ജിൻസി - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

mafft - അമിനോ ആസിഡ് അല്ലെങ്കിൽ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസുകൾക്കായുള്ള ഒന്നിലധികം വിന്യാസ പരിപാടി

സിനോപ്സിസ്

മാഫ്റ്റ് [ഓപ്ഷനുകൾ] ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

ലിൻസി ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

ജിൻസി ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

ഐൻസി ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

fftnsi ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

fftns ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

nwns ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

nwnsi ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

mafft-പ്രൊഫൈൽ ഗ്രൊഉപ്ക്സനുമ്ക്സ ഗ്രൊഉപ്ക്സനുമ്ക്സ [> ഔട്ട്പുട്ട്]

ഇൻപുട്ട്, ഗ്രൊഉപ്ക്സനുമ്ക്സ ഒപ്പം ഗ്രൊഉപ്ക്സനുമ്ക്സ ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ ആയിരിക്കണം.

വിവരണം

MAFFT unix പോലുള്ള ഓപ്പറേറ്റിംഗ് സിസ്റ്റങ്ങൾക്കായുള്ള ഒരു മൾട്ടിപ്പിൾ സീക്വൻസ് അലൈൻമെന്റ് പ്രോഗ്രാമാണ്. ഇത് വാഗ്ദാനം ചെയ്യുന്നു
ഒന്നിലധികം വിന്യാസ രീതികളുടെ ഒരു ശ്രേണി.

കൃത്യത-അധിഷ്ഠിത രീതികൾ:
· L-INS-i (ഒരുപക്ഷേ ഏറ്റവും കൃത്യമാണ്; <200 സീക്വൻസുകൾക്ക് ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു; ആവർത്തന പരിഷ്കരണം
ലോക്കൽ പെയർവൈസ് അലൈൻമെന്റ് വിവരങ്ങൾ ഉൾക്കൊള്ളുന്ന രീതി):

മാഫ്റ്റ് --ലോക്കൽ പെയർ --പരമാവധി 1000 ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

ലിൻസി ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

· G-INS-i (സമാന ദൈർഘ്യമുള്ള സീക്വൻസുകൾക്ക് അനുയോജ്യം; <200 സീക്വൻസുകൾക്ക് ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു;
ആഗോള പെയർവൈസ് അലൈൻമെന്റ് വിവരങ്ങൾ ഉൾക്കൊള്ളുന്ന ആവർത്തന പരിഷ്കരണ രീതി):

മാഫ്റ്റ് --ഗ്ലോബൽ പെയർ --പരമാവധി 1000 ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

ജിൻസി ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

· E-INS-i (വലിയ വിന്യസിക്കാനാവാത്ത പ്രദേശങ്ങൾ അടങ്ങിയ സീക്വൻസുകൾക്ക് അനുയോജ്യം; ഇതിനായി ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു
<200 സീക്വൻസുകൾ):

മാഫ്റ്റ് --എപ്പി 0 --genafpair --പരമാവധി 1000 ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

ഐൻസി ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

E-INS-i-ന്, the --എപ്പി 0 വലിയ വിടവുകൾ അനുവദിക്കുന്നതിന് ഓപ്ഷൻ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു.

സ്പീഡ്-ഓറിയന്റഡ് രീതികൾ:
· FFT-NS-i (ആവർത്തന പരിഷ്കരണ രീതി; രണ്ട് സൈക്കിളുകൾ മാത്രം):

മാഫ്റ്റ് --റിട്രീ 2 --പരമാവധി 2 ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

fftnsi ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

· FFT-NS-i (ആവർത്തന പരിഷ്കരണ രീതി; പരമാവധി 1000 ആവർത്തനങ്ങൾ):

മാഫ്റ്റ് --റിട്രീ 2 --പരമാവധി 1000 ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

· FFT-NS-2 (വേഗതയുള്ള; പുരോഗമന രീതി):

മാഫ്റ്റ് --റിട്രീ 2 --പരമാവധി 0 ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

fftns ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

· FFT-NS-1 (വളരെ വേഗത്തിൽ; 2000 സീക്വൻസുകൾക്ക് ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു; പരുക്കൻ രീതിയിലുള്ള പുരോഗമന രീതി
വഴികാട്ടി വൃക്ഷം):

മാഫ്റ്റ് --റിട്രീ 1 --പരമാവധി 0 ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

· NW-NS-i (FFT ഏകദേശം ഇല്ലാതെ ആവർത്തന പരിഷ്കരണ രീതി; രണ്ട് സൈക്കിളുകൾ മാത്രം):

മാഫ്റ്റ് --റിട്രീ 2 --പരമാവധി 2 --നോഫ് ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

nwnsi ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

· NW-NS-2 (FFT ഏകദേശം ഇല്ലാതെ വേഗതയുള്ള; പുരോഗമന രീതി):

മാഫ്റ്റ് --റിട്രീ 2 --പരമാവധി 0 --നോഫ് ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

nwns ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

· NW-NS-PartTree-1 (~10,000 മുതൽ ~50,000 വരെ സീക്വൻസുകൾക്ക് ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു; പുരോഗമന രീതി
PartTree അൽഗോരിതം ഉപയോഗിച്ച്):

മാഫ്റ്റ് --റിട്രീ 1 --പരമാവധി 0 --നോഫ് --പാർട്ട്ട്രീ ഇൻപുട്ട് [> ഔട്ട്പുട്ട്]

ഗ്രൂപ്പ്-ടു-ഗ്രൂപ്പ് വിന്യാസങ്ങൾ

mafft-പ്രൊഫൈൽ ഗ്രൊഉപ്ക്സനുമ്ക്സ ഗ്രൊഉപ്ക്സനുമ്ക്സ [> ഔട്ട്പുട്ട്]

അഥവാ:

മാഫ്റ്റ് --പരമാവധി 1000 --വിത്ത് ഗ്രൊഉപ്ക്സനുമ്ക്സ --വിത്ത് ഗ്രൊഉപ്ക്സനുമ്ക്സ /dev/null [> ഔട്ട്പുട്ട്]

ഓപ്ഷനുകൾ

അൽഗോരിതം
--ഓട്ടോ
L-INS-i, FFT-NS-i, FFT-NS-2 എന്നിവയിൽ നിന്ന് അനുയോജ്യമായ ഒരു തന്ത്രം യാന്ത്രികമായി തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നു,
ഡാറ്റ വലിപ്പം അനുസരിച്ച്. ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ് (എല്ലായ്‌പ്പോഴും FFT-NS-2)

--6 മെർപെയർ
പങ്കിട്ട 6മെറുകളുടെ എണ്ണത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയാണ് ദൂരം കണക്കാക്കുന്നത്. സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഓൺ

--ഗ്ലോബൽ പെയർ
എല്ലാ പെയർവൈസ് അലൈൻമെന്റുകളും നീഡിൽമാൻ-വുൺഷ് അൽഗോരിതം ഉപയോഗിച്ചാണ് കണക്കാക്കുന്നത്. കൂടുതൽ
കൃത്യവും എന്നാൽ വേഗത കുറഞ്ഞതും --6merpair. ആഗോളതലത്തിൽ വിന്യസിക്കാവുന്ന ഒരു കൂട്ടത്തിന് അനുയോജ്യം
ക്രമങ്ങൾ. ~200 സീക്വൻസുകൾ വരെ ബാധകമാണ്. --maxiterate 1000 മായി ഒരു കോമ്പിനേഷൻ
ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു (G-INS-i). ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ് (6 മീറ്റർ ദൂരം ഉപയോഗിക്കുന്നു)

--ലോക്കൽ പെയർ
എല്ലാ ജോഡി അലൈൻമെന്റുകളും സ്മിത്ത്-വാട്ടർമാൻ അൽഗോരിതം ഉപയോഗിച്ചാണ് കണക്കാക്കുന്നത്. കൂടുതൽ കൃത്യത
എന്നാൽ --6merpair-നേക്കാൾ വേഗത കുറവാണ്. പ്രാദേശികമായി വിന്യസിക്കാവുന്ന ഒരു കൂട്ടം സീക്വൻസുകൾക്ക് അനുയോജ്യം.
~200 സീക്വൻസുകൾ വരെ ബാധകമാണ്. --maxiterate 1000 എന്നതുമായുള്ള സംയോജനമാണ്
ശുപാർശ ചെയ്തത് (L-INS-i). ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ് (6 മീറ്റർ ദൂരം ഉപയോഗിക്കുന്നു)

--genafpair
എല്ലാ പെയർവൈസ് അലൈൻമെന്റുകളും സാമാന്യവൽക്കരിച്ച ഒരു പ്രാദേശിക അൽഗോരിതം ഉപയോഗിച്ചാണ് കണക്കാക്കുന്നത്
അഫൈൻ വിടവ് ചെലവ് (Altschul 1998). --6merpair-നേക്കാൾ കൂടുതൽ കൃത്യതയുള്ളതും എന്നാൽ വേഗത കുറഞ്ഞതുമാണ്. അനുയോജ്യം
വലിയ ആന്തരിക വിടവുകൾ പ്രതീക്ഷിക്കുമ്പോൾ. ~200 സീക്വൻസുകൾ വരെ ബാധകമാണ്. എ
--maxiterate 1000 എന്നതുമായുള്ള സംയോജനമാണ് ശുപാർശ ചെയ്യുന്നത് (E-INS-i). ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ് (6 മി
ദൂരം ഉപയോഗിക്കുന്നു)

--ഫാസ്റ്റപെയർ
എല്ലാ പെയർവൈസ് അലൈൻമെന്റുകളും ഫാസ്റ്റ (പിയേഴ്സണും ലിപ്മാനും 1988) ഉപയോഗിച്ച് കണക്കാക്കുന്നു. ഫാസ്റ്റ ആണ്
ആവശ്യമാണ്. ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ് (6 മീറ്റർ ദൂരം ഉപയോഗിക്കുന്നു)

--വെയ്റ്റി അക്കം
പെയർവൈസ് അലൈൻമെന്റുകളിൽ നിന്ന് കണക്കാക്കിയ സ്ഥിരത കാലാവധിക്കുള്ള വെയ്റ്റിംഗ് ഘടകം. സാധുവാണ്
എപ്പോൾ --ഗ്ലോബൽപെയർ, --ലോക്കൽപെയർ, --ജെനാഫ്പെയർ, --ഫാസ്റ്റപെയർ അല്ലെങ്കിൽ --ബ്ലാസ്റ്റ്പെയർ
തിരഞ്ഞെടുത്തു. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 2.7

--റിട്രീ അക്കം
ഗൈഡ് ട്രീ നിർമ്മിച്ചിരിക്കുന്നു അക്കം പുരോഗമന ഘട്ടത്തിലെ സമയം. 6 മീറ്റർ ദൂരത്തിൽ സാധുതയുണ്ട്.
സ്ഥിരസ്ഥിതി: 2

--പരമാവധി അക്കം
അക്കം ആവർത്തന ശുദ്ധീകരണ ചക്രങ്ങൾ നടത്തുന്നു. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0

--ft
ഗ്രൂപ്പ്-ടു-ഗ്രൂപ്പ് വിന്യാസത്തിൽ FFT ഏകദേശം ഉപയോഗിക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഓൺ

--നോഫ്
ഗ്രൂപ്പ്-ടു-ഗ്രൂപ്പ് വിന്യാസത്തിൽ FFT ഏകദേശം ഉപയോഗിക്കരുത്. ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ്

--നോസ്കോർ
ആവർത്തന പരിഷ്കരണ ഘട്ടത്തിൽ അലൈൻമെന്റ് സ്കോർ പരിശോധിച്ചിട്ടില്ല. സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഓഫ് (സ്കോർ
പരിശോധിച്ചു)

--മെംസെവ്
Myers-Miller (1988) അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി: എപ്പോൾ യാന്ത്രികമായി ഓണാക്കുന്നു
വിന്യാസ ദൈർഘ്യം 10,000 (aa/nt) കവിയുന്നു.

--പാർട്ട്ട്രീ
2007 മീറ്റർ ദൂരത്തിൽ വേഗത്തിൽ ട്രീ-നിർമ്മാണ രീതി ഉപയോഗിക്കുക (PartTree, Katoh and Toh 6).
ഒരു വലിയ എണ്ണം (> ~10,000) സീക്വൻസുകൾ ഇൻപുട്ട് ചെയ്യാൻ ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു. ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ്

--dpparttree
ഡിപിയെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ദൂരങ്ങൾക്കൊപ്പം PartTree അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുന്നു. കുറച്ചുകൂടി കൃത്യവും
--parttree-നേക്കാൾ പതുക്കെ. ഒരു വലിയ സംഖ്യ (> ~10,000) സീക്വൻസുകൾക്കായി ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു
ഇൻപുട്ട്. ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ്

--ഫാസ്റ്റ്പാർട്ട്ട്രീ
ഫാസ്റ്റയെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ദൂരങ്ങൾക്കൊപ്പം PartTree അൽഗോരിതം ഉപയോഗിക്കുന്നു. കുറച്ചുകൂടി കൃത്യത
--parttree-നേക്കാൾ വേഗത കുറവാണ്. ഒരു വലിയ സംഖ്യ (> ~10,000) സീക്വൻസുകൾക്കായി ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു
ഇൻപുട്ട് ആകുന്നു. ഫാസ്റ്റ ആവശ്യമാണ്. ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ്

--partsize അക്കം
PartTree അൽഗോരിതത്തിലെ പാർട്ടീഷനുകളുടെ എണ്ണം. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 50

--ഗ്രൂപ്പ്സൈസ് അക്കം
അലൈൻമെന്റ് വലുതാക്കരുത് അക്കം ക്രമങ്ങൾ. --*പാർട്ട്ട്രീയ്‌ക്ക് മാത്രമേ സാധുതയുള്ളൂ
ഓപ്ഷനുകൾ. ഡിഫോൾട്ട്: ഇൻപുട്ട് സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം

പാരാമീറ്റർ
--op അക്കം
ഗ്രൂപ്പ്-ടു-ഗ്രൂപ്പ് വിന്യാസത്തിൽ ഗ്യാപ്പ് ഓപ്പണിംഗ് പെനാൽറ്റി. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1.53

--എപ്പി അക്കം
ഗ്രൂപ്പ്-ടു-ഗ്രൂപ്പ് അലൈൻമെന്റിനായി, ഗ്യാപ്പ് എക്സ്റ്റൻഷൻ പെനാൽറ്റി പോലെ പ്രവർത്തിക്കുന്ന ഓഫ്സെറ്റ് മൂല്യം.
സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0.123

--ലോപ്പ് അക്കം
ലോക്കൽ പെയർവൈസ് അലൈൻമെന്റിൽ ഗ്യാപ്പ് ഓപ്പണിംഗ് പെനാൽറ്റി. --ലോക്കൽപെയർ അല്ലെങ്കിൽ
--genafpair ഓപ്ഷൻ തിരഞ്ഞെടുത്തു. സ്ഥിരസ്ഥിതി: -2.00

--ലെപ് അക്കം
ലോക്കൽ പെയർവൈസ് അലൈൻമെന്റിൽ ഓഫ്സെറ്റ് മൂല്യം. --localpair അല്ലെങ്കിൽ --genafpair ആയിരിക്കുമ്പോൾ സാധുതയുണ്ട്
ഓപ്ഷൻ തിരഞ്ഞെടുത്തു. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0.1

--lexp അക്കം
ലോക്കൽ പെയർവൈസ് അലൈൻമെന്റിൽ ഗ്യാപ്പ് എക്സ്റ്റൻഷൻ പെനാൽറ്റി. --ലോക്കൽപെയർ അല്ലെങ്കിൽ
--genafpair ഓപ്ഷൻ തിരഞ്ഞെടുത്തു. സ്ഥിരസ്ഥിതി: -0.1

--LOP അക്കം
അലൈൻമെന്റ് ഒഴിവാക്കാനുള്ള ഗ്യാപ്പ് ഓപ്പണിംഗ് പെനാൽറ്റി. --genafpair ഓപ്ഷൻ ആയിരിക്കുമ്പോൾ സാധുതയുണ്ട്
തിരഞ്ഞെടുത്തു. സ്ഥിരസ്ഥിതി: -6.00

--ലെക്സ്പി അക്കം
അലൈൻമെന്റ് ഒഴിവാക്കാനുള്ള ഗ്യാപ്പ് എക്സ്റ്റൻഷൻ പെനാൽറ്റി. --genafpair ഓപ്ഷൻ ആയിരിക്കുമ്പോൾ സാധുതയുണ്ട്
തിരഞ്ഞെടുത്തു. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0.00

--bl അക്കം
ബ്ലോസം അക്കം മാട്രിക്സ് (Henikoff and Henikoff 1992) ഉപയോഗിക്കുന്നു. അക്കം=30, 45, 62 അല്ലെങ്കിൽ 80.
സ്ഥിരസ്ഥിതി: 62

--jtt അക്കം
JTT PAM അക്കം (Jones et al. 1992) മാട്രിക്സ് ഉപയോഗിക്കുന്നു. അക്കം>0. സ്ഥിരസ്ഥിതി: BLOSUM62

--ടിഎം അക്കം
ട്രാൻസ്മെംബ്രെൻ PAM അക്കം (Jones et al. 1994) മാട്രിക്സ് ഉപയോഗിക്കുന്നു. അക്കം>0. ഡിഫോൾട്ട്:
BLOSUM62

--അമാട്രിക്സ് മാട്രിക്സ് ഫയൽ
ഉപയോക്താവ് നിർവചിച്ച AA സ്‌കോറിംഗ് മാട്രിക്‌സ് ഉപയോഗിക്കുക. എന്ന ഫോർമാറ്റ് മാട്രിക്സ് ഫയൽ എന്നതിന് സമാനമാണ്
സ്ഫോടനം. ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസുകൾ ഇൻപുട്ട് ചെയ്യുമ്പോൾ അവഗണിക്കപ്പെടും. സ്ഥിരസ്ഥിതി: BLOSUM62

--fmodel
സ്‌കോറിംഗ് മാട്രിക്‌സിൽ AA/nuc കോമ്പോസിഷൻ വിവരങ്ങൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക. ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ്

ഔട്ട്പുട്ട്
--ക്ലസ്റ്റലൗട്ട്
ഔട്ട്പുട്ട് ഫോർമാറ്റ്: ക്ലസ്റ്റൽ ഫോർമാറ്റ്. ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ് (ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റ്)

--ഇൻപുട്ടർഡർ
ഔട്ട്പുട്ട് ഓർഡർ: ഇൻപുട്ട് പോലെ തന്നെ. സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഓൺ

--പുനഃക്രമീകരിക്കുക
ഔട്ട്പുട്ട് ഓർഡർ: വിന്യസിച്ചു. ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ് (ഇൻപുട്ട്ഓർഡർ)

--ട്രീഔട്ട്
ഗൈഡ് ട്രീ ഔട്ട്പുട്ട് ആണ് ഇൻപുട്ട്.ട്രീ ഫയൽ. ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ്

--നിശബ്ദമായി
പുരോഗതി റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യരുത്. ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ്

ഇൻപുട്ട്
--nuc
സീക്വൻസുകൾ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ആണെന്ന് കരുതുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഓട്ടോ

--അമിനോ
സീക്വൻസുകൾ അമിനോ ആസിഡ് ആണെന്ന് കരുതുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഓട്ടോ

--വിത്ത് വിന്യാസം1 [--വിത്ത് വിന്യാസം2 --വിത്ത് വിന്യാസം3 ...]
വിത്ത് വിന്യാസം നൽകിയിരിക്കുന്നു വിന്യാസം_n (ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റ്) സീക്വൻസുകളുമായി വിന്യസിച്ചിരിക്കുന്നു
ഇൻപുട്ട്. ഓരോ വിത്തിനകത്തും വിന്യാസം സംരക്ഷിക്കപ്പെടുന്നു.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ജിൻസി ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക