gt-tirvish - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

gt-tirvish - DNA ട്രാൻസ്‌പോസണുകൾ പോലെയുള്ള ടെർമിനൽ ഇൻവെർട്ടഡ് റിപ്പീറ്റ് (TIR) ​​ഘടകങ്ങൾ തിരിച്ചറിയുക.

സിനോപ്സിസ്

gt turvish [ഓപ്ഷൻ ...] -ഇൻഡക്സ് INDEXNAME

വിവരണം

-സൂചിക [സ്ട്രിംഗ്]
മെച്ചപ്പെടുത്തിയ സഫിക്സ് അറേ സൂചികയുടെ പേര് വ്യക്തമാക്കുക (നിർബന്ധം) (സ്ഥിരസ്ഥിതി: നിർവചിക്കാത്തത്)

-വിത്ത് [മൂല്യം]
കൃത്യമായ ആവർത്തനങ്ങൾക്കായി ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ വിത്ത് ദൈർഘ്യം വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 20)

-മിന്റർലെൻ [മൂല്യം]
ഓരോ TIR-നും ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 100)

-മാക്സ്റ്റിർലെൻ [മൂല്യം]
ഓരോ TIR-നും പരമാവധി ദൈർഘ്യം വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1000)

-mintirdist [മൂല്യം]
TIR-കളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൂരം വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 500)

- maxtirdist [മൂല്യം]
TIR-കളുടെ പരമാവധി ദൂരം വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 10000)

-മാറ്റ് [മൂല്യം]
വിപുലീകരണ-വിന്യാസത്തിനായി മാച്ച്‌സ്‌കോർ വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 2)

- തെറ്റ് [മൂല്യം]
വിപുലീകരണ-വിന്യാസത്തിനായി പൊരുത്തപ്പെടാത്ത സ്‌കോർ വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: -2)

-ഇൻസ് [മൂല്യം]
എക്സ്റ്റൻഷൻ-അലൈൻമെന്റിനായി ഇൻസെർഷൻസ്കോർ വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: -3)

-ഡെൽ [മൂല്യം]
വിപുലീകരണ-വിന്യാസത്തിനായി ഇല്ലാതാക്കൽ സ്കോർ വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: -3)

-xdrop [മൂല്യം]
വിപുലീകരണ-വിന്യാസത്തിനായി xdropbelowscore വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 5)

- സമാനമായ [മൂല്യം]
TIR സമാനതയുടെ പരിധി [1..100%] വ്യക്തമാക്കുക (ഡിഫോൾട്ട്: 85.000000)

-ഓവർലാപ്സ് [...]
ഇല്ല|മികച്ച|ദൈർഘ്യമേറിയ|എല്ലാം വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: മികച്ചത്)

-mintsd [മൂല്യം]
ഓരോ TSD-യ്‌ക്കും ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ദൈർഘ്യം വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 2)

-maxtsd [മൂല്യം]
ഓരോ TSD-യ്‌ക്കും പരമാവധി ദൈർഘ്യം വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 11)

-വിക് [മൂല്യം]
തിരയുന്ന ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളുടെ എണ്ണം (ഇടത്തോട്ടും വലത്തോട്ടും) വ്യക്തമാക്കുക
പ്രവചിച്ച TIR-കളുടെ 5', 3' അതിരുകൾക്ക് ചുറ്റുമുള്ള TSD-കൾക്കായി (സ്ഥിരസ്ഥിതി: 60)

-ഹും
HMMER3-ൽ ഡൊമെയ്‌ൻ കണ്ടെത്തലിനുള്ള പ്രൊഫൈൽ HMM മോഡലുകൾ (സ്‌പെയ്‌സ് പ്രകാരം വേർതിരിക്കുക, -- ഉപയോഗിച്ച് പൂർത്തിയാക്കുക)
ഫോർമാറ്റ് pHMM തിരയൽ പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കാൻ ഈ ഓപ്ഷൻ ഒഴിവാക്കുക.

-pdomevalcutoff [മൂല്യം]
pHMM തിരയൽ ഡിഫോൾട്ടായ 1E-6-നുള്ള ആഗോള ഇ-മൂല്യം കട്ട്ഓഫ്

-pdomcutoff [...]
മോഡൽ-നിർദ്ദിഷ്ട സ്കോർ കട്ട്ഓഫ് ടിസിയിൽ നിന്ന് തിരഞ്ഞെടുക്കുക (വിശ്വസനീയമായ കട്ട്ഓഫ്) | GA (ശേഖരണ കട്ട്ഓഫ്) |
ഒന്നുമില്ല (കട്ട്ഓഫുകൾ ഇല്ല) (ഡിഫോൾട്ട്: GA)

-മാക്സ്ഗാപ്ലെൻ [മൂല്യം]
pHMM ഹിറ്റുകൾ ചെയിൻ ചെയ്യുമ്പോൾ ശകലങ്ങൾക്കിടയിൽ (അമിനോ ആസിഡുകളിൽ) പരമാവധി അനുവദനീയമായ വിടവ് വലുപ്പം
ഒരു പ്രോട്ടീൻ ഡൊമെയ്‌നിനായി (ഡിഫോൾട്ട്: 50)

- റഫറൻസ് [സ്ട്രിംഗ്]
ഉള്ളിലുള്ള കാൻഡിഡേറ്റുകൾക്കായി സ്കാൻ ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ജീൻ സീക്വൻസുകളുടെ പേര് വ്യക്തമാക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി:
നിർവചിക്കാത്തത്)

-സെക്വിഡ്സ് [അതെ|ഇല്ല]
GFF3 ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ സീക്വൻസ് നമ്പറുകൾക്ക് പകരം സീക്വൻസ് വിവരണങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: അതെ)

-md5 [അതെ|ഇല്ല]
GFF5 ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ സെക്വിഡുകളിലേക്ക് MD3 ഹാഷുകൾ ചേർക്കുക (സ്ഥിരസ്ഥിതി: ഇല്ല)

-ഹെൽപ്പ്
അടിസ്ഥാന ഓപ്ഷനുകൾക്കും പുറത്തുകടക്കുന്നതിനുമുള്ള സഹായം പ്രദർശിപ്പിക്കുക

-സഹായം+
എല്ലാ ഓപ്‌ഷനുകൾക്കും സഹായം പ്രദർശിപ്പിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

-പതിപ്പ്
പതിപ്പ് വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുകയും പുറത്തുകടക്കുകയും ചെയ്യുക

റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നു ബഗുകൾ

ബഗുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക[ഇമെയിൽ പരിരക്ഷിച്ചിരിക്കുന്നു]>.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് gt-tirvish ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക