ഫ്ലെക്സ്ബാർ - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ഫ്ലെക്സ്ബാർ - പ്ലാറ്റ്ഫോമുകൾ ക്രമപ്പെടുത്തുന്നതിനുള്ള ഫ്ലെക്സിബിൾ ബാർകോഡും അഡാപ്റ്റർ നീക്കംചെയ്യലും

സിനോപ്സിസ്

ഫ്ലെക്സബര് -r വായിക്കുന്നു [-t target] [-b ബാർകോഡുകൾ] [-a അഡാപ്റ്ററുകൾ] [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

ഫ്ലെക്സ്ബാർ ഹൈ-ത്രൂപുട്ട് സീക്വൻസിങ് ഡാറ്റ കാര്യക്ഷമമായി പ്രീപ്രോസസ് ചെയ്യുന്നു. ഇത് ഡിമൾട്ടിപ്ലെക്സുകൾ
ബാർകോഡ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുകയും അഡാപ്റ്റർ സീക്വൻസുകൾ നീക്കം ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു. കൂടാതെ, ട്രിമ്മിംഗ്, ഫിൽട്ടറിംഗ് സവിശേഷതകൾ
നൽകിയത്. Flexbar മാപ്പിംഗ് നിരക്കുകൾ വർദ്ധിപ്പിക്കുകയും ജീനോമും ട്രാൻസ്ക്രിപ്റ്റോമും മെച്ചപ്പെടുത്തുകയും ചെയ്യുന്നു
അസംബ്ലികൾ. ഇത് fasta/q, csfasta/q ഫോർമാറ്റിൽ അടുത്ത തലമുറ സീക്വൻസിങ് ഡാറ്റയെ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു
Illumina, Roche 454, SOLiD പ്ലാറ്റ്ഫോം എന്നിവയിൽ നിന്ന്.

ഫ്ലെക്സ്ബാറിൽ പാരാമീറ്റർ പേരുകൾ മാറ്റി. സ്ക്രിപ്റ്റുകൾ അവലോകനം ചെയ്യുക. സമീപ മാസങ്ങൾ, ഡിഫോൾട്ട്
ക്രമീകരണങ്ങൾ ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്തു, നിരവധി ബഗുകൾ പരിഹരിച്ചു, വിവിധ മെച്ചപ്പെടുത്തലുകൾ വരുത്തി, ഉദാ
നവീകരിച്ച കമാൻഡ്-ലൈൻ ഇന്റർഫേസ്, പുതിയ ട്രിമ്മിംഗ് മോഡുകൾ കൂടാതെ കുറഞ്ഞ സമയവും മെമ്മറിയും
ആവശ്യകതകൾ.

-h, --സഹായിക്കൂ

ഈ സഹായ സന്ദേശം പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു.

-w, --വിപുലമായ

അഡ്വാൻസ്ഡ് ഓപ്‌ഷനുകൾ ഹെൽപ്പ് സ്‌ക്രീൻ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

-i, --ഉദ്ധരിക്കുക

ഉദ്ധരണിക്കായി പ്രോഗ്രാം റഫറൻസ് കാണിക്കുക.

അടിസ്ഥാന ഓപ്ഷനുകൾ:

-n, --ത്രെഡുകൾ NUMBER

ഉപയോഗിക്കേണ്ട ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1.

-t, --ലക്ഷ്യം STR

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ പേരുകൾ അല്ലെങ്കിൽ പാതകൾക്കുള്ള പ്രിഫിക്സ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി: flexbar.

-r, --വായിക്കുന്നു FILE

Fasta/q ഫയൽ അല്ലെങ്കിൽ stdin (-) ബാർകോഡുകൾ ഉൾപ്പെട്ടേക്കാവുന്ന റീഡുകൾ.

-p, --വായിക്കുന്നത്2 FILE

ജോടിയാക്കിയ റീഡുകളുടെ രണ്ടാമത്തെ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ, പിന്തുണയ്ക്കുന്ന gz, bz2 ഫയലുകൾ.

-f, --ഫോർമാറ്റ് STR

ഗുണമേന്മയുള്ള ഫോർമാറ്റ്: sanger, solexa, i1.3, i1.5, i1.8 (illumina 1.8+).

-c, --കളർ-സ്പെയ്സ്

കളർ-സ്‌പേസ് ഫോർമാറ്റിലുള്ള ഇൻപുട്ട് csfasta അല്ലെങ്കിൽ sanger സ്‌കെയിലിംഗിൽ csfastq.

ബാർകോഡ് കണ്ടെത്തൽ:

-b, --ബാർകോഡുകൾ FILE

എൻ അടങ്ങിയേക്കാവുന്ന ഡീമൾട്ടിപ്ലെക്‌സിംഗിനുള്ള ബാർകോഡുകളുള്ള ഫാസ്റ്റ ഫയൽ.

-br, --ബാർകോഡ്-വായിക്കുന്നു FILE

കണ്ടുപിടിക്കാൻ പ്രത്യേക ബാർകോഡ് റീഡുകൾ അടങ്ങിയ ഫാസ്റ്റ/ക്യു ഫയൽ.

-ആകുക, --ബാർകോഡ്-ട്രിം-എൻഡ് STR

കണ്ടെത്തൽ തരം, വിഭാഗം ട്രിം-എൻഡ് മോഡുകൾ കാണുക. ഡിഫോൾട്ട്: ഏതെങ്കിലും.

-ബോ, --ബാർകോഡ്-മിനി-ഓവർലാപ്പ് NUMBER

ബാർകോഡിന്റെയും വായനയുടെയും ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ഓവർലാപ്പ്. ഡിഫോൾട്ട്: ബാർകോഡ് ദൈർഘ്യം.

-ബിടി, --ബാർകോഡ്-ത്രെഷോൾഡ് NUMBER

അനുവദനീയമായ പൊരുത്തക്കേടുകളും വിടവുകളും ഓരോ 10 ബേസുകളും ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1.0.

-ബു, --ബാർകോഡ്-അൺസെസൈഡ്

ഔട്ട്‌പുട്ട് ജനറേഷനിൽ അസൈൻ ചെയ്യാത്ത വായനകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക.

അഡാപ്റ്റർ നീക്കംചെയ്യൽ:

-a, --അഡാപ്റ്ററുകൾ FILE

N അടങ്ങിയേക്കാവുന്ന നീക്കം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള അഡാപ്റ്ററുകളുള്ള ഫാസ്റ്റ ഫയൽ.

-പോലെ, --അഡാപ്റ്റർ-സെക് STR

അഡാപ്റ്ററുകൾക്ക് ബദലായി സിംഗിൾ അഡാപ്റ്റർ സീക്വൻസ്.

-അ, --adapter-trim-end STR

നീക്കം ചെയ്യുന്ന തരം, വിഭാഗം ട്രിം-എൻഡ് മോഡുകൾ കാണുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി: വലത്.

-ലേക്ക്, --അഡാപ്റ്റർ-മിനി-ഓവർലാപ്പ് NUMBER

അഡാപ്റ്ററിന്റെയും റീഡ് സീക്വൻസിന്റെയും ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ഓവർലാപ്പ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1.

-അതിൽ, --അഡാപ്റ്റർ-ത്രെഷോൾഡ് NUMBER

അനുവദനീയമായ പൊരുത്തക്കേടുകളും വിടവുകളും ഓരോ 10 ബേസുകളും ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 3.0.

ഫിൽട്ടറിംഗ്, ട്രിമ്മിംഗ്:

-u, --max-uncalled NUMBER

ഓരോ വായനയ്ക്കും അൺകോൾഡ് ബേസുകൾ (N അല്ലെങ്കിൽ .) അനുവദിച്ചിരിക്കുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0.

-x, --പ്രീ-ട്രിം-ഇടത് NUMBER

കണ്ടെത്തുന്നതിന് മുമ്പ് 5' റീഡ് എൻഡിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന ബേസുകളുടെ എണ്ണം ട്രിം ചെയ്യുക.

-y, --പ്രീ-ട്രിം-വലത് NUMBER

കണ്ടെത്തുന്നതിന് മുമ്പ്, 3' അവസാനത്തിൽ നിശ്ചിത എണ്ണം ബേസുകൾ ട്രിം ചെയ്യുക.

-q, --പ്രീ-ട്രിം-ഫ്രെഡ് NUMBER

നിർദ്ദിഷ്‌ടമായതോ ഉയർന്ന നിലവാരമോ എത്തുന്നതുവരെ 3' അവസാനം ട്രിം ചെയ്യുക.

-k, --പോസ്റ്റ്-ട്രിം-ലെങ്ത് NUMBER

നീക്കം ചെയ്തതിന് ശേഷം 3' അവസാനം മുതൽ നിർദ്ദിഷ്ട റീഡ് ലെങ്ത് വരെ ട്രിം ചെയ്യുക.

-m, --മിനിറ്റ്-വായന-ദൈർഘ്യം NUMBER

നീക്കം ചെയ്‌തതിന് ശേഷവും കുറഞ്ഞ വായന ദൈർഘ്യം. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 18.

ഔട്ട്പുട്ട് തിരഞ്ഞെടുക്കൽ:

-o, --ഫാസ്റ്റ-ഔട്ട്പുട്ട്

ഔട്ട്‌പുട്ടിനായി നോൺ-ക്വാളിറ്റി ഫോർമാറ്റുകൾ ഫാസ്റ്റ, സിഎസ്‌ഫാസ്റ്റ എന്നിവ തിരഞ്ഞെടുക്കുക.

-z, --zip-ഔട്ട്പുട്ട് STR

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകളുടെ നേരിട്ടുള്ള കംപ്രഷൻ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുക. GZ, BZ2 എന്നിവയിൽ ഒന്ന്.

-s, --ഒറ്റ-വായന

വളരെ ചെറിയ എതിരാളികൾക്കായി ഒറ്റ ജോടിയാക്കിയ വായനകൾ എഴുതുക.

ലോഗിംഗും ടാഗിംഗും:

-l, --ലോഗ്-ലെവൽ STR

സാധുവായ ഒപ്റ്റിമൽ റീഡ് അലൈൻമെന്റ് പ്രിന്റ് ചെയ്യുക. ALL, MOD, TAB എന്നിവയിൽ ഒന്ന്.

-g, --നീക്കം-ടാഗുകൾ

അഡാപ്റ്റർ അല്ലെങ്കിൽ ബാർകോഡ് നീക്കംചെയ്യലിന് വിധേയമായ ടാഗ് റീഡുകൾ.

ട്രിം-എൻഡ് മോഡുകൾ:

ഏതെങ്കിലും: ഓവർലാപ്പ് നീക്കം ചെയ്തതിന് ശേഷം വായനയുടെ ദൈർഘ്യമേറിയ വശം അവശേഷിക്കുന്നു: ഇടത്: വലത് വശം അവശേഷിക്കുന്നു
നീക്കം ചെയ്തതിന് ശേഷം, വിന്യസിക്കുക <= അവസാനം വായിക്കുക വലത്: നീക്കം ചെയ്തതിന് ശേഷവും ഇടത് ഭാഗം അവശേഷിക്കുന്നു, വിന്യസിക്കുക >=
റീഡ് സ്റ്റാർട്ട് LEFT_TAIL: അലൈൻമെന്റിലെ റീഡുകളുടെ ആദ്യ n അടിസ്ഥാനങ്ങൾ പരിഗണിക്കുക RIGHT_TAIL: ഉപയോഗിക്കുക
അവസാന n ബേസുകൾ മാത്രം, ടെയിൽ-ലെങ്ത് ഓപ്ഷനുകൾ കാണുക

ഉദാഹരണങ്ങൾ

ഫ്ലെക്സബര് -r വായിക്കുന്നു.fq -f i1.8 -t ലക്ഷ്യം -b brc.fa -a adap.fa ഫ്ലെക്സ്ബാർ -r
വായിക്കുന്നു.csfastq.gz -a adap.fa -ലേക്ക് 5 -അ ഇടത്തെ -c

പതിപ്പ്

ഫ്ലെക്സ്ബാർ പതിപ്പ്: 2.4 അവസാനമായി അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്തത് ജൂലൈ 29, 2013

വിപുലമായ ഓപ്ഷനുകൾ: ഫ്ലെക്സ്ബാർ -w

ഫ്ലെക്സ്ബാർ പതിപ്പ് 2.4

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനായി flexbar ഉപയോഗിക്കുക