hmmemit - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

hmmemit - ഒരു പ്രൊഫൈൽ HMM-ൽ നിന്നുള്ള സാമ്പിൾ സീക്വൻസുകൾ

സിനോപ്സിസ്

ഹമ്മെമിറ്റ് [ഓപ്ഷനുകൾ] hmmfile

വിവരണം

ദി ഹമ്മെമിറ്റ് പ്രൊഫൈൽ HMM(കളിൽ) നിന്നുള്ള പ്രോഗ്രാം സാമ്പിളുകൾ (എമിറ്റ്) സീക്വൻസുകൾ hmmfile, ഒപ്പം
അവ ഔട്ട്പുട്ടിലേക്ക് എഴുതുന്നു. സാമ്പിൾ സീക്വൻസുകൾ വിവിധ ആവശ്യങ്ങൾക്ക് ഉപയോഗപ്രദമായേക്കാം,
ബെഞ്ച്മാർക്കുകൾക്കോ ​​ടെസ്റ്റുകൾക്കോ ​​വേണ്ടി സിന്തറ്റിക് യഥാർത്ഥ പോസിറ്റീവുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നത് ഉൾപ്പെടെ.

കോർ പ്രോബബിലിറ്റി മോഡലിൽ നിന്ന് അലൈൻ ചെയ്യാത്ത ഒരു സീക്വൻസ് സാമ്പിൾ ചെയ്യുന്നതാണ് ഡിഫോൾട്ട്
ഓരോ സീക്വൻസിലും ഒരു മുഴുനീള ഡൊമെയ്ൻ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു എന്നാണ് അർത്ഥമാക്കുന്നത്. പകരമായി, കൂടെ -c
ഓപ്ഷൻ, നിങ്ങൾക്ക് ഒരു ലളിതമായ ഭൂരിപക്ഷ-നിയമ സമവായ ക്രമം പുറപ്പെടുവിക്കാൻ കഴിയും; അല്ലെങ്കിൽ കൂടെ -a ഓപ്ഷൻ, നിങ്ങൾ
ഒരു വിന്യാസം പുറപ്പെടുവിക്കാൻ കഴിയും (ഈ സാഹചര്യത്തിൽ, നിങ്ങൾ ഒരുപക്ഷേ സജ്ജീകരിക്കാനും ആഗ്രഹിക്കുന്നു -N മറ്റൊന്നിലേക്ക്
ഒരു മോഡലിന് 1 സീക്വൻസ് എന്നതിന്റെ ഡിഫോൾട്ടേക്കാൾ).

മറ്റൊരു ഓപ്ഷനായി, കൂടെ -p പൂർണ്ണമായി കോൺഫിഗർ ചെയ്‌തതിൽ നിന്ന് നിങ്ങൾക്ക് ഒരു സീക്വൻസ് സാമ്പിൾ ചെയ്യാം
HMMER തിരയൽ പ്രൊഫൈൽ. HMMER-ന്റെ നിർവചനം അനുസരിച്ച് ഒരു 'ഹോമോലോഗസ് സീക്വൻസ്' സാമ്പിൾ ചെയ്യുക എന്നാണ് ഇതിനർത്ഥം.
നോൺ ഹോമോലോഗസ് ഫ്ലാങ്കിംഗ് സീക്വൻസുകൾ, ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റുകൾ, ഒന്നിലധികം ഡൊമെയ്‌നുകൾ എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്നു
പ്രൊഫൈലിനായി തിരഞ്ഞെടുത്ത ദൈർഘ്യ മോഡലും അലൈൻമെന്റ് മോഡും അനുസരിച്ച് ക്രമം.

ദി hmmfile HMM-കളുടെ ഒരു ലൈബ്രറി അടങ്ങിയിരിക്കാം, ഈ സാഹചര്യത്തിൽ ഓരോ HMM-ഉം മാറിമാറി ഉപയോഗിക്കും.

'-' (ഡാഷ്) ആയിരിക്കാം, അതായത് ഈ ഇൻപുട്ട് വായിക്കുന്നത് stdin ഒരു ഫയൽ എന്നതിലുപരി.

കോമൺ ഓപ്ഷനുകൾ

-h സഹായം; കമാൻഡ് ലൈൻ ഉപയോഗത്തിന്റെയും ലഭ്യമായ എല്ലാ ഓപ്ഷനുകളുടെയും ഒരു ഹ്രസ്വ ഓർമ്മപ്പെടുത്തൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

-o ഔട്ട്പുട്ട് സീക്വൻസുകൾ ഫയലിലേക്ക് നയിക്കുക , എന്നതിലുപരി stdout.

-N മാതൃക ഒരു മോഡലിന് പകരം ഓരോ മോഡലിനും സീക്വൻസുകൾ.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു എന്ത് TO EMIT

സ്ഥിരസ്ഥിതി സാമ്പിൾ ആണ് N കോർ മോഡലിൽ നിന്നുള്ള സീക്വൻസുകൾ. പകരമായി, നിങ്ങൾക്ക് തിരഞ്ഞെടുക്കാം
ഇനിപ്പറയുന്ന ബദലുകളിൽ ഒന്ന് (ഒന്ന് മാത്രം).

-a ഓരോ HMM-നും ഒരു അലൈൻമെന്റ് എമിറ്റ് ചെയ്യുക hmmfile പകരം വിന്യസിക്കാത്ത സാമ്പിൾ
ക്രമങ്ങൾ ഓരോന്നായി.

-c ഇതിൽ നിന്ന് ഒരു സീക്വൻസ് സാമ്പിൾ ചെയ്യുന്നതിനുപകരം ഒരു ബഹുത്വ-നിയമ സമവായ ക്രമം പുറപ്പെടുവിക്കുക
പ്രൊഫൈൽ HMM-ന്റെ പ്രോബബിലിറ്റി ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ. സമവായ ക്രമം രൂപപ്പെടുന്നത്
ഓരോ പൊരുത്ത നിലയിലും പരമാവധി പ്രോബബിലിറ്റി അവശിഷ്ടം തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നു.

-C എന്നതിനേക്കാൾ ഫാൻസിയർ ബഹുത്വ-നിയമ സമവായ ക്രമം പുറപ്പെടുവിക്കുക -c ഓപ്ഷൻ. പരമാവധി ആണെങ്കിൽ
പ്രോബബിലിറ്റി അവശിഷ്ടത്തിന് p ഉണ്ട് കുറഞ്ഞത് ഒരു ചെറിയ അക്ഷരമായി കാണിക്കുക 'ഏതെങ്കിലും' അവശിഷ്ടം (n അല്ലെങ്കിൽ x); എങ്കിൽ
p >= കുറഞ്ഞത് ഒപ്പം മിനു ഒരു ചെറിയക്ഷര അവശിഷ്ടമായി കാണിക്കുക; കൂടാതെ p >= ആണെങ്കിൽ മിനു ആയി കാണിക്കുക
ഒരു വലിയ കേസ് അവശിഷ്ടം. യുടെ സ്ഥിരസ്ഥിതി ക്രമീകരണങ്ങൾ മിനു ഒപ്പം കുറഞ്ഞത് രണ്ടും 0.0 ആണ്
അർത്ഥം -C അതേ ഔട്ട്പുട്ട് നൽകുന്നു -c നിങ്ങൾ കൂടി സജ്ജമാക്കിയില്ലെങ്കിൽ മിനു ഒപ്പം കുറഞ്ഞത് നിങ്ങൾ എന്തിലേക്ക്
ആഗ്രഹമുണ്ട്.

-p കാമ്പിൽ നിന്നല്ല, അവ്യക്തമായ തിരയൽ പ്രൊഫൈലിൽ നിന്നുള്ള സാമ്പിൾ അലൈൻ ചെയ്യാത്ത സീക്വൻസുകൾ
മാതൃക. കോർ മോഡലിൽ ഹോമോലോജസ് അവസ്ഥകൾ മാത്രമേ ഉള്ളൂ (ആരംഭത്തിന് ഇടയിൽ
ഒരു HMMER Plan7 മോഡലിന്റെ അവസാന നിലകളും). പ്രൊഫൈലിൽ ഹോമോലോജസ് അല്ലാത്ത N ഉൾപ്പെടുന്നു,
സി, ജെ സ്റ്റേറ്റുകൾ, ലോക്കൽ/ഗ്ലോക്കൽ, യൂണി/മൾട്ടിഹിറ്റ് അൽഗോരിതം കോൺഫിഗറേഷൻ, കൂടാതെ
ലക്ഷ്യം നീളം മോഡൽ. അതിനാൽ ഒരു പ്രൊഫൈലിൽ നിന്നുള്ള സാമ്പിളുകൾ ഉൾപ്പെട്ടേക്കാം
നോൺഹോമോലോജസ്, അതുപോലെ ഹോമോലോഗസ് സീക്വൻസുകൾ, കൂടാതെ ഒന്നിൽ കൂടുതൽ അടങ്ങിയിരിക്കാം
ഹോമോലോഗസ് സീക്വൻസ് സെഗ്മെന്റ്. സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, പ്രൊഫൈൽ മൾട്ടിഹിറ്റ് ലോക്കൽ മോഡിലാണ്, കൂടാതെ
ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം L=400 ന് ക്രമീകരിച്ചിരിക്കുന്നു.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു എമിഷൻ FROM പ്രൊഫൈലുകൾ

ഈ ഓപ്‌ഷനുകൾ നിങ്ങൾ സജ്ജീകരിക്കേണ്ടതുണ്ട് -p ഓപ്ഷൻ.

-L ശരാശരി ദൈർഘ്യം സൃഷ്ടിക്കുന്നതിന് പ്രൊഫൈലിന്റെ ടാർഗെറ്റ് സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യ മോഡൽ കോൺഫിഗർ ചെയ്യുക
ഏകദേശം 400 ന്റെ സ്ഥിരസ്ഥിതിയേക്കാൾ.

--പ്രാദേശിക
മൾട്ടിഹിറ്റ് ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റിനായി പ്രൊഫൈൽ കോൺഫിഗർ ചെയ്യുക.

--ഏകദേശീയം
യൂണിഹിറ്റ് ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റിനായി പ്രൊഫൈൽ കോൺഫിഗർ ചെയ്യുക (സ്മിത്ത്/വാട്ടർമാൻ).

--ഗ്ലോക്കൽ
മൾട്ടിഹിറ്റ് ഗ്ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റിനായി പ്രൊഫൈൽ കോൺഫിഗർ ചെയ്യുക.

--യൂണിഗ്ലോക്കൽ
യൂണിഹിറ്റ് ഗ്ലോക്കൽ അലൈൻമെന്റിനായി പ്രൊഫൈൽ കോൺഫിഗർ ചെയ്യുക.

ഓപ്ഷനുകൾ നിയന്ത്രിക്കുന്നു ഫാൻസി കൺസെൻസസ് എമിഷൻ

ഈ ഓപ്‌ഷനുകൾ നിങ്ങൾ സജ്ജീകരിക്കേണ്ടതുണ്ട് -C ഓപ്ഷൻ.

--മിനിറ്റ്
സജ്ജമാക്കുന്നു കുറഞ്ഞത് ദുർബലമായി സംരക്ഷിത അവശിഷ്ടങ്ങൾ ചെറിയ അക്ഷരമായി കാണിക്കുന്നതിനുള്ള പരിധി. (0 <=
x <= 1)

--മിനു
സജ്ജമാക്കുന്നു മിനു ശക്തമായി സംരക്ഷിത അവശിഷ്ടങ്ങൾ വലിയക്ഷരമായി കാണിക്കുന്നതിനുള്ള പരിധി. (0
<= x <= 1)

മറ്റുള്ളവ ഓപ്ഷനുകൾ

--വിത്ത്
റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്റർ ഉപയോഗിച്ച് സീഡ് ചെയ്യുക , ഒരു പൂർണ്ണസംഖ്യ >= 0. എങ്കിൽ പൂജ്യമല്ല, ഏതെങ്കിലും
സ്ഥായിയായ അനുകരണങ്ങൾ പുനർനിർമ്മിക്കാവുന്നതാണ്; അതേ കമാൻഡ് അത് തന്നെ നൽകും
ഫലം. എങ്കിൽ 0 ആണ്, റാൻഡം നമ്പർ ജനറേറ്റർ ഏകപക്ഷീയമായി സീഡ് ചെയ്യുന്നു, ഒപ്പം
ഒരേ കമാൻഡിന്റെ റൺ മുതൽ റൺ വരെ സ്റ്റോക്കാസ്റ്റിക് സിമുലേഷനുകൾ വ്യത്യാസപ്പെടും. സ്ഥിരസ്ഥിതി
0 ആണ്: ഒരു ഏകപക്ഷീയമായ വിത്ത് ഉപയോഗിക്കുക, വളരെ വ്യത്യസ്തമാണ് ഹമ്മെമിറ്റ് റണ്ണുകൾ വ്യത്യസ്തമായി സൃഷ്ടിക്കും
സാമ്പിളുകൾ.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് hmmemit ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക