dwgsim - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

dwgsim: - ഒരു ചെറിയ വായന സിമുലേറ്റർ

സിനോപ്സിസ്

dwgsim [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

ആധുനിക സീക്വൻസിംഗ് പ്ലാറ്റ്‌ഫോമുകളിൽ നിന്നുള്ള വായനകളെ അനുകരിക്കുന്ന ഒരു ചെറിയ റീഡ് സിമുലേറ്ററാണ് DWGSIM.

ഓപ്ഷനുകൾ

-e ഫ്ലോട്ട്
ആദ്യ വായനയുടെ അടിസ്ഥാന/നിറം/ഫ്ലോ പിശക് നിരക്ക് [0.020 മുതൽ 0.020 വരെ 0.000]

-E ഫ്ലോട്ട്
രണ്ടാമത്തെ വായനയുടെ അടിസ്ഥാന/നിറം/ഫ്ലോ പിശക് നിരക്ക് [0.020 മുതൽ 0.020 വരെ 0.000]

-i ജോഡികൾക്കായി പുറത്തുള്ള ദൂരത്തിന് പകരം അകത്തെ ദൂരം ഉപയോഗിക്കുക [തെറ്റ്]

-d ജോഡികൾക്കായി രണ്ട് അറ്റങ്ങൾക്കിടയിലുള്ള INT ബാഹ്യ ദൂരം [500]

-s ജോഡികൾക്കുള്ള ദൂരത്തിന്റെ INT സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡീവിയേഷൻ [50.000]

-N INT റീഡ് ജോഡികളുടെ എണ്ണം (-1 പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കാൻ) [-1]

-C ഫ്ലോട്ട്
ലഭ്യമായ സ്ഥാനങ്ങളിലുടനീളം ശരാശരി കവറേജ് (-1 പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കാൻ) [100.00]

-1 ആദ്യം വായിച്ചതിന്റെ INT ദൈർഘ്യം [70]

-2 രണ്ടാമത്തെ വായനയുടെ INT ദൈർഘ്യം [70]

-r ഫ്ലോട്ട്
മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ നിരക്ക് [0.0010]

-F ഫ്ലോട്ട്
കുറഞ്ഞ അളവിലുള്ള സോമാറ്റിക് മ്യൂട്ടേഷനുകൾ അനുകരിക്കാൻ നൽകിയിരിക്കുന്ന മ്യൂട്ടേഷന്റെ ആവൃത്തി [0.5000] NB:
ഫ്രീക്വൻസി എഫ് എന്നത് മ്യൂട്ടേഷന്റെ ആദ്യ ധാരയെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു, അതിനാൽ മ്യൂട്ടേഷനിലെ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ
രണ്ടാമത്തെ സ്ട്രാൻഡ് 1-F ആവൃത്തിയിൽ സംഭവിക്കുന്നു

-R ഫ്ലോട്ട്
ഇൻഡലുകളുടെ മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ അംശം [0.10]

-X ഫ്ലോട്ട്
ഒരു ഇൻഡൽ വിപുലീകരിക്കാനുള്ള സാധ്യത [0.30]

-I INT ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ നീളം ഇൻഡൽ [1]

-y ഫ്ലോട്ട്
ക്രമരഹിതമായ ഡിഎൻഎ വായിക്കാനുള്ള സാധ്യത [0.05]

-n തന്നിരിക്കുന്ന റീഡിൽ അനുവദനീയമായ പരമാവധി എണ്ണം Ns INT [0]

-c [0]: 0: Illumina 1: SOLiD 2: Ion Torrent എന്നതിനായുള്ള വായനകൾ INT ജനറേറ്റ് ചെയ്യുന്നു

-S INT ജനറേറ്റ് റീഡുകൾ [0]: 0: ഡിഫോൾട്ട് (ഇല്ലുമിനയ്‌ക്ക് എതിർ സ്‌ട്രാൻഡ്, അതേ സ്‌ട്രാൻഡ്
SOLiD/Ion Torrent) 1: ഒരേ സ്‌ട്രാൻഡ് (മേറ്റ് ജോഡി) 2: എതിർ സ്‌ട്രാൻഡ് (ജോടിയാക്കിയ അവസാനം)

-f സ്ട്രിംഗ്
അയോൺ ടോറന്റ് ഡാറ്റയ്ക്കുള്ള ഫ്ലോ ഓർഡർ [(ശൂന്യം)]

-B അയോൺ ടോറന്റ് ഡാറ്റയ്ക്കായി ഓരോ അടിസ്ഥാന പിശക് നിരക്ക് ഉപയോഗിക്കുക [തെറ്റായ]

-H ഹാപ്ലോയിഡ് മോഡ് [തെറ്റായ]

-z INT ക്രമരഹിത വിത്ത് (-1 നിലവിലെ സമയം ഉപയോഗിക്കുന്നു) [-1]

-M ഒരു മ്യൂട്ടേഷൻ ഫയൽ മാത്രം സൃഷ്ടിക്കുക [തെറ്റ്]

-m FILE
പുനഃസൃഷ്ടിക്കാനുള്ള മ്യൂട്ടേഷനുകൾ txt ഫയൽ [ഉപയോഗിക്കുന്നില്ല]

-b FILE
കാൻഡിഡേറ്റ് മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ കിടക്ക പോലെയുള്ള ഫയൽ സെറ്റ് [(ശൂന്യം)]

-v FILE
കാൻഡിഡേറ്റ് മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ vcf ഫയൽ സെറ്റ് (സ്‌ട്രാൻഡിനായി pl ടാഗ് ഉപയോഗിക്കുക) [(ശൂന്യം)]

-x FILE
മൂടാനുള്ള പ്രദേശങ്ങളുടെ കിടക്ക [ഉപയോഗിക്കുന്നില്ല]

-P സ്ട്രിംഗ്
വായിക്കുന്ന ഓരോ പേരിനും മുമ്പായി ഒരു റീഡ് പ്രിഫിക്സ് [ഉപയോഗിക്കുന്നില്ല]

-q സ്ട്രിംഗ്
പ്രയോഗിക്കാനുള്ള ഒരു നിശ്ചിത അടിസ്ഥാന നിലവാരം (ഒറ്റ പ്രതീകം) [ഉപയോഗിക്കുന്നില്ല]

-Q ഫ്ലോട്ട്
അടിസ്ഥാന നിലവാര സ്കോറുകളുടെ സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡീവിയേഷൻ [2.00]

-s ജോഡികൾക്കുള്ള ദൂരത്തിന്റെ INT സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡീവിയേഷൻ [50.000]

-h ഈ സന്ദേശം പ്രിന്റ് ചെയ്യുക

ശ്രദ്ധിക്കുക: SOLiD മേറ്റ് ജോഡി റീഡുകൾക്കും BFAST-നും, ആദ്യ വായന F3 ഉം രണ്ടാമത്തേത് R3 ഉം ആണ്. വേണ്ടി
SOLiD മേറ്റ് ജോഡി റീഡുകളും BWA, ആദ്യ ഫയലിലെ റീഡുകൾ R3 ആണ്, അവ വ്യാഖ്യാനിച്ചിരിക്കുന്നു
ആദ്യ വായന മുതലായവ.

ശ്രദ്ധിക്കുക: ഏറ്റവും ദൈർഘ്യമേറിയ പിന്തുണയുള്ള ഉൾപ്പെടുത്തൽ 4294967295 ആണ്.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനായി dwgsim ഉപയോഗിക്കുക