ഉബുണ്ടു ഓൺലൈൻ, ഫെഡോറ ഓൺലൈൻ, വിൻഡോസ് ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാവുന്ന hmm2emit കമാൻഡാണിത്.
പട്ടിക:
NAME
hmm2emit - ഒരു പ്രൊഫൈൽ HMM-ൽ നിന്ന് സീക്വൻസുകൾ സൃഷ്ടിക്കുക
സിനോപ്സിസ്
hmm2emit [ഓപ്ഷനുകൾ] hmmfile
വിവരണം
hmm2emit എന്നതിൽ നിന്ന് ഒരു HMM ഫയൽ വായിക്കുന്നു hmmfile ഒന്നോ അതിലധികമോ HMM-കൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, കൂടാതെ a സൃഷ്ടിക്കുന്നു
ഓരോ HMM-ൽ നിന്നുമുള്ള സീക്വൻസുകളുടെ എണ്ണം; അല്ലെങ്കിൽ, എങ്കിൽ -c ഓപ്ഷൻ തിരഞ്ഞെടുത്തു, ഒരു സിംഗിൾ ജനറേറ്റ് ചെയ്യുക
ഭൂരിപക്ഷ-ഭരണ സമവായം. ഒരാൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള വിവിധ ആപ്ലിക്കേഷനുകൾക്ക് ഇത് ഉപയോഗപ്രദമാകും
ഒരു സീക്വൻസ് കുടുംബ സമവായവുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്ന സീക്വൻസുകളുടെ അനുകരണം.
സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, hmm2emit 10 സീക്വൻസുകൾ സൃഷ്‌ടിക്കുകയും അവയെ ഫാസ്റ്റ (അലൈൻ ചെയ്യാത്ത) ഫോർമാറ്റിൽ ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു.
ഓപ്ഷനുകൾ
-a ഫാസ്റ്റയ്ക്ക് പകരം വിന്യസിച്ച ഫോർമാറ്റിൽ (SELEX) ജനറേറ്റഡ് സീക്വൻസുകൾ എഴുതുക.
-c സാമ്പിൾ സീക്വൻസുകൾക്ക് പകരം ഒരു ഭൂരിപക്ഷ-ഭരണ സമവായ ക്രമം പ്രവചിക്കുക
HMM-ന്റെ പ്രോബബിലിറ്റി ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷനിൽ നിന്ന്. ഉയർന്ന സംരക്ഷിത അവശിഷ്ടങ്ങൾ (p >= 0.9
ഡിഎൻഎ, പ്രോട്ടീന് p >= 0.5) വലിയക്ഷരത്തിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്നു; മറ്റുള്ളവ ചെറിയ അക്ഷരത്തിൽ കാണിച്ചിരിക്കുന്നു.
ചില ഇൻസേർട്ട് സ്റ്റേറ്റുകൾ ഭൂരിപക്ഷ ഭരണ സമവായത്തിന്റെ ഭാഗമായി മാറിയേക്കാം, കാരണം അവ അങ്ങനെയാണ്
ജനറേറ്റഡ് സീക്വൻസുകളിൽ >= 50% ഉപയോഗിക്കുന്നു; ഇത് സംഭവിക്കുമ്പോൾ, ജനറേറ്റഡ് അവശിഷ്ടങ്ങൾ ചേർക്കുക
ലളിതമായി "x" ആയി കാണിക്കുന്നു.
-h പ്രിന്റ് ഹ്രസ്വ സഹായം; പതിപ്പ് നമ്പറും ഉൾപ്പെടെ എല്ലാ ഓപ്ഷനുകളുടെയും സംഗ്രഹവും ഉൾപ്പെടുന്നു
വിദഗ്ധ ഓപ്ഷനുകൾ.
-n സൃഷ്ടിക്കുക ക്രമങ്ങൾ. സ്ഥിരസ്ഥിതി 10 ആണ്.
-o ഫയലിലേക്ക് സിന്തറ്റിക് സീക്വൻസുകൾ സംരക്ഷിക്കുക അവ stdout-ലേക്ക് എഴുതുന്നതിനുപകരം.
-q നിശബ്ദം; സീക്വൻസുകൾ ഒഴികെയുള്ള എല്ലാ ഔട്ട്പുട്ടും അടിച്ചമർത്തുക. പൈപ്പിടാൻ ഉപയോഗപ്രദമാണ്
അല്ലെങ്കിൽ ഔട്ട്പുട്ട് സംവിധാനം ചെയ്യുന്നു.
പരീക്ഷണം ഓപ്ഷനുകൾ
--വിത്ത്
ക്രമരഹിതമായ വിത്ത് സജ്ജമാക്കുക , എവിടെ ഒരു പോസിറ്റീവ് പൂർണ്ണസംഖ്യയാണ്. സ്ഥിരസ്ഥിതി ഉപയോഗിക്കുക എന്നതാണ്
സമയം() ഓരോ ഓട്ടത്തിനും വ്യത്യസ്‌ത വിത്ത് സൃഷ്ടിക്കുക, അതായത് രണ്ട് വ്യത്യസ്തമാണ്
ഓടുന്നു hmm2emit ഒരേ HMM-ൽ അല്പം വ്യത്യസ്തമായ ഫലങ്ങൾ നൽകും. നിങ്ങൾക്ക് ഉപയോഗിക്കാം
പുനരുൽപ്പാദിപ്പിക്കാവുന്ന ഫലങ്ങൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നതിനുള്ള ഈ ഓപ്ഷൻ.
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് hmm2emit ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക
