ഫഹാഷ് - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ഫഹാഷ് - റിവേഴ്സ് ഇ-പിസിആറിനുള്ള സീക്വൻസ് ഹാഷ് ബിൽഡർ

സിനോപ്സിസ്

ഫഹാഷ് [-hV] -b hash-file [-w wdsize] [-f period] [-F fragment_min, fragment_max] [-k] [-c
cacheize] [-v 1|2] famap-file ...

ഫഹാഷ് [-hV] -T ഹാഷ്-ഫയൽ [-o outfile]

വിവരണം

പരിപാടി ഫഹാഷ് ഇ-പിസിആർ സ്യൂട്ടിന്റെ ഭാഗമാണ്, ഹാഷ് ഫയലുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നതിനും ഔട്ട്പുട്ടിനും ഇത് ഉപയോഗിക്കുന്നു
വിപരീത ഇ-പിസിആർ തിരയലുകൾക്കായുള്ള പദ ഉപയോഗ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ.

ഓപ്ഷനുകൾ

-b ഹാഷ്-ഫയൽ
സീക്വൻസ് ഫയലുകളിൽ നിന്ന് ഹാഷ് ടേബിളുകൾ (ഹാഷ്-ഫയൽ) നിർമ്മിക്കുക,

-T ഹാഷ്-ഫയൽ
ഹാഷ് ഫയലിനായുള്ള പദ ഉപയോഗ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ അച്ചടിക്കുക

-o ഔട്ട്ഫിൽ
`ഔട്ട്‌ഫൈൽ' ഫയൽ ചെയ്യാൻ ഔട്ട്‌പുട്ട് എഴുതുക

ബിൽഡ്-ഓപ്ഷനുകൾ:
-w വാക്കുകൾ രൂപപ്പെടുത്തുക
ഹാഷ് ടേബിളുകൾ നിർമ്മിക്കുമ്പോൾ പദ വലുപ്പം സജ്ജമാക്കുക

-f കാലഘട്ടം
ഹാഷ് ടേബിളുകൾ നിർമ്മിക്കുമ്പോൾ പൊരുത്തക്കേട് സജ്ജമാക്കുക

-k ഹാഷ് ഫയൽ നിർമ്മിക്കുമ്പോൾ ആവർത്തിക്കുന്നത് ഒഴിവാക്കുക

-F മിനിറ്റ്, പരമാവധി
ശകലത്തിന്റെ വലുപ്പത്തിനായി വാട്ടർമാർക്കുകൾ സജ്ജമാക്കുക (എംബിയിൽ) (പതിപ്പ് 1 മാത്രം)

-c കാഷെസൈസ് ചെയ്യുക
കാഷെ വലുപ്പം സജ്ജമാക്കുക (പതിപ്പ് 2 മാത്രം)

-v ver ഫോർമാറ്റ് പതിപ്പ് ഉപയോഗിക്കുക (1|2, 2 ഡിഫോൾട്ടാണ്)

ഉദാഹരണം

famap -tN -b genome.famap org/chr_*.fa

fahash -b genome.hash -w 12 -f3 ${PWD}/genome.famap

re-PCR -s genome.hash -n1 -g1 ACTATTGATGATGA AGGTAGATGTTTT 120-200

കാണുക famap(1) ഉം വീണ്ടും പിസിആർ(1)

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഫഹാഷ് ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക