gt-csa - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gt-csa - GFF3 ഫയലിൽ നിന്ന് സ്‌പ്ലിസ് ചെയ്‌ത അലൈൻമെന്റുകൾ കൺസെൻസസ് സ്‌പ്ലൈസ്ഡ് അലൈൻമെന്റുകളാക്കി മാറ്റുക.

സിനോപ്സിസ്

gt അത്രയേയുള്ളൂ [ഓപ്ഷൻ ...] [GFF3_file]

വിവരണം

-ചേരൽ-നീളം [മൂല്യം]
സ്‌പ്ലൈസ്ഡ് അലൈൻമെന്റ് ക്ലസ്റ്ററിങ്ങിനായി ജോയിൻ ദൈർഘ്യം സജ്ജമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 300)

-v [അതെ|ഇല്ല]
വാചാലനായിരിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-o [ഫയലിന്റെ പേര്]
നിർദ്ദിഷ്ട ഫയലിലേക്ക് ഔട്ട്പുട്ട് റീഡയറക്ട് ചെയ്യുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: നിർവചിക്കാത്തത്)

-ജിസിപ്പ് [അതെ|ഇല്ല]
gzip കംപ്രസ് ചെയ്ത ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽ എഴുതുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-bzip2 [അതെ|ഇല്ല]
bzip2 കംപ്രസ് ചെയ്ത ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ എഴുതുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-ശക്തിയാണ് [അതെ|ഇല്ല]
ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലിലേക്ക് എഴുതാൻ നിർബന്ധിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-ഹെൽപ്പ്
സഹായം പ്രദർശിപ്പിക്കുകയും പുറത്തുകടക്കുകയും ചെയ്യുക

-പതിപ്പ്
പതിപ്പ് വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുകയും പുറത്തുകടക്കുകയും ചെയ്യുക

ഉദാഹരണം:

നമുക്ക് ഒരു GFF3 ഫയൽ ഉണ്ടെന്ന് കരുതുക csa_example_spliced_alignments.gff3 അടങ്ങുന്നു
നാല് ഓവർലാപ്പിംഗ് സ്‌പ്ലൈസ്ഡ് അലൈൻമെന്റുകൾ പിന്തുടരുന്നു (എക്‌സോണുകളുള്ള ജീനുകളായി പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നു
കുട്ടികൾ):

##gff-പതിപ്പ് 3
##ക്രമം-മേഖല സെക് 1 290
സെക്. ജീൻ 1 209 + ഐഡി=ജീൻ1
സെക്. exon 1 90 + രക്ഷിതാവ്=ജീൻ1
സെക്. exon 110 190 + രക്ഷിതാവ്=ജീൻ1
സെക്. exon 201 209 + രക്ഷിതാവ്=ജീൻ1
###
സെക്. ജീൻ 1 290 + ഐഡി=ജീൻ2
സെക്. exon 1 90 + രക്ഷിതാവ്=ജീൻ2
സെക്. exon 101 190 + രക്ഷിതാവ്=ജീൻ2
സെക്. exon 201 290 + രക്ഷിതാവ്=ജീൻ2
###
സെക്. ജീൻ 10 290 + ഐഡി=ജീൻ3
സെക്. exon 10 90 + രക്ഷിതാവ്=ജീൻ3
സെക്. exon 110 190 + രക്ഷിതാവ്=ജീൻ3
സെക്. exon 201 290 + രക്ഷിതാവ്=ജീൻ3
###
സെക്. ജീൻ 181 290 + ഐഡി=ജീൻ4
സെക്. exon 181 190 + രക്ഷിതാവ്=ജീൻ4
സെക്. exon 201 290 + രക്ഷിതാവ്=ജീൻ4
###

സമവായ വിന്യാസങ്ങൾ കണക്കാക്കാൻ ഞങ്ങൾ വിളിക്കുന്നു:

$ gt csa csa_example_spliced_alignments.gff3

ഏത് തിരികെ നൽകുന്നു:

##gff-പതിപ്പ് 3
##ക്രമം-മേഖല സെക് 1 290
seq gt csa ജീൻ 1 290 + ഐഡി=ജീൻ1
seq gt csa mRNA 1 290 + ID=mRNA1;പാരന്റ്=ജീൻ1
seq gt csa exon 1 90 + രക്ഷിതാവ്=mRNA1
seq gt csa exon 110 190 + രക്ഷിതാവ്=mRNA1
seq gt csa exon 201 290 + രക്ഷിതാവ്=mRNA1
seq gt csa mRNA 1 290 + ID=mRNA2;പാരന്റ്=ജീൻ1
seq gt csa exon 1 90 + രക്ഷിതാവ്=mRNA2
seq gt csa exon 101 190 + രക്ഷിതാവ്=mRNA2
seq gt csa exon 201 290 + രക്ഷിതാവ്=mRNA2
###

ഒരാൾക്ക് കാണാനാകുന്നതുപോലെ, അവ ഒരു സമവായ വിന്യാസത്തിലേക്ക് സംയോജിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു (പ്രതിനിധീകരിക്കുന്നത്
കുട്ടികളായി mRNA ഉള്ള ജീനുകൾ, അവയ്ക്ക് എക്സോണുകൾ കുട്ടികളായി ഉണ്ട്) രണ്ട് ഇതരമാർഗ്ഗങ്ങൾ
സ്പ്ലൈസ് ഫോമുകൾ. ആദ്യത്തേതും മൂന്നാമത്തേതുമായ വിന്യാസം ആദ്യത്തേതിലേക്ക് സംയോജിപ്പിച്ചിരിക്കുന്നു
ഇതര സ്‌പ്ലൈസ് ഫോമും (mRNA1) രണ്ടാമത്തേതും നാലാമത്തേതും സ്‌പ്ലൈസ് ചെയ്‌ത വിന്യാസം
രണ്ടാമത്തെ ഇതര സ്‌പ്ലൈസ് ഫോം (mRNA2).

ഒരാൾക്ക് കാണാനാകുന്നതുപോലെ, ആദ്യത്തെ ഇതര സ്‌പ്ലൈസ് ഫോമിൽ നിന്നുള്ള രണ്ടാമത്തെ എക്‌സോണിനെക്കാൾ ചെറുതാണ്
രണ്ടാമത്തെ ഇതര സ്‌പ്ലൈസ് ഫോമിൽ നിന്നുള്ള അനുബന്ധ എക്‌സോൺ.

റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നു ബഗുകൾ

ബഗുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു]>.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gt-csa ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക