ഫീച്ചർ കൗണ്ടുകൾ - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ഫീച്ചർ കൗണ്ട്സ് - വളരെ കാര്യക്ഷമവും കൃത്യവുമായ വായന സംഗ്രഹ പരിപാടി

USAGE

ഫീച്ചർ കൗണ്ടുകൾ [ഓപ്ഷനുകൾ] -a -o input_file1 [input_file2]
...

ആവശ്യമായ വാദങ്ങൾ:

-a
ഒരു വ്യാഖ്യാന ഫയലിന്റെ പേര്. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി GTF ഫോർമാറ്റ്. കാണുക -F കൂടുതൽ ഫോർമാറ്റുകൾക്കുള്ള ഓപ്ഷൻ.

-o
റീഡ് കൗണ്ടുകൾ ഉൾപ്പെടെ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര്. സംഗ്രഹം ഉൾപ്പെടെ ഒരു പ്രത്യേക ഫയൽ
എണ്ണൽ ഫലങ്ങളുടെ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകളും ഔട്ട്പുട്ടിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട് (` .സംഗ്രഹം')

ഇൻപുട്ട്_ഫയലുകൾ
BAM അല്ലെങ്കിൽ SAM ഫോർമാറ്റിലുള്ള ഇൻപുട്ട് ഫയലുകളുടെ ലിസ്റ്റ്. ഉപയോക്താക്കൾ ഇത് BAM അല്ലെങ്കിൽ എന്ന് വ്യക്തമാക്കേണ്ടതില്ല
സാറ്റ്.

ഓപ്ഷണൽ ആർഗ്യുമെന്റുകൾ:

-A
പൊരുത്തപ്പെടുത്താൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന ക്രോമസോം അപരനാമങ്ങൾ ഉൾപ്പെടെയുള്ള ഒരു കോമയിൽ വേർതിരിച്ച ഫയലിന്റെ പേര്
BAM/SAM ഇൻപുട്ടിൽ ഉപയോഗിച്ചിരിക്കുന്ന ക്രോമസോമുകളുടെ പേരുകൾ വ്യാഖ്യാനത്തിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നു
വ്യത്യസ്ത. ഫയൽ ഫോർമാറ്റിനായി ഉപയോക്തൃ ഗൈഡ് കാണുക.

-F
നൽകിയിരിക്കുന്ന വ്യാഖ്യാന ഫയലിന്റെ ഫോർമാറ്റ് വ്യക്തമാക്കുക. സ്വീകാര്യമായ ഫോർമാറ്റുകളിൽ `GTF' ഉം ഉൾപ്പെടുന്നു
`SAF'. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി `ജിടിഎഫ്'. SAF ഫോർമാറ്റിന്റെ വിവരണത്തിന് ഉപയോക്തൃ ഗൈഡ് കാണുക.

-t
GTF വ്യാഖ്യാനത്തിൽ ഫീച്ചർ തരം വ്യക്തമാക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി `exon'. വായിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന ഫീച്ചറുകൾ
നൽകിയിരിക്കുന്ന മൂല്യം ഉപയോഗിച്ച് വ്യാഖ്യാനത്തിൽ നിന്ന് എണ്ണൽ വേർതിരിച്ചെടുക്കും.

-g
GTF വ്യാഖ്യാനത്തിൽ ആട്രിബ്യൂട്ട് തരം വ്യക്തമാക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി `gene_id'. മെറ്റാ ഫീച്ചറുകൾ ഉപയോഗിച്ചു
നൽകിയിരിക്കുന്ന മൂല്യം ഉപയോഗിച്ച് വ്യാഖ്യാനത്തിൽ നിന്ന് റീഡ് കൗണ്ടിംഗ് വേർതിരിച്ചെടുക്കും.

-f ഫീച്ചർ ലെവലിൽ റീഡ് കൗണ്ടിംഗ് നടത്തുക (ഉദാ. എക്സോണുകൾക്ക് പകരം കൗണ്ടിംഗ് റീഡുകൾ
ജീനുകൾ).

-O ഓവർലാപ്പുചെയ്യുന്ന എല്ലാ മെറ്റാ ഫീച്ചറുകൾക്കും (അല്ലെങ്കിൽ ഫീച്ചറുകൾ) റീഡുകൾ അസൈൻ ചെയ്യുക -f is
വ്യക്തമാക്കിയ).

-s
സ്ട്രാൻഡ്-നിർദ്ദിഷ്ട റീഡ് കൗണ്ടിംഗ് നടത്തുക. സാധ്യമായ മൂല്യങ്ങൾ: 0 (അൺട്രാൻഡ്), 1
(ട്രാൻഡ്) കൂടാതെ 2 (വിപരീതമായി സ്ട്രാൻഡഡ്). സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 0.

-M മൾട്ടി-മാപ്പിംഗ് റീഡുകളും കണക്കാക്കും. ഒരു മൾട്ടിമാപ്പിംഗ് റീഡിനായി, അതിന്റെ എല്ലാ റിപ്പോർട്ടുകളും
വിന്യാസങ്ങൾ കണക്കാക്കും. BAM/SAM ഇൻപുട്ടിലെ `NH' ടാഗ് കണ്ടുപിടിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു
മൾട്ടി-മാപ്പിംഗ് റീഡുകൾ.

-Q
കണക്കാക്കുന്നതിന് ഒരു വായനയുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ മാപ്പിംഗ് ഗുണമേന്മയുള്ള സ്കോർ തൃപ്തികരമായിരിക്കണം. വേണ്ടി
ജോടിയാക്കിയ അവസാന വായനകൾ, ഒരു അറ്റമെങ്കിലും ഈ മാനദണ്ഡം പാലിക്കണം. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 0.

-T
ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 1.

-v പ്രോഗ്രാമിന്റെ ഔട്ട്പുട്ട് പതിപ്പ്.

-J ഓരോ എക്സോൺ-എക്സോൺ ജംഗ്ഷനും പിന്തുണയ്ക്കുന്ന വായനകളുടെ എണ്ണം എണ്ണുക. ജംഗ്ഷനുകൾ ആയിരുന്നു
ഇൻപുട്ടിലെ എക്സോൺ-സ്പാനിംഗ് റീഡുകളിൽ നിന്ന് തിരിച്ചറിഞ്ഞു (CIGAR-ൽ 'N' അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
സ്ട്രിംഗ്). കൗണ്ടിംഗ് ഫലങ്ങൾ ' എന്ന പേരിലുള്ള ഒരു ഫയലിൽ സംരക്ഷിക്കപ്പെടുന്നു .jcounts'

-G
ഇൻപുട്ട് SAM സൃഷ്ടിക്കുന്നതിന് ഉപയോഗിക്കുന്ന റഫറൻസ് ജീനോം അടങ്ങിയ ഫാസ്റ്റ ഫയൽ അല്ലെങ്കിൽ
BAM ഫയലുകൾ. ജംഗ്ഷൻ കൗണ്ടിംഗ് നടത്തുമ്പോൾ മാത്രമേ ഈ വാദം ആവശ്യമുള്ളൂ.

-R ഓരോ വായനയ്ക്കും വിശദമായ അസൈൻമെന്റ് ഫലം ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക. ഇതിനായി ഒരു ടെക്സ്റ്റ് ഫയൽ ജനറേറ്റ് ചെയ്യും
ഓരോ ഇൻപുട്ട് ഫയലും, റീഡുകളുടെ പേരുകളും മെറ്റാ ഫീച്ചറുകളും/ഫീച്ചർ റീഡുകളും ഉൾപ്പെടെ
നിയോഗിച്ചിട്ടുള്ള. കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക് ഉപയോക്തൃ ഗൈഡ് കാണുക.

--ഏറ്റവും വലിയ ഓവർലാപ്പ്
ഏറ്റവും കൂടുതൽ ഓവർലാപ്പിംഗ് ഉള്ള ഒരു മെറ്റാ ഫീച്ചർ/ഫീച്ചറിലേക്ക് റീഡുകൾ അസൈൻ ചെയ്യുക
അടിസ്ഥാനങ്ങൾ.

--മിനിറ്റ് ഓവർലാപ്പ്
ഒരു റീഡിനും എയ്ക്കും ഇടയിൽ ആവശ്യമായ ഓവർലാപ്പിംഗ് ബേസുകളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ എണ്ണം വ്യക്തമാക്കുക
റീഡ് അസൈൻ ചെയ്‌തിരിക്കുന്ന മെറ്റാ ഫീച്ചർ/ഫീച്ചർ. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 1.

--read2pos <5: 3>
വായനകൾ അവയുടെ 5' ഏറ്റവും അടിസ്ഥാനമായോ 3' ഏറ്റവും അടിസ്ഥാനമായോ കുറയ്ക്കുക. തുടർന്ന് റീഡ് കൗണ്ടിംഗ് നടത്തുന്നു
ഒരൊറ്റ അടിത്തറയെ അടിസ്ഥാനമാക്കി വായന ചുരുക്കിയിരിക്കുന്നു.

--readExtension5 വായനകൾ അപ്‌സ്ട്രീം വഴി വിപുലീകരിച്ചിരിക്കുന്നു അവരിൽ നിന്നുള്ള അടിസ്ഥാനങ്ങൾ
5' അവസാനം.

--readExtension3 വായനകൾ അപ്‌സ്ട്രീം വഴി വിപുലീകരിച്ചിരിക്കുന്നു അവരിൽ നിന്നുള്ള അടിസ്ഥാനങ്ങൾ
3' അവസാനം.

--അംശം
റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെട്ട ഓരോ വിന്യാസത്തിനും 1 (ഒന്ന്) എണ്ണത്തിന് പകരം 1/n എന്ന ഫ്രാക്ഷണൽ കൗണ്ട് ഉപയോഗിക്കുക
റീഡ് കൗണ്ടിംഗിൽ ഒരു മൾട്ടി-മാപ്പിംഗ് റീഡ്. n എന്നത് റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെട്ട മൊത്തം വിന്യാസങ്ങളുടെ എണ്ണമാണ്
മൾട്ടി-മാപ്പിംഗ് റീഡിനായി. ഈ ഓപ്‌ഷൻ '-M' ഓപ്‌ഷനോടൊപ്പം ഉപയോഗിക്കേണ്ടതാണ്.

--പ്രാഥമിക
പ്രാഥമിക വിന്യാസങ്ങൾ മാത്രം എണ്ണുക. ബിറ്റ് 0x100 ഇഞ്ച് ഉപയോഗിച്ചാണ് പ്രാഥമിക വിന്യാസങ്ങൾ തിരിച്ചറിയുന്നത്
SAM/BAM ഫ്ലാഗ് ഫീൽഡ്.

--അവഗണിക്കുക
റീഡ് കൗണ്ടിംഗിൽ ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റ് റീഡുകൾ അവഗണിക്കുക. ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റ് റീഡുകൾ ബിറ്റ് ഉപയോഗിച്ച് തിരിച്ചറിയുന്നു
BAM/SAM ഫ്ലാഗ് ഫീൽഡിൽ Ox400. വായനകളിൽ ഒന്ന് വായിച്ചാൽ മുഴുവൻ റീഡ് ജോഡിയും അവഗണിക്കപ്പെടും
ജോടിയാക്കിയ എൻഡ് ഡാറ്റയ്‌ക്കായി ഒരു ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റ് റീഡ്.

--countSplitAlignments മാത്രം സ്പ്ലിറ്റ് അലൈൻമെന്റുകൾ മാത്രം എണ്ണുക (അതായത്. ഇതുമായുള്ള വിന്യാസങ്ങൾ
'N' അടങ്ങുന്ന CIGAR സ്ട്രിംഗ്). സ്പ്ലിറ്റ് അലൈൻമെന്റുകളുടെ ഒരു ഉദാഹരണം എക്സോൺ-സ്പാനിംഗ് റീഡുകൾ ആണ്
RNA-seq ഡാറ്റയിൽ.

-p വ്യക്തിഗത വായനകൾക്ക് പകരം ശകലങ്ങൾ എണ്ണുക (ജോഡികൾ വായിക്കുക). ഓരോ വായന ജോഡിക്കും, അതിന്റെ
BAM/SAM ഇൻപുട്ടിൽ രണ്ട് റീഡുകൾ പരസ്പരം അരികിലായിരിക്കണം.

-P റീഡ് ജോഡികൾ കണക്കാക്കുമ്പോൾ ജോടിയാക്കിയ അവസാന ദൂരത്തിന്റെ സാധുത പരിശോധിക്കുക. ഉപയോഗിക്കുക -d ഒപ്പം -D ലേക്ക്
പരിധി നിശ്ചയിക്കുക.

-d
ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ശകലം/ടെംപ്ലേറ്റ് ദൈർഘ്യം, ഡിഫോൾട്ടായി 50.

-D
പരമാവധി ശകലം/ടെംപ്ലേറ്റ് ദൈർഘ്യം, സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 600.

-B രണ്ട് അറ്റങ്ങളും വിജയകരമായി വിന്യസിച്ചിരിക്കുന്ന റീഡ് ജോഡികൾ എണ്ണുക.

-S
ഒരേ ജോഡിയിൽ നിന്നുള്ള രണ്ട് വായനകളുടെ ഓറിയന്റേഷൻ വ്യക്തമാക്കുക, സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 'fr'
(മുന്നോട്ട്/റിവേഴ്സ്).

-C വ്യത്യസ്‌ത ക്രോമസോമുകളിലേക്ക് അവയുടെ രണ്ടറ്റം മാപ്പ് ചെയ്യുന്ന റീഡ് ജോഡികളെ കണക്കാക്കരുത്
അല്ലെങ്കിൽ ഒരേ ക്രോമസോമിലേക്ക് മാപ്പിംഗ്, എന്നാൽ വ്യത്യസ്ത ഇഴകളിൽ.

--ക്രമീകരിക്കരുത്
BAM/SAM ഇൻപുട്ടിൽ റീഡുകൾ അടുക്കരുത്. ഒരേ ജോഡിയിൽ നിന്നുള്ള വായനകൾ ആവശ്യമാണെന്ന കാര്യം ശ്രദ്ധിക്കുക
ഇൻപുട്ടിൽ പരസ്പരം അടുത്ത് സ്ഥിതിചെയ്യണം.

--maxMOp
ഒരു CIGAR സ്ട്രിംഗിൽ പരമാവധി 'M' പ്രവർത്തനങ്ങൾ അനുവദനീയമാണ് . സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 10. രണ്ടും
'X', '=' എന്നിവ 'M' ആയി കണക്കാക്കുകയും തൊട്ടടുത്തുള്ള 'M' പ്രവർത്തനങ്ങൾ CIGAR-ൽ ലയിപ്പിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു
സ്ട്രിംഗ്.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഫീച്ചർകൗണ്ടുകൾ ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക