gmx-rotacf - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gmx-rotacf - തന്മാത്രകൾക്കുള്ള റൊട്ടേഷണൽ കോറിലേഷൻ ഫംഗ്ഷൻ കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[ഇല്ല] w] [-xvg ] [-[തലയാട്ടുക] [-[ഇല്ല] ഇതുവരെ]
[-അക്ഫ്ലെൻ ] [-[ഇല്ല] സാധാരണമാക്കുക] [-P ]
[-ഫിറ്റ്എഫ്എൻ ] [-ആരംഭിക്കുക ] [- endfit ]

വിവരണം

gmx rotacf തന്മാത്രകൾക്കുള്ള റൊട്ടേഷണൽ കോറിലേഷൻ ഫംഗ്ഷൻ കണക്കാക്കുന്നു. ആറ്റം ട്രിപ്പിൾ
ij, jk എന്നീ രണ്ട് വെക്‌ടറുകൾ നിർവചിച്ച് സൂചിക ഫയലിൽ (i,j,k) നൽകണം. ഭ്രമണം
n = ij x jk വെക്‌ടറിന്റെ ഓട്ടോകോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷനായി ACF കണക്കാക്കുന്നു, അതായത്
രണ്ട് വെക്റ്ററുകളുടെ ക്രോസ് ഉൽപ്പന്നം. മൂന്ന് ആറ്റങ്ങൾ ഒരു തലം പരത്തുന്നതിനാൽ, മൂന്നിന്റെയും ക്രമം
ആറ്റങ്ങൾ പ്രശ്നമല്ല. ഓപ്ഷണലായി, അഭ്യർത്ഥിച്ചുകൊണ്ട് -d സ്വിച്ച്, നിങ്ങൾക്ക് കണക്കാക്കാം
ആറ്റം ജോഡികൾ (i,j) വ്യക്തമാക്കുന്നതിലൂടെ രേഖീയ തന്മാത്രകൾക്കുള്ള റൊട്ടേഷണൽ കോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷൻ
സൂചിക ഫയൽ.

ഉദാഹരണങ്ങൾ

gmx rotacf -P 1 -nparm 2 -ft -n സൂചിക -o rotacf-x-P1 -fa expfit-x-P1 -ആരംഭിക്കുക 2.5
- endfit 20.0

ഇത് ഒരു ഫസ്റ്റ് ഓർഡർ ലെജൻഡ്രെ ഉപയോഗിച്ച് റൊട്ടേഷണൽ കോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷൻ കണക്കാക്കും
ഇൻഡെക്സ് ഫയൽ നിർവ്വചിച്ച വെക്റ്ററിന്റെ കോണിന്റെ ബഹുപദം. പരസ്പര ബന്ധത്തിന്റെ പ്രവർത്തനം
2.5 പിഎസ് മുതൽ 20.0 പിഎസ് വരെ രണ്ട് പാരാമീറ്റർ എക്സ്പോണൻഷ്യലിലേക്ക് ഘടിപ്പിക്കും.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
പാത: xt trr സിപിടി വലുത് ഗ്ക്സനുമ്ക്സ pdb ടിഎൻജി

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
പോർട്ടബിൾ xdr റൺ ഇൻപുട്ട് ഫയൽ

-n [<.ndx>] (index.ndx)
സൂചിക ഫയൽ

ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുന്നതിനുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ:

-o [<.xvg>] (rotacf.xvg)
xvgr/xmgr ഫയൽ

മറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-b (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കേണ്ട ആദ്യ ഫ്രെയിം (ps).

-e (0)
പാതയിൽ നിന്ന് വായിക്കാനുള്ള അവസാന ഫ്രെയിം (ps).

-dt (0)
t MOD dt = ആദ്യമായി (ps) ആയിരിക്കുമ്പോൾ മാത്രം ഫ്രെയിം ഉപയോഗിക്കുക

-[ഇല്ല] w (അല്ല)
ഔട്ട്പുട്ട് കാണുക .xvg, .xpm, .eps ഒപ്പം .പിഡിബി ഫയലുകൾ

-xvg
xvg പ്ലോട്ട് ഫോർമാറ്റിംഗ്: xmgrace, xmgr, ഒന്നുമില്ല

-[തലയാട്ടുക (അല്ല)
ട്രിപ്പിറ്റുകൾക്ക് (പ്ലെയ്‌നുകൾ) പകരം ഇൻഡെക്സ് ഡബിൾസ് (വെക്‌ടറുകൾ) കോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷനായി ഉപയോഗിക്കുക

-[ഇല്ല] ഇതുവരെ (അതെ)
തന്മാത്രകളേക്കാൾ ശരാശരി

-അക്ഫ്ലെൻ (-ക്സനുമ്ക്സ)
ACF-ന്റെ ദൈർഘ്യം, ഫ്രെയിമുകളുടെ എണ്ണത്തിന്റെ പകുതിയാണ് ഡിഫോൾട്ട്

-[ഇല്ല] സാധാരണമാക്കുക (അതെ)
ACF നോർമലൈസ് ചെയ്യുക

-P (0)
ACF-നുള്ള ലെജൻഡ്രെ പോളിനോമിയലിന്റെ ക്രമം (0 ഒന്നുമല്ലെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്നു): 0, 1, 2, 3

-ഫിറ്റ്എഫ്എൻ (ഒന്നുമില്ല)
ഫിറ്റ് ഫംഗ്‌ഷൻ: ഒന്നുമില്ല, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-ആരംഭിക്കുക (0)
കോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷന്റെ എക്‌സ്‌പോണൻഷ്യൽ ഫിറ്റ് ആരംഭിക്കേണ്ട സമയം

- endfit (-ക്സനുമ്ക്സ)
കോറിലേഷൻ ഫംഗ്‌ഷന്റെ എക്‌സ്‌പോണൻഷ്യൽ ഫിറ്റ് എവിടെ അവസാനിപ്പിക്കണം, -1 എന്നത് വരെ
അവസാനിക്കുന്നു

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gmx-rotacf ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക