ഫീച്ചർ_ഡ്രോപ്പ് - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനായി

പട്ടിക:

NAME

feature_draw.pl -- ഒരു ബയോ::ഗ്രാഫിക്സ് ഫീച്ചർ ഫയൽ റെൻഡർ ചെയ്യുക

സിനോപ്സിസ്

feature_draw.pl [options] file.txt [file2.txt...] > rendering.png
feature_draw.pl [options] file.txt [file2.txt...] | ഡിസ്പ്ലേ -

വിവരണം

Feature_draw.pl സ്‌ക്രിപ്റ്റ് ബയോ::ഗ്രാഫിക്‌സ് മൊഡ്യൂളിന് ചുറ്റുമുള്ള നേർത്ത മുൻഭാഗമാണ്. അത്
സീക്വൻസ് (പ്രോട്ടീൻ, ന്യൂക്ലിയോടൈഡ്) ഫീച്ചർ കോർഡിനേറ്റുകൾ അടങ്ങിയ ഫയലുകളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റ് സ്വീകരിക്കുന്നു
കമാൻഡ് ലൈനിലോ സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഇൻപുട്ടിലോ ലിസ്റ്റുചെയ്തിരിക്കുന്ന ഫയൽ(കൾ) അവ റെൻഡർ ചെയ്യുകയും നിർമ്മിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു a
സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട്പുട്ടിൽ PNG ഫയൽ.

ഓപ്ഷനുകൾ
ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് ഗ്നു ശൈലിയിലുള്ള ദീർഘമായ ഓപ്ഷനുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു. ചിത്രത്തിന്റെ വീതി വ്യക്തമാക്കാൻ ഇത് നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു
ഓപ്ഷൻ, ഉദാഹരണത്തിന്, ഇനിപ്പറയുന്ന ഏതെങ്കിലും ഇതര ഫോമുകൾക്കൊപ്പം:

--വീതി=800
--വീതി 800
- വീതി 800
-പ 800

--വീതി
ഇത് ചിത്രത്തിന്റെ വീതി പിക്സലിൽ സജ്ജമാക്കുന്നു. ഡിഫോൾട്ട് 800 പിക്സൽ ആണ്.

--പരിധി
തുടക്കം മുതൽ സ്റ്റോപ്പ് വരെ അടിസ്ഥാന ജോഡികളായി പ്രദർശിപ്പിച്ചിരിക്കുന്ന മേഖലയുടെ ശ്രേണി ഇത് സജ്ജമാക്കുന്നു. ഏതെങ്കിലും
ഇനിപ്പറയുന്ന ഫോർമാറ്റുകൾ സ്വീകരിക്കുന്നു:

--പരിധി 1..1000
--പരിധി 1,1000
--പരിധി 1-1000

നെഗറ്റീവ് ശ്രേണികൾ അനുവദനീയമാണ്.

സവിശേഷത ഫയലുകൾ ഫോർമാറ്റ്

ഈ സ്ക്രിപ്റ്റ് ഒരു ലളിതമായ ടാബ്-ഡിലിമിറ്റഡ് ഫോർമാറ്റിൽ ക്രമ വ്യാഖ്യാനങ്ങൾ സ്വീകരിക്കുകയും പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു
GFF ഫോർമാറ്റിൽ.

ഫീച്ചർ ഫയൽ ഫോർമാറ്റിന് ഒരു കോൺഫിഗറേഷൻ വിഭാഗവും ഒരു ഡാറ്റ വിഭാഗവും ഉണ്ട്. കോൺഫിഗറേഷൻ
വിഭാഗം ചിത്രത്തിന്റെ വലുപ്പവും മൊത്തത്തിലുള്ള ഗുണങ്ങളും സജ്ജമാക്കുന്നു, ഡാറ്റ വിഭാഗം നൽകുന്നു
സവിശേഷത ഡാറ്റ തന്നെ.

കോൺഫിഗറേഷൻ വിഭാഗം
നൽകിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, ഈ സ്ക്രിപ്റ്റുകൾ ഒരു ന്യായമായ ഡിഫോൾട്ട് കോൺഫിഗറേഷൻ വിഭാഗം സൃഷ്ടിക്കുന്നു
നിങ്ങൾ, അതിനാൽ ഒരു ന്യായമായ ചിത്രം ലഭിക്കുന്നതിന് നിങ്ങൾ ഒരു കോൺഫിഗറേഷൻ വിഭാഗം നൽകേണ്ടതില്ല.
എന്നിരുന്നാലും, ചിത്രത്തിന്റെ രൂപം ട്യൂൺ ചെയ്യുന്നതിന്, നിങ്ങൾ ഒരുപക്ഷേ അത് മാറ്റാൻ ആഗ്രഹിച്ചേക്കാം
കോൺഫിഗറേഷൻ. കോൺഫിഗറേഷൻ വിഭാഗത്തിൽ നിന്നുള്ള ഒരു ഉദ്ധരണി ഇതാ:

# ഉദാഹരണ ഫയൽ
[പൊതുവായ]
അടിസ്ഥാനങ്ങൾ = -1000..21000
ഉയരം = 12

[EST]
ഗ്ലിഫ് = സെഗ്‌മെന്റുകൾ
bgcolor= മഞ്ഞ
കണക്ടർ = ഡാഷ് ചെയ്ത
ഉയരം = 5

[FGENES]
ഗ്ലിഫ് = ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ്2
bgcolor = പച്ച
വിവരണം = 1

കോൺഫിഗറേഷൻ വിഭാഗത്തെ ഒരു കൂട്ടം വിഭാഗങ്ങളായി തിരിച്ചിരിക്കുന്നു, ഓരോന്നും എ എന്ന് ലേബൽ ചെയ്തിരിക്കുന്നു
[വിഭാഗത്തിന്റെ പേര്]. [പൊതുവായ] വിഭാഗം മുഴുവൻ ചിത്രത്തിനും ആഗോള ഓപ്ഷനുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നു.
മറ്റ് വിഭാഗങ്ങൾ പ്രത്യേക ഫീച്ചർ തരങ്ങൾക്ക് ബാധകമാണ്. മുകളിലുള്ള ഉദാഹരണത്തിൽ, കോൺഫിഗറേഷൻ
[EST] വിഭാഗത്തിൽ EST എന്ന് ലേബൽ ചെയ്‌തിരിക്കുന്ന സവിശേഷതകൾക്ക് ബാധകമാണ്, അതേസമയം കോൺഫിഗറേഷൻ
[FGENES] വിഭാഗം FGENES ജീനിൽ നിന്നുള്ള പ്രവചനങ്ങളായി ലേബൽ ചെയ്‌തിരിക്കുന്ന സവിശേഷതകൾക്ക് ബാധകമാണ്
പ്രവചന പരിപാടി.

ഓരോ വിഭാഗത്തിനകത്തും നാമം=മൂല്യ ജോഡികളുടെ ഒരു പരമ്പരയുണ്ട്, ഇവിടെ പേര് ഒരു പേരിന്റെ പേരാണ്
സജ്ജീകരിക്കാനുള്ള ഓപ്ഷൻ. നിങ്ങൾക്ക് = ചിഹ്നത്തിന് ചുറ്റും വൈറ്റ്‌സ്‌പെയ്‌സ് ഇടാം, അത് കൂടുതൽ വായിക്കാൻ കഴിയും, അല്ലെങ്കിൽ പോലും
നിങ്ങൾക്ക് വേണമെങ്കിൽ ഒരു കോളൻ (:) ഉപയോഗിക്കുക. ഇനിപ്പറയുന്ന ഓപ്ഷനുകളുടെ പേരുകൾ തിരിച്ചറിഞ്ഞു:

ഓപ്ഷൻ മൂല്യത്തിന്റെ ഉദാഹരണം
-------------------

അടിസ്ഥാനങ്ങൾ സീക്വൻസ് ശ്രേണിയുടെ മിനിമം & പരമാവധി (ബിപി) 1200..60000
ചിത്രത്തിന്റെ വീതി (പിക്സലുകൾ) 600
ഉയരം ഓരോ ഗ്രാഫിക്കൽ മൂലകത്തിന്റെയും ഉയരം (പിക്സലുകൾ) 10
ഓരോ ഗ്രാഫിക്കൽ ഘടകത്തിന്റെയും ഗ്ലിഫ് ശൈലി (താഴെ കാണുക) ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ്
fgcolor ഓരോ മൂലകത്തിന്റെയും മുൻ നിറം മഞ്ഞ
bgcolor ഓരോ മൂലകത്തിന്റെയും പശ്ചാത്തല നിറം നീല
ലൈൻവിഡ്ത്ത് വരികളുടെ വീതി 3
ലേബൽ ഫീച്ചറിന്റെ പേര് പ്രിന്റ് ചെയ്യുക 1
വിവരണം സവിശേഷതയുടെ വിവരണം 0 പ്രിന്റ് ചെയ്യണമോ എന്ന്
ബമ്പ് മൂലകങ്ങൾ കൂട്ടിമുട്ടാൻ അനുവാദമില്ല 1
ടിക്കുകൾ അമ്പടയാളങ്ങളിൽ ടിക്ക് അടയാളങ്ങൾ അച്ചടിക്കുക 1
കണക്റ്റർ ഗ്രൂപ്പ് കണക്ടറിന്റെ തരം (ഡാഷ്, ഹാറ്റ് അല്ലെങ്കിൽ സോളിഡ്) ഡാഷ്

"ബേസ്", "വിഡ്ത്ത്" ഓപ്ഷനുകൾ [പൊതു] വിഭാഗത്തിൽ മാത്രമേ പ്രസക്തമാകൂ. അവർ
സമാനമായ പേരുള്ള കമാൻഡ്-ലൈൻ ഓപ്ഷനുകൾ ഉപയോഗിച്ച് അസാധുവാക്കുന്നു.

ശേഷിക്കുന്ന ഓപ്‌ഷനുകൾ ഏത് വിഭാഗത്തിലും സ്ഥാപിക്കാവുന്നതാണ്, എന്നാൽ ഇതിൽ ഉണ്ടെങ്കിൽ
[പൊതുവായ] വിഭാഗം മറ്റുള്ളവയ്ക്ക് ഡിഫോൾട്ടുകൾ സജ്ജമാക്കും.

നിറങ്ങൾ ഇംഗ്ലീഷ് ഭാഷയിലുള്ള വർണ്ണനാമങ്ങൾ അല്ലെങ്കിൽ വെബ്-സ്റ്റൈൽ #RRGGBB നിറങ്ങളാണ് (HTML-ലെ ഒരു പുസ്തകം കാണുക
വിശദീകരണത്തിനായി). True/false മൂല്യങ്ങൾ ശരിയ്‌ക്ക് 1 ഉം തെറ്റിന് 0 ഉം ആണ്. സംഖ്യാ ശ്രേണികൾക്ക് കഴിയും
രണ്ട് ഡോട്ടുകളുള്ള സ്റ്റാർട്ട്..എൻഡ് ഫാഷൻ അല്ലെങ്കിൽ ഒരു ഹൈഫൻ ഉപയോഗിച്ച് സ്റ്റാർട്ട്-എൻഡ് ആയി പ്രകടിപ്പിക്കുക.

"ഗ്ലിഫ്" ഓപ്ഷൻ സവിശേഷതകൾ എങ്ങനെ റെൻഡർ ചെയ്യപ്പെടുന്നു എന്നത് നിയന്ത്രിക്കുന്നു. ഇനിപ്പറയുന്ന ഗ്ലിഫുകൾ
നടപ്പിലാക്കിയത്:

പേര് വിവരണം
---- -------------

പെട്ടി നിറച്ച ദീർഘചതുരം, ദിശയില്ലാത്തത്.
ദീർഘവൃത്തം ഒരു ഓവൽ.
അമ്പ് ഒരു അമ്പ്; ഏകദിശയോ ആകാം
ദ്വിദിശയിലുള്ള. ഇത് പ്രദർശിപ്പിക്കാനും കഴിവുള്ളതാണ്
വലുതും ചെറുതുമായ ടിക്ക്മാർക്കുകളുള്ള ഒരു സ്കെയിൽ, കൂടാതെ കഴിയും
തിരശ്ചീനമായോ ലംബമായോ ഓറിയന്റഡ് ആകുക.
സെഗ്‌മെന്റുകൾ സോളിഡ് ഉപയോഗിച്ച് ബന്ധിപ്പിച്ചിരിക്കുന്ന നിറച്ച ദീർഘചതുരങ്ങളുടെ ഒരു കൂട്ടം
ലൈനുകൾ. തടസ്സപ്പെട്ട സവിശേഷതകൾക്കായി ഉപയോഗിക്കുന്നു
വിടവുള്ള വിന്യാസങ്ങളും എക്സോൺ ഗ്രൂപ്പുകളും.
ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ് സെഗ്മെന്റുകൾക്ക് സമാനമാണ്, എന്നാൽ ബന്ധിപ്പിക്കുന്ന ലൈൻ
ഒരു "തൊപ്പി" ആകൃതിയും ദിശയും
ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ ഒരു ചെറിയ അമ്പടയാളത്താൽ സൂചിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു.
ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റ്2 ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റിന് സമാനമാണ്, എന്നാൽ ദിശ
ട്രാൻസ്ക്രിപ്ഷൻ ഒരു ടെർമിനൽ സെഗ്മെന്റ് സൂചിപ്പിക്കുന്നു
ഒരു അമ്പടയാളത്തിന്റെ രൂപത്തിൽ.
പ്രൈമറുകൾ ഒരു വരയാൽ ബന്ധിപ്പിച്ചിരിക്കുന്ന രണ്ട് അകത്തേക്ക് ചൂണ്ടുന്ന അമ്പുകൾ. STS-കൾക്കായി ഉപയോഗിക്കുന്നു.

ചിത്രത്തിന്റെ രൂപം നിയന്ത്രിക്കുന്നതിനുള്ള ഏറ്റവും പ്രധാനപ്പെട്ട ഓപ്ഷനാണ് ബമ്പ് ഓപ്ഷൻ. സജ്ജമാക്കിയാൽ
തെറ്റിലേക്ക് (സംഖ്യ 0), തുടർന്ന് സവിശേഷതകൾ ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യാൻ അനുവദിക്കും. ശരി എന്ന് സജ്ജീകരിച്ചാൽ (ദി
നമ്പർ 1), കൂട്ടിയിടിക്കാതിരിക്കാൻ സവിശേഷതകൾ ലംബമായി നീങ്ങും. വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ,
നൽകിയിരിക്കുന്ന ഏതെങ്കിലും തരത്തിലുള്ള സീക്വൻസ് ഫീച്ചറിന്റെ എണ്ണം 50-ൽ കൂടുതലാണെങ്കിൽ bump ഓണാക്കും.

ഡാറ്റ വിഭാഗം
ഡാറ്റ വിഭാഗത്തിന് കോൺഫിഗറേഷൻ വിഭാഗത്തെ പിന്തുടരുകയോ തുടരുകയോ ചെയ്യാം. രണ്ട് വിഭാഗങ്ങൾക്കും കഴിയും
കൂടിച്ചേർന്ന്. ഡാറ്റ വിഭാഗം ഒരു ടാബ് അല്ലെങ്കിൽ വൈറ്റ്‌സ്‌പെയ്‌സ്-ഡിലിമിറ്റഡ് ഫയലാണ്
ഒരു സ്‌പ്രെഡ്‌ഷീറ്റ് ആപ്ലിക്കേഷനിൽ നിന്നോ വേഡ് പ്രോസസർ ഫയലിൽ നിന്നോ കയറ്റുമതി ചെയ്യുക (ടെക്‌സ്‌റ്റായി സംരക്ഷിക്കുന്നത് ഉറപ്പാക്കുക
മാത്രം!)

ഒരു ഉദാഹരണ ഡാറ്റ വിഭാഗം ഇതാ:

കോസ്മിഡ് B0511. 516-619 കോസ്മിഡ് B0511. 3185-3294 കോസ്മിഡ്
B0511 . 10946-11208 കോസ്മിഡ് B0511. 13126-13511 കോസ്മിഡ്
B0511 . 66-208 കോസ്മിഡ് B0511. 6354-6499 കോസ്മിഡ് B0511
. 13955-14115 EST yk595e6.5 + 3187-3294 EST yk846e07.3 -
11015-11208 EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800 EST yk53c10.5 +
16032-16105 SwissProt PECANEX + 13153-13656 സ്വീഡിഷ് മത്സ്യം FGENESH "ജീൻ
1" - 1-205,518-616,661-735,3187-3365,3436-3846 ട്രാൻസ്മെംബ്രെൻ ഡൊമെയ്ൻ
FGENESH "ജീൻ 2" - 16626-17396,17451-17597 Kinase, sushi ഡൊമെയ്‌നുകൾ

ഫയലിന്റെ ഓരോ വരിയിലും അഞ്ച് നിരകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. നിരകൾ ഇവയാണ്:

നിര # വിവരണം
----------------------

1 ഫീച്ചർ തരം
2 സവിശേഷത നാമം
3 സ്ട്രാൻഡ്
4 കോർഡിനേറ്റുകൾ
5 വിവരണം

ഫീച്ചർ തരം
ഫീച്ചർ തരം എന്നതിലെ [സവിശേഷത തരം] തലക്കെട്ടുകളിലൊന്നുമായി പൊരുത്തപ്പെടണം
കോൺഫിഗറേഷൻ വിഭാഗം. അത് ഇല്ലെങ്കിൽ, [പൊതു] ഓപ്ഷനുകൾ പ്രയോഗിക്കും
റെൻഡർ ചെയ്യുമ്പോൾ സവിശേഷത. സവിശേഷതയുടെ പേര് സവിശേഷതയ്ക്കുള്ള ഒരു പേരാണ്. ഒരു "." ഉപയോഗിക്കുക അഥവാ
"-" ഇത് പ്രസക്തമല്ലെങ്കിൽ. പേരിൽ വൈറ്റ്‌സ്‌പെയ്‌സ് അടങ്ങിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, സിംഗിൾ അല്ലെങ്കിൽ ഡബിൾ ഇടുക
പേരിന് ചുറ്റുമുള്ള ഉദ്ധരണികൾ ("").

തമാശ
ഏത് സ്‌ട്രാൻഡിലാണ് ഫീച്ചർ ഉള്ളതെന്ന് സ്‌ട്രാൻഡ് സൂചിപ്പിക്കുന്നു. ഫോർവേഡിനുള്ള "+" എന്നതിൽ ഒന്നാണിത്
strand, "-" റിവേഴ്സ് സ്ട്രോണ്ടിന്, അല്ലെങ്കിൽ "." ഒറ്റപ്പെടാത്ത സവിശേഷതകൾക്കായി.

നിർദ്ദേശാങ്കങ്ങൾ
സവിശേഷത ഉൾക്കൊള്ളുന്ന ഒന്നോ അതിലധികമോ ശ്രേണികളുടെ ഒരു കൂട്ടമാണ് കോർഡിനേറ്റ് കോളം.
സ്‌റ്റാർട്ട്..സ്റ്റോപ്പ്, അല്ലെങ്കിൽ സ്റ്റാർട്ട്-സ്റ്റോപ്പ് പോലെ ഹൈഫനുകൾ ഉപയോഗിച്ചാണ് ശ്രേണികൾ എഴുതുന്നത്.
ഒന്നിലധികം ശ്രേണികൾ ഉൾക്കൊള്ളുന്ന സവിശേഷതകൾക്കായി &em; ഉദാഹരണത്തിന് ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റുകൾ അത്
ഒന്നിലധികം എക്സോണുകൾ &em; നിങ്ങൾക്ക് ഒന്നുകിൽ ശ്രേണികൾ വേർതിരിക്കുന്ന ഒരേ വരിയിൽ സ്ഥാപിക്കാം
കോമകൾ അല്ലെങ്കിൽ സ്‌പെയ്‌സുകൾ, അല്ലെങ്കിൽ ശ്രേണികൾ വ്യക്തിഗത ലൈനുകളിൽ ഇടുക, അതേ സവിശേഷത ഉപയോഗിക്കുക
അവയെ ഗ്രൂപ്പുചെയ്യാൻ പേരും ടൈപ്പും. മുകളിലുള്ള ഉദാഹരണത്തിൽ, Cosmid B0511 സവിശേഷതകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു
വ്യക്തിഗത ലൈൻ ശൈലി, FGENESH സവിശേഷതകൾ ഓൾ-റേഞ്ച്-ഓൺ-വൺ-ലൈൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
ശൈലി.

വിവരണം
അവസാന നിരയിൽ ചില വിവരണാത്മക വാചകം അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു. വിവരണ ഓപ്ഷൻ സജ്ജമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ
ശരിയാണ്, റെൻഡറിംഗിലെ ഫീച്ചറിന് താഴെ ഈ ടെക്സ്റ്റ് പ്രിന്റ് ചെയ്യപ്പെടും.

അവസാനമായി, ബന്ധപ്പെട്ട സവിശേഷതകൾ ഒരുമിച്ച് ഗ്രൂപ്പുചെയ്യുന്നത് സാധ്യമാണ്. EST കൾ ഒരു ഉദാഹരണമാണ്
yk53c10.5, yk53c10.3 എന്നിവ ക്ലോണിന്റെ രണ്ട് അറ്റങ്ങളിൽ നിന്ന് വായിക്കുന്നതിലൂടെ ബന്ധപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു
yk53c10. ഈ ബന്ധം സൂചിപ്പിക്കാൻ, ഇതുപോലെയുള്ള ഒരു വിഭാഗം സൃഷ്ടിക്കുക:

EST yk53c10
yk53c10.5 + 18892-19154
yk53c10.3 - 15000-15500,15700-15800

ഫീച്ചർ അടങ്ങിയ രണ്ട് കോളങ്ങൾ മാത്രം ഉൾക്കൊള്ളുന്ന ഒരു വരിയാണ് ഗ്രൂപ്പിനെ സൂചിപ്പിക്കുന്നത്
ടൈപ്പും ഗ്രൂപ്പിനുള്ള തനതായ പേരും. രൂപപ്പെടുത്തുന്ന എല്ലാ സവിശേഷതകളുമായും ഈ വരി പിന്തുടരുക
ഗ്രൂപ്പ്, എന്നാൽ ആദ്യ കോളം (സവിശേഷത തരം) ശൂന്യമായി വിടുക. ഗ്രൂപ്പ് റെൻഡർ ചെയ്യും
ഗ്രൂപ്പിലെ എല്ലാ അംഗങ്ങൾക്കും ഇടയിൽ ഒരു വര വരയ്ക്കുന്നു. നിങ്ങൾക്ക് ഇത് മാറ്റാം
ഈ സവിശേഷതയ്‌ക്കായി കോൺഫിഗറേഷൻ വിഭാഗത്തിൽ മറ്റൊരു കണക്റ്റർ ഓപ്ഷൻ വ്യക്തമാക്കുന്നു
ടൈപ്പ് ചെയ്യുക.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഫീച്ചർ_ഡ്രോപ്പ് ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക