Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്‌സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയുന്ന gmx-nmtraj കമാൻഡ് ഇതാണ്.
പട്ടിക:
NAME
gmx-nmtraj - ഒരു eigenvector-ൽ നിന്ന് ഒരു വെർച്വൽ ആന്ദോളന പാത സൃഷ്ടിക്കുക
സിനോപ്സിസ്
gmx nmtraj [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-ഇഗ്നർ ]
[- ഘട്ടങ്ങൾ ] [-താപനില ] [-വ്യാപ്തി ]
[-nframes ]
വിവരണം
gmx nmtraj ഒരു ഈജൻ വെക്‌ടറിൽ നിന്ന് ഒരു വെർച്വൽ ട്രാക്‌റ്ററി സൃഷ്‌ടിക്കുന്നു
ശരാശരി ഘടനയ്ക്ക് ചുറ്റുമുള്ള ഹാർമോണിക് കാർട്ടീഷ്യൻ ആന്ദോളനം. ഈജൻ വെക്‌ടറുകൾ വേണം
സാധാരണയായി ഭാരമുള്ളവയാണ്, എന്നാൽ നിങ്ങൾക്ക് ഉൽപ്പാദിപ്പിക്കുന്നതിന് നോൺ-വെയ്റ്റഡ് ഈജൻ വെക്റ്ററുകൾ ഉപയോഗിക്കാം
ഓർത്തോഗണൽ ചലനങ്ങൾ. ഔട്ട്പുട്ട് ഫ്രെയിമുകൾ ഒരു ട്രാക്ക് ഫയലായി എഴുതിയിരിക്കുന്നു
കാലഘട്ടം, ആദ്യ ഫ്രെയിം ശരാശരി ഘടനയാണ്. നിങ്ങൾ പാത എഴുതുകയാണെങ്കിൽ (അല്ലെങ്കിൽ
ഇതിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യുക) PDB ഫോർമാറ്റിൽ നിങ്ങൾക്ക് ഇത് നേരിട്ട് PyMol-ൽ കാണാനും ഫോട്ടോറിയലിസ്റ്റിക് റെൻഡർ ചെയ്യാനും കഴിയും
സിനിമ. മോഷൻ ആംപ്ലിറ്റ്യൂഡുകൾ ഈജൻ മൂല്യങ്ങളിൽ നിന്നും മുൻകൂട്ടി നിശ്ചയിച്ച താപനിലയിൽ നിന്നും കണക്കാക്കുന്നു,
എല്ലാ മോഡുകളിലും ഊർജ്ജത്തിന്റെ സന്തുലിതാവസ്ഥ അനുമാനിക്കുന്നു. ചലനം വ്യക്തമായി ദൃശ്യമാക്കുന്നതിന്
PyMol നിങ്ങൾക്ക് അയഥാർത്ഥമായി ഉയർന്ന താപനില സജ്ജീകരിച്ച് അത് വർദ്ധിപ്പിക്കാൻ താൽപ്പര്യപ്പെട്ടേക്കാം.
എന്നിരുന്നാലും, ലീനിയർ കാർട്ടീഷ്യൻ ഡിസ്പ്ലേസ്മെന്റുകളും മാസ് വെയിറ്റിംഗും രണ്ടും ഉണ്ടാകുമെന്ന് ശ്രദ്ധിക്കുക
ഉയർന്ന ആംപ്ലിറ്റ്യൂഡുകൾക്ക് ഗുരുതരമായ ഘടന വൈകല്യത്തിലേക്ക് നയിക്കുന്നു - ഇത് കേവലം ഒരു പരിമിതിയാണ്
കാർട്ടീഷ്യൻ നോർമൽ മോഡ് മോഡലിന്റെ. ഡിഫോൾട്ടായി തിരഞ്ഞെടുത്ത ഈജൻ വെക്റ്റർ 7 ആയി സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു
ആദ്യത്തെ ആറ് സാധാരണ മോഡുകൾ സ്വാതന്ത്ര്യത്തിന്റെ വിവർത്തനപരവും ഭ്രമണപരവുമായ ഡിഗ്രികളാണ്.
ഓപ്ഷനുകൾ
ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ഘടന+പിണ്ഡം(db): ടിപിആർ വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent
-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
പൂർണ്ണ കൃത്യതയുള്ള പാത: trr സിപിടി ടിഎൻജി
ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:
-o [<.xtc/.trr/...>] (nmtraj.xtc)
പാത: xt trr വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി
മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:
-ഇഗ്നർ (7)
ഉപയോഗിക്കാനുള്ള ഈജൻ വെക്ടറുകളുടെ സ്ട്രിംഗ് (ആദ്യത്തേത് 1)
- ഘട്ടങ്ങൾ (0.0)
ഘട്ടങ്ങളുടെ സ്ട്രിംഗ് (ഡിഫോൾട്ട് 0.0 ആണ്)
-താപനില (300)
താപനില (കെ)
-വ്യാപ്തി (0.25)
eigenvalue<=0 ഉള്ള മോഡുകൾക്കുള്ള ആംപ്ലിറ്റ്യൂഡ്
-nframes (30)
സൃഷ്ടിക്കേണ്ട ഫ്രെയിമുകളുടെ എണ്ണം
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-nmtraj ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക
