insegt - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

insegt - വ്യാഖ്യാനത്തോടൊപ്പം രണ്ടാം തലമുറ സീക്വൻസിങ് ഡാറ്റയെ വിഭജിക്കുന്നു

സിനോപ്സിസ്

ഉൾപ്പെടുത്തുക [ഓപ്‌ഷനുകൾ]

വിവരണം

RNA-Seq റീഡുകളുടെ (സിംഗിൾ-എൻഡ് അല്ലെങ്കിൽ ജോടി-എൻഡ്) വിന്യാസം വിശകലനം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഒരു ഉപകരണമാണ് INSEGT.
ജീൻ വ്യാഖ്യാനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച്.

INSEGT-ലേക്കുള്ള ഇൻപുട്ട് എന്നത് അലൈൻമെന്റുകൾ അടങ്ങുന്ന ഒരു SAM ഫയലാണ്
റഫറൻസ് ജീനോമിന്റെ വ്യാഖ്യാനങ്ങൾ, ഒന്നുകിൽ GFF അല്ലെങ്കിൽ GTF ഫോർമാറ്റിൽ.

-h, --സഹായിക്കൂ

ഈ സഹായ സന്ദേശം പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു.

--പതിപ്പ്

പതിപ്പ് വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുക

ഓപ്ഷനുകൾ::

-റോ, --റീഡ്-ഔട്ട്പുട്ട് FILE

റീഡ്-ഔട്ട്‌പുട്ടിനായുള്ള ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽനാമം, അതിൽ മാപ്പ് ചെയ്‌ത വ്യാഖ്യാനങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
അവരുടെ പാരന്റ് വ്യാഖ്യാനം. സാധുവായ ഫയൽ തരം: gff.

-ലേക്ക്, --anno-output FILE

GFF-ന് സമാനമായ വ്യാഖ്യാനങ്ങൾ അടങ്ങുന്ന anno-output-നുള്ള ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽനാമം
ഇൻപുട്ടും കൂടാതെ മാപ്പ് ചെയ്‌ത റീഡുകളുടെ എണ്ണവും നോർമലൈസ് ചെയ്‌ത എക്‌സ്‌പ്രഷനും
RPKM ലെ ലെവലുകൾ. സാധുവായ ഫയൽ തരം: gff.

-ടു, --tuple-output FILE

ട്യൂപ്പിൾ-ഔട്ട്‌പുട്ടിനുള്ള ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽനാമം, അതിൽ റീഡ്‌സ് അല്ലെങ്കിൽ കണക്‌റ്റ് ചെയ്‌ത എക്‌സോൺ ട്യൂപ്പിളുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
കൂട്ടുജോഡികൾ. സാധുവായ ഫയൽ തരം: gff.

-ഫോ, --ഫ്യൂഷൻ-ഔട്ട്പുട്ട് STR

ഫ്യൂഷൻ-ഔട്ട്‌പുട്ടിനുള്ള ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയൽനാമം, അതിൽ ജീൻ ഫ്യൂഷനുകളുടെ എക്‌സോൺ ട്യൂപ്പിൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
(വിപുലമായ ഓപ്ഷൻ, നിലവിൽ KNIME-ന് ഔട്ട്‌പുട്ട് പോർട്ട് ഇല്ല). gff-ൽ ഒന്ന്.

-n, --ന്റുപ്പിൾ INT

ntuple ഡിഫോൾട്ട്: 2.

-o, --ഓഫ്സെറ്റ്-ഇന്റർവെൽ INT

തിരയലിനായി ഹ്രസ്വ വിന്യാസ-ഇടവേളകളിലേക്ക് ഓഫ്‌സെറ്റ് ചെയ്യുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 5.

-t, --ത്രെഷോൾഡ് വിടവുകൾ INT

വിന്യാസത്തിൽ അനുവദനീയമായ വിടവുകൾക്കുള്ള ത്രെഷോൾഡ് (ഇൻട്രോണുകളല്ല). സ്ഥിരസ്ഥിതി: 5.

-c, --ത്രെഷോൾഡ്-കൗണ്ട് INT

മിനിറ്റിനുള്ള ത്രെഷോൾഡ്. ഔട്ട്പുട്ടിനുള്ള ട്യൂപ്പിളിന്റെ എണ്ണം. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 1.

-r, --threshold-rpkm ഇരട്ട

മിനിറ്റിനുള്ള ത്രെഷോൾഡ്. ഔട്ട്‌പുട്ടിനായി ട്യൂപ്പിളിന്റെ RPKM. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0.0.

-m, --max-tuple

maxTuple മാത്രം സൃഷ്‌ടിക്കുക (ഇവ മുഴുവൻ വായനയിലും വ്യാപിച്ചിരിക്കുന്നു).

-e, --കൃത്യമായ-എന്തുപ്പിൾ

കൃത്യമായ നീളം n ന്റെ ട്യൂപ്പിൾ മാത്രം സൃഷ്‌ടിക്കുക. ഡിഫോൾട്ടായി നൽകിയിരിക്കുന്ന ദൈർഘ്യം വരെയുള്ള എല്ലാ ട്യൂപ്പിളുകളും
കണക്കാക്കുന്നു (എങ്കിൽ -m സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു, -e അവഗണിക്കപ്പെടും).

-u, --അജ്ഞാത-ഓറിയന്റേഷൻ

വായനകളുടെ ഓറിയന്റേഷൻ അജ്ഞാതമാണ്.

ഉദാഹരണങ്ങൾ

insegt
ഉദാഹരണം/alignments.sam example/annotations.gff

സ്ഥിരസ്ഥിതി പാരാമീറ്ററുകളുള്ള ഉദാഹരണ ഫയലുകളിൽ INSEGT പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.

insegt -m ഉദാഹരണം/alignments.sam example/annotations.gff

ഉദാഹരണ ഫയലുകളിൽ INSEGT പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക, maxTuple മാത്രം കണക്കാക്കുക.

insegt -c 2 ഉദാഹരണം/alignments.sam example/annotations.gff

ഉദാഹരണ ഫയലുകളിൽ INSEGT പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക, ഒരു മിനിറ്റിനുള്ളിൽ tuple മാത്രം ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യുക. 2 എണ്ണം.

പതിപ്പ്

insegt പതിപ്പ്: 1.0 അവസാനമായി അപ്ഡേറ്റ് ചെയ്തത് 2012-09-11

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഇൻസെഗ്റ്റ് ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക