gmx-rmsf - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-rmsf - ആറ്റോമിക് ഏറ്റക്കുറച്ചിലുകൾ കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [- കാള [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]
[-ഒ.ഡി [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-ദിയർ [<.log>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[ഇല്ല] w] [-xvg ] [-[ഇല്ല]]
[-[ഇല്ല]അനിസോ] [-[ഇല്ല] അനുയോജ്യം]

വിവരണം

gmx rmsf റൂട്ട് ശരാശരി സ്ക്വയർ വ്യതിയാനം (RMSF, അതായത് സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡീവിയേഷൻ) കണക്കാക്കുന്നു
പാതയിലെ ആറ്റോമിക സ്ഥാനങ്ങൾ (വിതരണം -f) a ലേക്ക് ഫിറ്റിംഗിന് ശേഷം (ഓപ്ഷണലായി).
റഫറൻസ് ഫ്രെയിം (വിതരണം -s).

ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് -oq ആർഎംഎസ്എഫ് മൂല്യങ്ങൾ ബി-ഫാക്ടർ മൂല്യങ്ങളിലേക്ക് പരിവർത്തനം ചെയ്യപ്പെടുന്നു, അവ എ ആയി എഴുതപ്പെടുന്നു
.പിഡിബി കോർഡിനേറ്റുകളുള്ള ഫയൽ, ഘടനാ ഫയലിന്റെ അല്ലെങ്കിൽ a .പിഡിബി ഫയൽ എപ്പോൾ -q is
വ്യക്തമാക്കിയ. ഓപ്ഷൻ - കാള ശരാശരി കോർഡിനേറ്റുകളുള്ള ഒരു ഫയലിലേക്ക് ബി-ഘടകങ്ങൾ എഴുതുന്നു.

ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് -ഒ.ഡി റഫറൻസ് ഘടനയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട് റൂട്ട് ശരാശരി ചതുര വ്യതിയാനം
കണക്കാക്കുന്നു.

ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് -അനിസോ, gmx rmsf അനിസോട്രോപിക് താപനില ഘടകങ്ങൾ കണക്കാക്കും, തുടർന്ന് അത്
കൂടാതെ ശരാശരി കോർഡിനേറ്റുകളും എ .പിഡിബി ANISOU റെക്കോർഡുകളുള്ള ഫയൽ (അനുബന്ധമായി
The -oq or - കാള ഓപ്ഷൻ). U മൂല്യങ്ങൾ ഓറിയന്റേഷൻ-ആശ്രിതമാണ്, അതിനാൽ മുമ്പ്
പരീക്ഷണാത്മക ഡാറ്റയുമായി താരതമ്യപ്പെടുത്തുമ്പോൾ, നിങ്ങൾ പരീക്ഷണാത്മകതയ്ക്ക് അനുയോജ്യമാണോയെന്ന് നിങ്ങൾ പരിശോധിക്കണം
കോർഡിനേറ്റുകൾ.

എപ്പോഴാണ് ഒരു .പിഡിബി ഇൻപുട്ട് ഫയൽ പ്രോഗ്രാമിലേക്ക് കൈമാറി -അനിസോ പതാക ഒരു പരസ്പരബന്ധം സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു
ഏതെങ്കിലും അനിസോട്രോപിക് താപനില ഘടകങ്ങൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ, Uij ന്റെ പ്ലോട്ട് സൃഷ്ടിക്കപ്പെടും
.പിഡിബി ഫയൽ.

ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിച്ച് -ദിയർ ശരാശരി MSF (3x3) മാട്രിക്സ് ഡയഗണലൈസ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു. ഇത് ദിശകൾ കാണിക്കുന്നു
അതിൽ ആറ്റങ്ങൾ ഏറ്റവുമധികം ചാഞ്ചാടുന്നു.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ഘടന+പിണ്ഡം(db): ടിപിആർ വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (ഓപ്ഷണൽ)
സൂചിക ഫയൽ

-q [<.pdb>] (eiwit.pdb) (ഓപ്ഷണൽ)
പ്രോട്ടീൻ ഡാറ്റ ബാങ്ക് ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-oq [<.pdb>] (bfac.pdb) (ഓപ്ഷണൽ)
പ്രോട്ടീൻ ഡാറ്റ ബാങ്ക് ഫയൽ

- കാള [<.pdb>] (xaver.pdb) (ഓപ്ഷണൽ)
പ്രോട്ടീൻ ഡാറ്റ ബാങ്ക് ഫയൽ

-o [<.xvg>] (rmsf.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ഒ.ഡി [<.xvg>] (rmsdev.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-oc [<.xvg>] (correl.xvg) (ഓപ്ഷണൽ)
xvgr/xmgr ഫയൽ

-ദിയർ [<.log>] (rmsf.log) (ഓപ്ഷണൽ)
ലോഗ് ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).

-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).

-dt (0)
t MOD dt = ആദ്യമായി (ps) ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക

-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ

-xvg
xvg പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിംഗ്: xmgrace, xmgr, ഒന്നുമില്ല

-[ഇല്ല] (അല്ല)
ഓരോ അവശിഷ്ടത്തിനും ശരാശരി കണക്കാക്കുക

-[ഇല്ല]അനിസോ (അല്ല)
അനിസോട്രോപിക് ടെർമ്പറേച്ചർ ഘടകങ്ങൾ കണക്കാക്കുക

-[ഇല്ല] അനുയോജ്യം (അതെ)
RMSF കംപ്യൂട്ടുചെയ്യുന്നതിന് മുമ്പ് കുറഞ്ഞത് സ്ക്വയർ സൂപ്പർപോസിഷൻ ചെയ്യുക. ഇത് കൂടാതെ നിങ്ങൾ ഉണ്ടാക്കണം
റഫറൻസ് ഘടനയും പാതയും പൊരുത്തപ്പെടുന്നുവെന്ന് ഉറപ്പാക്കുക.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-rmsf ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക