gmx-rms - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-rms - ഒരു റഫറൻസ് ഘടനയും RMSD മെട്രിക്സും ഉപയോഗിച്ച് RMSD-കൾ കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx rms [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]]
[-മിർ [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]] [- ജില്ല [<.xvg>]] [-m [<.xpm>]]
[-ബിൻ [<.dat>]] [-ബിഎം [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [- നിങ്ങൾ ] [-[ഇല്ല] w] [-xvg ]
[-എന്ത് ] [-[ഇല്ല]pbc] [- അനുയോജ്യം ] [-മുമ്പ് ]
[-[ഇല്ല]വിഭജനം] [-ഒഴിവാക്കുക ] [-ഒഴിവാക്കുക2 ] [-പരമാവധി ]
[-മിനിറ്റ് ] [-bmax ] [-ബിമിൻ ] [-[ഇല്ല]mw]
[- ലെവലുകൾ ] [-ng ]

വിവരണം

gmx rms റൂട്ട് ശരാശരി സ്ക്വയർ ഡീവിയേഷൻ (RMSD) കണക്കാക്കി രണ്ട് ഘടനകളെ താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു, the
വലിപ്പം-സ്വതന്ത്രമായ rho സമാനത പരാമീറ്റർ (rho) അല്ലെങ്കിൽ സ്കെയിൽഡ് റോ (rhosc), Maiorov & കാണുക
ക്രിപ്പെൻ, പ്രോട്ടീനുകൾ 22, 273 (1995). ഇത് തിരഞ്ഞെടുത്തത് -എന്ത്.

ഓരോ ഘടനയും ഒരു പാതയിൽ നിന്ന് (-f) ഒരു റഫറൻസ് ഘടനയുമായി താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു. റഫറൻസ്
ഘടന ഘടന ഫയലിൽ നിന്ന് എടുത്തതാണ് (-s).

ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് -മിർ റഫറൻസ് ഘടനയുടെ മിറർ ഇമേജുമായുള്ള താരതമ്യം കൂടിയാണ്
കണക്കാക്കിയത്. 'പ്രധാനമായ' മൂല്യങ്ങൾക്കുള്ള ഒരു റഫറൻസായി ഇത് ഉപയോഗപ്രദമാണ്, Maiorov & കാണുക
ക്രിപ്പെൻ, പ്രോട്ടീനുകൾ 22, 273 (1995).

ഓപ്ഷൻ -മുമ്പ് ഒരു മുൻ ഫ്രെയിമുമായി താരതമ്യം ചെയ്ത ഫ്രെയിമുകളുടെ നിശ്ചിത എണ്ണം നിർമ്മിക്കുന്നു
മുമ്പ്.

ഓപ്ഷൻ -m ഇൻ ഒരു മാട്രിക്സ് ഉത്പാദിപ്പിക്കുന്നു .xpm ഓരോ ഘടനയുടെയും താരതമ്യ മൂല്യങ്ങളുടെ ഫോർമാറ്റ്
പരസ്പരം ഘടനയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട പാത. ഇതിനായി ഈ ഫയൽ ദൃശ്യവൽക്കരിക്കാൻ കഴിയും
അധികാരം xv എന്നിവ ഉപയോഗിച്ച് പോസ്റ്റ്സ്ക്രിപ്റ്റിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യാവുന്നതാണ് gmx xpm2ps.

ഓപ്ഷൻ - അനുയോജ്യം പരസ്പരം മുകളിലുള്ള ഘടനകളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സ്ക്വയർ ഫിറ്റിംഗ് നിയന്ത്രിക്കുന്നു:
പൂർണ്ണ ഫിറ്റ് (ഭ്രമണവും വിവർത്തനവും), വിവർത്തനം മാത്രം, അല്ലെങ്കിൽ അനുയോജ്യമല്ല.

ഓപ്ഷൻ -mw മാസ് വെയ്റ്റിംഗ് നടത്തണോ വേണ്ടയോ എന്ന് നിയന്ത്രിക്കുന്നു. നിങ്ങൾ ഓപ്ഷൻ തിരഞ്ഞെടുക്കുകയാണെങ്കിൽ
(സ്ഥിരസ്ഥിതി) കൂടാതെ സാധുവായ ഒരു വിതരണം .tpr ഫയൽ പിണ്ഡം അവിടെ നിന്ന് എടുക്കും, അല്ലാത്തപക്ഷം
പിണ്ഡത്തിൽ നിന്ന് കുറയ്ക്കും atommass.dat ഫയലിൽ പ്രവേശിക്കുക GMXLIB. പ്രോട്ടീനുകൾക്ക് ഇത് നല്ലതാണ്,
എന്നാൽ മറ്റ് തന്മാത്രകൾക്ക് ആവശ്യമില്ല. 12.011 amu (കാർബൺ) യുടെ ഡിഫോൾട്ട് പിണ്ഡം നൽകിയിരിക്കുന്നു
അജ്ഞാത ആറ്റങ്ങളിലേക്ക്. ഓണാക്കി ഇത് സംഭവിച്ചോ എന്ന് നിങ്ങൾക്ക് പരിശോധിക്കാം - ഡീബഗ് പതാകയും
ലോഗ് ഫയൽ പരിശോധിക്കുന്നു.

കൂടെ -f2, 'മറ്റ് ഘടനകൾ' ഒരു രണ്ടാം പാതയിൽ നിന്ന് എടുത്തതാണ്, ഇത് സൃഷ്ടിക്കുന്നു a
ഒരു പാതയുടെ താരതമ്യ മാട്രിക്സ് മറ്റൊന്ന്.

ഓപ്ഷൻ -ബിൻ താരതമ്യ മാട്രിക്സിന്റെ ഒരു ബൈനറി ഡംപ് ചെയ്യുന്നു.

ഓപ്ഷൻ -ബിഎം എന്നതിന് സമാനമായി ശരാശരി ബോണ്ട് ആംഗിൾ വ്യതിയാനങ്ങളുടെ ഒരു മാട്രിക്സ് ഉണ്ടാക്കുന്നു -m
ഓപ്ഷൻ. താരതമ്യ ഗ്രൂപ്പിലെ ആറ്റങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള ബോണ്ടുകൾ മാത്രമേ പരിഗണിക്കൂ.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ഘടന+പിണ്ഡം(db): ടിപിആർ വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

-f2 [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (ഓപ്ഷണൽ)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ഓപ്ഷണൽ)
സൂചിക ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-o [<.xvg>] (rmsd.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-മിർ [<.xvg>] (rmsdmir.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-a [<.xvg>] (avgrp.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

- ജില്ല [<.xvg>] (rmsd-dist.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-m [<.xpm>] (rmsd.xpm) (ഓപ്ഷണൽ)
X PixMap അനുയോജ്യമായ മാട്രിക്സ് ഫയൽ

-ബിൻ [<.dat>] (rmsd.dat) (ഓപ്ഷണൽ)
പൊതുവായ ഡാറ്റ ഫയൽ

-ബിഎം [<.xpm>] (bond.xpm) (ഓപ്ഷണൽ)
X PixMap അനുയോജ്യമായ മാട്രിക്സ് ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).

-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).

-dt (0)
t MOD dt = ആദ്യമായി (ps) ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക

- നിങ്ങൾ (സങ്കീ)
സമയ മൂല്യങ്ങൾക്കുള്ള യൂണിറ്റ്: fs, ps, ns, us, ms, s

-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ

-xvg
xvg പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിംഗ്: xmgrace, xmgr, ഒന്നുമില്ല

-എന്ത് (rmsd)
ഘടനാപരമായ വ്യത്യാസത്തിന്റെ അളവ്: rmsd, rho, rhosc

-[ഇല്ല]pbc (അതെ)
PBC പരിശോധന

- അനുയോജ്യം (റോട്ട്+ട്രാൻസ്)
റഫറൻസ് ഘടനയ്ക്ക് അനുയോജ്യം: റോട്ട്+ട്രാൻസ്, വിവർത്തനം, ഒന്നുമില്ല

-മുമ്പ് (0)
മുമ്പത്തെ ഫ്രെയിമുമായി താരതമ്യം ചെയ്യുക

-[ഇല്ല]വിഭജനം (അല്ല)
സമയം പൂജ്യമാകുന്ന ഗ്രാഫ് വിഭജിക്കുക

-ഒഴിവാക്കുക (1)
ഓരോ nr-th ഫ്രെയിമും മാട്രിക്സിൽ മാത്രം എഴുതുക

-ഒഴിവാക്കുക2 (1)
ഓരോ nr-th ഫ്രെയിമും മാട്രിക്സിൽ മാത്രം എഴുതുക

-പരമാവധി (-ക്സനുമ്ക്സ)
താരതമ്യ മാട്രിക്സിലെ പരമാവധി ലെവൽ

-മിനിറ്റ് (-ക്സനുമ്ക്സ)
താരതമ്യ മാട്രിക്സിലെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ലെവൽ

-bmax (-ക്സനുമ്ക്സ)
ബോണ്ട് ആംഗിൾ മാട്രിക്സിലെ പരമാവധി ലെവൽ

-ബിമിൻ (-ക്സനുമ്ക്സ)
ബോണ്ട് ആംഗിൾ മാട്രിക്സിലെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ലെവൽ

-[ഇല്ല]mw (അതെ)
സൂപ്പർപോസിഷനായി മാസ് വെയ്റ്റിംഗ് ഉപയോഗിക്കുക

- ലെവലുകൾ (80)
മെട്രിക്സുകളിലെ ലെവലുകളുടെ എണ്ണം

-ng (1)
ആർഎംഎസ് കണക്കാക്കാനുള്ള ഗ്രൂപ്പുകളുടെ എണ്ണം

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-rms ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക