gmx-energy - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-energy - xvg ഫയലുകളിലേക്കും ഡിസ്പ്ലേ ശരാശരികളിലേക്കും ഊർജ്ജം എഴുതുന്നു

സിനോപ്സിസ്

gmx ഊർജ്ജം [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]]
[-അതിക്രമം [<.xvg>]] [- ജോഡികൾ [<.xvg>]] [-ഓറ [<.xvg>]]
[-ort [<.xvg>]] [-ഓഡ [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]]
[-odt [<.xvg>]] [-ഒറ്റൻ [<.xvg>]] [-കോർ [<.xvg>]]
[-vis [<.xvg>]] [-റാവ്ജി [<.xvg>]] [-odh [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-[ഇല്ല] w] [-xvg ] [-[ഇല്ല] ഫീസ്]
[-fetemp ] [-പൂജ്യം ] [-[ഇല്ല] തുക] [-[ഇല്ല]dp]
[-nbmin ] [-nbmax ] [-[ഇല്ല] മ്യൂട്ടോട്ട്] [-ഒഴിവാക്കുക ]
[-[ഇല്ല] ഇതുവരെ] [-nmol ] [-[no]fluct_props]
[-[ഇല്ല] ഡ്രിഫ്റ്റ്കോർ] [-[ഇല്ല] ഫ്ലക്] [-[no]orinst] [-[ഇല്ല] ovec]
[-അക്ഫ്ലെൻ ] [-[ഇല്ല] സാധാരണമാക്കുക] [-P ]
[-ഫിറ്റ്എഫ്എൻ ] [-ആരംഭിക്കുക ] [- endfit ]

വിവരണം

gmx ഊര്ജം ഒരു എനർജി ഫയലിൽ നിന്ന് ഊർജ്ജ ഘടകങ്ങളോ ദൂര നിയന്ത്രണ ഡാറ്റയോ വേർതിരിച്ചെടുക്കുന്നു. ദി
ആവശ്യമുള്ള ഊർജ്ജ നിബന്ധനകൾ സംവേദനാത്മകമായി തിരഞ്ഞെടുക്കാൻ ഉപയോക്താവിനോട് ആവശ്യപ്പെടുന്നു.

ശരാശരി, RMSD, ഡ്രിഫ്റ്റ് എന്നിവ സിമുലേഷനിൽ നിന്ന് പൂർണ്ണ കൃത്യതയോടെ കണക്കാക്കുന്നു (കാണുക
അച്ചടിച്ച മാനുവൽ). ഡാറ്റയുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സ്ക്വയർ ഫിറ്റ് ചെയ്താണ് ഡ്രിഫ്റ്റ് കണക്കാക്കുന്നത്
നേർരേഖ. റിപ്പോർട്ടുചെയ്ത മൊത്തം ഡ്രിഫ്റ്റ് ആദ്യത്തേയും അവസാനത്തേയും ഫിറ്റിന്റെ വ്യത്യാസമാണ്
പോയിന്റ്. 5 ബ്ലോക്കുകളിൽ കൂടുതലുള്ള ബ്ലോക്ക് ശരാശരിയെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയാണ് ശരാശരിയുടെ പിശക് കണക്കാക്കുന്നത്
പൂർണ്ണ കൃത്യതയുള്ള ശരാശരികൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഒന്നിലധികം ബ്ലോക്കുകളിൽ പിശക് കണക്കാക്കൽ നടത്താം
ഓപ്ഷനുകൾക്കൊപ്പം നീളം -nbmin ഒപ്പം -nbmax. കുറിപ്പ് മിക്ക കേസുകളിലും ഊർജ്ജ ഫയലുകൾ
എല്ലാ MD ഘട്ടങ്ങളിലുമുള്ള ശരാശരി അല്ലെങ്കിൽ ഫ്രെയിമുകളുടെ എണ്ണത്തേക്കാൾ കൂടുതൽ പോയിന്റുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
ഊർജ്ജ ഫയൽ. ഇത് ഉണ്ടാക്കുന്നു gmx ഊര്ജം സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ ഔട്ട്പുട്ട് എന്നതിനേക്കാൾ കൂടുതൽ കൃത്യമാണ് .xvg
ഔട്ട്പുട്ട്. ഊർജ്ജ ഫയലിൽ കൃത്യമായ ശരാശരികൾ ഇല്ലെങ്കിൽ, സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ സൂചിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു
മുകളിൽ പറഞ്ഞിരിക്കുന്നത് ഒറ്റ, ഓരോ ഫ്രെയിമിനും ഉള്ള ഊർജ്ജ മൂല്യങ്ങൾക്ക് മുകളിലാണ്.

ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകൾ എന്ന പദം RMSD-യെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ചതുരങ്ങൾക്ക് ചുറ്റും അനുയോജ്യമാക്കുന്നു.

ശരിയായ ഊർജ്ജ നിബന്ധനകൾ നൽകിയാൽ ചില ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകളെ ആശ്രയിക്കുന്ന ഗുണങ്ങൾ കണക്കാക്കാം
തിരഞ്ഞെടുത്തു, കമാൻഡ് ലൈൻ ഓപ്ഷൻ -fluct_props കൊടുത്തു. ഇനിപ്പറയുന്നവ
പ്രോപ്പർട്ടികൾ കണക്കാക്കും:

┌────────────────────────────────┬──────────────── ─────┐
│പ്രോപ്പർട്ടി │ ഊർജ്ജ നിബന്ധനകൾ ആവശ്യമാണ് │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│ഹീറ്റ് കപ്പാസിറ്റി C_p (NPT സിംസ്): │ Enthalpy, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│ഹീറ്റ് കപ്പാസിറ്റി C_v (NVT സിംസ്): │ Etot, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│തെർമൽ എക്സ്പാൻഷൻ കോഫ്. (NPT): │ Enthalpy, Vol, Temp │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│ഐസോതെർമൽ കംപ്രസിബിലിറ്റി: │ വോളിയം, ടെമ്പ് │
├────────────────────────────────┼──────────────── ─────┤
│അഡിയബാറ്റിക് ബൾക്ക് മോഡുലസ്: │ വോളിയം, ടെമ്പ് │
└────────────────────────────────┴──────────────── ─────┘

നിങ്ങൾ എപ്പോഴും തന്മാത്രകളുടെ എണ്ണം സജ്ജീകരിക്കേണ്ടതുണ്ട് -nmol. C_p/C_v കണക്കുകൂട്ടലുകൾ ചെയ്യുന്നു അല്ല
ക്വാണ്ടം ഇഫക്റ്റുകൾക്കായി എന്തെങ്കിലും തിരുത്തലുകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുക. ഉപയോഗിക്കുക gmx ഡോസ് നിങ്ങൾക്ക് അത് വേണമെങ്കിൽ പ്രോഗ്രാം ചെയ്യുക (കൂടാതെ
നിങ്ങൾ ചെയ്യുന്നു).

എപ്പോഴാണ് -അതിക്രമം ഓപ്‌ഷൻ സജ്ജീകരിച്ചു, സമയം ശരാശരി ലംഘനങ്ങൾ ആസൂത്രണം ചെയ്യുകയും പ്രവർത്തിക്കുകയും ചെയ്യുന്നു
സമയ-ശരാശരിയും തൽക്ഷണ ലംഘനങ്ങളും വീണ്ടും കണക്കാക്കുന്നു. അധികമായി പ്രവർത്തിക്കുന്നു
തിരഞ്ഞെടുത്ത ജോഡികൾ തമ്മിലുള്ള സമയ-ശരാശരി, തൽക്ഷണ ദൂരം എന്നിവ ഉപയോഗിച്ച് പ്ലോട്ട് ചെയ്യാം
- ജോഡികൾ ഓപ്ഷൻ.

ഓപ്ഷനുകൾ -ഓറ, -ort, -ഓഡ, -odr ഒപ്പം -odt ഓറിയന്റേഷൻ നിയന്ത്രണ ഡാറ്റ വിശകലനം ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു.
ആദ്യത്തെ രണ്ട് ഓപ്‌ഷനുകൾ ഓറിയന്റേഷൻ പ്ലോട്ട് ചെയ്യുന്നു, അവസാനത്തെ മൂന്ന് വ്യതിയാനങ്ങൾ
പരീക്ഷണാത്മക മൂല്യങ്ങളിൽ നിന്നുള്ള ഓറിയന്റേഷനുകൾ. ഒരു 'a' പ്ലോട്ടിൽ അവസാനിക്കുന്ന ഓപ്ഷനുകൾ
നിയന്ത്രണത്തിന്റെ പ്രവർത്തനമായി കാലക്രമേണ ശരാശരി. ഒരു 't'-ൽ അവസാനിക്കുന്ന ഓപ്ഷനുകൾ
നിയന്ത്രണ ലേബൽ നമ്പറുകൾക്കായുള്ള ഉപയോക്താവ്, സമയത്തിന്റെ പ്രവർത്തനമായി ഡാറ്റ പ്ലോട്ട് ചെയ്യുക. ഓപ്ഷൻ -odr
നിയന്ത്രണത്തിന്റെ ഒരു പ്രവർത്തനമായി RMS വ്യതിയാനം പ്ലോട്ട് ചെയ്യുന്നു. ഓട്ടം സമയം അല്ലെങ്കിൽ സമന്വയം ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ
ശരാശരി ഓറിയന്റേഷൻ നിയന്ത്രണങ്ങൾ, ഓപ്ഷൻ -orinst തൽക്ഷണം വിശകലനം ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കാം,
സമയത്തിനും സമന്വയത്തിനും പകരം സമന്വയ-ശരാശരി ഓറിയന്റേഷനുകളും വ്യതിയാനങ്ങളും അല്ല
ശരാശരി.

ഓപ്ഷൻ -ഒറ്റൻ ഓരോ ഓറിയന്റേഷനും മോളിക്യുലാർ ഓർഡർ ടെൻസറിന്റെ ഈജൻവാല്യൂസ് പ്ലോട്ട് ചെയ്യുന്നു
നിയന്ത്രണ പരീക്ഷണം. ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് -ഒവെക് ഈജൻ വെക്‌ടറുകളും പ്ലോട്ട് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.

ഓപ്ഷൻ -odh സൗജന്യ ഊർജ ഡാറ്റ എക്‌സ്‌ട്രാക്‌റ്റ് ചെയ്യുകയും പ്ലോട്ട് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു (ഹാമിൽട്ടോയൻ വ്യത്യാസങ്ങൾ കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ
ഹാമിൽട്ടോണിയൻ ഡെറിവേറ്റീവ് dhdl) ൽ നിന്ന് ener.edr ഫയൽ.

കൂടെ -ഫീസ് അനുയോജ്യമായ വാതകവുമായുള്ള സ്വതന്ത്ര-ഊർജ്ജ വ്യത്യാസത്തിന് ഒരു എസ്റ്റിമേറ്റ് കണക്കാക്കുന്നു
സംസ്ഥാനം:

ഡെൽറ്റ A = A(N,V,T) - A_idealgas(N,V,T) = kT ln( )
ഡെൽറ്റ G = G(N,p,T) - G_idealgas(N,p,T) = kT ln( )

ഇവിടെ k എന്നത് ബോൾട്ട്‌സ്‌മാന്റെ സ്ഥിരാങ്കം, T എന്നത് സജ്ജീകരിക്കുന്നത് -fetemp കൂടാതെ ശരാശരി എൻസെംബിളിന് മുകളിലാണ്
(അല്ലെങ്കിൽ ഒരു പാതയിലെ സമയം). ഇത് തത്വത്തിൽ ശരാശരി ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ശരിയാണെന്ന് ശ്രദ്ധിക്കുക
മൊത്തത്തിൽ (ബോൾട്ട്‌സ്മാൻ) സമന്വയവും സാധ്യതയുള്ള ഊർജ്ജം ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഇതും അനുവദിക്കുന്നു
ഇത് ഉപയോഗിച്ചുള്ള ഒരു എൻട്രോപ്പി എസ്റ്റിമേറ്റ്:

ഡെൽറ്റ S(N,V,T) = S(N,V,T) - S_idealgas(N,V,T) = ( - ഡെൽറ്റ എ)/ടി
ഡെൽറ്റ S(N,p,T) = S(N,p,T) - S_idealgas(N,p,T) = ( + പിവി - ഡെൽറ്റ ജി)/ടി

രണ്ടാമത്തെ ഊർജ്ജ ഫയൽ വ്യക്തമാക്കുമ്പോൾ (-f2), ഒരു സ്വതന്ത്ര ഊർജ്ജ വ്യത്യാസം കണക്കാക്കുന്നു:

dF = -kT ln( _A),

ഇവിടെ E_A, E_B എന്നിവ ആദ്യത്തെയും രണ്ടാമത്തെയും എനർജി ഫയലുകളിൽ നിന്നുള്ള ഊർജ്ജവും ശരാശരിയുമാണ്
സമുച്ചയത്തിന് മുകളിലാണ് A. സ്വതന്ത്ര ഊർജ്ജ വ്യത്യാസത്തിന്റെ റണ്ണിംഗ് ശരാശരി a ലേക്ക് പ്രിന്റ് ചെയ്യുന്നു
ഫയൽ വ്യക്തമാക്കിയത് -റാവ്ജി. കുറിപ്പ് ഊർജങ്ങൾ രണ്ടും ഒന്നിൽ നിന്ന് കണക്കാക്കണം
പാത.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-f [<.edr>] (ener.edr)
ഊർജ്ജ ഫയൽ

-f2 [<.edr>] (ener.edr) (ഓപ്ഷണൽ)
ഊർജ്ജ ഫയൽ

-s [<.tpr>] (topol.tpr) (ഓപ്ഷണൽ)
പോർട്ടബിൾ xdr റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-o [<.xvg>] (energy.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-അതിക്രമം [<.xvg>] (violaver.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

- ജോഡികൾ [<.xvg>] (pairs.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ഓറ [<.xvg>] (orienta.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ort [<.xvg>] (orientt.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ഓഡ [<.xvg>] (orideva.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-odr [<.xvg>] (oridevr.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-odt [<.xvg>] (oridevt.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ഒറ്റൻ [<.xvg>] (oriten.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-കോർ [<.xvg>] (enecorr.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-vis [<.xvg>] (visco.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-റാവ്ജി [<.xvg>] (runavgdf.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-odh [<.xvg>] (dhdl.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).

-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).

-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ

-xvg
xvg പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിംഗ്: xmgrace, xmgr, ഒന്നുമില്ല

-[ഇല്ല] ഫീസ് (അല്ല)
ഒരു സൌജന്യ ഊർജ്ജ എസ്റ്റിമേറ്റ് ചെയ്യുക

-fetemp (300)
സൗജന്യ ഊർജ്ജ കണക്കുകൂട്ടലിനുള്ള റഫറൻസ് താപനില

-പൂജ്യം (0)
ഒരു സീറോ പോയിന്റ് എനർജി കുറയ്ക്കുക

-[ഇല്ല] തുക (അല്ല)
തിരഞ്ഞെടുത്ത ഊർജ്ജ നിബന്ധനകൾ എല്ലാം പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നതിനുപകരം സംഗ്രഹിക്കുക

-[ഇല്ല]dp (അല്ല)
ഉയർന്ന കൃത്യതയിൽ ഊർജ്ജം അച്ചടിക്കുക

-nbmin (5)
പിശക് കണക്കാക്കുന്നതിനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ബ്ലോക്കുകളുടെ എണ്ണം

-nbmax (5)
പിശക് കണക്കാക്കുന്നതിനുള്ള പരമാവധി എണ്ണം ബ്ലോക്കുകൾ

-[ഇല്ല] മ്യൂട്ടോട്ട് (അല്ല)
ഘടകങ്ങളിൽ നിന്ന് മൊത്തം ദ്വിധ്രുവ നിമിഷം കണക്കാക്കുക

-ഒഴിവാക്കുക (0)
ഡാറ്റ പോയിന്റുകൾക്കിടയിൽ ഫ്രെയിമുകളുടെ എണ്ണം ഒഴിവാക്കുക

-[ഇല്ല] ഇതുവരെ (അല്ല)
ഊർജ്ജ ഫ്രെയിമുകളിൽ സംഭരിച്ചിരിക്കുന്ന കൃത്യമായ ശരാശരിയും rmsd ഉം പ്രിന്റ് ചെയ്യുക (1 ടേം ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം
അഭ്യർത്ഥിക്കുന്നു)

-nmol (1)
നിങ്ങളുടെ സാമ്പിളിലെ തന്മാത്രകളുടെ എണ്ണം: ഊർജ്ജങ്ങളെ ഈ സംഖ്യ കൊണ്ട് ഹരിച്ചിരിക്കുന്നു

-[no]fluct_props (അല്ല)
താപ ശേഷി പോലെയുള്ള ഊർജ്ജ ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകളെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഗുണഗണങ്ങൾ കണക്കാക്കുക

-[ഇല്ല] ഡ്രിഫ്റ്റ്കോർ (അല്ല)
ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകളുടെ ഗുണങ്ങളുടെ കണക്കുകൂട്ടലുകൾക്ക് മാത്രം ഉപയോഗപ്രദമാണ്. ലെ ഡ്രിഫ്റ്റ്
ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകൾ കണക്കാക്കുന്നതിന് മുമ്പ് നിരീക്ഷിക്കാവുന്നവ കുറയ്ക്കും.

-[ഇല്ല] ഫ്ലക് (അല്ല)
ഊർജ്ജത്തെക്കാൾ ഊർജ ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകളുടെ ഓട്ടോകോറിലേഷൻ കണക്കാക്കുക

-[no]orinst (അല്ല)
തൽക്ഷണ ഓറിയന്റേഷൻ ഡാറ്റ വിശകലനം ചെയ്യുക

-[ഇല്ല] ovec (അല്ല)
കൂടാതെ ഈജൻ വെക്‌ടറുകൾ പ്ലോട്ട് ചെയ്യുക -ഒറ്റൻ

-അക്ഫ്ലെൻ (-ക്സനുമ്ക്സ)
ACF-ന്റെ ദൈർഘ്യം, ഫ്രെയിമുകളുടെ എണ്ണത്തിന്റെ പകുതിയാണ് ഡിഫോൾട്ട്

-[ഇല്ല] സാധാരണമാക്കുക (അതെ)
ACF നോർമലൈസ് ചെയ്യുക

-P (0)
ACF-നുള്ള ലെജൻഡ്രെ പോളിനോമിയലിന്റെ ക്രമം (0 ഒന്നുമല്ലെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്നു): 0, 1, 2, 3

-ഫിറ്റ്എഫ്എൻ (ഒന്നുമില്ല)
ഫിറ്റ് ഫംഗ്‌ഷൻ: ഒന്നുമില്ല, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-ആരംഭിക്കുക (0)
കോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷന്റെ എക്‌സ്‌പോണൻഷ്യൽ ഫിറ്റ് ആരംഭിക്കേണ്ട സമയം

- endfit (-ക്സനുമ്ക്സ)
കോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷന്റെ എക്‌സ്‌പോണൻഷ്യൽ ഫിറ്റ് എവിടെ അവസാനിപ്പിക്കണം, -1 എന്നത് വരെ
അവസാനിക്കുന്നു

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-energy ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക