Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator เด เดฒเตเดฒเตเดเตเดเดฟเตฝ MAC OS เดเตบเดฒเตเตป เดเดฎเตเดฒเตเดฑเตเดฑเตผ เดเดจเตเดจเดฟเดเตเดเดจเตเดฏเตเดณเตเดณ เดเดเตเดเดณเตเดเต เดเดจเตเดจเดฟเดฒเดงเดฟเดเด เดธเตเดเดจเตเดฏ เดเตบเดฒเตเตป เดตเตผเดเตเดเตเดธเตเดฑเตเดฑเตเดทเดจเตเดเดณเดฟเดฒเตเดจเตเดจเต เดเดชเดฏเตเดเดฟเดเตเดเต OnWorks เดธเตเดเดจเตเดฏ เดนเตเดธเตเดฑเตเดฑเดฟเดเดเต เดฆเดพเดคเดพเดตเดฟเตฝ เดชเตเดฐเดตเตผเดคเตเดคเดฟเดชเตเดชเดฟเดเตเดเดพเตป เดเดดเดฟเดฏเตเดจเตเดจ indexdb_rna เดเดฎเดพเตปเดกเต เดเดคเดพเดฃเต.
เดเดฌเตเดฃเตเดเตเดตเดฟเตฝ เดชเตเดฐเดตเตผเดคเตเดคเดฟเดชเตเดชเดฟเดเตเดเตเด
เดซเตเดกเตเดฑเดฏเดฟเตฝ เดชเตเดฐเดตเตผเดคเตเดคเดฟเดชเตเดชเดฟเดเตเดเตเด
เดตเดฟเตปเดกเตเดธเต เดธเดฟเดฎเตเดฎเดฟเตฝ เดชเตเดฐเดตเตผเดคเตเดคเดฟเดชเตเดชเดฟเดเตเดเตเด
MACOS เดธเดฟเดฎเดฟเตฝ เดชเตเดฐเดตเตผเดคเตเดคเดฟเดชเตเดชเดฟเดเตเดเตเด
เดชเดเตเดเดฟเด:
NAME
indexdb_rna - เดซเดฟเตฝเดเตเดเดฑเดฟเดเดเต, เดฎเดพเดชเตเดชเดฟเดเดเต, OTU-เดชเดฟเดเตเดเดฟเดเดเต NGS เดฑเตเดกเตเดเตพ (indexdb) เดเดจเตเดจเดฟเดตเดฏเตเดเตเดเตเดณเตเดณ เดเดชเดเดฐเดฃเด
เดธเดฟเดจเตเดชเตเดธเดฟเดธเต
indexdb_rna --ref db.fasta,db.idx [เดเดชเตเดทเดจเตเดเตพ]
เดตเดฟเดตเดฐเดฃเด
เดซเดฟเตฝเดเตเดเดฑเดฟเดเดเต, เดฎเดพเดชเตเดชเดฟเดเดเต, OTU-เดชเดฟเดเตเดเดฟเดเดเต เดเดจเตเดจเดฟเดตเดฏเตเดเตเดเตเดณเตเดณ เดเดฐเต เดฌเดฏเตเดณเดเดฟเดเตเดเตฝ เดธเตเดเตเดตเตปเดธเต เดตเดฟเดถเดเดฒเดจ เดเดชเดเดฐเดฃเดฎเดพเดฃเต SortMeRNA
NGS เดตเดพเดฏเดฟเดเตเดเตเดจเตเดจเต. เดเตเตผ เด เตฝเดเตเดฐเดฟเดคเด เดเดเดฆเตเดถ เดตเดฟเดคเตเดคเตเดเดณเต เด เดเดฟเดธเตเดฅเดพเดจเดฎเดพเดเตเดเดฟเดฏเตเดณเตเดณเดคเตเด เดตเตเดเดฎเตเดฑเดฟเดฏเดคเตเด เด เดจเตเดตเดฆเดฟเดเตเดเตเดจเตเดจเต
เดจเตเดฏเตเดเตเดฒเดฟเดฏเตเดเตเดกเต เดธเตเดเตเดตเตปเดธเตเดเดณเตเดเต เดธเตเตปเดธเดฟเดฑเตเดฑเตเดตเต เดตเดฟเดถเดเดฒเดจเดเตเดเตพ. SortMeRNA เดฏเตเดเต เดชเตเดฐเดงเดพเดจ เดเดชเตเดฒเดฟเดเตเดเตเดทเตป เดซเดฟเตฝเดเตเดเดฑเดฟเดเดเต เดเดฃเต
เดฎเตเดฑเตเดฑเดพเดเตเดฐเดพเตปเดธเตเดเตเดฐเดฟเดชเตเดฑเตเดฑเตเดฎเดฟเดเต เดกเดพเดฑเตเดฑเดฏเดฟเตฝ เดจเดฟเดจเตเดจเตเดณเตเดณ rRNA. เด เดงเดฟเด เดเดชเตเดฒเดฟเดเตเดเตเดทเดจเตเดเดณเดฟเตฝ OTU-เดชเดฟเดเตเดเดฟเดเดเตเด เดเตพเดชเตเดชเตเดเตเดจเตเดจเต
QIIME v1.9+ เดตเดดเดฟ เดเดพเดเตเดธเตเดฃเดฎเดฟ เด เดธเตเดจเตเดทเตป เดฒเดญเตเดฏเดฎเดพเดฃเต (http://qiime.org - v1.9.0-rc1).
SortMeRNA เดเตปเดชเตเดเตเดเดพเดฏเดฟ เดฑเตเดกเตเดเดณเตเดเต เดซเดฏเดฒเตเด (fasta เด เดฒเตเดฒเตเดเตเดเดฟเตฝ fastq เดซเตเตผเดฎเดพเดฑเตเดฑเตเด) เดเดจเตเดจเต เด เดคเดฟเดฒเดงเดฟเดเดฎเต rRNA เดเดเตเดเตเดเตเดจเตเดจเต
เดกเดพเดฑเตเดฑเดพเดฌเตเดธเต เดซเดฏเตฝ(เดเตพ), เดเตเดเดพเดคเต rRNA เดฏเตเด เดจเดฟเดฐเดธเดฟเดเตเด เดฑเตเดกเตเดเดณเตเด เดตเตเดฏเดเตเดคเดฎเดพเดเตเดเดฟเดฏ เดฐเดฃเตเดเต เดซเดฏเดฒเตเดเดณเดพเดฏเดฟ เด เดเตเดเตเดเตเดจเตเดจเต
เดเดชเดฏเตเดเตเดคเดพเดตเต. เดเดชเตเดทเดฃเดฒเดพเดฏเดฟ, เดเดคเดฟเดจเต rRNA เดฑเตเดกเตเดเดณเตเดเต เดเดฏเตผเดจเตเดจ เดจเดฟเดฒเดตเดพเดฐเดฎเตเดณเตเดณ เดชเตเดฐเดพเดฆเตเดถเดฟเด เดตเดฟเดจเตเดฏเดพเดธเดเตเดเตพ เดจเตฝเดเดพเตป เดเดดเดฟเดฏเตเด
rRNA เดกเดพเดฑเตเดฑเดพเดฌเตเดธเต. SortMeRNA Illumina, 454, Ion Torrent, PacBio เดกเดพเดฑเตเดฑ เดเดจเตเดจเดฟเดตเดฏเดฟเตฝ เดชเตเดฐเดตเตผเดคเตเดคเดฟเดเตเดเตเดจเตเดจเต, เดเตเดเดพเดคเต เดเดดเดฟเดฏเตเด
SAM, BLAST เดชเตเดฒเตเดณเตเดณ เดตเดฟเดจเตเดฏเดพเดธเดเตเดเตพ เดจเดฟเตผเดฎเตเดฎเดฟเดเตเดเตเด.
เดเดชเตเดทเดจเตเดเตพ
เดจเดฟเตผเดฆเตเดถเดเตเดเตพ เดเดชเตเดทเดจเตเดเตพ
--ref STRING,STRING
เดซเดพเดธเตเดฑเตเดฑ เดฑเดซเดฑเตปเดธเต เดซเดฏเตฝ, เดเตปเดกเดเตเดธเต เดซเดฏเตฝ
เดเดฆเดพเดนเดฐเดฃเด:
--ref /path/to/file1.fasta,/path/to/index1
เดเดจเตเดจเดฟเดฒเดงเดฟเดเด เดฑเดซเดฑเตปเดธเต เดธเตเดเตเดตเตปเดธเต เดซเดฏเดฒเตเดเตพ เดเดเดจเตเดจเตเดชเตเดเตเดเดฏเดพเดฃเตเดเตเดเดฟเตฝ, เด เดตเดฏเต ':' เดชเตเดฐเดเดพเดฐเด เดตเตเตผเดคเดฟเดฐเดฟเดเตเดเตเด
เดเดฆเดพเดนเดฐเดฃเด:
--ref /path/f1.fasta,/path/index1:/path/f2.fasta,path/index2
เดเดฃเตเดฃเดจเตเดฑเต เดเดชเตเดทเดจเตเดเตพ
--เดตเตเดเดค BOOL
~99% เด เดจเตเดฌเดจเตเดง เดธเตเดชเตเดทเตเดธเตเดเดณเต เดตเดฟเดจเตเดฏเดธเดฟเดเตเดเตเดจเตเดจเดคเดฟเดจเต เดจเดฟเตผเดฆเตเดฆเตเดถเดฟเดเตเด เดเดชเตเดทเตป (เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: เดเดซเต)
--เดธเตเตปเดธเดฟเดฑเตเดฑเตเดตเต BOOL
~75-98% เด เดจเตเดฌเดจเตเดง เดธเตเดชเตเดทเตเดธเตเดเดณเต เดตเดฟเดจเตเดฏเดธเดฟเดเตเดเตเดจเตเดจเดคเดฟเดจเต เดจเดฟเตผเดฆเตเดฆเตเดถเดฟเดเตเด เดเดชเตเดทเตป (เดกเดฟเดซเตเตพเดเตเดเต: เดเตบ)
--tmpdir เดธเตเดเตเดฐเดฟเดเดเต
เดคเดพเตฝเดเตเดเดพเดฒเดฟเด เดซเดฏเดฒเตเดเตพ เดเดดเตเดคเตเดฃเตเด เดกเดฏเดฑเดเตเดเดฑเดฟ
-m INT เดธเตเดเดฟเด เดจเดฟเตผเดฎเตเดฎเดฟเดเตเดเตเดจเตเดจเดคเดฟเดจเตเดณเตเดณ เดฎเตเดฎเตเดฎเดฑเดฟเดฏเตเดเต เด เดณเดตเต (เดเดเดฌเตเดฑเตเดฑเดฟเตฝ) (เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: 3072)
-L INT เดตเดฟเดคเตเดคเต เดจเตเดณเด (เดธเตเดฅเดฟเดฐเดธเตเดฅเดฟเดคเดฟ: 18)
--max_pos INT
เดเดฐเต เด เดฆเตเดตเดฟเดคเตเดฏ เดเตฝ-เดฎเตเดฑเดฟเดจเตเด เดธเดเดญเดฐเดฟเดเตเดเดพเตป เดชเดฐเดฎเดพเดตเดงเดฟ เดธเตเดฅเดพเดจเดเตเดเตพ (เดกเดฟเดซเตเตพเดเตเดเต: 10000, เดเตเดฐเดฎเตเดเดฐเดฃเด
--max_pos 0 เดเดฒเตเดฒเดพ เดธเตเดฅเดพเดจเดเตเดเดณเตเด เดธเดเดญเดฐเดฟเดเตเดเตเด)
-v BOOL
เดตเตเตผเดฌเตเดธเต
-h BOOL
เดธเดนเดพเดฏเดฟเดเตเดเต
onworks.net เดธเตเดตเดจเดเตเดเตพ เดเดชเดฏเตเดเดฟเดเตเดเต indexdb_rna เดเตบเดฒเตเดจเดพเดฏเดฟ เดเดชเดฏเตเดเดฟเดเตเดเตเด
