gmod_gff3_preprocessor.plp - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനായി

പട്ടിക:

NAME

$0 - ഒരു ചാഡോ ഡാറ്റാബേസിലേക്ക് ബൾക്ക് ലോഡ് ചെയ്യുന്നതിനായി ഒരു GFF3 ഫയൽ തയ്യാറാക്കുന്നു.

സിനോപ്സിസ്

% gmod_gff_preprocessor [ഓപ്ഷനുകൾ] --gfffile

കമാൻഡ്-ലൈൻ ഓപ്ഷനുകൾ

--gfffile GFF3 അടങ്ങിയ ഫയൽ (ഓപ്ഷണൽ, വായിക്കാൻ കഴിയും
stdin-ൽ നിന്ന്)
--outfile ഫല ഫയലുകൾക്ക് പേരിടാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന നെയിം കേർണൽ
--splitfile ഫയലുകളെ കൂടുതൽ കൈകാര്യം ചെയ്യാവുന്ന ഭാഗങ്ങളായി വിഭജിക്കുക
വിഭജനം നിയന്ത്രിക്കാനുള്ള ഒരു വാദം
--മാത്രം വിഭജിക്കുക ഫയലുകൾ വിഭജിക്കുക, തുടർന്ന് പുറത്തുകടക്കുക (അതായത്, അടുക്കരുത്)
--nosplit ഫയലുകൾ വിഭജിക്കരുത് (അതായത്, അടുക്കുക മാത്രം ചെയ്യുക)
--hasrefseq ഫയലിൽ ഒരു റഫറൻസ് സീക്വൻസ് ലൈൻ ഉണ്ടെങ്കിൽ ഇത് സജ്ജമാക്കുക
(ഫയലുകൾ വിഭജിക്കുന്നില്ലെങ്കിൽ മാത്രം ആവശ്യമാണ്)
--dbprofile ഒരു gmod.conf പ്രൊഫൈൽ പേര് വ്യക്തമാക്കുക (അല്ലെങ്കിൽ സ്ഥിരസ്ഥിതി ഉപയോഗിക്കുക)
--inheritance_tiers ഈ ഫയലിൽ നിന്ന് എത്ര തലത്തിലുള്ള അനന്തരാവകാശമാണ് നിങ്ങൾ പ്രതീക്ഷിക്കുന്നത്
ഉണ്ടായിരിക്കണം (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 3)

വിവരണം

splitfile -- ഈ ഫ്ലാഗ് 1 ആയി സജ്ജീകരിക്കുന്നത് റഫറൻസ് പ്രകാരം ഫയൽ വിഭജിക്കുന്നതിന് കാരണമാകും
ക്രമം. നിങ്ങൾ ഒരു ഓപ്‌ഷണൽ ആർഗ്യുമെന്റ് നൽകിയാൽ, അത് അനുസരിച്ച് കൂടുതൽ വിഭജിക്കപ്പെടും
ഈ നിയമങ്ങൾ:

source=1 ഉറവിട കോളത്തിലെ മൂല്യത്തിനനുസരിച്ച് ഫയലുകൾ വിഭജിക്കുന്നു
ഉറവിടം=a,b,c പൊരുത്തപ്പെടുന്ന സ്രോതസ്സുകൾക്കൊപ്പം വരികൾ ഇടുന്നു (പതിവ് എക്സ്പ്രഷൻ വഴി)
ഒരു പ്രത്യേക ഫയലിൽ 'a', 'b' അല്ലെങ്കിൽ 'c'
ടൈപ്പ്=എ, ബി, സി എയിൽ 'എ', 'ബി' അല്ലെങ്കിൽ 'സി' എന്നിവയുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന തരങ്ങളുള്ള വരികൾ ഇടുന്നു
പ്രത്യേക ഫയൽ

ഉദാഹരണത്തിന്, നിങ്ങളുടെ എല്ലാ വിശകലന ഫലങ്ങളും ഒരു പ്രത്യേക ഫയലിൽ പോകണമെന്ന് നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിക്കുന്നുവെങ്കിൽ, നിങ്ങൾ
'--splitfile type=match', കൂടാതെ എല്ലാ cDNA_match, EST_match എന്നിവയും സൂചിപ്പിക്കാം
cross_genome_match സവിശേഷതകൾ പ്രത്യേക ഫയലുകളിലേക്ക് പോകും (റഫറൻസ് സീക്വൻസ് പ്രകാരം പ്രത്യേകം).

inheritence_tiers -- ഈ ഫയലിന് ഉള്ള അനന്തരാവകാശത്തിന്റെ എണ്ണം. ഉദാഹരണത്തിന്, എങ്കിൽ
ഫയലിൽ "സെൻട്രൽ ഡോഗ്മ" ജീനുകൾ ഉണ്ട് (ജീൻ/എംആർഎൻഎ/ എക്സോൺ, പോളിപെപ്റ്റൈഡ്), തുടർന്ന് അതിന് 3 ഉണ്ട്.
4 വരെ പിന്തുണയ്ക്കുന്നു, എന്നാൽ ഉയർന്ന സംഖ്യ, അത് കൂടുതൽ സാവധാനത്തിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്നു. ഇല്ലെങ്കിൽ
അറിയുക, 3 ന്യായമായ ഊഹമാണ്.

ഫാസ്റ്റ ക്രമം
GFF3 ഫയലിൽ അവസാനം FASTA സീക്വൻസ് അടങ്ങിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, സീക്വൻസ് ഒരു ആയി സ്ഥാപിക്കും
'.fasta' എന്ന വിപുലീകരണത്തോടുകൂടിയ പ്രത്യേക ഫയൽ. ഈ ഫാസ്റ്റ ഫയൽ പിന്നീട് പ്രത്യേകം ലോഡ് ചെയ്യാൻ കഴിയും
കമാൻഡ് ഉപയോഗിച്ച് സ്പ്ലിറ്റ് കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ അടുക്കിയ GFF3 ഫയലുകൾ ലോഡ് ചെയ്യുന്നു:

gmod_bulk_load_gff3.pl -g

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmod_gff3_preprocessor.plp ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക