിയയുടെ സ്ഥിരതയിൽ. ഡൈസൾഫൈഡിന്റെ പ്രവചനം
അതിനാൽ ഘടനാപരവും പ്രവർത്തനപരവുമായ പഠനത്തിന് അനുക്രമത്തിൽ നിന്നുള്ള പാലങ്ങൾ മാത്രം ഉപയോഗപ്രദമാണ്
പ്രത്യേക പ്രോട്ടീനുകളുടെ സവിശേഷതകൾ. കൂടാതെ, ഡിസൾഫൈഡ് ബോണ്ടിംഗ് അവസ്ഥയെക്കുറിച്ചുള്ള അറിവ്
സിസ്റ്റൈനുകളുടെ ഘടന പരീക്ഷണാത്മക നിർണ്ണയ പ്രക്രിയയെ സഹായിക്കുകയും ഉപയോഗപ്രദമാവുകയും ചെയ്തേക്കാം
മറ്റ് ജീനോമിക് വ്യാഖ്യാന ജോലികളിൽ. 'ഡിസൾഫൈൻഡർ' ഡിസൾഫൈഡ് പാറ്റേണുകൾ രണ്ടായി പ്രവചിക്കുന്നു
കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ ഘട്ടങ്ങൾ: (1) ഓരോ സിസ്റ്റൈനിന്റെയും ഡൈസൾഫൈഡ് ബോണ്ടിംഗ് അവസ്ഥ പ്രവചിക്കുന്നത് a
BRNN-SVM ബൈനറി ക്ലാസിഫയർ; (2) രൂപീകരണത്തിൽ പങ്കെടുക്കുന്നതായി അറിയപ്പെടുന്ന സിസ്റ്റൈനുകൾ
ഒരു കണക്റ്റിവിറ്റി പാറ്റേൺ ലഭിക്കുന്നതിന് പാലങ്ങളുടെ ഒരു ആവർത്തന ന്യൂറൽ നെറ്റ്‌വർക്ക് ജോടിയാക്കുന്നു.

അവലംബം

എ. സെറോണി, എ. പാസേറിനി, എ. വൂലോ, പി. ഫ്രാസ്കോണി. ഡിസൽഫൈൻഡ്: ഒരു ഡൈസൾഫൈഡ് ബോണ്ടിംഗ് അവസ്ഥ
കൂടാതെ സിസ്റ്റൈൻ കണക്റ്റിവിറ്റി പ്രെഡിക്ഷൻ സെർവർ, ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് റിസർച്ച്, 34(വെബ് സെർവർ
പ്രശ്നം):W177-W181, 2006.

ഡിസൾഫൈഡ് കണക്റ്റിവിറ്റി പ്രെഡിക്റ്ററിനായി കാണുക:

എ.വുല്ലോയും പി.ഫ്രാസ്കോണിയും. ആവർത്തന ന്യൂറൽ ഉപയോഗിച്ച് ഡൈസൾഫൈഡ് കണക്റ്റിവിറ്റി പ്രവചനം
നെറ്റ്‌വർക്കുകളും പരിണാമ വിവരങ്ങളും, ബയോ ഇൻഫോർമാറ്റിക്‌സ്, 20, 653-659, 2004.

സിസ്റ്റൈൻ ബോണ്ടിംഗ് അവസ്ഥ പ്രവചിക്കുന്നതിനായി കാണുക:

പി.ഫ്രാസ്കോണി, എ. പാസറിനി, എ.വുല്ലോ. പ്രവചിക്കുന്നതിനുള്ള രണ്ട്-ഘട്ട SVM ആർക്കിടെക്ചർ
ഡിസൾഫൈഡ് ബോണ്ടിംഗ് സ്റ്റേറ്റ് ഓഫ് സിസ്റ്റൈൻസ്, പ്രോ. സിഗ്നലിനായി ന്യൂറൽ നെറ്റ്‌വർക്കുകളെക്കുറിച്ചുള്ള IEEE വർക്ക്‌ഷോപ്പ്
പ്രോസസ്സിംഗ്, pp.25-34, 2002.
എ.സെറോണി, പി.ഫ്രാസ്കോണി, എ.പാസെറിനി, എ.വുല്ലോ. ഡിസൾഫൈഡ് ബോണ്ടിംഗ് അവസ്ഥ പ്രവചിക്കുന്നു
കേർണൽ മെഷീനുകളുടെ സംയോജനങ്ങളുള്ള സിസ്റ്റൈനുകൾ, VLSI സിഗ്നൽ പ്രോസസ്സിംഗ് ജേണൽ, 35,
ക്സനുമ്ക്സ-ക്സനുമ്ക്സ, ക്സനുമ്ക്സ.

ഓപ്ഷനുകൾ

-a, --ബദൽ =NUMBER
ഇതര കണക്റ്റിവിറ്റി പാറ്റേണുകൾ (സ്ഥിരസ്ഥിതി=3)

-o, --output=DIR
പ്രവചനങ്ങൾ സംരക്ഷിക്കപ്പെടുന്ന ഔട്ട്പുട്ട് dir (സ്ഥിരസ്ഥിതി=$PWD)

-p, --psi2=ഫയൽ|DIR
psi2 ഫോർമാറ്റിലുള്ള ഇൻപുട്ട് (ASCII-ലെ PSI-BLAST Matrix), ഒന്നുകിൽ ഒരൊറ്റ ഫയൽ അല്ലെങ്കിൽ a
ഡയറക്ടറി(?). "blastpgp -j" ഉപയോഗിച്ച് ഇത് സൃഷ്ടിക്കുക -Q ഫയൽ" ഇവിടെ N >= 2.

-r, --rootdir=DIR
വർക്ക് ഡയറക്ടറി (ഡിഫോൾട്ട്=~/ഡിസൾഫൈൻഡർ)

-k, --pkgdatadir=DIR
മോഡലുകൾ അടങ്ങുന്ന പാക്കേജ് ഡാറ്റ ഡയറക്ടറി (default=/usr/share/disulfinder)

-F, --format={html|ascii}
ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് തരം (default=ascii)

-d --blastdb=DIR
blastpgp -d ഓപ്ഷൻ (ഡിഫോൾട്ട്=/ഡാറ്റ/sp+trembl)

-c, --cleanpred
ഇന്റർമീഡിയറ്റ് പ്രവചന ഫയലുകൾ വൃത്തിയാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി=തെറ്റ്)

-P, --usepssm
പ്രൊഫൈലുകളുടെ എണ്ണത്തിന് പകരം pssm ഉപയോഗിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി=തെറ്റായ)

-സി, --അറിയപ്പെടുന്ന ബോണ്ടിംഗ് സ്റ്റേറ്റ്
ബോണ്ടിംഗ് അവസ്ഥ അറിയാമെന്ന് കരുതുക (ഡയറക്‌ടറിയിലെ ഓരോ ചെയിനിനും ഒരു ഫയൽ
/പ്രവചനങ്ങൾ/ബോണ്ട്‌സ്‌റ്റേറ്റ്/വിറ്റെർബി) (ഡിഫോൾട്ട്=തെറ്റ്)

-v, --പതിപ്പ്
disulfinder പതിപ്പ്

-?, --സഹായം
സഹായ സ്ക്രീൻ

ഉദാഹരണങ്ങൾ

"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഡിസൽഫൈൻഡർ ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക