ഗ്വാമ - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

GWAMA - ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ മെറ്റാ അനാലിസിസ്

സിനോപ്സിസ്

ഗ്വാമ [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

GWAMA (ജീനോം-വൈഡ് അസോസിയേഷൻ മെറ്റാ അനാലിസിസ്) സോഫ്റ്റ്‌വെയർ മെറ്റാ അനാലിസിസ് നടത്തുന്നു
ബൈനറി അല്ലെങ്കിൽ ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് ഫിനോടൈപ്പുകളുടെ GWA പഠനങ്ങളുടെ ഫലങ്ങൾ. സ്ഥിരവും ക്രമരഹിതവുമായ പ്രഭാവം
എസ്റ്റിമേറ്റുകൾ ഉപയോഗിച്ച് നേരിട്ട് ജനിതകമാറ്റം വരുത്തിയതും കണക്കാക്കിയതുമായ എസ്എൻപികൾക്കായി മെറ്റാ-വിശകലനം നടത്തുന്നു
ബൈനറി സ്വഭാവസവിശേഷതകൾക്കായുള്ള അല്ലെലിക് ഓഡ്‌സ് അനുപാതവും 95% ആത്മവിശ്വാസ ഇടവേളയും
അല്ലെലിക് ഇഫക്റ്റ് സൈസ്, ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് ഫിനോടൈപ്പുകൾക്കുള്ള സ്റ്റാൻഡേർഡ് പിശക്. GWAMA ഉപയോഗിക്കാം
എല്ലാ വ്യത്യസ്ത ജനിതക മോഡലുകളുടെയും ഫലങ്ങൾ വിശകലനം ചെയ്യുന്നതിന് (ഗുണനം, സങ്കലനം,
ആധിപത്യം, മാന്ദ്യം). തിരിച്ചറിയുന്നതിനുള്ള പിശക് ട്രാപ്പിംഗ് സൗകര്യങ്ങൾ സോഫ്റ്റ്‌വെയർ ഉൾക്കൊള്ളുന്നു
സ്ട്രാൻഡ് അലൈൻമെന്റ് പിശകുകളും അല്ലീൽ ഫ്ലിപ്പിംഗും, കൂടാതെ വൈവിധ്യത്തിന്റെ പരിശോധനകൾ നടത്തുന്നു
പഠനങ്ങൾക്കിടയിലുള്ള ഫലങ്ങൾ.

ഓപ്ഷനുകൾ

-i, --ഫയലലിസ്റ്റ്=ഫയലിന്റെ പേര്
പഠന ഫല ഫയലുകൾ വ്യക്തമാക്കുക. ഡിഫോൾട്ട് = gwama.in

-o, --ഔട്ട്പുട്ട്=ഫയൽറൂട്ട്
വിശകലനത്തിന്റെ ഔട്ട്പുട്ടിനായി ഫയൽ റൂട്ട് വ്യക്തമാക്കുക. ഡിഫോൾട്ട് = ഗ്വാമ (gwama.out, gwama.gc.out)

-r, --റാൻഡം
ക്രമരഹിതമായ ഇഫക്റ്റ് തിരുത്തൽ ഉപയോഗിക്കുക. ഡിഫോൾട്ട് = അപ്രാപ്തമാക്കി

-ജിസി, --ജീനോമിക്_കൺട്രോൾ
പഠന ഫല ഫയലുകൾ ക്രമീകരിക്കുന്നതിന് ജനിതക നിയന്ത്രണം ഉപയോഗിക്കുക. ഡിഫോൾട്ട് = അപ്രാപ്തമാക്കി

-gco, --genomic_control_output
മെറ്റാ അനാലിസിസ് സംഗ്രഹത്തിൽ ജനിതക നിയന്ത്രണം ഉപയോഗിക്കുക (അതായത്, മെറ്റാ അനാലിസിസ് ഫലങ്ങൾ
ജിസിക്കായി തിരുത്തി). ഡിഫോൾട്ട് = അപ്രാപ്തമാക്കി

-ക്യു.ടി, --അളവ്
ക്വാണ്ടിറ്റേറ്റീവ് സ്വഭാവ പതിപ്പ് (ബീറ്റ, എസ്ഇ കോളങ്ങൾ) തിരഞ്ഞെടുക്കുക. ഡിഫോൾട്ട് = ബൈനറി സ്വഭാവം

-m, --മാപ്പ്=ഫയലിന്റെ പേര്
മാർക്കർ മാപ്പിനായി ഫയലിന്റെ പേര് തിരഞ്ഞെടുക്കുക.

-t, --പരിധി=0-1
സംഗ്രഹ ഇഫക്റ്റ് ദിശകളിൽ ദിശ കാണിക്കുന്നതിനുള്ള p-മൂല്യം പരിധി. സ്ഥിരസ്ഥിതി =
1

--no_alleles
അല്ലീൽ വിവരങ്ങളൊന്നും നൽകിയിട്ടില്ല. എപ്പോഴും ഒരേ ഇഎ പ്രതീക്ഷിക്കുന്നു.

--indel_alleles
അല്ലീൽ ലേബുകളിൽ ഒറ്റ അക്ഷരത്തിൽ കൂടുതൽ അടങ്ങിയിരിക്കാം. സ്ട്രാൻഡ് പരിശോധനകളൊന്നുമില്ല.

--സെക്സ് ലിംഗ-വ്യത്യാസവും ലിംഗ-വൈവിധ്യ വിശകലനവും പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക (ഇതിൽ വിവരിച്ച രീതി
പേപ്പർ മാഗി, ലിൻഡ്‌ഗ്രെൻ & മോറിസ് 2010). ലിംഗവിവരം ഫയൽലിസ്റ്റ് ഫയലിൽ നൽകണം.
(ഫയൽ പേരുകൾക്ക് ശേഷമുള്ള രണ്ടാമത്തെ നിര M അല്ലെങ്കിൽ F ആണ്).

--name_marker
col എന്ന മാർക്കർ നാമത്തിലേക്കുള്ള ഇതര തലക്കെട്ട്.

--name_strand
സ്ട്രാൻഡ് കോളത്തിലേക്കുള്ള ഇതര തലക്കെട്ട്.

--name_n
സാമ്പിൾ സൈസ് കോളിലേക്കുള്ള ഇതര തലക്കെട്ട്.

--name_ea
അല്ലീൽ കോളം ഇഫക്റ്റ് ചെയ്യാനുള്ള ഇതര തലക്കെട്ട്.

--name_nea
നോൺ-ഇഫക്റ്റ് അല്ലീൽ കോളത്തിലേക്കുള്ള ഇതര തലക്കെട്ട്.

--name_eaf
അല്ലീൽ ഫ്രീക്വൻസി കോളം ഇഫക്റ്റ് ചെയ്യാനുള്ള ഇതര തലക്കെട്ട്.

--name_beta
ബീറ്റ കോളത്തിലേക്കുള്ള ഇതര തലക്കെട്ട്.

--name_se
std എന്നതിലേക്കുള്ള ഇതര തലക്കെട്ട്. തെറ്റ്. കേണൽ

--പേര്_അല്ലെങ്കിൽ
OR നിരയിലേക്കുള്ള ഇതര തലക്കെട്ട്.

--name_or_95l
OR 95L നിരയിലേക്കുള്ള ഇതര തലക്കെട്ട്.

--name_or_95u
OR 95U നിരയിലേക്കുള്ള ഇതര തലക്കെട്ട്.

-h, --സഹായിക്കൂ
ഈ സഹായം അച്ചടിക്കുക.

-v, --പതിപ്പ്
GWAMA പതിപ്പ് നമ്പർ അച്ചടിക്കുക. ഈ മാനുവൽ പേജ് അപര്യാപ്തമായിരിക്കണം. ദയവായി ഉപയോഗിക്കുക
gwama-ന്റെ ഓപ്‌ഷനുകൾ വേഗത്തിൽ ഓർമ്മിപ്പിക്കുന്നതിനുള്ള സഹായ ഓപ്ഷൻ അല്ലെങ്കിൽ അതിന്റെ ഹോം പേജിലേക്ക് തിരിയുക
ഓൺലൈൻ ഡോക്യുമെന്റേഷൻ അല്ലെങ്കിൽ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യാവുന്ന മാനുവൽ സഹിതം.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് GWAMA ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക