gmx-helix - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-helix - ആൽഫ ഹെലിസുകളുടെ അടിസ്ഥാന ഗുണങ്ങൾ കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx ഹെലിക്സ് [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-cz [<.gro/.g96/...>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[ഇല്ല] w] [-R0 ] [-[ഇല്ല]ക്യു] [-[ഇല്ല] എഫ്]
[-[ഇല്ല]db] [-[ഇല്ല] ഇവ] [-ahxstart ] [-ahxend ]

വിവരണം

gmx ഹെലിക്സ് എല്ലാത്തരം ഹെലിക്സ് ഗുണങ്ങളും കണക്കാക്കുന്നു. ആദ്യം, കണ്ടെത്താൻ പെപ്റ്റൈഡ് പരിശോധിക്കുന്നു
ഹൈഡ്രജൻ ബോണ്ടുകളും phi/psi കോണുകളും നിർണ്ണയിക്കുന്നത് പോലെ ഏറ്റവും നീളം കൂടിയ ഹെലിക്കൽ ഭാഗം. അതാണ് ബിറ്റ്
ചുറ്റും അനുയോജ്യമായ ഒരു ഹെലിക്‌സിൽ ഘടിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു z-അക്ഷവും ഉത്ഭവത്തിന് ചുറ്റും കേന്ദ്രീകരിച്ചും. അപ്പോൾ ദി
ഇനിപ്പറയുന്ന ഗുണങ്ങൾ കണക്കാക്കുന്നു:

· ഹെലിക്സ് ആരം (ഫയൽ ആരം.xvg). ഇത് രണ്ട് മാനങ്ങളിലുള്ള RMS വ്യതിയാനം മാത്രമാണ്
എല്ലാ കാൽഫ ആറ്റങ്ങൾക്കും. N ഉള്ളിടത്ത് ഇത് sqrt((sum_i (x^2(i)+y^2(i)))/N) ആയി കണക്കാക്കുന്നു
നട്ടെല്ലുള്ള ആറ്റങ്ങളുടെ എണ്ണം. അനുയോജ്യമായ ഒരു ഹെലിക്‌സിന് ആരം 0.23 nm ആണ്.

· ട്വിസ്റ്റ് (ഫയൽ twist.xvg). ഓരോ അവശിഷ്ടത്തിനും ശരാശരി ഹെലിക്കൽ ആംഗിൾ കണക്കാക്കുന്നു. ഒരു
ആൽഫ-ഹെലിക്സ് ഇത് 100 ഡിഗ്രിയാണ്, 3-10 ഹെലിസുകൾക്ക് ഇത് ചെറുതായിരിക്കും, 5-ഹെലിസുകൾക്ക്
അത് വലുതായിരിക്കും.

· ഓരോ അവശിഷ്ടത്തിനും വർദ്ധനവ് (ഫയൽ rise.xvg). ഓരോ അവശിഷ്ടത്തിനും ഹെലിക്കൽ റൈസ് ഇങ്ങനെയാണ് പ്ലോട്ട് ചെയ്തിരിക്കുന്നത്
ലെ വ്യത്യാസം z- കാൽഫ ആറ്റങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള ഏകോപനം. അനുയോജ്യമായ ഒരു ഹെലിക്‌സിന്, ഇത് 0.15 nm ആണ്.

· ആകെ ഹെലിക്സ് ദൈർഘ്യം (ഫയൽ len-ahx.xvg). ഹെലിക്‌സിന്റെ ആകെ നീളം nm ൽ. ഇതാണ്
ഹെലിക്കൽ അവശിഷ്ടങ്ങളുടെ എണ്ണത്തിന്റെ ശരാശരി വർദ്ധനവ് (മുകളിൽ കാണുക) ഇരട്ടിയായി (താഴെ കാണുക).

· ഹെലിക്സ് ദ്വിധ്രുവം, നട്ടെല്ല് മാത്രം (ഫയൽ dip-ahx.xvg).

· അനുയോജ്യമായ ഹെലിക്സിൽ നിന്നുള്ള RMS വ്യതിയാനം, കാൽഫ ആറ്റങ്ങൾക്കായി മാത്രം കണക്കാക്കുന്നു (ഫയൽ
rms-ahx.xvg).

· ശരാശരി കാൽഫ - കാൽഫ ഡൈഹെഡ്രൽ ആംഗിൾ (ഫയൽ phi-ahx.xvg).

· ശരാശരി phi, psi കോണുകൾ (ഫയൽ phipsi.xvg).

· Hirst and Brooks അനുസരിച്ച് 222 nm ൽ എലിപ്റ്റിസിറ്റി.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
പോർട്ടബിൾ xdr റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ

-n [<.ndx>] (index.ndx)
സൂചിക ഫയൽ

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-cz [<.gro/.g96/...>] (zconf.gro)
ഘടനാപരമായ ഫയൽ: വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent esp

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).

-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).

-dt (0)
t MOD dt = ആദ്യമായി (ps) ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക

-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ

-R0 (1)
ശ്രേണിയിലെ ആദ്യത്തെ അവശിഷ്ട സംഖ്യ

-[ഇല്ല]ക്യു (അല്ല)
ക്രമത്തിന്റെ ഏത് ഭാഗമാണ് ഹെലിക്കലാണെന്ന് ഓരോ ഘട്ടത്തിലും പരിശോധിക്കുക

-[ഇല്ല] എഫ് (അതെ)
ഒരു പെർഫെക്റ്റ് ഹെലിക്സിലേക്ക് ഫിറ്റ് ടോഗിൾ ചെയ്യുക

-[ഇല്ല]db (അല്ല)
ഡീബഗ് വിവരങ്ങൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക

-[ഇല്ല] ഇവ (അല്ല)
ED-യ്‌ക്കായി ഒരു പുതിയ 'ട്രാക്ടറി' ഫയൽ എഴുതുക

-ahxstart (0)
ഹെലിക്സിലെ ആദ്യ അവശിഷ്ടം

-ahxend (0)
ഹെലിക്സിലെ അവസാന അവശിഷ്ടം

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-helix ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക