കുറ്റവിമുക്തരാക്കുക - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനായി

പട്ടിക:

NAME

എക്സോണറേറ്റ് - സീക്വൻസ് താരതമ്യത്തിനുള്ള ഒരു പൊതു ഉപകരണം

സിനോപ്സിസ്

മോചിപ്പിക്കുക [ ഓപ്ഷനുകൾ ] <ചോദ്യം പാത> <ലക്ഷ്യം പാത>

വിവരണം

മോചിപ്പിക്കുക സീക്വൻസ് താരതമ്യത്തിനുള്ള ഒരു പൊതു ഉപകരണമാണ്.

ഇത് ഉപയോഗിക്കുന്നു C4 ഡൈനാമിക് പ്രോഗ്രാമിംഗ് ലൈബ്രറി. ഇത് പൊതുവായതും വേഗതയേറിയതുമായി രൂപകൽപ്പന ചെയ്തിരിക്കുന്നു.
വ്യത്യസ്‌തമായ വ്യത്യാസങ്ങൾക്കനുസരിച്ച് ഇതിന് വിടവുകളുള്ളതോ അൺഗപ്പ് ചെയ്‌തതോ ആയ വിന്യാസങ്ങൾ നിർമ്മിക്കാൻ കഴിയും
വിന്യാസ മോഡലുകൾ. C4 ലൈബ്രറി, കുറച്ച് സ്ഥലം ഫുൾ ഉപയോഗിച്ച് സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ് അനുവദിക്കുന്നു
ഡൈനാമിക് പ്രോഗ്രാമിംഗ് നടപ്പിലാക്കൽ, മാത്രമല്ല ഹ്യൂറിസ്റ്റിക്സിന്റെ ഓട്ടോമേറ്റഡ് ജനറേഷൻ അനുവദിക്കുന്നു
അലൈൻമെന്റ് മോഡലുകളിൽ നിന്ന്, ബൗണ്ടഡ് സ്പേസ് ഡൈനാമിക് പ്രോഗ്രാമിംഗ് ഉപയോഗിക്കുന്നു, അങ്ങനെ ഇവ
വിന്യാസങ്ങളും അതിവേഗം സൃഷ്ടിക്കപ്പെട്ടേക്കാം. ഈ ഹ്യൂറിസ്റ്റിക്സ് ഉപയോഗിച്ച് സൃഷ്ടിച്ച വിന്യാസങ്ങൾ
വിന്യാസ മാതൃകയിലൂടെ സാധുവായ ഒരു പാതയെ പ്രതിനിധീകരിക്കും, എന്നിരുന്നാലും (സമഗ്രമായതിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായി
വിന്യാസങ്ങൾ), ഫലങ്ങൾ ഒപ്റ്റിമൽ ആയിരിക്കുമെന്ന് ഉറപ്പില്ല.

കൺവെൻഷനുകൾ

അനേകം കൺവെൻഷനുകൾ (ഒപ്പം വ്യതിരിക്തതകളും) എക്സോണറേറ്റിനുള്ളിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഒരു ധാരണ
അവ ഔട്ട്പുട്ടിന്റെ വ്യാഖ്യാനം സുഗമമാക്കുന്നു.

നിർദ്ദേശാങ്കങ്ങൾ
ഒരു ഇൻ-ബിറ്റ്വീൻ കോർഡിനേറ്റ് സിസ്റ്റം ഉപയോഗിക്കുന്നു, അവിടെ സ്ഥാനങ്ങൾ തമ്മിൽ കണക്കാക്കുന്നു
ചിഹ്നങ്ങളേക്കാൾ, ചിഹ്നങ്ങൾ. ഈ നമ്പറിംഗ് സ്കീം പൂജ്യത്തിൽ നിന്നാണ് ആരംഭിക്കുന്നത്.
"ACGT" എന്ന ക്രമത്തിനായി ഈ നമ്പറിംഗ് താഴെ കാണിച്ചിരിക്കുന്നു:

എ.സി.ജി.ടി
0 1 2 3 4

അതിനാൽ "CG" എന്നതിന് തുടക്കം=1, അവസാനം=3, ദൈർഘ്യം=2 എന്നിവ ഉണ്ടായിരിക്കും. ഈ
എക്സോണറേറ്റിലും എല്ലാ ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റുകളിലും കോർഡിനേറ്റ് സിസ്റ്റം ആന്തരികമായി ഉപയോഗിക്കുന്നു
"ഹ്യൂമൻ റീഡബിൾ" അലൈൻമെന്റ് ഡിസ്പ്ലേയും GFF ഉം ഒഴികെയുള്ളതാണ് നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നത്
കൺവെൻഷനും മാനദണ്ഡങ്ങളും മറ്റുവിധത്തിൽ നിർദ്ദേശിക്കുന്ന ഔട്ട്പുട്ട്.

പിന്നോട്ട് പോകുക പൂർത്തീകരിക്കുന്നു
ഒരു ശ്രേണിയുടെ വിപരീത പൂരകത്തിൽ ഒരു വിന്യാസം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുമ്പോൾ, the
ക്രമത്തിന്റെ റിവേഴ്സ് കോംപ്ലിമെന്റ് കോപ്പിയിൽ കോർഡിനേറ്റുകൾ നൽകിയിരിക്കുന്നു. അതുകൊണ്ട്
സീക്വൻസുകളിലെ സ്ഥാനങ്ങൾ ഒരിക്കലും നെഗറ്റീവ് അല്ല. പൊതുവേ, ഫോർവേഡ് സ്ട്രാൻഡ് ആണ്
സൂചിപ്പിക്കുന്നത് '+', റിവേഴ്‌സ് സ്‌ട്രാൻഡ് '-', കൂടാതെ അജ്ഞാതമോ ബാധകമല്ലാത്തതോ
strand (ഒരു പ്രോട്ടീൻ ശ്രേണിയുടെ കാര്യത്തിലെന്നപോലെ) സൂചിപ്പിക്കുന്നത് '.'

വിന്യാസം സ്കോറുകൾ
നിലവിൽ, റോ അലൈൻമെന്റ് സ്‌കോറുകൾ മാത്രമാണ് പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നത്. ഈ സ്കോർ തുക മാത്രമാണ്
ഡൈനാമിക് പ്രോഗ്രാമിംഗിൽ ഉപയോഗിക്കുന്ന ട്രാൻസിഷൻ സ്കോറുകൾ. ഉദാഹരണത്തിന്, കാര്യത്തിൽ
ഒരു സ്മിത്ത്-വാട്ടർമാൻ അലൈൻമെന്റ്, ഇത് സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ മാട്രിക്സ് സ്കോറുകളുടെ ആകെത്തുക ആയിരിക്കും
ഒപ്പം വിടവ് പെനാൽറ്റികളും.

പൊതുവായ ഓപ്ഷനുകൾ

മിക്ക വാദങ്ങൾക്കും ഹ്രസ്വവും ദീർഘവുമായ രൂപങ്ങളുണ്ട്. നീണ്ട രൂപങ്ങൾ
കാലക്രമേണ സുസ്ഥിരമാകാനുള്ള സാധ്യത കൂടുതലാണ്, അതിനാൽ സ്ക്രിപ്റ്റുകളിൽ ഉപയോഗിക്കേണ്ടതാണ്
കുറ്റവിമുക്തരാക്കുക.

-h | --ഹ്രസ്വ സഹായം
സഹായം കാണിക്കുക. ഇത് ലഭ്യമായ ഓപ്ഷനുകളുടെയും ഡിഫോൾട്ടുകളുടെയും സംക്ഷിപ്ത സംഗ്രഹം പ്രദർശിപ്പിക്കും
നിലവിൽ സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്ന മൂല്യങ്ങളും.

--സഹായിക്കൂ
ഡിഫോൾട്ടുകൾ ഉൾപ്പെടെയുള്ള എല്ലാ സഹായ ഓപ്ഷനുകളും ഇത് കാണിക്കുന്നു, നിലവിൽ സജ്ജീകരിച്ച മൂല്യം,
ഓരോ പാരാമീറ്ററും സജ്ജമാക്കാൻ ഉപയോഗിക്കാവുന്ന പരിസ്ഥിതി വേരിയബിളും. ഉണ്ടാകും
ഏതൊക്കെ ഓപ്ഷനുകൾ നിർബന്ധമാണെന്നതിന്റെ സൂചനയായിരിക്കും. നിർബന്ധിത ഓപ്ഷനുകൾ ഇല്ല
സ്ഥിരസ്ഥിതി, കൂടാതെ എക്സോണറേറ്റ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ഒരു മൂല്യം നൽകിയിരിക്കണം. നിർബന്ധിത ഓപ്ഷനുകൾ ആണെങ്കിൽ
ക്രമത്തിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു, അവയുടെ പതാകകൾ കമാൻഡ് ലൈനിൽ നിന്ന് ഒഴിവാക്കിയേക്കാം (ഉദാഹരണങ്ങൾ കാണുക
താഴെ). ഈ മാൻ പേജിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായി, ഈ ഓപ്ഷനിൽ നിന്നുള്ള വിവരങ്ങൾ എല്ലായ്പ്പോഴും ഉയർന്നതായിരിക്കും
പ്രോഗ്രാമിന്റെ ഏറ്റവും പുതിയ പതിപ്പിനൊപ്പം ഇന്നുവരെ.

-v | --പതിപ്പ്
പതിപ്പ് നമ്പർ പ്രദർശിപ്പിക്കുക. നിർമ്മാണ തീയതി പോലുള്ള മറ്റ് വിവരങ്ങളും പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു
ഗ്ലിബ് പതിപ്പും ഉപയോഗിച്ചു.

അനുക്രമം ഇൻപുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ

എല്ലാ ക്വറി സീക്വൻസുകളും എല്ലാ ടാർഗെറ്റുകളും തമ്മിൽ ജോടിയായി താരതമ്യം ചെയ്യപ്പെടും
ക്രമങ്ങൾ. സാധാരണയായി, മികച്ച പ്രകടനത്തിന്, ചെറിയ സീക്വൻസുകൾ (ഉദാ. EST-കൾ, ഷോട്ട്ഗൺ
റീഡുകൾ, പ്രോട്ടീനുകൾ) ക്വറി സീക്വൻസുകളായി ഉപയോഗിക്കണം, ദൈർഘ്യമേറിയ ശ്രേണികൾ (ഉദാ. ജീനോമിക്
സീക്വൻസുകൾ) ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസുകളായി ഉപയോഗിക്കണം.

-q | --ചോദ്യം
ആവശ്യമായ അന്വേഷണ ക്രമങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കുക. ഇവ ഒരു ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റ് ഫയലിലായിരിക്കണം.
ഒറ്റ അല്ലെങ്കിൽ ഒന്നിലധികം അന്വേഷണ ക്രമങ്ങൾ നൽകാം. കൂടാതെ ഒന്നിലധികം പകർപ്പുകൾ
ഫാസ്റ്റ ഫയലിന്റെ --ക്വറി ഫ്ലാഗ് പിന്തുടർന്ന് അല്ലെങ്കിൽ ഉപയോഗിച്ച് നൽകാം
ഒന്നിലധികം --ക്വറി ഫ്ലാഗുകൾ.

-t | --ലക്ഷ്യം
ആവശ്യമായ ലക്ഷ്യ ക്രമങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കുക. കൂടാതെ, ഒരു ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റ് ഫയലിലായിരിക്കണം. പോലെ
ക്വറി സീക്വൻസുകൾക്കൊപ്പം, ഒറ്റ അല്ലെങ്കിൽ ഒന്നിലധികം ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസുകളും ഫയലുകളും ആകാം
വിതരണം ചെയ്തു. പുതിയത്: ടാർഗെറ്റ് ഫയലിന്റെ പേര് ഒരു സെർവർ നാമവും പോർട്ട് നമ്പറും ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റിസ്ഥാപിക്കാം
രൂപത്തിൽ ഹോസ്റ്റ്നാമം:പോർട്ട് ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ എക്സോണറേറ്റ്-സെർവർ. എന്നതിനുള്ള മാൻ പേജ് കാണുക
എക്സോണറേറ്റ്-സെർവർ ക്ലയന്റ്:സെർവർ മോഡിൽ എക്സോണറേറ്റ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനെക്കുറിച്ചുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്.

-Q | --ക്വറി ടൈപ്പ് <dna | പ്രോട്ടീൻ>
ഉപയോഗിക്കേണ്ട ചോദ്യ തരം വ്യക്തമാക്കുക. ഇത് നൽകിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, അന്വേഷണ തരം അനുമാനിക്കപ്പെടുന്നു
ഫയലിലെ ആദ്യ ശ്രേണിയിൽ 85% [ACGTN] ബേസുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുമ്പോൾ DNA ആകുക.
അല്ലെങ്കിൽ, ഇത് പെപ്റ്റൈഡ് ആണെന്ന് അനുമാനിക്കാം. ഈ ഓപ്‌ഷൻ ചിലത് ചോദ്യ തരത്തെ നിർബന്ധിക്കുന്നു
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ്, പെപ്റ്റൈഡ് സീക്വൻസുകൾ ഈ പരിധിയുടെ ഇരുവശത്തും വീഴാം.

-T | --ലക്ഷ്യ തരം <dna | പ്രോട്ടീൻ>
ഉപയോഗിക്കേണ്ട ടാർഗെറ്റ് തരം വ്യക്തമാക്കുക. അത് പോലെ തന്നെ --ക്വറി ടൈപ്പ് (മുകളിൽ), അത് ഒഴികെ
ലക്ഷ്യത്തിന് ബാധകമാണ്. സീക്വൻസ് തരം വ്യക്തമാക്കുന്നത് ഓവർഹെഡ് ഒഴിവാക്കും
ഡാറ്റാബേസിലെ ആദ്യ ശ്രേണി രണ്ടുതവണ വായിക്കേണ്ടിവരുന്നു (ഇത് പ്രാധാന്യമുള്ളതാകാം
ക്രോമസോം വലിപ്പത്തിലുള്ള സീക്വൻസുകളോടെ)

--querychunkid

--querychunktotal

--targetchunkid

--targetchunktotal
ഈ ഓപ്‌ഷനുകൾ കമ്പ്യൂട്ട് ഫാമുകളിൽ എക്സോണറേറ്റ് ചെയ്യുന്നത് സുഗമമാക്കുന്നതിനും ഒഴിവാക്കുന്നതിനും
വ്യത്യസ്ത നോഡുകളിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്നതിന് സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസുകളെ ചെറിയ ഭാഗങ്ങളായി വിഭജിക്കുക. എങ്കിൽ, വേണ്ടി
ഉദാഹരണത്തിന്, ടാർഗെറ്റ് ഡാറ്റാബേസ് മൂന്ന് ഭാഗങ്ങളായി വിഭജിക്കാൻ നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിക്കുന്നു, നിങ്ങൾ പ്രവർത്തിപ്പിക്കും
ഓപ്ഷനുകൾ ഉൾപ്പെടെ വ്യത്യസ്‌ത നോഡുകളിലെ മൂന്ന് ജോലികൾ ഒഴിവാക്കുക:

--targetchunkid 1 --targetchunktotal 3
--targetchunkid 2 --targetchunktotal 3
--targetchunkid 3 --targetchunktotal 3
എൻ.ബി. ഈ ഓപ്‌ഷൻ വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്ന ഗ്രാനുലാരിറ്റി ഒരൊറ്റ ശ്രേണിയിലേക്ക് മാത്രമേ പോകൂ, അതിനാൽ
ഡാറ്റാബേസിൽ സീക്വൻസുകളേക്കാൾ കൂടുതൽ ചങ്കുകൾ ഉള്ളപ്പോൾ, ചില പ്രക്രിയകൾ ചെയ്യും
ഒന്നുമില്ല.

-V | --വാക്കുകൾ
വാചാലരായിരിക്കുക - വിശകലന സമയത്ത് എന്താണ് സംഭവിക്കുന്നത് എന്നതിനെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ കാണിക്കുക. ദി
ഡിഫോൾട്ട് 1 ആണ് (ചെറിയ വിവരങ്ങൾ), നൽകിയിരിക്കുന്ന സംഖ്യ കൂടുതൽ, കൂടുതൽ
വിവരങ്ങൾ അച്ചടിച്ചിരിക്കുന്നു. എക്സോണറേറ്റിൽ നിന്ന് എല്ലാ ഡിഫോൾട്ട് ഔട്ട്പുട്ടും നിശബ്ദമാക്കാൻ, ഉപയോഗിക്കുക
--verbose 0 --showalignment no --showvulgar no

വിശകലനം ഓപ്ഷനുകൾ

-E | --സമ്പൂർണ
സമഗ്രമായ വിന്യാസം ഉപയോഗിക്കണമോ വേണ്ടയോ എന്ന് വ്യക്തമാക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, ഇതാണ്
FALSE, അലൈൻമെന്റ് ഹ്യൂറിസ്റ്റിക്സ് ഉപയോഗിക്കും. ഇത് TRUE എന്ന് സജ്ജീകരിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, ഒരു സമഗ്രമായത്
വിന്യാസം കണക്കാക്കും. ഇതിന് ക്വാഡ്രാറ്റിക് സമയം ആവശ്യമാണ്, അത് വളരെയധികം ആയിരിക്കും
വേഗത കുറവാണ്, എന്നാൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന മോഡലിന് ഒപ്റ്റിമൽ ഫലം നൽകും.
-B | --ബിഗ്സെക്
വലിയ (മൾട്ടി-മെഗാബേസ്) സീക്വൻസുകളുടെ വിന്യാസം നടത്തുക. ഇത് വളരെ ഓർമ്മയാണ്
രണ്ട് സീക്വൻസുകളും ക്രോമസോം വലുപ്പമുള്ളതായിരിക്കുമ്പോൾ കാര്യക്ഷമവും വേഗമേറിയതുമാണ്, എന്നാൽ നിലവിൽ ഇല്ല
നിലവിൽ അയൽപക്കം എന്ന പദത്തിന്റെ ഉപയോഗം അനുവദിക്കുക (അതായത്. കൃത്യമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന വിത്തുകൾ മാത്രം).
--ഫോഴ്‌സ്‌കാൻ <ഒന്നുമില്ല | അന്വേഷണം | ലക്ഷ്യം>
ടാർഗെറ്റിന് പകരം അന്വേഷണ ക്രമം സ്കാൻ ചെയ്യാൻ FSM-നെ നിർബന്ധിക്കുക. ഈ ഓപ്ഷൻ ആണ്
ഉപയോഗപ്രദമാണ്, ഉദാഹരണത്തിന്, നിങ്ങൾക്ക് ഒരു ജനിതക ശ്രേണിയും അതിനോടൊപ്പം ഉണ്ടെങ്കിൽ
ഇത് മുഴുവൻ dbEST യുമായി താരതമ്യം ചെയ്യുക. ചോദ്യത്തിന് പകരം ഡാറ്റാബേസ് സ്കാൻ ചെയ്യുന്നതിലൂടെ,
ഒന്നിലധികം ഓവർഹെഡുകൾ പോലെ, വിശകലനം വളരെ വേഗത്തിൽ പൂർത്തിയാകും
FSM നിർമ്മാണം, ഒന്നിലധികം ടാർഗെറ്റ് റീഡിംഗ്, സ്‌പ്ലൈസ് സൈറ്റ് പ്രവചനങ്ങൾ എന്നിവ അന്വേഷിക്കും
നീക്കം ചെയ്തു. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, ഡാറ്റാബേസിനെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ഒപ്റ്റിമൽ തന്ത്രം എക്സോണറേറ്റ് ഊഹിക്കും
സീക്വൻസ് വലുപ്പങ്ങൾ.
--പൂരിത പരിധി
പൂജ്യമായി സജ്ജീകരിക്കുമ്പോൾ, ഈ ഓപ്ഷൻ ഒന്നും ചെയ്യുന്നില്ല. അല്ലെങ്കിൽ, ഈ സംഖ്യയേക്കാൾ ഒരിക്കൽ കൂടി
വാക്കുകൾ (ആകസ്മികമായി പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന വാക്കുകളുടെ എണ്ണം കൂടാതെ) പൊരുത്തപ്പെട്ടു a
ചോദ്യത്തിലെ സ്ഥാനം, ചോദ്യത്തിലെ സ്ഥാനം 'നിർവീര്യമാക്കപ്പെടും' (കൂടുതൽ അവഗണിക്കുക
പൊരുത്തം) നിലവിലെ ജോഡിവൈസ് താരതമ്യത്തിനായി.
--കസ്റ്റംസെർവർ
പുതിയത്: ഒരു നോൺ-സ്റ്റാൻഡേർഡ് സെർവറിനൊപ്പം ക്ലയന്റ്:സെർവർ മോഡിൽ എക്സോണറേറ്റ് ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ, ഇത്
സെർവറിലേക്ക് ഒരു ഇഷ്‌ടാനുസൃത കമാൻഡ് അയയ്‌ക്കാൻ കമാൻഡ് നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു. ഈ കമാൻഡ് അയച്ചത്
മറ്റേതെങ്കിലും കമാൻഡുകൾക്ക് മുമ്പായി ക്ലയന്റ് (ഒഴിവാക്കുക), ഒരു മാർഗമായി നൽകിയിരിക്കുന്നു
ഇഷ്‌ടാനുസൃത സെർവറിനുള്ള പ്രത്യേക പാരാമീറ്ററുകൾ അല്ലെങ്കിൽ മറ്റ് കമാൻഡുകൾ കൈമാറുന്നു. കാണുക
എക്സോണറേറ്റ്-സെർവർ കുറ്റവിമുക്തരാക്കുന്നതിനുള്ള കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക് മാൻ പേജ്
ക്ലയന്റ്:സെർവർ മോഡ്.

ഫാസ്റ്റ ഡാറ്റബേസ് ഓപ്ഷനുകൾ

--ഫാസ്റ്റഫിക്സ്
എന്തെങ്കിലും ഇൻപുട്ടുകൾ നൽകിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ --ചോദ്യം or --ലക്ഷ്യം ഡയറക്‌ടറികളാണ്, പിന്നീട് കുറ്റവിമുക്തരാക്കുക
ഈ ഡയറക്‌ടറികൾ ആവർത്തിച്ച് ഇറങ്ങും, ഇതിൽ അവസാനിക്കുന്ന എല്ലാ ഫയലുകളും വായിക്കും
ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റ് ഇൻപുട്ടായി സഫിക്സ്.

GAPPED അലൈൻമെന്റ് ഓപ്ഷനുകൾ

-m | --മാതൃക <വിന്യാസം മോഡൽ>
ഉപയോഗിക്കേണ്ട അലൈൻമെന്റ് മോഡൽ വ്യക്തമാക്കുക. നിലവിൽ പിന്തുണയ്ക്കുന്ന മോഡലുകൾ ഇവയാണ്:
അഴിക്കാത്ത
ഡിഫോൾട്ടായി ഉപയോഗിക്കുന്ന ഏറ്റവും ലളിതമായ മോഡൽ. ആകാൻ അനുയോജ്യമായ ഒരു മാതൃക
നൽകിയിരിക്കുന്ന ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസുകളുടെ തരത്തിനായി സ്വയമേവ തിരഞ്ഞെടുത്തു.
ungpped:trans
ഈ അൺഗപ്പ്ഡ് മോഡലിൽ അന്വേഷണത്തിന്റെയും രണ്ട് ഫ്രെയിമുകളുടെയും വിവർത്തനം ഉൾപ്പെടുന്നു
ലക്ഷ്യ ക്രമങ്ങൾ. ഇത് ungpped tblastx തരം തിരയലിന് സമാനമാണ്.
affine:global
ഇത് Needleman-Wunsch-ന് സമാനമായ വിടവുള്ള ആഗോള വിന്യാസം നടത്തുന്നു
അൽഗോരിതം, അഫൈൻ വിടവുകൾ ഒഴികെ. ആഗോള വിന്യാസത്തിന് രണ്ടും ആവശ്യമാണ്
അവയുടെ പൂർണ്ണമായ ക്രമങ്ങൾ വിന്യാസത്തിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്.
affine:bestfit
എന്നതിലേക്കുള്ള അന്വേഷണത്തിന്റെ മികച്ച ഫിറ്റ് അല്ലെങ്കിൽ മികച്ച ലൊക്കേഷൻ വിന്യാസം ഇത് നിർവഹിക്കുന്നു
ലക്ഷ്യ ക്രമം. മുഴുവൻ അന്വേഷണ ക്രമവും ഇതിൽ ഉൾപ്പെടുത്തും
വിന്യാസം, എന്നാൽ ലക്ഷ്യത്തിലെ അതിന്റെ വിന്യാസത്തിനുള്ള ഏറ്റവും മികച്ച സ്ഥാനം മാത്രം
ക്രമം.
affine:ലോക്കൽ
സ്മിത്ത്-വാട്ടർമാൻ-ന് സമാനമായ അഫൈൻ വിടവുകളുള്ള പ്രാദേശിക വിന്യാസമാണിത്.
ഗോട്ടോ അൽഗോരിതം. ഒരു പൊതു-ഉദ്ദേശ്യ വിന്യാസ അൽഗോരിതം. ഇത് പ്രാദേശികമായതിനാൽ
വിന്യാസം, അന്വേഷണത്തിന്റെ ഏതെങ്കിലും തുടർച്ചയും ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസും ദൃശ്യമാകാം
വിന്യാസം.
affine:Overlap
അന്വേഷണവും ലക്ഷ്യവും തമ്മിലുള്ള മികച്ച ഓവർലാപ്പ് ഇത്തരത്തിലുള്ള വിന്യാസം കണ്ടെത്തുന്നു.
ഓവർലാപ്പ് അലൈൻമെന്റിൽ അന്വേഷണത്തിന്റെ ആരംഭം അല്ലെങ്കിൽ ടാർഗെറ്റ് എന്നിവ ഉൾപ്പെടുത്തണം
ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യുന്ന സീക്വൻസുകളെ വിന്യസിക്കാൻ, അന്വേഷണത്തിന്റെ അവസാനം അല്ലെങ്കിൽ ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസ്
അറ്റങ്ങൾ, അല്ലെങ്കിൽ ദൈർഘ്യമേറിയ ശ്രേണിയുടെ മധ്യഭാഗത്ത്.. ഇതാണ് തരം
അസംബ്ലി അൽഗോരിതങ്ങളിൽ പതിവായി ഉപയോഗിക്കുന്ന വിന്യാസം.
est2genome
ഈ മോഡൽ അഫൈൻ:ലോക്കൽ മോഡലിന് സമാനമാണ്, എന്നാൽ ഇതിൽ ഇൻട്രോണും ഉൾപ്പെടുന്നു
സ്‌പ്ലൈസ്‌ഡ് മുതൽ അൺസ്‌പ്ലൈസ്ഡ് വരെയുള്ള വിന്യാസം അനുവദിക്കുന്നതിന് ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസിൽ മോഡലിംഗ്
ഫോർവേഡ്, റിവേഴ്സ്ഡ് ജീനുകൾക്കുള്ള കോഡിംഗ് സീക്വൻസുകൾ. ഇത് സമാനമാണ്
EST_GENOME, sim4 എന്നിവ പോലുള്ള പ്രോഗ്രാമുകളിൽ ഉപയോഗിക്കുന്ന വിന്യാസ മോഡലുകൾ.
ner NER-കൾ തുല്യതയില്ലാത്ത പ്രദേശങ്ങളാണ് - അന്വേഷണത്തിലും വലിയ പ്രദേശങ്ങളിലും
വിന്യസിക്കാത്ത ലക്ഷ്യം. പ്രോട്ടീൻ വിന്യാസത്തിന് ഈ മാതൃക ഉപയോഗിക്കാം
ശക്തമായി സംരക്ഷിത ഹെലിക്‌സ് പ്രദേശങ്ങൾ വിന്യസിക്കപ്പെടും, പക്ഷേ ദുർബലമായി സംരക്ഷിക്കപ്പെടും
ലൂപ്പ് മേഖലകൾ അല്ല. അതുപോലെ, ഈ മോഡൽ കോ-യെ തിരയാൻ ഉപയോഗിക്കാം.
ജീനോമിക് സീക്വൻസുകളുടെ താരതമ്യത്തിൽ രേഖീയമായി സംരക്ഷിത പ്രദേശങ്ങൾ.
പ്രോട്ടീൻ2ഡിഎൻഎ
ഈ മോഡൽ ഒരു പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസിനെ ഡിഎൻഎ സീക്വൻസുമായി താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു, എല്ലാം ഉൾക്കൊള്ളുന്നു
ഉചിതമായ വിടവുകളും ഫ്രെയിംഷിഫ്റ്റുകളും.
പ്രോട്ടീൻ2ഡിന: ബെസ്റ്റ്ഫിറ്റ്
പുതിയത്: പ്രോട്ടീൻ2dna മോഡലിന്റെ ഏറ്റവും അനുയോജ്യമായ പതിപ്പാണിത്
മുഴുവൻ പ്രോട്ടീനും വിന്യാസത്തിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്. ഇത് നിലവിൽ മാത്രമേ ലഭ്യമാകൂ
സമഗ്രമായ വിന്യാസം ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ.
പ്രോട്ടീൻ2ജീനോം
ഈ മാതൃക ഒരു പ്രോട്ടീൻ ശ്രേണിയെ ജീനോമിക് ഡിഎൻഎയിലേക്ക് വിന്യസിക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു. ഇതാണ്
പ്രോട്ടീൻ2dna മോഡലിന് സമാനമായി, ഇൻട്രോണുകളുടെ മോഡലിംഗ് കൂട്ടിച്ചേർക്കുന്നു
ഒപ്പം ഇൻട്രോൺ ഘട്ടങ്ങളും. ഈ മോഡൽ ജീൻവൈസ് ഉപയോഗിച്ചതിന് സമാനമാണ്.
പ്രോട്ടീൻ2ജിനോം:ഏറ്റവും അനുയോജ്യം
പുതിയത്: പ്രോട്ടീൻ2ജെനോം മോഡലിന്റെ ഏറ്റവും അനുയോജ്യമായ പതിപ്പാണിത്
മുഴുവൻ പ്രോട്ടീനും വിന്യാസത്തിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്. ഇത് നിലവിൽ മാത്രമേ ലഭ്യമാകൂ
സമഗ്രമായ വിന്യാസം ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ.
കോഡിംഗ്2കോഡിംഗ്
ഈ മോഡൽ ungapped:trans മോഡലിന് സമാനമാണ്, വിടവുകൾ കൂടാതെ
ഫ്രെയിംഷിഫ്റ്റുകൾ അനുവദനീയമാണ്. ഇത് ഒരു വിടവുള്ള tblastx തിരയലിന് സമാനമാണ്.
കോഡിംഗ്2ജെനോം
ഇത് est2genome മോഡലിന് സമാനമാണ്, അന്വേഷണ ക്രമം ഒഴികെ
താരതമ്യ സമയത്ത് വിവർത്തനം ചെയ്തു, കൂടുതൽ സെൻസിറ്റീവ് താരതമ്യം അനുവദിക്കുന്നു.
cdna2genome
ഇത് est2genome, coding2genome മോഡലുകളുടെ ഗുണങ്ങളെ സംയോജിപ്പിക്കുന്നു
ഒരു സെൻട്രൽ കോഡിംഗ് റീജിയൻ അരികുകളുള്ള ഒരു മുഴുവൻ cDNA യുടെ മോഡലിംഗ് അനുവദിക്കുക
കോഡിംഗ് അല്ലാത്ത UTR-കൾ വഴി. CDS ആരംഭവും അവസാനവും അറിയുമ്പോൾ അത് വ്യക്തമാക്കിയേക്കാം
ശരിയായ കോഡിംഗ് മാത്രം അനുവദിക്കുന്നതിന് --വിവരണ ഓപ്ഷൻ (ചുവടെ കാണുക) ഉപയോഗിക്കുന്നു
വിന്യാസത്തിൽ ദൃശ്യമാകുന്ന മേഖല.
ജീനോം2ജിനോം
ഈ മോഡൽ കോഡിംഗ്2കോഡിംഗ് മോഡലിന് സമാനമാണ്, ഇൻട്രോണുകൾ ഒഴികെ
രണ്ട് സീക്വൻസുകളിലും മാതൃകയാക്കി. (ഇതുവരെ നന്നായി പ്രവർത്തിക്കുന്നില്ല)

ഹ്രസ്വ നാമങ്ങൾ u, u:t, a:g, a:b, a:l, a:o, e2g, ner,
p2d, p2d:b p2g, p2g:b, c2c, c2g cd2g, g2g എന്നിവയും വ്യക്തമാക്കാൻ ഉപയോഗിക്കാം
മോഡലുകൾ.

-s | --സ്കോർ
ഇതാണ് മൊത്തത്തിലുള്ള സ്കോർ ത്രെഷോൾഡ്. ഇതിന് താഴെ അലൈൻമെന്റുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യില്ല
ഉമ്മരപ്പടി. ഹ്യൂറിസ്റ്റിക് അലൈൻമെന്റുകൾക്ക്, ഈ പരിധി കൂടുന്തോറും സമയം കുറയും
വിശകലനം എടുക്കും.

--ശതമാനം
പരമാവധി സ്‌കോറിന്റെ ഈ ശതമാനമെങ്കിലും സ്‌കോർ ചെയ്യുന്ന അലൈൻമെന്റുകൾ മാത്രം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
ഓരോ ചോദ്യം. ഉദാ. ഉപയോഗിക്കുക --ശതമാനം 90 പരമാവധി 90% ഉള്ള അലൈൻമെന്റുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യാൻ
ആ ചോദ്യത്തിന് സ്കോർ നേടാനാകും. ഇത് കുറയ്ക്കുന്നതിനാൽ മാത്രമല്ല ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗപ്രദമാണ്
ഔട്ട്പുട്ടിൽ വ്യാജമായ പൊരുത്തങ്ങൾ, പക്ഷേ അത് അന്വേഷണ-നിർദ്ദിഷ്ടം സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനാൽ
പരിധികൾ (ഇത് പോലെയല്ല --സ്കോർ ) വ്യത്യസ്‌ത ദൈർഘ്യമുള്ള ഒരു കൂട്ടം അന്വേഷണങ്ങൾക്കും ഇഷ്ടത്തിനും
തിരച്ചിൽ ഗണ്യമായി വേഗത്തിലാക്കുകയും ചെയ്യുന്നു. NB ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച്, അത് സാധ്യമാണ്
ഒരു cDNA അതിന്റെ അനുബന്ധ ജീനുമായി കൃത്യമായി പൊരുത്തപ്പെടുത്തുക, എന്നിട്ടും സ്കോർ 100% ൽ താഴെയാണ്,
ഇൻട്രോൺ പെനാൽറ്റി സ്കോറുകൾ ചേർത്തതിനാൽ, ഈ ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കേണ്ടതുണ്ട്
ജാഗ്രതയോടെ.

--പ്രദർശനം
മനുഷ്യർക്ക് വായിക്കാവുന്ന രൂപത്തിൽ വിന്യാസങ്ങൾ കാണിക്കുക.

--ഷോഷുഗർ
അൺഗപ്പ് അലൈൻമെന്റുകൾക്കായി "പഞ്ചസാര" ഔട്ട്പുട്ട് പ്രദർശിപ്പിക്കുക. ഷുഗർ ലളിതമായ അൺഗ്യാപ്പ്ഡ് വിന്യാസമാണ്
റിപ്പോർട്ട്, ഒരു വരി വരിയിലല്ലാത്ത വിന്യാസങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു. പഞ്ചസാര ലൈൻ ആരംഭിക്കുന്നു
ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ നിന്ന് എളുപ്പത്തിൽ വേർതിരിച്ചെടുക്കാൻ "പഞ്ചസാര:" എന്ന സ്ട്രിംഗ് ഉപയോഗിച്ച്, പിന്തുടരുന്നു
ഇനിപ്പറയുന്ന ക്രമത്തിൽ ഇനിപ്പറയുന്ന 9 ഫീൽഡുകൾ:

query_id അന്വേഷണ ഐഡന്റിഫയർ
ചോദ്യം_ആരംഭം വിന്യാസം ആരംഭിക്കുമ്പോൾ അന്വേഷണ സ്ഥാനം
ചോദ്യം_അവസാനം അന്വേഷണ സ്ഥാന വിന്യാസം അവസാനിക്കുന്നു
query_strand ചോദ്യത്തിന്റെ സ്ട്രാൻഡ് പൊരുത്തപ്പെട്ടു
ടാർഗെറ്റ്_ഐഡി |
ലക്ഷ്യം_ആരംഭിക്കുക | അതേ 4 ഫീൽഡുകൾ
ലക്ഷ്യം_അവസാനം | ലക്ഷ്യ ക്രമത്തിനായി
ലക്ഷ്യം_സ്ട്രാൻഡ് |
സ്കോർ റോ അലൈൻമെന്റ് സ്കോർ

--ഷോസിഗാർ
"സിഗാർ" ഫോർമാറ്റിൽ വിന്യാസങ്ങൾ കാണിക്കുക. സിഗാർ ഒരു കോംപാക്റ്റ് ഇഡിയോസിൻക്രാറ്റിക് ഗ്യാപ്പാണ്
അലൈൻമെന്റ് റിപ്പോർട്ട്, വിടവുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ ഓരോ വരിയിലും പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു. ഫോർമാറ്റ് ആരംഭിക്കുന്നു
ഷുഗർ ഔട്ട്‌പുട്ടിന്റെ അതേ 9 ഫീൽഡുകൾ (മുകളിൽ കാണുക), കൂടാതെ ഒരു ശ്രേണി പിന്തുടരുന്നു
ജോഡികൾ പൊരുത്തപ്പെടുത്തൽ, തിരുകുക അല്ലെങ്കിൽ ഇല്ലാതാക്കുക, ഒപ്പം
ഈ പ്രവർത്തനം എത്ര തവണ ആവർത്തിക്കപ്പെടുന്നുവെന്ന് ദൈർഘ്യം വിവരിക്കുന്നു.

--പ്രകടനം
"അശ്ലീല" ഫോർമാറ്റിൽ വിന്യാസങ്ങൾ കാണിക്കുന്നു. വൾഗർ എന്നത് വെർബോസ് യൂസ്ഫുൾ ലേബൽഡ് ഗ്യാപ്പ്ഡ് ആണ്
അലൈൻമെന്റ് റിപ്പോർട്ട്, ഈ ഫോർമാറ്റും ഷുഗർ ഔട്ട്പുട്ടിന്റെ അതേ 9 ഫീൽഡുകളിൽ നിന്നാണ് ആരംഭിക്കുന്നത്
(മുകളിൽ കാണുക), കൂടാതെ ഒരു പരമ്പര പിന്തുടരുന്നു
ട്രിപ്പിൾസ്. ലേബൽ ഇനിപ്പറയുന്നവയിൽ ഒന്നായിരിക്കാം:

M പൊരുത്തം
C കോഡൺ
G ഗ്യാപ്പ്
N തുല്യതയില്ലാത്ത മേഖല
5 5' സ്‌പ്ലൈസ് സൈറ്റ്
3 3' സ്‌പ്ലൈസ് സൈറ്റ്
I ഇൻട്രോൺ
S സ്പ്ലിറ്റ് കോഡൺ
F ഫ്രെയിംഷിഫ്റ്റ്

--showquerygff
അന്വേഷണ ശ്രേണിയിലെ സവിശേഷതകൾക്കായി GFF ഔട്ട്‌പുട്ട് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക. കാണുക
http://www.sanger.ac.uk/Software/formats/GFF കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്.

--showtargetgff
ടാർഗെറ്റ് ശ്രേണിയിലെ സവിശേഷതകൾക്കായി GFF ഔട്ട്‌പുട്ട് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക.

--റിയോ
നിങ്ങളുടെ സ്വന്തം ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ് റോൾ ചെയ്യുക. ഇത് ഒരു printf-esque ഫോർമാറ്റിന്റെ സ്പെസിഫിക്കേഷൻ അനുവദിക്കുന്നു
ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ ഏത് വിവരങ്ങളാണ് ഉൾപ്പെടുത്തേണ്ടതെന്നും എങ്ങനെയെന്നും വ്യക്തമാക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന ലൈൻ
അതു കാണിക്കേണ്ടതാകുന്നു. ഫോർമാറ്റ് ഫീൽഡിൽ ഇനിപ്പറയുന്ന ഫീൽഡുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കാം:

%[qt][idlsSt]
ഒന്നുകിൽ {query,target}, റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
{id,definition,length,sequence,Strand,type} സീക്വൻസുകൾ ഒരു-ൽ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുന്നു
ബ്ലോക്ക് പോലെയുള്ള ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റ് (തലക്കെട്ടുകളില്ല).
%[qt]a[bels]
സംഭവിക്കുന്ന ഒന്നുകിൽ {query,target} മേഖലയ്ക്ക് in The വിന്യാസം, റിപ്പോർട്ടു ചെയ്യുക
{ആരംഭം, അവസാനം, നീളം, ക്രമം}
%[qt]c[bels]
എന്നതിൽ സംഭവിക്കുന്ന {query,target} മേഖലയ്ക്ക് കോഡിംഗ് ക്രമം ലെ
വിന്യാസം, {ആരംഭം, അവസാനം, നീളം, ക്രമം} റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
%s അസംസ്കൃത സ്കോർ
%r റാങ്ക് (ഒരു മികച്ച തിരയലിൽ നിന്നുള്ള ഫലങ്ങളിൽ)
%m മോഡൽ പേര്
%e[tism]
തുല്യമായ {ആകെ, ഐഡി, സമാനത, പൊരുത്തക്കേടുകൾ} (അതായത്. %em == (%et - %ei))
%p[ആണ്] വിന്യാസത്തിന്റെ തുല്യമായ ഭാഗങ്ങളിൽ ശതമാനം {id, സമാനത}.
(അതായത്. %pi == 100*(%ei / %et))
%g ജീൻ ഓറിയന്റേഷൻ ('+' = ഫോർവേഡ്, '-' = റിവേഴ്സ്, '.' = അജ്ഞാതം)
%S പഞ്ചസാര ബ്ലോക്ക് (പഞ്ചസാര ഉൽപ്പാദനത്തിൽ ഉപയോഗിക്കുന്ന 9 ഫീൽഡുകൾ (മുകളിൽ കാണുക)
%C സിഗാർ ബ്ലോക്ക് (പഞ്ചസാര ഭാഗത്തിന് ശേഷം ഒരു സിഗാർ ലൈനിന്റെ ഫീൽഡുകൾ)
%V അശ്ലീല ബ്ലോക്ക് (പഞ്ചസാര ഭാഗത്തിന് ശേഷം ഒരു അശ്ലീലരേഖയുടെ ഫീൽഡുകൾ)
%% ഒരു ശതമാനം ചിഹ്നത്തിലേക്ക് (%) വികസിപ്പിക്കുന്നു
\n പുതിയ വര
\t ടാബ്
\\ ഒരു ബാക്ക്‌സ്ലാഷിലേക്ക് (\) വികസിപ്പിക്കുന്നു
\{ ചുരുണ്ട ബ്രേസ് തുറക്കുക
\} ചുരുണ്ട ബ്രേസ് അടയ്ക്കുക
{ ഓരോ പരിവർത്തന ഔട്ട്‌പുട്ട് വിഭാഗം ആരംഭിക്കുക
} ഓരോ പരിവർത്തന ഔട്ട്‌പുട്ട് വിഭാഗം അവസാനിപ്പിക്കുക
%P[qt][sabe]
{query,target} {sequence,advance,begin,end} എന്നതിനായുള്ള പെർ-ട്രാൻസിഷൻ ഔട്ട്പുട്ട്
%P[nsl]
{name, സ്‌കോർ, ലേബൽ} എന്നതിനായുള്ള ഓരോ പരിവർത്തന ഔട്ട്‌പുട്ട്

ഈ ഓപ്ഷൻ വളരെ ഉപയോഗപ്രദവും വഴക്കമുള്ളതുമാണ്. ഉദാഹരണത്തിന്, അന്വേഷണത്തിന്റെ എല്ലാ വിഭാഗങ്ങളും റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യാൻ
ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിലുള്ള വിന്യാസങ്ങളിൽ ഫീച്ചർ ചെയ്യുന്ന സീക്വൻസുകൾ ഉപയോഗിക്കുക:

--റിയോ ">%qi %qd\n%qas\n"

എല്ലാ ചിഹ്നങ്ങളും സ്‌കോറുകളും ഒരു വിന്യാസത്തിൽ ഔട്ട്‌പുട്ട് ചെയ്യാൻ, ഇതുപോലുള്ള ഒന്ന് പരീക്ഷിക്കുക:

--റിയോ "%V{%Pqs % പോയിന്റ് %Ps\n}"

-n | --മികച്ച
ഓരോ ചോദ്യത്തിനും മികച്ച N ഫലങ്ങൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക. (നേക്കാളും മികച്ച സ്കോറിംഗ് ഫലങ്ങൾ മാത്രം
സ്കോർ പരിധി
റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യും). ഓപ്‌ഷൻ ഉൽപ്പാദിപ്പിക്കുന്ന ഔട്ട്പുട്ടിന്റെ അളവ് കുറയ്ക്കുന്നു, കൂടാതെ
തിരച്ചിൽ വേഗത്തിലാക്കാൻ കുറ്റവിമുക്തമാക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു.

-S | --subop
ഈ ഓപ്‌ഷൻ (വാട്ടർമാൻ-എഗർട്ട് ശൈലി) ഉപോൽപ്പന്നത്തിന്റെ റിപ്പോർട്ടിംഗ് അനുവദിക്കുന്നു
വിന്യാസങ്ങൾ. (ഇത് ഡിഫോൾട്ടായി ഓണാണ്.) എല്ലാ ഉപോൽപ്പന്നങ്ങളും (അതായത്. വിഭജിക്കാത്തത്)
കുറഞ്ഞത് സ്കോർ ചെയ്യുന്ന ഓരോ ജോഡി സീക്വൻസുകൾക്കും വിന്യാസങ്ങൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യും
ത്രെഷോൾഡ് നൽകിയത് --സ്കോർ.

ഈ ഓപ്‌ഷൻ സമഗ്രമായ വിന്യാസങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ, നിരവധി പൂർണ്ണ ക്വാഡ്രാറ്റിക് സമയം
പാസുകൾ ആവശ്യമായി വരും, അതിനാൽ പ്രവർത്തന സമയം ഗണ്യമായി വർദ്ധിപ്പിക്കും.

-g | --gappedextension
ഒരു വിടവുള്ള വിപുലീകരണ ഘട്ടം നിർവഹിക്കുന്നതിന് കാരണമാകുന്നു, അതായത്. ഡൈനാമിക് പ്രോഗ്രാമിംഗ് പ്രയോഗിക്കുന്നു
HSP വിത്തുകൾക്ക് ചുറ്റുമുള്ള ഏകപക്ഷീയമായ ആകൃതിയിലുള്ളതും ചലനാത്മകവുമായ വലുപ്പമുള്ള പ്രദേശങ്ങളിൽ. ദി
എക്സ്റ്റൻഷൻ ത്രെഷോൾഡ് നിയന്ത്രിക്കുന്നത് --extensionthreshold ഓപ്ഷനാണ്.

ചിലപ്പോൾ ബിഎസ്‌ഡിപിയേക്കാൾ മന്ദഗതിയിലാണെങ്കിലും, വിടവുള്ള വിപുലീകരണം സംവേദനക്ഷമത മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നു
ക്രോസ്-സ്പീഷീസ് താരതമ്യ സമയത്ത് പോലുള്ള ദുർബലമായ, വിടവ്-സമ്പന്നമായ വിന്യാസങ്ങൾ.

NB ഈ ഓപ്ഷൻ is ഇപ്പോള് The സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി. ഗണം it ലേക്ക് തെറ്റായ പഴയ BSDP തരത്തിലേക്ക് തിരിച്ചുപോകാൻ
വിന്യാസങ്ങൾ. ചില വലിയ തോതിലുള്ള വിശകലനങ്ങൾക്ക് ഈ ഓപ്‌ഷൻ ബിഎസ്‌ഡിപിയേക്കാൾ മന്ദഗതിയിലായിരിക്കാം
ലളിതമായ വിന്യാസ മോഡലുകൾ.

--ശുദ്ധീകരിക്കുക
ഡൈനാമിക് ഉപയോഗിച്ച് ഹ്യൂറിസ്റ്റിക്സ് സൃഷ്ടിച്ച അലൈൻമെന്റുകൾ പരിഷ്കരിക്കാൻ നിർബന്ധിതമാക്കുക
വലിയ പ്രദേശങ്ങളിൽ പ്രോഗ്രാമിംഗ്. ഇത് കൂടുതൽ സമയമെടുക്കുന്നു, എന്നാൽ ഗുണനിലവാരം മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നു
അന്തിമ വിന്യാസങ്ങൾ.

ശുദ്ധീകരണത്തിന് ലഭ്യമായ തന്ത്രങ്ങൾ ഇവയാണ്:

ആരും ഡിഫോൾട്ട് - ഒരു പരിഷ്കരണവും ഉപയോഗിച്ചിട്ടില്ല.
നിറഞ്ഞ അവയിലെ ജോഡി സീക്വൻസുകളിൽ നിന്നാണ് സമഗ്രമായ വിന്യാസം കണക്കാക്കുന്നത്
മുഴുവൻ.
പ്രദേശം ഹ്യൂറിസ്റ്റിക് കവർ ചെയ്യുന്ന സീക്വൻസുകളുടെ മേഖലയിൽ മാത്രം ഡിപി പ്രയോഗിക്കുന്നു
വിന്യാസം.

--റിഫൈൻബൗണ്ടറി
ഈ സമയത്ത് വിന്യാസത്തിന് വിധേയമായി മേഖലയിൽ ഉൾപ്പെടുത്തേണ്ട ഒരു അധിക അതിർത്തി വ്യക്തമാക്കുക
പ്രദേശം അനുസരിച്ച് പരിഷ്ക്കരണം.

വിറ്റെർബി അൽഗോരിതം ഓപ്ഷനുകൾ

-D | --dpmemory
എക്‌സ്‌ഹോസ്റ്റീവ് അലൈൻമെന്റ് ട്രെയ്‌സ്‌ബാക്ക് ദിനചര്യകൾ ഹ്യൂഗെ ശൈലിയിലുള്ള മെമ്മറി കുറയ്ക്കുന്നു
സാങ്കേതികത. ഇതിനായി എത്ര മെമ്മറി ഉപയോഗിക്കുമെന്ന് ഈ ഓപ്ഷൻ വ്യക്തമാക്കുന്നു.
സാധാരണയായി, ഇവിടെ കൂടുതൽ മെമ്മറി അനുവദനീയമാണ്, അലൈൻമെന്റുകൾ വേഗത്തിലാകും
നിർമ്മിച്ചത്.

കോഡ് ജനറേഷൻ ഓപ്ഷനുകൾ

-C | -- സമാഹരിച്ചത്
ഡൈനാമിക് പ്രോഗ്രാമിംഗിനായി ജനറേറ്റ് ചെയ്ത കോഡ് പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കാൻ ഈ ഓപ്ഷൻ അനുവദിക്കുന്നു. അത്
എക്സോണറേറ്റിന്റെ വികസന സമയത്ത് പ്രധാനമായും ഉപയോഗിക്കുന്നു. FALSE എന്ന് സജ്ജീകരിക്കുമ്പോൾ, ഒരു "വ്യാഖ്യാനം"
ഡൈനാമിക് പ്രോഗ്രാമിംഗ് നടപ്പാക്കലിന്റെ പതിപ്പ് ഉപയോഗിക്കുന്നു, ഇത് വളരെ മന്ദഗതിയിലാണ്.

ഹ്യൂറിസ്റ്റിക് ഓപ്ഷനുകൾ

--ടെർമിനൽറേഞ്ച്
--terminalrangeext
--ജോയിൻറേഞ്ച്
--joinrangeext
--സ്പാൻറേഞ്ച്
--spanrangeext
ഈ ഓപ്‌ഷനുകൾ ഡിപിയിലേക്കുള്ള ഉപ-വിന്യാസ മേഖലകളുടെ വലുപ്പം വ്യക്തമാക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
HSP-കളുടെ അറ്റത്ത് പ്രയോഗിക്കുന്നു. ഇത് എച്ച്എസ്പി അറ്റങ്ങളിൽ ആകാം (ടെർമിനൽ
ശ്രേണി), എച്ച്എസ്പികൾക്കിടയിൽ (ജോയിൻ റേഞ്ച്), അല്ലെങ്കിൽ എ വഴി ബന്ധിപ്പിച്ചിരിക്കാവുന്ന എച്ച്എസ്പികൾക്കിടയിൽ
ഇൻട്രോൺ അല്ലെങ്കിൽ നോൺ-ഇക്വലൻസ്ഡ് റീജിയൻ (സ്പാൻ റേഞ്ച്) പോലെയുള്ള വലിയ പ്രദേശം. ഇവ
HSP-യിലേക്ക് (ആന്തരിക ശ്രേണി) നിരവധി പൊരുത്തങ്ങൾക്കായി ശ്രേണികൾ വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും.
അല്ലെങ്കിൽ HSP-ൽ നിന്ന് പുറത്ത് (ബാഹ്യ ശ്രേണി).

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനിൽ കുറ്റവിമുക്തമാക്കുക