hhconsensus - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

hhconsensus - ഒരു A3M/FASTA ഇൻപുട്ട് ഫയലിനായുള്ള സമവായ ക്രമം കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

hh സമവായം -i [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

HHconsensus പതിപ്പ് 2.0.16 (ജനുവരി 2013) ഒരു സമവായ ക്രമം കണക്കാക്കുക
A3M/FASTA ഇൻപുട്ട് ഫയൽ. (സി) ജോഹന്നാസ് സോഡിംഗ്, മൈക്കൽ റെമ്മർട്ട്, ആൻഡ്രിയാസ് ബീഗർട്ട്, ആൻഡ്രിയാസ്
Hauser Remmert M, Biegert A, Hauser A, Soding J. HHblits: മിന്നൽ വേഗത്തിലുള്ള ആവർത്തന
HMM-HMM വിന്യാസം വഴിയുള്ള പ്രോട്ടീൻ സീക്വൻസ് തിരയൽ. നാറ്റ്. രീതികൾ 9:173-175 (2011).

-i
അന്വേഷണ വിന്യാസം (A2M, A3M, അല്ലെങ്കിൽ FASTA), അല്ലെങ്കിൽ ചോദ്യം HMM

ഔട്ട്പുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ:
-s
ഫാസ്റ്റയിൽ കൺസെൻസസ് സീക്വൻസ് കൂട്ടിച്ചേർക്കുക (ഡിഫോൾട്ട്= )

-o
A3M-ൽ സമവായ ക്രമത്തിൽ വിന്യാസം എഴുതുക

-oa3m
ഒരേ

-oa2m
A2M-ൽ സമവായ ക്രമത്തിൽ വിന്യാസം എഴുതുക

-ofas
ഫാസ്റ്റയിൽ സമവായ ക്രമത്തിൽ വിന്യാസം എഴുതുക

-v
വെർബോസ് മോഡ്: 0: സ്‌ക്രീൻ ഔട്ട്‌പുട്ട് ഇല്ല 1: വാറിംഗ്സ് 2 മാത്രം: വാചാലത

അരിപ്പ ഇൻപുട്ട് വിന്യാസം (ഓപ്ഷനുകൾ കഴിയും be സംയോജിത):
-ഐഡി [0,100] പരമാവധി പെയർവൈസ് സീക്വൻസ് ഐഡന്റിറ്റി (%) (def=100)

-വ്യത്യാസം [0,inf[ ഏറ്റവും വൈവിധ്യമാർന്ന സീക്വൻസുകൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക, കുറഞ്ഞത് ഇതെങ്കിലും നിലനിർത്തുക

>50 കോളങ്ങളുടെ ഓരോ ബ്ലോക്കിലും നിരവധി സീക്വൻസുകൾ (def=0)

-കോവ [0,100] ചോദ്യത്തോടുകൂടിയ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ കവറേജ് (%) (def=0)

-ക്വിദ് [0,100] ചോദ്യത്തോടുകൂടിയ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സീക്വൻസ് ഐഡന്റിറ്റി (%) (def=0)

-qsc [0,100] ചോദ്യത്തോടുകൂടിയ ഓരോ കോളത്തിനും ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ സ്കോർ (def=-20.0)

ഇൻപുട്ട് വിന്യാസം ഫോർമാറ്റ്:
-M a2m ഉപയോഗം A2M/A3M (സ്ഥിരസ്ഥിതി): വലിയ കേസ് = പൊരുത്തം; ലോവർ കേസ് = Insert; '-' = ഇല്ലാതാക്കുക; '.' =
ഇൻസെർട്ടുകളിലേക്ക് വിന്യസിച്ച വിടവുകൾ (ഒഴിവാക്കിയേക്കാം)

-M ആദ്യം
ഫാസ്റ്റ ഉപയോഗിക്കുക: ഒന്നാം ശ്രേണിയിലെ അവശിഷ്ടങ്ങളുള്ള നിരകൾ പൊരുത്തപ്പെടുന്ന അവസ്ഥകളാണ്

-M [0,100]
FASTA ഉപയോഗിക്കുക: X%-ൽ താഴെ വിടവുകളുള്ള നിരകൾ പൊരുത്തപ്പെടുന്ന അവസ്ഥകളാണ്

മറ്റു ഓപ്ഷനുകൾ:
- കൂട്ടിച്ചേർക്കുക PSIPRED-ൽ നിന്ന് പ്രവചിക്കപ്പെട്ട ദ്വിതീയ ഘടന വിവരങ്ങൾ ചേർക്കുക

ഉദാഹരണം: hh consensus -i stdin -s stdout

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനായി hhconsensus ഉപയോഗിക്കുക