gmx-covar - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-covar - കോവേരിയൻസ് മാട്രിക്സ് കണക്കാക്കി ഡയഗണലൈസ് ചെയ്യുക

സിനോപ്സിസ്

gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-ഓഫ് [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-അസ്കി [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [- നിങ്ങൾ ] [-xvg ] [-[ഇല്ല] അനുയോജ്യം]
[-[no]ref] [-[ഇല്ല] mwa] [-അവസാനത്തെ ] [-[ഇല്ല]pbc]

വിവരണം

gmx covar (മാസ്-വെയ്റ്റഡ്) കോവേരിയൻസ് മാട്രിക്സ് കണക്കാക്കുകയും ഡയഗണലൈസ് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു. എല്ലാം
ഘടന ഫയലിലെ ഘടനയിൽ ഘടനകൾ ഘടിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു. ഇത് ഒരു റൺ അല്ലാത്തപ്പോൾ
ഇൻപുട്ട് ഫയൽ പീരിയോഡിസിറ്റി കണക്കിലെടുക്കില്ല. അനുയോജ്യവും വിശകലന ഗ്രൂപ്പുകളും എപ്പോൾ
സമാനമാണ്, വിശകലനം മാസ്-വെയ്റ്റഡ് അല്ല, ഫിറ്റും നോൺ ആയിരിക്കും
പിണ്ഡമുള്ള.

ഈജൻ വെക്‌ടറുകൾ ഒരു ട്രാജക്‌ടറി ഫയലിൽ എഴുതിയിരിക്കുന്നു (-v). ഒരേ ആറ്റങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ
ഫിറ്റും കോവേരിയൻസ് വിശകലനവും, ഫിറ്റിനുള്ള റഫറൻസ് ഘടനയാണ് ആദ്യം എഴുതുന്നത്
t=-1 കൂടെ. ശരാശരി (അല്ലെങ്കിൽ റഫറൻസ് എപ്പോൾ -ref ഉപയോഗിക്കുന്നു) ഘടന t=0 ഉപയോഗിച്ച് എഴുതിയിരിക്കുന്നു,
ഈജൻ വെക്‌ടറുകൾ ഫ്രെയിമുകളായാണ് എഴുതിയിരിക്കുന്നത്, ഐജൻ വെക്‌ടർ നമ്പർ ടൈംസ്റ്റാമ്പായി.

ഈജൻ വെക്‌ടറുകൾ ഉപയോഗിച്ച് വിശകലനം ചെയ്യാം gmx അനേഗ്.

ഓപ്ഷൻ -അസ്കി ഒരു ASCII ഫയലിലേക്ക് മുഴുവൻ കോവേറിയൻസ് മാട്രിക്സും എഴുതുന്നു. യുടെ ഉത്തരവ്
ഘടകങ്ങൾ ഇതാണ്: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, ...

ഓപ്ഷൻ -xpm an-ലേക്ക് കോവേറിയൻസ് മാട്രിക്സ് മുഴുവനും എഴുതുന്നു .xpm ഫയൽ.

ഓപ്ഷൻ -xpma a-ലേക്ക് ആറ്റോമിക് കോവേറിയൻസ് മാട്രിക്സ് എഴുതുന്നു .xpm ഫയൽ, അതായത് ഓരോ ആറ്റം ജോഡിക്കും
xx, yy, zz കോവേറിയൻസുകളുടെ ആകെത്തുക എഴുതിയിരിക്കുന്നു.

ഒരു മാട്രിക്സിന്റെ ഡയഗണലൈസേഷന് മെമ്മറിയും സമയവും ആവശ്യമാണെന്ന കാര്യം ശ്രദ്ധിക്കുക
ഉൾപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന ആറ്റങ്ങളുടെ എണ്ണത്തിന്റെ വർഗ്ഗത്തേക്കാൾ കുറഞ്ഞ വേഗത. തീർന്നുപോകാൻ എളുപ്പമാണ്
മെമ്മറി, ഈ ടൂൾ ഒരു 'സെഗ്മെന്റേഷൻ തകരാർ' ഉപയോഗിച്ച് പുറത്തുകടക്കും. നീ ചെയ്തിരിക്കണം
ആറ്റങ്ങളുടെ ഒരു കൂട്ടം കുറഞ്ഞ ചെലവിൽ നിങ്ങളുടെ ആവശ്യങ്ങൾ നിറവേറ്റുമോ എന്ന് ശ്രദ്ധാപൂർവ്വം പരിഗണിക്കുക.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ഘടന+പിണ്ഡം(db): ടിപിആർ വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ഓപ്ഷണൽ)
സൂചിക ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
പൂർണ്ണ കൃത്യതയുള്ള പാത: trr സിപിടി ടിഎൻജി

-ഓഫ് [<.gro/.g96/...>] (ശരാശരി.pdb)
ഘടനാപരമായ ഫയൽ: വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent esp

-l [<.log>] (covar.log)
ലോഗ് ഫയൽ

-അസ്കി [<.dat>] (covar.dat) (ഓപ്ഷണൽ)
പൊതുവായ ഡാറ്റ ഫയൽ

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (ഓപ്ഷണൽ)
X PixMap അനുയോജ്യമായ മാട്രിക്സ് ഫയൽ

-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (ഓപ്ഷണൽ)
X PixMap അനുയോജ്യമായ മാട്രിക്സ് ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).

-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).

-dt (0)
t MOD dt = ആദ്യമായി (ps) ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക

- നിങ്ങൾ (സങ്കീ)
സമയ മൂല്യങ്ങൾക്കുള്ള യൂണിറ്റ്: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
xvg പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിംഗ്: xmgrace, xmgr, ഒന്നുമില്ല

-[ഇല്ല] അനുയോജ്യം (അതെ)
ഒരു റഫറൻസ് ഘടനയ്ക്ക് അനുയോജ്യം

-[no]ref (അല്ല)
സ്ട്രക്ചർ ഫയലിലെ കോൺഫോർമേഷനിൽ നിന്നുള്ള വ്യതിയാനത്തിന് പകരം ഉപയോഗിക്കുക
ശരാശരി

-[ഇല്ല] mwa (അല്ല)
മാസ് വെയ്റ്റഡ് കോവേരിയൻസ് വിശകലനം

-അവസാനത്തെ (-ക്സനുമ്ക്സ)
എഴുതാനുള്ള അവസാന ഈജൻ വെക്റ്റർ (-1 ആണ് അവസാനത്തേത് വരെ)

-[ഇല്ല]pbc (അതെ)
ആനുകാലിക അതിർത്തി വ്യവസ്ഥകൾക്കായി തിരുത്തലുകൾ പ്രയോഗിക്കുക

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-covar ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക