gmx-h2order - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനായി

പട്ടിക:

NAME

gmx-h2order - ജല തന്മാത്രകളുടെ ഓറിയന്റേഷൻ കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx h2order [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-എൻഎം [<.ndx>]]
[-s [<.tpr>]] [-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ഇല്ല] w] [-xvg ] [-d ]
[-sl ]

വിവരണം

gmx h2 ഓർഡർ ജല തന്മാത്രകളുടെ സാധാരണ നിലയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് അവയുടെ ഓറിയന്റേഷൻ കണക്കാക്കുന്നു
പെട്ടി. ദ്വിധ്രുവ നിമിഷം തമ്മിലുള്ള കോണിന്റെ ശരാശരി കോസൈൻ പ്രോഗ്രാം നിർണ്ണയിക്കുന്നു
വെള്ളവും പെട്ടിയുടെ ഒരു അച്ചുതണ്ടും. ബോക്‌സ് സ്ലൈസുകളായി തിരിച്ചിരിക്കുന്നു, ഓരോന്നിനും ശരാശരി ഓറിയന്റേഷൻ
സ്ലൈസ് അച്ചടിച്ചിരിക്കുന്നു. ഓരോ ജല തന്മാത്രയും ഓരോ സമയ ഫ്രെയിമും അടിസ്ഥാനമാക്കി ഒരു സ്ലൈസിലേക്ക് നിയോഗിക്കപ്പെടുന്നു
ഓക്സിജന്റെ സ്ഥാനം. എപ്പോൾ -എൻഎം ഉപയോഗിക്കുന്നു, ജല ദ്വിധ്രുവവും തമ്മിലുള്ള കോൺ
പിണ്ഡത്തിന്റെ കേന്ദ്രം മുതൽ ഓക്സിജൻ വരെയുള്ള അക്ഷങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള കോണിനു പകരം കണക്കാക്കുന്നു
ദ്വിധ്രുവവും ഒരു പെട്ടി അക്ഷവും.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

-n [<.ndx>] (index.ndx)
സൂചിക ഫയൽ

-എൻഎം [<.ndx>] (index.ndx) (ഓപ്ഷണൽ)
സൂചിക ഫയൽ

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
പോർട്ടബിൾ xdr റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-o [<.xvg>] (order.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).

-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).

-dt (0)
t MOD dt = ആദ്യമായി (ps) ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക

-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ

-xvg
xvg പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിംഗ്: xmgrace, xmgr, ഒന്നുമില്ല

-d (Z)
X, Y അല്ലെങ്കിൽ Z ദിശയിലുള്ള മെംബ്രണിലെ സാധാരണ എടുക്കുക.

-sl (0)
ബോക്‌സ് ലെങ്ത്തിന്റെ ഫംഗ്‌ഷനായി ഓർഡർ പാരാമീറ്റർ കണക്കാക്കുക, ഈ സംഖ്യയിൽ ബോക്‌സ് ഹരിക്കുക
കഷണങ്ങൾ.

അറിയപ്പെടുന്നത് ISSUES

· പ്രോഗ്രാം മൂന്നിന്റെ ആദ്യ ആറ്റത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കി, മുഴുവൻ ജല തന്മാത്രകളെയും ഒരു സ്ലൈസിലേക്ക് നിയോഗിക്കുന്നു
ഇൻഡെക്സ് ഫയൽ ഗ്രൂപ്പിൽ. ഇത് O,H,H എന്ന ക്രമം അനുമാനിക്കുന്നു. പേര് പ്രധാനമല്ല, ക്രമമാണ്
ആണ്. ഈ ആവശ്യം നിറവേറ്റുന്നില്ലെങ്കിൽ, സ്ലൈസുകളിലേക്ക് തന്മാത്രകൾ നൽകുന്നത് വ്യത്യസ്തമാണ്.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-h2order ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക