gmx-chi - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-chi - ചിയെയും മറ്റ് ഡൈഹെഡ്രലുകളെയും കുറിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് അറിയേണ്ടതെല്ലാം കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx ചി [-s [<.gro/.g96/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-എസ്എസ് [<.dat>]]
[-o [<.xvg>]] [-p [<.pdb>]] [-ജെസി [<.xvg>]] [-കോർ [<.xvg>]]
[-g [<.log>]] [-അല്ല [<.xvg>]] [-ഓ [<.xvg>]] [-rt [<.xvg>]]
[-സിപി [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[ഇല്ല] w]
[-xvg ] [-R0 ] [-[ഇല്ല]ഫി] [-[ഇല്ല]psi] [-[ഇല്ല] ഒമേഗ]
[-[ഇല്ല]രാമ] [-[ഇല്ല]അതിക്രമം] [-[ഇല്ല] ആനുകാലികം] [-[ഇല്ല]എല്ലാം] [-[ഇല്ല]റാഡ്]
[-[ഇല്ല]ഷിഫ്റ്റ്] [-ബിൻവിഡ്ത്ത് ] [-core_rotamer ]
[-മാക്സി ] [-[ഇല്ല] നോർഹിസ്റ്റോ] [-[ഇല്ല]റാമോമേഗ]
[- വസ്തുത ] [-[no]chi_prod] [-[ഇല്ല]HChi] [-bmax ]
[-അക്ഫ്ലെൻ ] [-[ഇല്ല] സാധാരണമാക്കുക] [-P ] [-ഫിറ്റ്എഫ്എൻ ]
[-ആരംഭിക്കുക ] [- endfit ]

വിവരണം

gmx ചി നിങ്ങളുടെ എല്ലാ അമിനോ ആസിഡ് നട്ടെല്ലിനും ഫി, പിഎസ്ഐ, ഒമേഗ, ചി ഡൈഹെഡ്രലുകൾ എന്നിവ കണക്കാക്കുന്നു
സൈഡ്ചെയിനുകൾ. ഇതിന് ഡൈഹെഡ്രൽ ആംഗിൾ സമയത്തിന്റെ പ്രവർത്തനമായും ഹിസ്റ്റോഗ്രാമായും കണക്കാക്കാം
വിതരണങ്ങൾ. വിതരണങ്ങൾ (ഹിസ്റ്റോ-(ദ്വിഹെഡ്രൽ)(അവശേഷിപ്പ്).xvg) എല്ലാറ്റിനും മുകളിൽ ക്യുമുലേറ്റീവ് ആണ്
ഓരോ തരത്തിലുമുള്ള അവശിഷ്ടങ്ങൾ.

ഓപ്ഷൻ ആണെങ്കിൽ -കോർ നൽകിയിരിക്കുന്നു, പ്രോഗ്രാം ഡൈഹെഡ്രൽ ഓട്ടോകോറിലേഷൻ ഫംഗ്ഷനുകൾ കണക്കാക്കും.
ഉപയോഗിച്ച ഫംഗ്ഷൻ C(t) = ആണ് . പകരം കോസൈനുകളുടെ ഉപയോഗം
കോണുകളേക്കാൾ, ആനുകാലികതയുടെ പ്രശ്നം പരിഹരിക്കുന്നു. (വാൻ ഡെർ സ്പോൾ & ബെറെൻഡ്സെൻ
(1997), ബയോഫിസ്. ജെ. 72, 2032-2041). ഓരോ അവശിഷ്ടത്തിന്റെയും ഓരോ ഡൈഹെഡ്രലിനും പ്രത്യേക ഫയലുകൾ
(corr(dihedral)(അവശേഷിപ്പ്)(nresnr).xvg) ഔട്ട്പുട്ട്, അതുപോലെ ഒരു ഫയലും അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
എല്ലാ അവശിഷ്ടങ്ങൾക്കുമുള്ള വിവരങ്ങൾ (വാദം -കോർ).

ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് -എല്ലാം, ഓരോ അവശിഷ്ടത്തിനും സമയത്തിന്റെ പ്രവർത്തനമെന്ന നിലയിൽ കോണുകൾ തന്നെ അച്ചടിക്കുന്നു
ഫയലുകൾ വേർതിരിക്കാൻ (ഡിഹെഡ്രൽ)(അവശേഷിപ്പ്)(nresnr).xvg. ഇവ റേഡിയൻ അല്ലെങ്കിൽ ഡിഗ്രിയിൽ ആകാം.

ഒരു ലോഗ് ഫയൽ (വാദം -g) എന്നും എഴുതിയിട്ടുണ്ട്. ഇതിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു

· ഓരോ തരത്തിലുമുള്ള അവശിഷ്ടങ്ങളുടെ എണ്ണത്തെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ.

കാർപ്ലസ് സമവാക്യത്തിൽ നിന്നുള്ള NMR ^3J കപ്ലിംഗ് കോൺസ്റ്റന്റ്സ്.

· ഓരോ റോട്ടാമറുകൾക്കും ഇടയിലുള്ള സംക്രമണങ്ങളുടെ എണ്ണത്തിന്റെ ഓരോ അവശിഷ്ടത്തിനും ഒരു പട്ടിക
നാനോ സെക്കൻഡ്, ഓരോ ഡൈഹെഡ്രലിന്റെയും ഓർഡർ പാരാമീറ്റർ S^2.

· റോട്ടമർ ഒക്യുപൻസിയുടെ ഓരോ അവശിഷ്ടത്തിനും ഒരു പട്ടിക.

പ്ലാനർ ഗ്രൂപ്പുകളിലേക്കുള്ള ഒമേഗ, ചി ഡൈഹെഡ്രലുകൾ ഒഴികെ എല്ലാ റോട്ടമറുകളും 3-മടങ്ങായി എടുക്കുന്നു.
(അതായത്, ആരോമാറ്റിക്സിന്റെ chi_2, Asp, Asn; chi_3 of Glu and Gln; and chi_4 of Arg), അവ
2-മടങ്ങ്. "rotamer 0" എന്നാൽ ഓരോ റോട്ടമറിന്റെയും കോർ മേഖലയിൽ ദ്വിഹെഡ്രൽ ഉണ്ടായിരുന്നില്ല എന്നാണ്.
കോർ മേഖലയുടെ വീതി സജ്ജീകരിക്കാം -core_rotamer

S^2 ഓർഡർ പാരാമീറ്ററുകളും an-ലേക്ക് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുന്നു .xvg ഫയൽ (വാദം -o ) കൂടാതെ ഓപ്ഷണലായി
a .പിഡിബി S^2 മൂല്യങ്ങളുള്ള ഫയൽ ബി-ഘടകമായി (ആർഗ്യുമെന്റ് -p). റോട്ടമറിന്റെ ആകെ എണ്ണം
ഓരോ സമയക്രമത്തിലും പരിവർത്തനങ്ങൾ (വാദം -അല്ല), ഓരോ റോട്ടമറിനും സംക്രമണങ്ങളുടെ എണ്ണം (വാദം
-rt), കൂടാതെ ^3J കപ്ലിംഗുകൾ (വാദം -ജെസി), എന്നതിലേക്കും എഴുതാം .xvg ഫയലുകൾ. അതല്ല
റോട്ടമർ ട്രാൻസിഷനുകളുടെ വിശകലനം, വിതരണം ചെയ്ത ട്രജക്ടറി ഫ്രെയിമുകൾ ആണെന്ന് അനുമാനിക്കുന്നു
സമയത്തിൽ തുല്യ അകലത്തിൽ.

If -ചി_പ്രൊഡ് സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു (കൂടാതെ -മാക്സി > 0), ക്യുമുലേറ്റീവ് റോട്ടമറുകൾ, ഉദാ
1+9(chi_1-1)+3(chi_2-1)+(chi_3-1) (അവശിഷ്ടത്തിന് മൂന്ന് 3 മടങ്ങ് ഡൈഹെഡ്രലുകൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ ഒപ്പം -മാക്സി
>= 3) കണക്കാക്കുന്നു. മുമ്പത്തെപ്പോലെ, ഏതെങ്കിലും ഡൈഹെഡ്രൽ കോർ മേഖലയിൽ ഇല്ലെങ്കിൽ, റോട്ടമർ ആണ്
0 ആയി കണക്കാക്കുന്നു. ഈ ക്യുമുലേറ്റീവ് റോട്ടമറുകളുടെ (റോട്ടമർ 0-ൽ ആരംഭിക്കുന്ന) അധിനിവേശങ്ങൾ ഇവയാണ്
എന്ന വാദമാണ് ഫയലിലേക്ക് എഴുതിയത് -സിപി, എങ്കിൽ -എല്ലാം പതാക നൽകിയിട്ടുണ്ട്
സമയത്തിന്റെ പ്രവർത്തനങ്ങളായി റോട്ടമറുകൾ എഴുതിയിരിക്കുന്നു ചിപ്രോഡക്ട്(അവശേഷിപ്പ്)(nresnr).xvg അവരുടെ
തൊഴിലവസരങ്ങൾ ഹിസ്റ്റോ-ചിപ്രൊഡക്ട്(അവശേഷിപ്പ്)(nresnr).xvg.

ഓപ്ഷൻ -r ഫൈയുടെ പ്രവർത്തനമായി ശരാശരി ഒമേഗ കോണിന്റെ ഒരു കോണ്ടൂർ പ്ലോട്ട് സൃഷ്ടിക്കുന്നു
കൂടാതെ psi കോണുകൾ, അതായത്, ഒരു രാമചന്ദ്രൻ പ്ലോട്ടിൽ ശരാശരി ഒമേഗ ആംഗിൾ പ്ലോട്ട് ചെയ്യുന്നു
കളർ കോഡിംഗ്.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-s [<.gro/.g96/...>] (conf.gro)
ഘടനാപരമായ ഫയൽ: വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent esp ടിപിആർ

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

-എസ്എസ് [<.dat>] (ssdump.dat) (ഓപ്ഷണൽ)
പൊതുവായ ഡാറ്റ ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-o [<.xvg>] (order.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-p [<.pdb>] (order.pdb) (ഓപ്ഷണൽ)
പ്രോട്ടീൻ ഡാറ്റ ബാങ്ക് ഫയൽ

-ജെസി [<.xvg>] (Jcoupling.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-കോർ [<.xvg>] (dihcorr.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-g [<.log>] (chi.log)
ലോഗ് ഫയൽ

-അല്ല [<.xvg>] (dihtrans.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ഓ [<.xvg>] (tristo.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-rt [<.xvg>] (restrans.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-സിപി [<.xvg>] (chiprodhisto.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).

-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).

-dt (0)
t MOD dt = ആദ്യമായി (ps) ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക

-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ

-xvg
xvg പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിംഗ്: xmgrace, xmgr, ഒന്നുമില്ല

-R0 (1)
ആരംഭ അവശിഷ്ടം

-[ഇല്ല]ഫി (അല്ല)
ഫൈ ഡൈഹെഡ്രൽ കോണുകൾക്കുള്ള ഔട്ട്പുട്ട്

-[ഇല്ല]psi (അല്ല)
psi ഡൈഹെഡ്രൽ കോണുകൾക്കുള്ള ഔട്ട്പുട്ട്

-[ഇല്ല] ഒമേഗ (അല്ല)
ഒമേഗ ഡൈഹെഡ്രലുകൾക്കുള്ള ഔട്ട്പുട്ട് (പെപ്റ്റൈഡ് ബോണ്ടുകൾ)

-[ഇല്ല]രാമ (അല്ല)
phi/psi, chi_1/chi_2 രാമചന്ദ്രൻ പ്ലോട്ടുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക

-[ഇല്ല]അതിക്രമം (അല്ല)
ലംഘിച്ച രാമചന്ദ്രൻ കോണുകൾക്ക് 0 അല്ലെങ്കിൽ 1 നൽകുന്ന ഒരു ഫയൽ എഴുതുക

-[ഇല്ല] ആനുകാലികം (അതെ)
ഡൈഹെഡ്രൽ ആംഗിളുകൾ മോഡുലോ 360 ​​ഡിഗ്രി പ്രിന്റ് ചെയ്യുക

-[ഇല്ല]എല്ലാം (അല്ല)
ഓരോ ഡൈഹെഡ്രലിനും പ്രത്യേക ഫയലുകൾ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക.

-[ഇല്ല]റാഡ് (അല്ല)
ആംഗിൾ vs ടൈം ഫയലുകളിൽ, ഡിഗ്രികളേക്കാൾ റേഡിയൻസ് ഉപയോഗിക്കുക.

-[ഇല്ല]ഷിഫ്റ്റ് (അല്ല)
ഫൈ/പിഎസ്ഐ കോണുകളിൽ നിന്ന് കെമിക്കൽ ഷിഫ്റ്റുകൾ കണക്കാക്കുക

-ബിൻവിഡ്ത്ത് (1)
ഹിസ്റ്റോഗ്രാമുകൾക്കുള്ള ബിൻ വീതി (ഡിഗ്രികൾ)

-core_rotamer (0.5)
കേന്ദ്രം മാത്രം -core_rotamer*(360/മൾട്ടിപ്ലിസിറ്റി) ഓരോ റോട്ടമറിനും (ബാക്കി
റോട്ടമർ 0-ലേക്ക് നിയോഗിക്കപ്പെട്ടിരിക്കുന്നു)

-മാക്സി (0)
ആദ്യത്തെ ndih chi dihedrals കണക്കാക്കുക: 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6

-[ഇല്ല] നോർഹിസ്റ്റോ (അതെ)
ഹിസ്റ്റോഗ്രാമുകൾ സാധാരണമാക്കുക

-[ഇല്ല]റാമോമേഗ (അല്ല)
ശരാശരി ഒമേഗ phi/psi യുടെ ഒരു ഫംഗ്‌ഷനായി കണക്കാക്കി അത് an-ൽ പ്ലോട്ട് ചെയ്യുക .xpm തന്ത്രം

- വസ്തുത (-ക്സനുമ്ക്സ)
ബി-ഘടക മൂല്യം .പിഡിബി കണക്കാക്കിയ ഡൈഹെഡ്രൽ ഓർഡർ പാരാമീറ്റർ ഇല്ലാത്ത ആറ്റങ്ങൾക്കുള്ള ഫയൽ

-[no]chi_prod (അല്ല)
ഓരോ അവശിഷ്ടത്തിനും ഒരൊറ്റ ക്യുമുലേറ്റീവ് റോട്ടമർ കണക്കാക്കുക

-[ഇല്ല]HChi (അല്ല)
സൈഡ്‌ചെയിൻ ഹൈഡ്രജനിലേക്ക് ഡൈഹെഡ്രലുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക

-bmax (0)
ഡൈഹെഡ്രലിനായി, ഒരു ഡൈഹെഡ്രൽ ഉണ്ടാക്കുന്ന ഏതെങ്കിലും ആറ്റങ്ങളിൽ പരമാവധി ബി-ഘടകം
സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകളിൽ പരിഗണിക്കേണ്ട കോൺ. ഡാറ്റാബേസ് വർക്കിന് ബാധകമാണ്, അവിടെ നിരവധി
എക്സ്-റേ ഘടനകൾ വിശകലനം ചെയ്യുന്നു. -bmax <= 0 എന്നാൽ പരിധിയില്ല.

-അക്ഫ്ലെൻ (-ക്സനുമ്ക്സ)
ACF-ന്റെ ദൈർഘ്യം, ഫ്രെയിമുകളുടെ എണ്ണത്തിന്റെ പകുതിയാണ് ഡിഫോൾട്ട്

-[ഇല്ല] സാധാരണമാക്കുക (അതെ)
ACF നോർമലൈസ് ചെയ്യുക

-P (0)
ACF-നുള്ള ലെജൻഡ്രെ പോളിനോമിയലിന്റെ ക്രമം (0 ഒന്നുമല്ലെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്നു): 0, 1, 2, 3

-ഫിറ്റ്എഫ്എൻ (ഒന്നുമില്ല)
ഫിറ്റ് ഫംഗ്‌ഷൻ: ഒന്നുമില്ല, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-ആരംഭിക്കുക (0)
കോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷന്റെ എക്‌സ്‌പോണൻഷ്യൽ ഫിറ്റ് ആരംഭിക്കേണ്ട സമയം

- endfit (-ക്സനുമ്ക്സ)
കോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷന്റെ എക്‌സ്‌പോണൻഷ്യൽ ഫിറ്റ് എവിടെ അവസാനിപ്പിക്കണം, -1 എന്നത് വരെ
അവസാനിക്കുന്നു

അറിയപ്പെടുന്നത് ISSUES

നിരവധി ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നു (പ്രോട്ടീനിലെ അവശിഷ്ടങ്ങളുടെ 4 മടങ്ങ് വരെ,
ഓട്ടോകോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷനുകൾ കണക്കാക്കിയാൽ ഇരട്ടി). സാധാരണയായി നൂറുകണക്കിന് ഫയലുകൾ
ഔട്ട്പുട്ട് ആകുന്നു.

· phi, psi ഡൈഹെഡ്രലുകൾ, phi-യ്‌ക്ക് HN-CA-C ഉപയോഗിച്ച്, നിലവാരമില്ലാത്ത രീതിയിൽ കണക്കാക്കുന്നു.
C(-)-N-CA-C എന്നതിന് പകരം, N-CA-CN(+) എന്നതിന് പകരം psi-യ്ക്ക് N-CA-CO. ഇത് കാരണമാകുന്നു
(സാധാരണയായി ചെറിയ) മറ്റ് ടൂളുകളുടെ ഔട്ട്പുട്ടുമായുള്ള പൊരുത്തക്കേടുകൾ gmx രാമ.

· -R0 ഓപ്ഷൻ ശരിയായി പ്രവർത്തിക്കുന്നില്ല

മൾട്ടിപ്ലസിറ്റി 2 ഉള്ള റോട്ടമറുകൾ പ്രിന്റ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു chi.log അവർക്ക് ഗുണിതം 3 ഉള്ളതുപോലെ
മൂന്നാമത്തേത് (g(+)) എപ്പോഴും 3 ആണ്

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-chi ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക