hmmfetch - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

hmmfetch - ഒരു ഫയലിൽ നിന്ന് പ്രൊഫൈൽ HMM(കൾ) വീണ്ടെടുക്കുക

സിനോപ്സിസ്

hmmfetch [ഓപ്ഷനുകൾ]
(HMM എന്ന പേര് വീണ്ടെടുക്കുന്നു )

hmmfetch -f [ഓപ്ഷനുകൾ]
(ലിസ്‌റ്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്ന എല്ലാ HMM-കളും വീണ്ടെടുക്കുന്നു )

hmmfetch --സൂചിക [ഓപ്ഷനുകൾ]
(സൂചികകൾ കൊണ്ടുവരാൻ)

വിവരണം

ഒന്നിൽ നിന്ന് ഒന്നോ അതിലധികമോ പ്രൊഫൈൽ HMM-കൾ വേഗത്തിൽ വീണ്ടെടുക്കുന്നു (ഒരു വലിയ Pfam ഡാറ്റാബേസ്, ഇതിനായി
ഉദാഹരണം).

പരമാവധി വേഗതയ്ക്കായി, ദി ഉപയോഗിച്ച് ആദ്യം സൂചികയിലാക്കണം hmmfetch --സൂചിക. ദി
index എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ഒരു ബൈനറി ഫയലാണ് .ssi. എന്നിരുന്നാലും, ഇത് ഓപ്ഷണൽ ആണ്, വീണ്ടെടുക്കൽ ചെയ്യും
വളരെ സാവധാനത്തിലാണെങ്കിലും, സൂചികയില്ലാത്ത ഫയലുകളിൽ നിന്ന് ഇപ്പോഴും പ്രവർത്തിക്കുന്നു.

പേരോ പ്രവേശനമോ ഉപയോഗിച്ച് ഒരൊറ്റ പ്രൊഫൈൽ വീണ്ടെടുക്കുന്നതാണ് ഡിഫോൾട്ട് മോഡ് .
ഉദാഹരണത്തിന്:

% hmmfetch Pfam-A.hmm Caudal_act
% hmmfetch Pfam-A.hmm PF00045

കൂടെ -f ഓപ്ഷൻ, എ ഒന്നോ അതിലധികമോ കീകളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റ് ഉൾക്കൊള്ളുന്ന പകരം വായിക്കുന്നു.
ഓരോ നോൺ-ബ്ലാങ്ക് നോൺ-കമന്റ് ലൈനിലെയും ആദ്യത്തെ വൈറ്റ്‌സ്‌പെയ്‌സ്-ഡീലിമിറ്റഡ് ഫീൽഡ്
a ആയി ഉപയോഗിക്കുന്നു , കൂടാതെ ലൈനിൽ അവശേഷിക്കുന്ന ഏതെങ്കിലും ഡാറ്റ അവഗണിക്കപ്പെടും. ഇത് വൈവിധ്യത്തെ അനുവദിക്കുന്നു
വൈറ്റ്‌സ്‌പേസ് ഡിലിമിറ്റഡ് ഡാറ്റാ ഫയലുകൾ ആയി ഉപയോഗിക്കണം എസ്.

ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ -f ഒരു , എങ്കിൽ hmmfile സൂചികയിലാക്കി, കീകൾ വീണ്ടെടുത്തു
ക്രമത്തിൽ അവ സംഭവിക്കുന്നു കീഫയൽ, പക്ഷേ ചിലപ്പോള hmmfile ഇൻഡക്‌സ് ചെയ്‌തിട്ടില്ല, എന്നതിൽ കീകൾ വീണ്ടെടുക്കുന്നു
ക്രമത്തിൽ അവ സംഭവിക്കുന്നു hmmfile. ഇത് അനുവദിക്കുന്ന ഒരു നടപ്പാക്കലിന്റെ പാർശ്വഫലമാണ്
ഒന്നിലധികം കീകൾ വീണ്ടെടുക്കണം ഒരു നോൺ റിവൈൻഡബിൾ സ്ട്രീം ആണ്
സാധാരണ ഇൻപുട്ട് പൈപ്പ്.

സാധാരണ ഉപയോഗത്തിൽ (ഇല്ലാതെ --സൂചിക or -f ഓപ്ഷനുകൾ), '-' (ഡാഷ്) ആയിരിക്കാം, അതിനർത്ഥം
നിന്ന് ഇൻപുട്ട് വായിക്കുന്നു stdin ഒരു ഫയൽ എന്നതിലുപരി. കൂടെ --സൂചിക ഓപ്ഷൻ, ഉണ്ടാകണമെന്നില്ല
'-' ആകുക; ഒരു സാധാരണ ഇൻപുട്ട് സ്ട്രീം സൂചികയിലാക്കുന്നതിൽ അർത്ഥമില്ല. കൂടെ -f ഓപ്ഷൻ,
ഒന്നുകിൽ or (എന്നാൽ രണ്ടും അല്ല) '-' ആയിരിക്കാം. ഇത് പലപ്പോഴും പ്രത്യേകിച്ചും ഉപയോഗപ്രദമാണ്
വായിക്കാൻ സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഇൻപുട്ടിൽ നിന്ന്, കാരണം ഇത് അനിയന്ത്രിതമായ കമാൻഡ് ഉപയോഗിക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു
HMM പേരുകളുടെയോ പ്രവേശനങ്ങളുടെയോ ഒരു ലിസ്റ്റ് സൃഷ്‌ടിക്കുന്നതിനുള്ള ലൈൻ ഇൻവോക്കേഷനുകൾ, തുടർന്ന് അവയെല്ലാം പുതിയതിലേക്ക് കൊണ്ടുവരിക
ഫയൽ, ഒരു കമാൻഡ് ഉപയോഗിച്ച്.

സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി, ലഭിച്ച HMM-കൾ HMMER3 ഫോർമാറ്റിൽ സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട്പുട്ടിലേക്ക് പ്രിന്റ് ചെയ്യുന്നു.

ഓപ്ഷനുകൾ

-h സഹായം; കമാൻഡ് ലൈൻ ഉപയോഗത്തിന്റെയും ലഭ്യമായ എല്ലാ ഓപ്ഷനുകളുടെയും ഒരു ഹ്രസ്വ ഓർമ്മപ്പെടുത്തൽ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

-f രണ്ടാമത്തെ കമാൻഡ് ലൈൻ ആർഗ്യുമെന്റ് a ആണ് പകരം ഒറ്റ . ദി
ഓരോ വരിയിലും ആദ്യ ഫീൽഡ് വീണ്ടെടുക്കൽ ആയി ഉപയോഗിക്കുന്നു (ഒരു HMM പേര്
അല്ലെങ്കിൽ പ്രവേശനം). ശൂന്യമായ വരികളും കമന്റ് ലൈനുകളും (# പ്രതീകത്തിൽ ആരംഭിക്കുന്നവ) ആകുന്നു
അവഗണിച്ചു.

-o ഫയലിലേക്ക് HMM(കൾ) ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക സാധാരണ ഔട്ട്പുട്ടിനു പകരം.

-O പേരുനൽകിയ വ്യക്തിഗത ഫയലുകളിലേക്കുള്ള ഔട്ട്പുട്ട് HMM(കൾ). സാധാരണ ഔട്ട്പുട്ടിനു പകരം. കൂടെ
The -f ഓപ്ഷൻ, ഇത് നിരവധി ഫയലുകൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നതിന് കാരണമാകും.

--സൂചിക
ഒന്നോ അതിലധികമോ പ്രൊഫൈലുകൾ വീണ്ടെടുക്കുന്നതിന് പകരം , സൂചിക വേണ്ടി
ഭാവി വീണ്ടെടുക്കലുകൾ. ഇത് എ സൃഷ്ടിക്കുന്നു .ssi ബൈനറി സൂചിക ഫയൽ.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് hmmfetch ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക