gmap - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmap - ജീനോമിക് മാപ്പിംഗ് ആൻഡ് അലൈൻമെന്റ് പ്രോഗ്രാം

സിനോപ്സിസ്

gmap [ഓപ്ഷനുകൾ...] <ഫാസ്റ്റ ഫയലുകൾ...>, or പൂച്ച | gmap [ഓപ്ഷനുകൾ...]

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ (വേണം ഉൾപ്പെടുന്നു -d or -g)
-D, --ഡയറക്ടർ=ഡയറക്ടറി
ജീനോം ഡയറക്ടറി. സ്ഥിരസ്ഥിതി (നിർദിഷ്ട പ്രകാരം --with-gmapdb കോൺഫിഗർ പ്രോഗ്രാമിലേക്ക്)
is /var/cache/gmap

-d, --db=സ്ട്രിംഗ്
ജീനോം ഡാറ്റാബേസ്. വാദം '?' ആണെങ്കിൽ (ഉദ്ധരണികൾക്കൊപ്പം), ഈ കമാൻഡ് പട്ടികപ്പെടുത്തുന്നു
ലഭ്യമായ ഡാറ്റാബേസുകൾ.

-k, --കിലോമീറ്റർ=INT
ജീനോം ഡാറ്റാബേസിൽ ഉപയോഗിക്കാനുള്ള kmer വലുപ്പം (അനുവദനീയമായ മൂല്യങ്ങൾ: 16 അല്ലെങ്കിൽ അതിൽ കുറവ്). അല്ലെങ്കിൽ
വ്യക്തമാക്കിയിരിക്കുന്നു, ജീനോമിൽ ലഭ്യമായ ഏറ്റവും ഉയർന്ന kmer വലിപ്പം പ്രോഗ്രാം കണ്ടെത്തും
ഡാറ്റാബേസ്

--സാമ്പിൾ=INT
ജീനോം ഡാറ്റാബേസിൽ ഉപയോഗിക്കാനുള്ള സാമ്പിൾ. വ്യക്തമാക്കിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ, പ്രോഗ്രാം കണ്ടെത്തും
തിരഞ്ഞെടുത്ത k-mer വലിപ്പത്തിൽ ജീനോം ഡാറ്റാബേസിൽ ലഭ്യമായ ഏറ്റവും ചെറിയ സാമ്പിൾ മൂല്യം

-G, --ജീനോംഫുൾ
പൂർണ്ണ ജീനോം ഉപയോഗിക്കുക (എല്ലാ ASCII അക്ഷരങ്ങളും അനുവദനീയമാണ്; സജ്ജീകരണ സമയത്ത് വ്യക്തമായി നിർമ്മിച്ചതാണ്), അല്ല
കംപ്രസ് ചെയ്ത പതിപ്പ്

-g, --ജിസെഗ്=ഫയലിന്റെ പേര്
ഉപയോക്താവ് നൽകുന്ന ജനിതക വിഭാഗം

-1, --selfalign
stdin വഴി ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ ഒരു സീക്വൻസ് വിന്യസിക്കുക (കിട്ടുന്നതിന് ഉപയോഗപ്രദമാണ്
ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ശ്രേണിയുടെ പ്രോട്ടീൻ വിവർത്തനം)

-2, --ജോഡി
stdin വഴി ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിൽ രണ്ട് സീക്വൻസുകൾ വിന്യസിക്കുക, ആദ്യത്തേത് ജീനോമിക്, രണ്ടാമത്തേത്
ഒന്ന് cDNA ആണ്

--cmdline=സ്ട്രിംഗ്,സ്ട്രിംഗ്
കമാൻഡ് ലൈനിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന ഈ രണ്ട് സീക്വൻസുകളും വിന്യസിക്കുക, ആദ്യത്തേത് ജീനോമിക് ആണ്
രണ്ടാമത്തേത് cDNA ആണ്

-q, --ഭാഗം=INT/INT
എല്ലാ n സീക്വൻസുകളിലും i-th മാത്രം പ്രോസസ്സ് ചെയ്യുക ഉദാ, 0/100 അല്ലെങ്കിൽ 99/100 (ഇതിന് ഉപയോഗപ്രദമാണ്
ഒരു കമ്പ്യൂട്ടർ ഫാമിലേക്ക് ജോലികൾ വിതരണം ചെയ്യുന്നു).

--ഇൻപുട്ട്-ബഫർ-സൈസ്=INT
ഇൻപുട്ട് ബഫറിന്റെ വലുപ്പം (പ്രോഗ്രാം കാര്യക്ഷമതയ്ക്കായി ഒരു സമയം ഇത്രയും സീക്വൻസുകൾ വായിക്കുന്നു)
(സ്ഥിരസ്ഥിതി 1000)

കണക്കുകൂട്ടൽ ഓപ്ഷനുകൾ

-B, --ബാച്ച്=INT
ബാച്ച് മോഡ് (ഡിഫോൾട്ട് = 2)

മോഡ് ഓഫ്‌സെറ്റ് പൊസിഷൻസ് ജീനോം
0 നോക്കുക mmap mmap
1 നോട്ട് mmap & പ്രീലോഡ് mmap കാണുക
(സ്ഥിരസ്ഥിതി) 2 നോട്ട് mmap & പ്രീലോഡ് mmap & പ്രീലോഡ് എന്നിവ കാണുക
3 നോട്ട് അലോക്കേറ്റ് mmap & പ്രീലോഡ് കാണുക
4 നോട്ട് അലോക്കേറ്റ് അലോക്കേറ്റ് കാണുക
5 വിപുലീകരിക്കുക വിഹിതം അനുവദിക്കുക

ശ്രദ്ധിക്കുക: ഒരൊറ്റ ശ്രേണിക്ക്, എല്ലാ ഡാറ്റാ ഘടനകളും mmap ഉപയോഗിക്കുന്നു
mmap ലഭ്യമല്ലെങ്കിൽ, അലോക്കേറ്റ് തിരഞ്ഞെടുത്തിട്ടില്ലെങ്കിൽ, fileio ഉപയോഗിക്കും (വളരെ പതുക്കെ)

കുറിച്ചുള്ള കുറിപ്പ് --ബാച്ച് ഓഫ്‌സെറ്റുകളും: ഓഫ്‌സെറ്റുകളുടെ വിപുലീകരണം നിയന്ത്രിക്കാനാകും
സ്വതന്ത്രമായി വഴി --വികസിപ്പിക്കുക-ഓഫ്സെറ്റുകൾ പതാക. ദി --ബാച്ച്=5 ഓപ്ഷൻ തുല്യമാണ്
--ബാച്ച്=4 കൂടി --വികസിപ്പിക്കുക-ഓഫ്സെറ്റുകൾ=1

--വികസിപ്പിക്കുക-ഓഫ്സെറ്റുകൾ=INT
ജീനോമിക് ഓഫ്‌സെറ്റ് സൂചിക മൂല്യങ്ങൾ വിപുലീകരിക്കണോ എന്ന്: 0 (ഇല്ല, ഡിഫോൾട്ട്), അല്ലെങ്കിൽ 1 (അതെ).
വികാസം വേഗത്തിലുള്ള വിന്യാസം നൽകുന്നു, എന്നാൽ കൂടുതൽ മെമ്മറി ആവശ്യമാണ്

--നോസ്പ്ലിംഗ്
വിഭജനം ഓഫാക്കുന്നു (ജീനോമിക് സീക്വൻസുകളെ ഒരു ജീനോമിലേക്ക് വിന്യസിക്കാൻ ഉപയോഗപ്രദമാണ്)

--മിനിറ്റ്-ആന്തരിക ദൈർഘ്യം=INT
ഒരു ഇന്റേണൽ ഇൻട്രോണിനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം (ഡിഫോൾട്ട് 9). ഈ വലുപ്പത്തിന് താഴെ, ഒരു ജനിതക വിടവ്
ഒരു ഇൻട്രോൺ എന്നതിലുപരി ഒരു ഇല്ലാതാക്കൽ ആയി കണക്കാക്കും.

-K, --ആന്തരിക ദൈർഘ്യം=INT
ഒരു ഇന്റേണൽ ഇൻട്രോണിനുള്ള പരമാവധി ദൈർഘ്യം (സ്ഥിരസ്ഥിതി 200000)

-w, --localsplicedist=INT
ക്രമത്തിന്റെ അറ്റത്തുള്ള അറിയപ്പെടുന്ന സ്‌പ്ലൈസ് സൈറ്റുകളുടെ പരമാവധി ദൈർഘ്യം (സ്ഥിരസ്ഥിതി 2000000)

-L, --മൊത്തം നീളം=INT
പരമാവധി മൊത്തം ഇൻട്രോൺ ദൈർഘ്യം (സ്ഥിരസ്ഥിതി 2400000)

-x, --ചിമേര-മാർജിൻ=INT
ബാക്കിയുള്ള സീക്വൻസിനായി തിരയലിനെ ട്രിഗർ ചെയ്യുന്ന അലൈൻ ചെയ്യാത്ത ശ്രേണിയുടെ അളവ്
(സ്ഥിരസ്ഥിതി 30). ചിമെറിക് റീഡുകളുടെ അലൈൻമെന്റ് പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുന്നു, ചിലത് സഹായിച്ചേക്കാം
നോൺ-ചിമെറിക് വായിക്കുന്നു. ഓഫാക്കാൻ, പൂജ്യമായി സജ്ജമാക്കുക.

--നോ-ചൈമറസ്
കൈമറകളുടെ കണ്ടെത്തൽ ഓഫാക്കുന്നു. അതേ പ്രഭാവം --ചിമേര-മാർജിൻ=0

-t, --ത്രെഡുകൾ=INT
തൊഴിലാളി ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം

-c, --chrsubset=സ്ട്രിംഗ്
നൽകിയിരിക്കുന്ന ക്രോമസോമിലേക്ക് തിരച്ചിൽ പരിമിതപ്പെടുത്തുക

-z, --സംവിധാനം=സ്ട്രിംഗ്
cDNA ദിശ (സെൻസ്_ഫോഴ്സ്, ആന്റിസെൻസ്_ഫോഴ്സ്, സെൻസ്_ഫിൽറ്റർ, ആന്റിസെൻസ്_ഫിൽറ്റർ, അല്ലെങ്കിൽ
സ്വയമേവ (സ്ഥിരസ്ഥിതി))

-H, --ട്രിമെൻഡെക്സോൺസ്=INT
നൽകിയിട്ടുള്ളതിനേക്കാൾ കുറവ് പൊരുത്തങ്ങളുള്ള എൻഡ് എക്സോണുകൾ ട്രിം ചെയ്യുക (nt-ൽ, ഡിഫോൾട്ട് 9)

--കാനോനിക്കൽ-മോഡ്=INT
കാനോനിക്കൽ, സെമി-കാനോനിക്കൽ ഇൻട്രോണുകൾക്കുള്ള റിവാർഡ് 0=കുറഞ്ഞ പ്രതിഫലം, 1=ഉയർന്ന പ്രതിഫലം
(ഡിഫോൾട്ട്), 2=ഉയർന്ന ഐഡന്റിറ്റി സീക്വൻസുകൾക്ക് കുറഞ്ഞ പ്രതിഫലവും അല്ലാത്തപക്ഷം ഉയർന്ന റിവാർഡും

--ക്രോസ് സ്പീഷീസ്
കാനോനിക്കൽ സ്‌പ്ലിക്കിംഗിനായി കൂടുതൽ സെൻസിറ്റീവ് തിരയൽ ഉപയോഗിക്കുക, ഇത് പ്രത്യേകിച്ചും സഹായിക്കുന്നു
ക്രോസ്-സ്പീഷീസ് വിന്യാസങ്ങളും മറ്റ് ബുദ്ധിമുട്ടുള്ള കേസുകളും

--അനുവദിക്കുക-അടുത്ത-ഇൻഡലുകൾ=INT
ഒരു ചേർക്കലും ഇല്ലാതാക്കലും പരസ്പരം അടുത്ത് അനുവദിക്കുക (0=ഇല്ല, 1=അതെ (സ്ഥിരസ്ഥിതി), 2=മാത്രം
ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള വിന്യാസങ്ങൾക്കായി)

--microexon-spiceprob=ഫ്ലോട്ട്
സ്‌പ്ലൈസ് സൈറ്റ് പ്രോബബിലിറ്റികളിലൊന്ന് ഇതിലും കൂടുതലാണെങ്കിൽ മാത്രം മൈക്രോ എക്‌സോണുകളെ അനുവദിക്കുക
മൂല്യം (സ്ഥിരസ്ഥിതി 0.95)

--cmetdir=സ്ട്രിംഗ്
methylcytosine ഇൻഡക്സ് ഫയലുകൾക്കുള്ള ഡയറക്ടറി (cmetindex ഉപയോഗിച്ച് സൃഷ്ടിച്ചത്) (ഡിഫോൾട്ട് ആണ്
ഉപയോഗിച്ച് വ്യക്തമാക്കിയ ജീനോം ഇൻഡക്സ് ഫയലുകളുടെ സ്ഥാനം -D, -V, ഒപ്പം -d)

--അറ്റോഡിർ=സ്ട്രിംഗ്
എ-ടു-ഐ ആർഎൻഎ എഡിറ്റിംഗ് ഇൻഡക്സ് ഫയലുകൾക്കുള്ള ഡയറക്ടറി (അറ്റോഇൻഡെക്സ് ഉപയോഗിച്ച് സൃഷ്ടിച്ചത്) (സ്ഥിരസ്ഥിതിയാണ്
ഉപയോഗിച്ച് വ്യക്തമാക്കിയ ജീനോം ഇൻഡക്സ് ഫയലുകളുടെ സ്ഥാനം -D, -V, ഒപ്പം -d)

--മോഡ്=സ്ട്രിംഗ്
അലൈൻമെന്റ് മോഡ്: സ്റ്റാൻഡേർഡ് (ഡിഫോൾട്ട്), cmet-stranded, cmet-nonstranded, atoi-stranded,
atoi-nonstranded, ttoc-stranded, അല്ലെങ്കിൽ ttoc-nonstranded. നിലവാരമില്ലാത്ത മോഡുകൾ ആവശ്യമാണ്
നിങ്ങൾ മുമ്പ് cmetindex അല്ലെങ്കിൽ atoindex പ്രോഗ്രാമുകൾ പ്രവർത്തിപ്പിച്ചിരിക്കണം (അതും ഉൾക്കൊള്ളുന്നു
ttoc മോഡുകൾ) ജീനോമിൽ

-p, --പ്രൂണലെവൽ
പ്രൂണിംഗ് ലെവൽ: 0=പ്രൂണിംഗ് ഇല്ല (സ്ഥിരസ്ഥിതി), 1=മോശം സെക്‌സ്, 2=ആവർത്തന സെക്‌സ്, 3=പാവവും ഒപ്പം
ആവർത്തിച്ചുള്ള

ഔട്ട്പുട്ട് തരങ്ങൾ

-S, --സംഗ്രഹം
വിന്യാസങ്ങളുടെ സംഗ്രഹം മാത്രം കാണിക്കുക

-A, --അലൈൻ ചെയ്യുക
വിന്യാസങ്ങൾ കാണിക്കുക

-3, --തുടർച്ച
തുടർച്ചയായ മൂന്ന് വരികളിൽ വിന്യാസം കാണിക്കുക

-4, --തുടർച്ച-ബൈ-എക്സോൺ
ഓരോ എക്സോണിലും മൂന്ന് വരികളായി വിന്യാസം കാണിക്കുക

-Z, --കംപ്രസ് ചെയ്യുക
കംപ്രസ് ചെയ്ത ഫോർമാറ്റിൽ പ്രിന്റ് ഔട്ട്പുട്ട്

-E, --എക്സോൺസ്=സ്ട്രിംഗ്
പ്രിന്റ് എക്സോണുകൾ ("സിഡിഎൻഎ" അല്ലെങ്കിൽ "ജീനോമിക്")

-P, --protein_dna
പ്രിന്റ് പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് (cDNA)

-Q, --പ്രോട്ടീൻ_ജൻ
പ്രിന്റ് പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് (ജീനോമിക്)

-f, --ഫോർമാറ്റ്=INT
ഔട്ട്പുട്ടിനുള്ള മറ്റ് ഫോർമാറ്റ് (ഇതും ശ്രദ്ധിക്കുക -A ഒപ്പം -S ഓപ്‌ഷനുകളും മറ്റ് ഓപ്ഷനുകളും ലിസ്റ്റുചെയ്തിരിക്കുന്നു
ഔട്ട്പുട്ട് തരങ്ങൾക്ക് കീഴിൽ):
psl (അല്ലെങ്കിൽ 1) = PSL (BLAT) ഫോർമാറ്റ്,
gff3_gene (അല്ലെങ്കിൽ 2) = GFF3 ജീൻ ഫോർമാറ്റ്,
gff3_match_cdna (അല്ലെങ്കിൽ 3) = GFF3 cDNA_match ഫോർമാറ്റ്,
gff3_match_est (അല്ലെങ്കിൽ 4) = GFF3 EST_match ഫോർമാറ്റ്,
splicesites (അല്ലെങ്കിൽ 6) = splicesites ഔട്ട്പുട്ട് (GSNAP splicing ഫയലിന്),
ഇൻട്രോൺസ് = ഇൻട്രോൺ ഔട്ട്പുട്ട് (ജിഎസ്എൻഎപി സ്പ്ലിസിംഗ് ഫയലിനായി),
map_exons (അല്ലെങ്കിൽ 7) = IIT ഫാസ്റ്റ എക്സോൺ മാപ്പ് ഫോർമാറ്റ്,
map_ranges (അല്ലെങ്കിൽ 8) = IIT ഫാസ്റ്റ ശ്രേണി മാപ്പ് ഫോർമാറ്റ്,
കോർഡുകൾ (അല്ലെങ്കിൽ 9) = പട്ടിക ഫോർമാറ്റിലുള്ള കോർഡുകൾ,
sampe = SAM ഫോർമാറ്റ് (ഫ്ലാഗിൽ paired_read ബിറ്റ് സജ്ജീകരിക്കുന്നു),
samse = SAM ഫോർമാറ്റ് (paired_read bit സജ്ജീകരിക്കാതെ)

Put ട്ട്‌പുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ

-n, --npaths=INT
കാണിക്കാനുള്ള പരമാവധി എണ്ണം പാതകൾ (ഡിഫോൾട്ട് 5). 1 ആയി സജ്ജീകരിച്ചാൽ, GMAP റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യില്ല
ചിമെറിക് വിന്യാസങ്ങൾ, കാരണം അവ രണ്ട് പാതകളെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു. നിങ്ങൾക്ക് ഒരൊറ്റ വിന്യാസം വേണമെങ്കിൽ
കൂടാതെ ചിമെറിക് വിന്യാസങ്ങൾ, തുടർന്ന് ഇത് 0 ആയി സജ്ജമാക്കുക.

--സപ്പോപ്റ്റിമൽ-സ്കോർ=INT
മികച്ച പാതയുടെ ഈ മൂല്യത്തിനുള്ളിൽ സ്കോർ ഉള്ള പാതകൾ മാത്രം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക. സ്വതവേ,
ഈ ഓപ്ഷൻ നൽകിയിട്ടില്ലെങ്കിൽ,
പ്രോഗ്രാം കണ്ടെത്തിയ എല്ലാ പാതകളും പ്രിന്റ് ചെയ്യുന്നു.

-O, --ഓർഡർ ചെയ്തു
ഇൻപുട്ടിന്റെ അതേ ക്രമത്തിൽ പ്രിന്റ് ഔട്ട്പുട്ട് (ഒന്നിൽ കൂടുതൽ തൊഴിലാളികൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ മാത്രം പ്രസക്തം
ത്രെഡ്)

-5, --md5
ഓരോ അന്വേഷണ ക്രമത്തിനും MD5 ചെക്ക്സം പ്രിന്റ് ചെയ്യുക

-o, --ചിമേര-ഓവർലാപ്പ്
ചിമേറ ബ്രേക്ക്‌പോയിന്റിൽ എന്തെങ്കിലും ഉണ്ടെങ്കിൽ കാണിക്കാൻ ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യുക

--പരാജയമായി
പരാജയപ്പെട്ട അലൈൻമെന്റുകൾ മാത്രം പ്രിന്റ് ചെയ്യുക, ഫലങ്ങളൊന്നുമില്ലാത്തവ

--നോഫൈലുകൾ
പരാജയപ്പെട്ട വിന്യാസങ്ങളുടെ പ്രിന്റിംഗ് ഒഴിവാക്കുക

-V, --snpsdir=സ്ട്രിംഗ്
SNPs ഇൻഡക്സ് ഫയലുകൾക്കായുള്ള ഡയറക്ടറി (snpindex ഉപയോഗിച്ച് സൃഷ്ടിച്ചത്) (സ്ഥിരസ്ഥിതി സ്ഥാനം
ജീനോം ഇൻഡക്സ് ഫയലുകൾ ഉപയോഗിച്ച് വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ട് -D ഒപ്പം -d)

-v, --ഉപയോഗം-snps=സ്ട്രിംഗ്
അറിയപ്പെടുന്ന SNP-കൾ അടങ്ങിയ ഡാറ്റാബേസ് ഉപയോഗിക്കുക (ഇൻ .iit, മുമ്പ് നിർമ്മിച്ചത്
snpindex) എസ്എൻപികളോടുള്ള സഹിഷ്ണുതയ്ക്കായി

--സ്പ്ലിറ്റ്-ഔട്ട്പുട്ട്=സ്ട്രിംഗ്
ഒന്നിലധികം ഫയൽ ഔട്ട്പുട്ടിനുള്ള അടിസ്ഥാന നാമം, നോമാപ്പിംഗിനായി പ്രത്യേകം,
uniq, mult, (ഒപ്പം chimera, if --ചിമേര-മാർജിൻ തിരഞ്ഞെടുത്തു)

--പരാജയപ്പെട്ട ഇൻപുട്ട്=സ്ട്രിംഗ്
പൂർണ്ണമായി പരാജയപ്പെട്ട അലൈൻമെന്റുകൾ നൽകിയിരിക്കുന്നവയിലേക്ക് FASTA അല്ലെങ്കിൽ FASTQ ഫോർമാറ്റായി ഇൻപുട്ട് ചെയ്യുക
ഫയൽ. എങ്കിൽ --സ്പ്ലിറ്റ്-ഔട്ട്പുട്ട് ഫ്ലാഗും നൽകിയിരിക്കുന്നു, ഈ ഫയൽ അധികമായി ജനറേറ്റുചെയ്യുന്നു
.nomapping ഫയലിലെ ഔട്ട്പുട്ടിലേക്ക്.

--അനുബന്ധ-ഔട്ട്പുട്ട്
എപ്പോൾ --സ്പ്ലിറ്റ്-ഔട്ട്പുട്ട് or --പരാജയം നൽകിയിരിക്കുന്നു, ഈ ഫ്ലാഗ് ഔട്ട്പുട്ട് ചേർക്കും
നിലവിലുള്ള ഫയലുകൾ. അല്ലെങ്കിൽ, പുതിയ ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക എന്നതാണ് സ്ഥിരസ്ഥിതി.

--ഔട്ട്പുട്ട്-ബഫർ-സൈസ്=INT
ബഫർ വലുപ്പം, അന്വേഷണങ്ങളിൽ, ഔട്ട്‌പുട്ട് ത്രെഡിനായി (ഡിഫോൾട്ട് 1000). എപ്പോൾ എണ്ണം
അച്ചടിക്കേണ്ട ഫലങ്ങൾ ഈ വലുപ്പം കവിയുന്നു, തൊഴിലാളി ത്രെഡുകൾ ഇത് വരെ നിർത്തിവച്ചിരിക്കുന്നു
ബാക്ക്ലോഗ് മായ്ച്ചു

-F, --പൂർണ്ണ നീളം
Met-ൽ തുടങ്ങി മുഴുനീള പ്രോട്ടീൻ ഊഹിക്കുക

-a, --cdsstart=INT
നൽകിയിരിക്കുന്ന ന്യൂക്ലിയോടൈഡിൽ നിന്ന് കോഡണുകൾ വിവർത്തനം ചെയ്യുക (1-അടിസ്ഥാനം)

-T, -- വെട്ടിച്ചുരുക്കുക
മുഴുനീള പ്രോട്ടീന് ചുറ്റുമുള്ള വിന്യാസം വെട്ടിച്ചുരുക്കുക, മെറ്റ് ടു സ്റ്റോപ്പ് സൂചിപ്പിക്കുന്നു -F ഫ്ലാഗ്.

-Y, --സഹിഷ്ണുത
ഫ്രെയിംഷിഫ്റ്റുകൾക്കുള്ള തിരുത്തലുകളോടെ cDNA വിവർത്തനം ചെയ്യുന്നു

GFF3 ഔട്ട്പുട്ടിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ

--gff3-add-separators=INT
ഓരോ അന്വേഷണ ക്രമത്തിനും ശേഷം ### സെപ്പറേറ്റർ ചേർക്കണമോ എന്നത് മൂല്യങ്ങൾ: 0 (ഇല്ല), 1 (അതെ,
സ്ഥിരസ്ഥിതി)

SAM ഔട്ട്പുട്ടിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ

--നോ-സാം-ഹെഡറുകൾ
'@' എന്ന് തുടങ്ങുന്ന തലക്കെട്ടുകൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യരുത്

--sam-use-0M
പികാർഡിന് ആവശ്യമായ അടുത്തുള്ള ഇൻസേർഷനുകൾക്കും ഇല്ലാതാക്കലുകൾക്കും ഇടയിൽ CIGAR-ൽ 0M ചേർക്കുക,
എന്നാൽ മറ്റ് ഉപകരണങ്ങളിൽ പിശകുകൾ ഉണ്ടാക്കാം

--force-xs-dir
RNA-Seq വിന്യാസങ്ങൾക്കായി, XS:A: അനുവദിക്കുന്നില്ല? ഇന്ദ്രിയ ദിശ അവ്യക്തമാകുമ്പോൾ, ഒപ്പം
ഈ മൂല്യം ഏകപക്ഷീയമായി XS:A:+ ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റിസ്ഥാപിക്കുന്നു. ചില പ്രോഗ്രാമുകൾക്ക് ഉപയോഗപ്രദമായേക്കാം
കഫ്ലിങ്കുകൾ ആയി, അതിന് XS:A:? കൈകാര്യം ചെയ്യാൻ കഴിയില്ല. എന്നിരുന്നാലും, നിങ്ങൾ ഈ പതാക ഉപയോഗിക്കുകയാണെങ്കിൽ,
ഈ സന്ദർഭങ്ങളിൽ XS:A:+ ന്റെ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്ത മൂല്യം അർത്ഥപൂർണ്ണമാകില്ല.

--md-lowercase-snp
MD സ്ട്രിംഗിൽ, അറിയപ്പെടുന്ന എസ്എൻപികൾ നൽകുമ്പോൾ -v പതാക,
വ്യത്യാസം ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ ചെറിയക്ഷരമായി അച്ചടിക്കുന്നു,
റഫറൻസിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമാണെങ്കിലും അറിയപ്പെടുന്ന ഇതര അല്ലീലുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു

--ആക്ഷൻ-ഇഫ്-സിഗാർ-എറർ
CIGAR ദൈർഘ്യവും ക്രമ ദൈർഘ്യവും തമ്മിൽ അഭിപ്രായവ്യത്യാസമുണ്ടെങ്കിൽ സ്വീകരിക്കേണ്ട നടപടി
അനുവദനീയമായ മൂല്യങ്ങൾ: അവഗണിക്കുക, മുന്നറിയിപ്പ് (സ്ഥിരസ്ഥിതി), ഉപേക്ഷിക്കുക

--read-group-id=സ്ട്രിംഗ്
റീഡ്-ഗ്രൂപ്പ് ഐഡി (RG-ID) ഫീൽഡിൽ ഉൾപ്പെടുത്തേണ്ട മൂല്യം

--ഗ്രൂപ്പിന്റെ പേര് വായിക്കുക=സ്ട്രിംഗ്
റീഡ്-ഗ്രൂപ്പ് നെയിം (RG-SM) ഫീൽഡിൽ ഉൾപ്പെടുത്തേണ്ട മൂല്യം

--റീഡ്-ഗ്രൂപ്പ്-ലൈബ്രറി=സ്ട്രിംഗ്
റീഡ്-ഗ്രൂപ്പ് ലൈബ്രറി (RG-LB) ഫീൽഡിൽ ഉൾപ്പെടുത്തേണ്ട മൂല്യം

--റീഡ്-ഗ്രൂപ്പ്-പ്ലാറ്റ്ഫോം=സ്ട്രിംഗ്
റീഡ്-ഗ്രൂപ്പ് ലൈബ്രറി (RG-PL) ഫീൽഡിൽ ഉൾപ്പെടുത്തേണ്ട മൂല്യം

ഗുണമേന്മയുള്ള സ്കോറുകൾക്കുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ

--ക്വാളിറ്റി-പ്രോട്ടോക്കോൾ=സ്ട്രിംഗ്
ഇൻപുട്ട് ഗുണനിലവാര സ്കോറുകൾക്കുള്ള പ്രോട്ടോക്കോൾ. അനുവദനീയമായ മൂല്യങ്ങൾ: illumina (ASCII 64-126)
(തുല്യമായ -J 64 -j -31) sanger (ASCII 33-126) (തുല്യം -J 33 -j 0)

ഡിഫോൾട്ട് sanger ആണ് (ഗുണനിലവാരമുള്ള പ്രിന്റ് ഷിഫ്റ്റ് ഇല്ല)
SAM ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകൾക്ക് സാംഗർ പ്രോട്ടോക്കോളിൽ ഗുണനിലവാര സ്കോറുകൾ ഉണ്ടായിരിക്കണം

അല്ലെങ്കിൽ ഈ ഫ്ലാഗ് ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് പ്രിന്റ് ഷിഫ്റ്റ് വ്യക്തമാക്കാം:

-j, --ക്വാളിറ്റി-പ്രിന്റ്-ഷിഫ്റ്റ്=INT
ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ ഈ തുക ഉപയോഗിച്ച് FASTQ ഗുണനിലവാര സ്‌കോറുകൾ മാറ്റുക (സാഞ്ചറിന് ഡിഫോൾട്ട് 0 ആണ്
പ്രോട്ടോക്കോൾ; ഇല്ലുമിന ഇൻപുട്ട് സാംഗർ ഔട്ട്പുട്ടിലേക്ക് മാറ്റാൻ, തിരഞ്ഞെടുക്കുക -31)

ബാഹ്യ മാപ്പ് ഫയൽ ഓപ്ഷനുകൾ

-M, --mapdir=ഡയറക്ടറി
മാപ്പ് ഡയറക്ടറി

-m, --മാപ്പ്=iitfile
മാപ്പ് ഫയൽ. വാദം '?' ആണെങ്കിൽ (ഉദ്ധരണികൾക്കൊപ്പം),
ഇത് ലഭ്യമായ മാപ്പ് ഫയലുകൾ ലിസ്റ്റുചെയ്യുന്നു.

-e, --മാപെക്സോൺസ്
ഓരോ എക്സോണും പ്രത്യേകം മാപ്പ് ചെയ്യുക

-b, --മാപ്പ്ബോത്ത്
ജീനോമിന്റെ രണ്ട് ഇഴകളിൽ നിന്നും ഹിറ്റുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക

-u, --അരികിൽ=INT
ഫ്ലാങ്കിംഗ് ഹിറ്റുകൾ കാണിക്കുക (ഡിഫോൾട്ട് 0)

--അച്ചടി-അഭിപ്രായം
ഓരോ ഹിറ്റിനും കമന്റ് ലൈൻ കാണിക്കുക

അലൈൻമെന്റ് ഔട്ട്പുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ

-N, --നീളങ്ങൾ
വിന്യാസത്തിൽ ഇൻട്രോൺ നീളമില്ല

-I, --ഇൻവർട്ട് മോഡ്=INT
ജീനോമിക് (-) സ്ട്രാൻഡിലേക്കുള്ള വിന്യാസത്തിനുള്ള മോഡ്: 0=സിഡിഎൻഎ (ഡിഫോൾട്ട്) വിപരീതമാക്കരുത്
1=സിഡിഎൻഎ വിപരീതമാക്കി ജീനോമിക് (-) സ്‌ട്രാൻഡ് പ്രിന്റ് ചെയ്യുക 2=സിഡിഎൻഎ വിപരീതമാക്കി ജീനോമിക് (+) പ്രിന്റ് ചെയ്യുക
ബീച്ച്

-i, --ആമുഖം=INT
ഇൻട്രോണിന്റെ ഓരോ അറ്റത്തും കാണിക്കേണ്ട ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ (സ്ഥിരസ്ഥിതി 3)

-l, --റാപ്ലെങ്ത്=INT
വിന്യാസത്തിനുള്ള റാപ് നീളം (ഡിഫോൾട്ട് 50)

ഔട്ട്പുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ ഫിൽട്ടറിംഗ്

--മിനിറ്റ്-ട്രിംഡ്-കവറേജ്=ഫ്ലോട്ട്
ഈ മൂല്യത്തിൽ കുറവ് ട്രിം ചെയ്ത കവറേജുള്ള അലൈൻമെന്റുകൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യരുത് (ഡിഫോൾട്ട്=0.0, ഏത്
ഫിൽട്ടറിംഗ് ഇല്ല എന്നാണ് അർത്ഥമാക്കുന്നത്) ഇത് പരിഗണിക്കാതെ തന്നെ ചിമെറിക് അലൈൻമെന്റുകൾ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യപ്പെടുമെന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക
ഫിൽറ്റർ ചെയ്യുക

--മിനി-ഐഡന്റിറ്റി=ഫ്ലോട്ട്
ഈ മൂല്യത്തിൽ കുറവുള്ള ഐഡന്റിറ്റിയുള്ള അലൈൻമെന്റുകൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യരുത് (ഡിഫോൾട്ട്=0.0, അതായത് ഇല്ല
ഫിൽട്ടറിംഗ്) ഈ ഫിൽട്ടർ പരിഗണിക്കാതെ തന്നെ ചിമെറിക് അലൈൻമെന്റുകൾ ഔട്ട്പുട്ട് ആയിരിക്കുമെന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക
സഹായ ഓപ്ഷനുകൾ

--ചെക്ക്
കംപൈലർ അനുമാനങ്ങൾ പരിശോധിക്കുക

--പതിപ്പ്
പതിപ്പ് കാണിക്കുക

--സഹായിക്കൂ ഈ സഹായ സന്ദേശം കാണിക്കുക

GMAP സ്യൂട്ടിന്റെ മറ്റ് ഉപകരണങ്ങൾ /usr/lib/gmap-ൽ സ്ഥിതി ചെയ്യുന്നു

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmap ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക