gmx-convert-tpr - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനായി

പട്ടിക:

NAME

gmx-convert-tpr - പരിഷ്കരിച്ച റൺ-ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഉണ്ടാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx convert-tpr [-s [<.tpr>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr>]] [-നീട്ടുക ]
[-വരുവോളം ] [- ഘട്ടങ്ങൾ ] [- സമയം ]
[-[no]പൂജ്യം] [-[no]vel] [-[ഇല്ല]തുടർച്ച]
[-init_fep_state ]

വിവരണം

gmx പരിവർത്തനം-tpr റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ നാല് തരത്തിൽ എഡിറ്റ് ചെയ്യാം.

1. ഓപ്‌ഷനുകൾക്കൊപ്പം റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയലിലെ ഘട്ടങ്ങളുടെ എണ്ണം പരിഷ്‌ക്കരിക്കുന്നതിലൂടെ -നീട്ടുക, -വരുവോളം or
- ഘട്ടങ്ങൾ (പടികൾ=-1 എന്നാൽ പരിധിയില്ലാത്ത ഘട്ടങ്ങൾ)

2. (കാലഹരണപ്പെട്ടത്) നിങ്ങളുടെ സിമുലേഷൻ ഉള്ളപ്പോൾ ഒരു റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ സൃഷ്ടിച്ചുകൊണ്ട് ഒരു തുടർച്ച പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക
ഒരു ഫുൾ ഡിസ്ക് കാരണം അല്ലെങ്കിൽ ഒരു തുടർച്ചയായ റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ ഉണ്ടാക്കുന്നതിലൂടെ തകർന്നു. ഈ ഓപ്ഷൻ
mdrun ഇപ്പോൾ ചെക്ക്‌പോയിന്റ് ഫയലുകൾ എഴുതുകയും വായിക്കുകയും ചെയ്യുന്നതിനാൽ കാലഹരണപ്പെട്ടതാണ്. കുറിപ്പ് കൂടെ ഒരു ഫ്രെയിം
കോർഡിനേറ്റുകളും വേഗതയും ആവശ്യമാണ്. സമ്മർദ്ദം കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ മൂക്ക്-ഹൂവർ താപനില
കപ്ലിംഗ് ഉപയോഗിക്കുന്നു, അതിന്റെ കൃത്യമായ തുടർച്ച ലഭിക്കുന്നതിന് ഒരു ഊർജ്ജ ഫയൽ നൽകാം
യഥാർത്ഥ ഓട്ടം.

3. നിങ്ങളുടെ യഥാർത്ഥ tpx ഫയലിന്റെ ഒരു ഉപസെറ്റിനായി ഒരു .tpx ഫയൽ സൃഷ്‌ടിക്കുന്നതിലൂടെ, അത് എപ്പോൾ ഉപയോഗപ്രദമാണ്
നിങ്ങളുടെ .tpx ഫയലിൽ നിന്ന് സോൾവെന്റ് നീക്കംചെയ്യാൻ നിങ്ങൾ ആഗ്രഹിക്കുന്നു, അല്ലെങ്കിൽ നിങ്ങൾക്ക് എപ്പോൾ ശുദ്ധമാക്കണം
Calpha .tpx ഫയൽ. നിങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കേണ്ടി വന്നേക്കാം എന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക - ഘട്ടങ്ങൾ -1 (അല്ലെങ്കിൽ സമാനമായത്) ഇത് ലഭിക്കുന്നതിന്
ജോലി. മുന്നറിയിപ്പ്: ഈ .tpx ഫയല് is അല്ല പൂർണ്ണമായി പ്രവർത്തനയോഗ്യമായ.

4. ഒരു നിർദ്ദിഷ്ട ഗ്രൂപ്പിന്റെ ചാർജുകൾ പൂജ്യമായി സജ്ജീകരിക്കുന്നതിലൂടെ. സൗജന്യമായി ചെയ്യുമ്പോൾ ഇത് ഉപയോഗപ്രദമാണ്
LIE (ലീനിയർ ഇന്ററാക്ഷൻ എനർജി) രീതി ഉപയോഗിച്ച് ഊർജ്ജം കണക്കാക്കുന്നു.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
പോർട്ടബിൾ xdr റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr) (ഓപ്ഷണൽ)
പൂർണ്ണ കൃത്യതയുള്ള പാത: trr സിപിടി ടിഎൻജി

-e [<.edr>] (ener.edr) (ഓപ്ഷണൽ)
ഊർജ്ജ ഫയൽ

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ഓപ്ഷണൽ)
സൂചിക ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-o [<.tpr>] (tprout.tpr)
പോർട്ടബിൾ xdr റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-നീട്ടുക (0)
ഈ തുക കൊണ്ട് റൺടൈം നീട്ടുക (ps)

-വരുവോളം (0)
ഈ അവസാനിക്കുന്ന സമയം വരെ റൺടൈം നീട്ടുക (ps)

- ഘട്ടങ്ങൾ (0)
ഘട്ടങ്ങളുടെ എണ്ണം മാറ്റുക

- സമയം (-ക്സനുമ്ക്സ)
അവസാന ഫ്രെയിമിന് പകരം ഈ സമയത്ത് (ps) ഫ്രെയിമിൽ നിന്ന് തുടരുക

-[no]പൂജ്യം (അല്ല)
ഒരു ഗ്രൂപ്പിന്റെ ചാർജുകൾ (സൂചികയിൽ നിന്ന്) പൂജ്യമായി സജ്ജമാക്കുക

-[no]vel (അതെ)
പാതയിൽ നിന്ന് വേഗത ആവശ്യമാണ്

-[ഇല്ല]തുടർച്ച (അതെ)
കൃത്യമായ തുടർച്ചയ്ക്കായി, ആദ്യ ഘട്ടത്തിന് മുമ്പ് നിയന്ത്രണങ്ങൾ പ്രയോഗിക്കാൻ പാടില്ല

-init_fep_state (0)
ആരംഭിക്കാൻ fep സംസ്ഥാനം

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-convert-tpr ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക