കുറുക്കൻ - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ഫോക്സ് - ഡിഫ്രാക്ഷൻ ഡാറ്റയിൽ നിന്നുള്ള ab-initio ഘടന നിർണ്ണയിക്കൽ

സിനോപ്സിസ്

കുറുക്കൻ [ഓപ്ഷനുകൾ] [file.xml]

വിവരണം

ദി കുറുക്കൻ (Free Objects for Crystallography) പ്രോഗ്രാം ab initio ക്രിസ്റ്റലിനായി ഉണ്ടാക്കി
ഡിഫ്രാക്ഷൻ ഡാറ്റയിൽ നിന്നുള്ള ഘടന പരിഹാരം. എബി ഇനീഷ്യോയ്‌ക്കുള്ള ഏറ്റവും രസകരമായ സവിശേഷതകൾ
ഘടന നിർണ്ണയിക്കുന്നത് ഇവയാണ്:

* ക്രിസ്റ്റൽ ഉള്ളടക്കങ്ങളുടെ ബഹുമുഖ വിവരണം;

* പോളിഹെഡ്രയ്ക്കിടയിലുള്ള പ്രത്യേക സ്ഥാനങ്ങൾക്കും പങ്കിട്ട ആറ്റങ്ങൾക്കും വേണ്ടിയുള്ള യാന്ത്രിക തിരുത്തൽ;

* ഒരേസമയം ഒന്നിലധികം പൊടി പാറ്റേണുകൾ ഉപയോഗിക്കാനുള്ള കഴിവ്;

* സ്മാർട്ട് ആഗോള ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ അൽഗോരിതം;

* 3D ക്രിസ്റ്റൽ സ്ട്രക്ചർ കാഴ്ചയും തത്സമയ അപ്‌ഡേറ്റുകളും ഉള്ള ഒരു ഗ്രാഫിക്കൽ ഇന്റർഫേസ്
ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ പ്രക്രിയ.

ഓപ്ഷനുകൾ

കമാൻഡ് ലൈൻ ഓപ്ഷനുകൾ അല്ലെങ്കിൽ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ (file.xml) ഉപയോഗിച്ചോ അല്ലാതെയോ ഈ പ്രോഗ്രാം എന്റെ എക്സിക്യൂട്ട് ചെയ്യാം.
ഇത് സാധാരണ ഗ്നു കമാൻഡ് ലൈൻ സിന്റാക്സ് പിന്തുടരുന്നു, രണ്ട് ഡാഷുകളിൽ ആരംഭിക്കുന്ന ദൈർഘ്യമേറിയ ഓപ്ഷനുകൾ
(`-'). ഓപ്ഷനുകളുടെ ഒരു സംഗ്രഹം ചുവടെ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്. പൂർണ്ണമായ വിവരണത്തിന്, കുറുക്കൻ കാണുക
വിക്കി http://objcryst.sourceforge.net/Fox/Manual

--സഹായിക്കൂ ഓപ്ഷനുകളുടെ സംഗ്രഹം കാണിക്കുക.

--loadfouriergrd map.grd
(ആദ്യം) ക്രിസ്റ്റൽ ഘടനയുള്ള 'map.grd' ഫോറിയർ മാപ്പ് ലോഡുചെയ്‌ത് പ്രദർശിപ്പിക്കുക

--loadfourierdsn6 map.DN6
(ആദ്യത്തെ) ക്രിസ്റ്റൽ ഘടനയുള്ള ഒരു DSN6 ഫോറിയർ മാപ്പ് ലോഡുചെയ്ത് പ്രദർശിപ്പിക്കുക

--നോഗി
GUI ഇല്ലാതെ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക, സ്വയമേവ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ സമാരംഭിക്കുന്നു --nogui ഒപ്പമുണ്ടാകാം
ഇനിപ്പറയുന്ന ഓപ്ഷനുകൾ:

-n 10000
പരമാവധി 10000 ട്രയലുകൾക്കായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1000000)

--nbrun 5
5 റൺസ് ചെയ്യുക, ഓരോ റണ്ണിനും മുമ്പായി ക്രമരഹിതമാക്കുക (ഡിഫോൾട്ട്: 1), അനിശ്ചിതമായി പ്രവർത്തിക്കാൻ -1 ഉപയോഗിക്കുക

-o out.xml
'out.xml'-ലെ ഔട്ട്‌പുട്ട്

-- ക്രമരഹിതമാക്കുക
പ്രാരംഭ കോൺഫിഗറേഷൻ ക്രമരഹിതമാക്കുക

--നിശബ്ദത
ടെക്‌സ്‌റ്റ് ഔട്ട്‌പുട്ട് ഇല്ല (ഏതാണ്ട്) നിർമ്മിക്കുക

--ഫൈനൽ കോസ്റ്റ് 0.15
വില <0.15 വരെ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക

--cif2pattern 1.5406 170 5000 .1
ഇൻപുട്ട് ക്രിസ്റ്റലിനായി പാറ്റേൺ അനുകരിക്കുക, തരംഗദൈർഘ്യം=1.5406 170° വരെ 500 പോയിന്റുകൾ
ഏറ്റവും ഉയർന്ന വീതി 0.1°

ഉദാഹരണങ്ങൾ

കുറുക്കന് silicon.xml
'silicon.xml' ഫയൽ ലോഡ് ചെയ്ത് GUI ലോഞ്ച് ചെയ്യുക.

കുറുക്കന് Cimetidine-powder.xml --നോഗി -- ക്രമരഹിതമാക്കുക -n 1000000 -o best.xml
'ktartrate.xml' ഫയൽ ലോഡ് ചെയ്യുക, ക്രമരഹിതമാക്കുക, തുടർന്ന് 1 ദശലക്ഷം ട്രയലുകളുടെ 1 ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ നടത്തുക,
മികച്ച ഘടന 'best.xml'-ൽ സംരക്ഷിക്കുക.

കുറുക്കന് Cimetidine-powder.xml --നോഗി -- ക്രമരഹിതമാക്കുക -n 10000000 --nbrun 10 -o best.xml
'Cimetidine-powder.xml' ഫയൽ ലോഡ് ചെയ്യുക, തുടർന്ന് 10 റൺസ് എടുക്കുക (ക്രമരഹിതമായി ആരംഭിക്കുക
ഘടന) 10 ദശലക്ഷം ട്രയലുകൾ (ഓരോ റണ്ണും ഒരു xml ഫയൽ സംരക്ഷിക്കുന്നു), മികച്ചത് സംരക്ഷിക്കുക
'best.xml' ലെ ഘടന.

കുറുക്കന് Cimetidine-powder.xml --നോഗി --നിശബ്ദത -- ക്രമരഹിതമാക്കുക -n 10000000 --nbrun 10 --ഫൈനൽ കോസ്റ്റ്
200000 -o best.xml
'Cimetidine-powder.xml' ഫയൽ ലോഡ് ചെയ്യുക, തുടർന്ന് 10 ദശലക്ഷം ട്രയലുകളുടെ 10 നിശബ്ദ റണ്ണുകൾ നടത്തുക
(ഓരോ ഓട്ടവും ഒരു xml ഫയൽ സംരക്ഷിക്കുന്നു), കൂടാതെ മികച്ച ഘടന 'best.xml'-ൽ സംരക്ഷിക്കുക. ഓരോന്നിനും
പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക, ചെലവ് 200000-ൽ താഴെയാണെങ്കിൽ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ നിർത്തുന്നു.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഫോക്സ് ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക