ipdSummary - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ipdSummary - ചലനാത്മക ഒപ്പുകളിൽ നിന്ന് ഡിഎൻഎ അടിസ്ഥാന-പരിഷ്കരണങ്ങൾ കണ്ടെത്തുക.

വിവരണം

kineticsTool ജീനോമിലെ ഓരോ സ്ഥാനത്തും നിരീക്ഷിച്ച IPD-കൾ ലോഡ് ചെയ്യുകയും ആ IPD-കളെ താരതമ്യം ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു.
പരിഷ്‌ക്കരിക്കാത്ത ഡിഎൻഎയ്‌ക്ക് പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന മൂല്യത്തിലേക്ക്, ഈ സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ ടെസ്റ്റിന്റെ ഫലം പുറത്തുവിടുന്നു.
പരിഷ്‌ക്കരിക്കാത്ത DNA-യ്‌ക്ക് പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന IPD മൂല്യം ഒന്നിൽ നിന്നും വരാം ഇൻ-സിലിക്കോ നിയന്ത്രണം അല്ലെങ്കിൽ ഒരു
വർദ്ധിപ്പിച്ചു നിയന്ത്രണം. ഇൻ സിലിക്കോ കൺട്രോൾ PacBio പരിശീലിപ്പിക്കുകയും ഷിപ്പ് ചെയ്യുകയും ചെയ്യുന്നു
പാക്കേജ്. കറന്റിനു ചുറ്റുമുള്ള ലോക്കൽ സീക്വൻസ് സന്ദർഭം ഉപയോഗിച്ച് IPD പ്രവചിക്കുമെന്ന് ഇത് പ്രവചിക്കുന്നു
സ്ഥാനം. പരിഷ്‌ക്കരിക്കാത്ത ഡിഎൻഎയെ ക്രമീകരിച്ച് ഒരു ആംപ്ലിഫൈഡ് കൺട്രോൾ ഡാറ്റാസെറ്റ് ജനറേറ്റുചെയ്യുന്നു
ടെസ്റ്റ് സാമ്പിളിന്റെ അതേ ക്രമം. ഒരു ആംപ്ലിഫൈഡ് കൺട്രോൾ സാമ്പിൾ സാധാരണയായി ജനറേറ്റുചെയ്യുന്നു
യഥാർത്ഥ സാമ്പിളിന്റെ മുഴുവൻ-ജീനോം ആംപ്ലിഫിക്കേഷൻ.

പരിഷ്കരണം കണ്ടെത്തൽ
kineticsTools-ന്റെ അടിസ്ഥാന മോഡ് ഓരോ സ്ഥാനത്തും IPD-കളുടെ ഒരു സ്വതന്ത്ര താരതമ്യം ചെയ്യുന്നു
ജീനോം, ഓരോ സ്ട്രാൻഡിനും, CSV, GFF എന്നിവയിലേക്ക് വിവിധ സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ പുറപ്പെടുവിക്കുന്നു (പ്രയോഗിച്ചതിന് ശേഷം
പ്രാധാന്യം ഫിൽട്ടർ).

മാറ്റങ്ങൾ തിരിച്ചറിയൽ
ചലനാത്മക ഉപകരണങ്ങൾ ഇതും ഉണ്ട് a പരിഷ്കരണം തിരിച്ചറിയൽ മോഡ് ആ കഴിയും ഡീകോഡ് ചെയ്യുക മൾട്ടി-സൈറ്റ് IPD
'വിരലടയാളം' കടന്നു a കുറച്ചു ഗണം of കോളുകൾ of പ്രത്യേക പരിഷ്ക്കരണങ്ങൾ. ഈ സവിശേഷത ഉണ്ട് The
പിന്തുടരുന്ന ആനുകൂല്യങ്ങൾ:

ഒരേ അടിത്തറയിൽ സംഭവിക്കുന്ന വ്യത്യസ്‌ത പരിഷ്‌ക്കരണങ്ങൾ വേർതിരിച്ചറിയാൻ കഴിയും
ഉദാഹരണം m5C, m4C)

· ഒരു പരിഷ്ക്കരണത്തിൽ നിന്നുള്ള സിഗ്നൽ ഒരു സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കിലേക്ക് കൂട്ടിച്ചേർക്കുന്നു, മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നു
സെൻസിറ്റിവിറ്റി, അധിക കൊടുമുടികൾ നീക്കം ചെയ്യുക, കോൾ ശരിയായി കേന്ദ്രീകരിക്കുക

ഓപ്ഷനുകൾ

ദയവായി ഈ പ്രോഗ്രാമിനെ വിളിക്കുക --സഹായിക്കൂ ലഭ്യമായ ഓപ്ഷനുകൾ കാണാൻ.

അൽഗോരിതം

സിന്തറ്റിക് നിയന്ത്രണ
ഐപിഡിയും സീക്വൻസ് സന്ദർഭവും തമ്മിലുള്ള ബന്ധത്തെക്കുറിച്ചുള്ള പഠനങ്ങൾ വെളിപ്പെടുത്തുന്നു
ഒരു ജീനോമിൽ ഉടനീളമുള്ള ശരാശരി IPD-യിലെ വ്യത്യാസം 12-ബേസ് സീക്വൻസ് സന്ദർഭത്തിൽ നിന്ന് പ്രവചിക്കാം.
ഡിഎൻഎ പോളിമറേസിന്റെ സജീവ സൈറ്റിന് ചുറ്റും. പ്രസക്തമായ സന്ദർഭത്തിന്റെ അതിരുകൾ
വിൻഡോയിൽ കാണുന്നത് പോലെ പോളിമറേസുമായി സമ്പർക്കം പുലർത്തുന്ന ഡിഎൻഎ വിൻഡോയുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു
ഡിഎൻഎ/പോളിമറേസ് ക്രിസ്റ്റൽ ഘടനകൾ. ഡിഎൻഎ പരിഷ്കാരങ്ങൾ കണ്ടെത്തുന്ന പ്രക്രിയ ലളിതമാക്കാൻ
PacBio ഡാറ്റയ്‌ക്കൊപ്പം, ടൂളിൽ പ്രീ-ട്രെയിൻഡ് ലുക്ക്അപ്പ് ടേബിൾ മാപ്പിംഗ് 12-mer DNA ഉൾപ്പെടുന്നു
C2 രസതന്ത്രത്തിൽ നിരീക്ഷിക്കപ്പെടുന്ന IPD-കളെ അർത്ഥമാക്കുന്ന ക്രമങ്ങൾ.

അരിക്കല് ഒപ്പം ട്രിം ചെയ്യുന്നു
kineticsTools BLASR സൃഷ്ടിച്ചതും cmp.h5 ഫയലിൽ സംഭരിച്ചിരിക്കുന്നതുമായ മാപ്പിംഗ് ക്യുവി ഉപയോഗിക്കുന്നു
ആത്മവിശ്വാസത്തോടെ മാപ്പ് ചെയ്യാത്ത വായനകൾ അവഗണിക്കുക. ഡിഫോൾട്ട് മിനിമം മാപ്പിംഗ് QV ആവശ്യമാണ്
10, BLASR ഉണ്ടെന്ന് സൂചിപ്പിക്കുന്നു 90\% വായന ശരിയായി മാപ്പ് ചെയ്തിട്ടുണ്ടെന്ന ആത്മവിശ്വാസം. കാരണം
PacBio ഡാറ്റയിൽ അന്തർലീനമായ റീഡ്ലെങ്ഥുകളുടെ ശ്രേണി ഇത് ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ മാറ്റാവുന്നതാണ്
--mapQvThreshold കമാൻഡ് ലൈൻ ആർഗ്യുമെന്റ്, അല്ലെങ്കിൽ SMRTPortal കോൺഫിഗറേഷൻ ഡയലോഗ് വഴി
പരിഷ്കരണം കണ്ടെത്തൽ.

PacBio ഡാറ്റയുടെ ചില സവിശേഷതകളുണ്ട്, അത് നേടുന്നതിന് പ്രത്യേക ശ്രദ്ധ ആവശ്യമാണ്
നല്ല പരിഷ്ക്കരണ കണ്ടെത്തൽ പ്രകടനം. kineticsTools തമ്മിലുള്ള വിന്യാസം പരിശോധിക്കുന്നു
നിരീക്ഷിച്ച ബേസുകളും റഫറൻസ് സീക്വൻസും -- ഒരു IPD അളക്കുന്നതിന് വേണ്ടി
വിശകലനത്തിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്, PacBio റീഡ് സീക്വൻസ് റഫറൻസ് സീക്വൻസുമായി പൊരുത്തപ്പെടണം k
കോഗ്നേറ്റ് അടിത്തറയ്ക്ക് ചുറ്റും. നിലവിലെ മൊഡ്യൂളിൽ k = 1 ചില സ്ഥലങ്ങളിൽ IPD വിതരണം
സെൻസിറ്റീവ് ആയ 'സാധാരണ' ഇൻകോർപ്പറേഷൻ പ്രക്രിയ IPD തമ്മിലുള്ള ഒരു മിശ്രിതമായി കരുതപ്പെടുന്നു
ലോക്കൽ സീക്വൻസ് സന്ദർഭത്തിലേക്കും ഡിഎൻഎ പരിഷ്‌ക്കരണങ്ങളിലേക്കും മലിനമാക്കുന്ന 'താൽക്കാലിക' പ്രക്രിയയിലേക്കും
IPD വളരെ ദൈർഘ്യമേറിയതാണ് (അർത്ഥം > സാധാരണയേക്കാൾ 10 മടങ്ങ് കൂടുതൽ), എന്നാൽ അപൂർവ്വമായി സംഭവിക്കുന്നു
(IPD-കളുടെ ~1%). ശ്രദ്ധിക്കുക: താൽക്കാലികമായി നിർത്തുന്നത് ഉപയോഗപ്രദമല്ല എന്നതാണ് ഞങ്ങളുടെ നിലവിലെ ധാരണ
ഡിഎൻഎയുടെ മെഥിലേഷൻ അവസ്ഥയെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ, എന്നിരുന്നാലും കൂടുതൽ സൂക്ഷ്മമായ വിശകലനം വേണ്ടിവന്നേക്കാം
വാറന്റി. ഇതിന്റെ ഏകദേശം 1% ഗണ്യമായി വർദ്ധിപ്പിക്കുന്ന പരിഷ്കാരങ്ങൾ ശ്രദ്ധിക്കുക
നിരീക്ഷിച്ച IPD-കൾ താൽക്കാലികമായി നിർത്തുന്ന ഇവന്റുകൾ വഴി സൃഷ്ടിക്കപ്പെടുന്നു. ആഗോള 99-ാമത് ഐപിഡികൾ ക്യാപ്പിംഗ് നിരീക്ഷിച്ചു
ശക്തമായ അനുമാന പരിശോധനയിൽ നിന്നുള്ള സിദ്ധാന്തത്താൽ പെർസെൻറ്റൈൽ പ്രചോദിതമാണ്. ചില സീക്വൻസ് സന്ദർഭങ്ങൾ
സ്വാഭാവികമായും ദൈർഘ്യമേറിയ IPD-കൾ ഉണ്ടായിരിക്കാം, അത്തരം സന്ദർഭങ്ങളിൽ വളരെയധികം ഡാറ്റ ക്യാപ് ചെയ്യുന്നത് ഒഴിവാക്കാൻ, തൊപ്പി
ത്രെഷോൾഡ് ഇനിപ്പറയുന്ന രീതിയിൽ സന്ദർഭത്തിനനുസരിച്ച് ക്രമീകരിച്ചിരിക്കുന്നു: capThreshold = max(global99,
5*മാതൃക പ്രവചനം, ശതമാനം (ipd നിരീക്ഷണങ്ങൾ, 75))

സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ ടെസ്റ്റിംഗ്
സാമ്പിളിലെ ഒരു പ്രത്യേക ലോക്കസിൽ നിരീക്ഷിച്ച IPD-കൾക്ക് എ ഉണ്ടെന്ന അനുമാനം ഞങ്ങൾ പരിശോധിക്കുന്നു
പരിഷ്‌ക്കരിക്കാത്ത ഡിഎൻഎയിൽ ഒരേ സ്ഥലത്ത് നിരീക്ഷിക്കപ്പെടുന്ന ഐപിഡികളേക്കാൾ ദൈർഘ്യമേറിയ മാർഗങ്ങൾ. ഞങ്ങൾ സൃഷ്ടിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ
ഡിഎൻഎ പരിഷ്‌ക്കരണങ്ങൾ നീക്കം ചെയ്യുന്ന ഒരു ഹോൾ ജീനോം ആംപ്ലിഫൈഡ് ഡാറ്റാസെറ്റ്, ഞങ്ങൾ ഒരു കേസ് കൺട്രോൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു,
രണ്ട്-സാമ്പിൾ ടി-ടെസ്റ്റ്. ഈ ടൂൾ പ്രീ-കാലിബ്രേറ്റഡ് 'സിന്തറ്റിക് കൺട്രോൾ' മോഡലും നൽകുന്നു
12 ബേസ് സീക്വൻസ് സന്ദർഭം നൽകിയ, പരിഷ്‌ക്കരിക്കാത്ത IPD പ്രവചിക്കുന്നു. സിന്തറ്റിക് ൽ
കൺട്രോൾ കേസിൽ ഞങ്ങൾ ഒരു സാമ്പിൾ ടി-ടെസ്റ്റ് ഉപയോഗിക്കുന്നു, പിശക് കണക്കിലെടുക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു ക്രമീകരണം
സിന്തറ്റിക് നിയന്ത്രണ മോഡൽ.

ഇൻപുട്ടുകൾ

aligned_reads.cmp.h5
ഒരു സ്റ്റാൻഡേർഡ് cmp.h5 ഫയലിൽ വിന്യാസങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു, കൂടാതെ IPD വിവരങ്ങൾ കൈനറ്റിക് ഡാറ്റ നൽകുന്നു
പരിഷ്ക്കരണ കണ്ടെത്തൽ നടത്താൻ ഉപയോഗിക്കുന്നു. ഒരു SMRTportal ജോലികളുടെ സ്റ്റാൻഡേർഡ് cmp.h5 ഫയൽ ആണ്
data/aligned_read.cmp.h5.

അവലംബം അനുക്രമം
അലൈൻമെന്റുകൾ നടത്താൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന റഫറൻസ് സീക്വൻസ് ടൂളിന് ആവശ്യമാണ്. നിലവിൽ ഇത് നിർബന്ധമാണ്
ഒരു SMRT പോർട്ടൽ റഫറൻസ് റിപ്പോസിറ്ററി എൻട്രിയിലേക്കുള്ള പാത വഴി വിതരണം ചെയ്യും.

U ട്ട്‌പുട്ടുകൾ

മോഡിഫിക്കേഷൻ ഡിറ്റക്ഷൻ ടൂൾ അനുയോജ്യമായ വിവിധ ഫോർമാറ്റുകളിൽ ഫലങ്ങൾ നൽകുന്നു
ആഴത്തിലുള്ള സ്റ്റാറ്റിസ്റ്റിക്കൽ വിശകലനം, ദ്രുത റഫറൻസ്, വിഷ്വലൈസേഷൻ ടൂളുകൾ വഴിയുള്ള ഉപഭോഗം
PacBio SMRTView പോലുള്ളവ. ഫലങ്ങൾ പൊതുവെ റഫറൻസ് സ്ഥാനം അനുസരിച്ച് സൂചികയിലാക്കുന്നു
റഫറൻസ് സ്ട്രാൻഡ്. എല്ലാ സാഹചര്യങ്ങളിലും സ്‌ട്രാൻഡ് മൂല്യം എന്നത് ചരക്ക് വഹിക്കുന്ന സ്‌ട്രാൻഡിനെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു
ഡിഎൻഎ സാമ്പിളിൽ മാറ്റം. പരിഷ്‌ക്കരണത്തിന്റെ ചലനാത്മക ഫലമാണെന്ന് ഓർമ്മിക്കുക
വിപരീത സ്ട്രോണ്ടിലേക്ക് വിന്യസിക്കുന്ന റീഡ് സീക്വൻസുകളിൽ നിരീക്ഷിക്കപ്പെടുന്നു. അങ്ങനെ വിന്യസിക്കുന്നു വായിക്കുന്നു
പോസിറ്റീവ് സ്‌ട്രാൻഡ് നെഗറ്റീവ് സ്‌ട്രാൻഡിലെ പരിഷ്‌ക്കരണത്തെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ വഹിക്കുന്നു
നേരെമറിച്ച്, എന്നാൽ ഈ ടൂൾകിറ്റിൽ ഞങ്ങൾ എല്ലായ്പ്പോഴും പുട്ടേറ്റീവ് അടങ്ങിയ സ്ട്രാൻഡ് റിപ്പോർട്ടുചെയ്യുന്നു
പരിഷ്‌ക്കരണം.

modifications.csv
modifications.csv ഫയലിൽ ഓരോ (റഫറൻസ് സ്ഥാനം, സ്‌ട്രാൻഡ്) ജോഡിക്കും ഒരു വരി അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
കുറഞ്ഞത് x കവറേജുള്ള ഡാറ്റാസെറ്റിൽ പ്രത്യക്ഷപ്പെട്ടത്. x സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി 3 ആണ്, എന്നാൽ അങ്ങനെയാണ്
ipdSummary.py ലേക്ക് '--minCoverage' ഫ്ലാഗ് ഉപയോഗിച്ച് ക്രമീകരിക്കാവുന്നതാണ്. റഫറൻസ് സ്ഥാന സൂചികയാണ്
1-അടിസ്ഥാനത്തിലുള്ള gff ഫയലുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നതിന് R പരിസ്ഥിതി.

ഔട്ട്പുട്ട് നിരകൾ
ഇൻ-സിലിക്കോ നിയന്ത്രണം മോഡ്

┌────────────────┬──────────────────────────────── ──┐
│നിര │ വിവരണം │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│refId │ ഇതിന്റെ റഫറൻസ് സീക്വൻസ് ഐഡി │
│ │ നിരീക്ഷണം │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│tpl │ 1-അടിസ്ഥാന ടെംപ്ലേറ്റ് സ്ഥാനം │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│strand │ നേറ്റീവ് സാമ്പിൾ സ്ട്രാൻഡ് എവിടെ │
│ │ ചലനാത്മകത സൃഷ്ടിച്ചു. '0' ആണ് │
│ │ ഒറിജിനൽ │
│ │ ഫാസ്റ്റ, '1' എന്നത് എതിർ സ്ട്രോണ്ടാണ്
│ │ ഫാസ്റ്റയിൽ നിന്ന് │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│ബേസ് │ ഇതിലെ കോഗ്നേറ്റ് ബേസ് │
│ │ റഫറൻസിലെ സ്ഥാനം │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│സ്കോർ │ Phred-transformed pvalue that a │
│ │ ഇതിൽ ചലനാത്മക വ്യതിയാനം നിലവിലുണ്ട് │
│ │ സ്ഥാനം │
└────────────────┴──────────────────────────────── ──┘

│tMean │ നോർമലൈസ് ചെയ്ത IPD-കളുടെ പരിമിതമായ ശരാശരി │
│ │ ഈ സ്ഥാനത്ത് നിരീക്ഷിച്ചു │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│tErr │ ക്യാപ്ഡ് സ്റ്റാൻഡേർഡ് പിശക് │
│ │ നോർമലൈസ് ചെയ്ത IPD-കൾ ഇതിൽ നിരീക്ഷിച്ചു │
│ │ സ്ഥാനം (സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡീവിയേഷൻ / │
│ │ sqrt(കവറേജ്) │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│modelPrediction │ നോർമലൈസ് ചെയ്ത ശരാശരി IPD പ്രവചിച്ചത് │
│ │ എന്നതിനായുള്ള സിന്തറ്റിക് കൺട്രോൾ മോഡൽ
│ │ ഈ സീക്വൻസ് സന്ദർഭം │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│ipdRatio │ tMean / modelPrediction │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│കവറേജ് │ ഇതിൽ സാധുവായ IPD-കളുടെ എണ്ണം │
│ │ സ്ഥാനം (ഫിൽട്ടറിംഗ് വിഭാഗം കാണുക
│ │ വിശദാംശങ്ങൾക്ക്) │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│ ഫ്രാക്ക് │ │ ന്റെ ഭിന്നസംഖ്യയുടെ എസ്റ്റിമേറ്റ്
│ │ വഹിക്കുന്ന തന്മാത്രകൾ
│ │ പരിഷ്ക്കരണം │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│fracLow │ 2.5% ആത്മവിശ്വാസം പരിമിതപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നു │
│ │ എസ്റ്റിമേറ്റ് │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│fracUpp │ 97.5% വിശ്വാസബന്ധം ഫ്രാക്ക് │
│ │ എസ്റ്റിമേറ്റ് │
└────────────────┴──────────────────────────────── ──┘

കേസ്-നിയന്ത്രണം മോഡ്

┌────────────────┬──────────────────────────────── ──┐
│നിര │ വിവരണം │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│refId │ ഇതിന്റെ റഫറൻസ് സീക്വൻസ് ഐഡി │
│ │ നിരീക്ഷണം │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│tpl │ 1-അടിസ്ഥാന ടെംപ്ലേറ്റ് സ്ഥാനം │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│strand │ നേറ്റീവ് സാമ്പിൾ സ്ട്രാൻഡ് എവിടെ │
│ │ ചലനാത്മകത സൃഷ്ടിച്ചു. '0' ആണ് │
│ │ ഒറിജിനൽ │
│ │ ഫാസ്റ്റ, '1' എന്നത് എതിർ സ്ട്രോണ്ടാണ്
│ │ ഫാസ്റ്റയിൽ നിന്ന് │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│ബേസ് │ ഇതിലെ കോഗ്നേറ്റ് ബേസ് │
│ │ റഫറൻസിലെ സ്ഥാനം │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│സ്കോർ │ Phred-transformed pvalue that a │
│ │ ഇതിൽ ചലനാത്മക വ്യതിയാനം നിലവിലുണ്ട് │
│ │ സ്ഥാനം │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│caseMean │ നോർമലൈസ്ഡ് കേസ് IPD-കളുടെ ശരാശരി │
│ │ ഈ സ്ഥാനത്ത് നിരീക്ഷിച്ചു │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│controlMean │ നോർമലൈസ്ഡ് കൺട്രോൾ IPD-കളുടെ ശരാശരി │
│ │ ഈ സ്ഥാനത്ത് നിരീക്ഷിച്ചു │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│caseStd │ കേസ് IPD-കളുടെ സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡീവിയേഷൻ │
│ │ ഈ സ്ഥാനത്ത് നിരീക്ഷിച്ചു │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│controlStd │ നിയന്ത്രണത്തിന്റെ സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡീവിയേഷൻ │
│ │ ഈ സ്ഥാനത്ത് നിരീക്ഷിച്ച IPD │
└────────────────┴──────────────────────────────── ──┘

│ipdRatio │ tMean / modelPrediction │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│testStatistic │ t-test statistic │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│കവറേജ് │ കേസിന്റെയും നിയന്ത്രണത്തിന്റെയും അർത്ഥം │
│ │ കവറേജ് │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│controlCoverage │ സാധുവായ നിയന്ത്രണ IPD-കളുടെ എണ്ണം │
│ │ ഈ സ്ഥാനം (ഫിൽട്ടറിംഗ് │ കാണുക
വിശദാംശങ്ങൾക്ക് │ │ വിഭാഗം) │
├────────────────┼──────────────────────────────── ──┤
│കേസ് കവറേജ് │ ഇതിൽ സാധുവായ കേസ് ഐപിഡികളുടെ എണ്ണം │
│ │ സ്ഥാനം (ഫിൽട്ടറിംഗ് വിഭാഗം കാണുക
│ │ വിശദാംശങ്ങൾക്ക്) │
└────────────────┴──────────────────────────────── ──┘

modifications.gff
modifications.gff GFF പതിപ്പ് 3 സ്പെസിഫിക്കേഷനുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു (-
http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml). ഓരോ ടെംപ്ലേറ്റ് സ്ഥാനവും / സ്‌ട്രാൻഡ് ജോഡിയും
p-മൂല്യം pvalue പരിധി കവിയുന്നു, ഒരു വരിയായി ദൃശ്യമാകുന്നു. ടെംപ്ലേറ്റ് സ്ഥാനം 1 അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണ്,
GFF സ്പെസിഫിക്കേഷൻ പ്രകാരം. സ്‌ട്രാൻഡ് കോളം എന്നത് കണ്ടെത്തിയതിനെ വഹിക്കുന്ന സ്‌ട്രാൻഡിനെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു
പരിഷ്‌ക്കരണം, ഇത് പരിഷ്‌ക്കരണം കണ്ടുപിടിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്നതിൽ നിന്ന് വിപരീത സ്‌ട്രാൻഡാണ്. ദി
GFF കോൺഫിഡൻസ് കോളം ഒരു ഫ്രെഡ് രൂപാന്തരപ്പെട്ട കണ്ടെത്തലിന്റെ മൂല്യമാണ്.

കുറിപ്പ് on ജനിതകമാറ്റം ബ്രൌസർ അനുയോജ്യത

modifications.gff ഫയൽ മിക്ക ജീനോം ബ്രൗസറുകളിലും നേരിട്ട് പ്രവർത്തിക്കില്ല. നിങ്ങൾ ഇത് ചെയ്യും
GFF ഫയലിന്റെ ഒരു പകർപ്പ് ഉണ്ടാക്കി _seqid_ നിരകൾ പരിവർത്തനം ചെയ്യേണ്ടതുണ്ട്
ഒറിജിനലിൽ നിലവിലുള്ള ഫാസ്റ്റ ഹെഡറുകളിലേക്ക് PacBio സൃഷ്ടിച്ച ജനറിക് 'ref0000x' പേരുകൾ
റഫറൻസ് ഫാസ്റ്റ ഫയൽ. modifications.gff എന്ന തലക്കെട്ടിലാണ് മാപ്പിംഗ് ടേബിൾ എഴുതിയിരിക്കുന്നത്
ഫയലിൽ പ്രവേശിക്കുക #സീക്വൻസ്-ഹെഡർ ടാഗുകൾ. 1.4 പതിപ്പിൽ ഈ പ്രശ്നം പരിഹരിക്കപ്പെടും
ചലനാത്മക ഉപകരണങ്ങൾ.

GFF ഫയലിന്റെ സഹായ ഡാറ്റ കോളത്തിൽ ഉപയോഗപ്രദമായേക്കാവുന്ന മറ്റ് സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
താഴത്തെ വിശകലനം അല്ലെങ്കിൽ ഫിൽട്ടറിംഗ്. പ്രത്യേകിച്ചും ഉപയോഗിച്ച വായനകളുടെ കവറേജ് ലെവൽ
കോൾ ചെയ്യുക, കൂടാതെ സൈറ്റിനെ ചുറ്റിപ്പറ്റിയുള്ള +/- 20bp സീക്വൻസ് സന്ദർഭം.

┌─────────────────────────
│നിര │ വിവരണം │
──────────────────────
│seqid │ Fasta contig പേര് │
──────────────────────
│source │ ടൂളിന്റെ പേര് -- 'kinModCall' │
──────────────────────
│തരം │ പരിഷ്ക്കരണ തരം -- ൽ │
│ │ തിരിച്ചറിയൽ മോഡ് ഇതായിരിക്കും │
തിരിച്ചറിഞ്ഞ │ │ m6A, m4C, അല്ലെങ്കിൽ m5C
│ │ അടിസ്ഥാനങ്ങൾ, അല്ലെങ്കിൽ പൊതുവായ ടാഗ് │
│ │ 'modified_base' ഒരു ചലനാത്മകമാണെങ്കിൽ │
│ │ അല്ലാത്ത ഇവന്റ് കണ്ടെത്തി
│ │ അറിയപ്പെടുന്ന പരിഷ്‌ക്കരണവുമായി പൊരുത്തപ്പെടുത്തുക │
│ │ ഒപ്പ് │
──────────────────────
│ആരംഭിക്കുക │ കോൺടിഗിലെ പരിഷ്ക്കരണ സ്ഥാനം │
──────────────────────
│അവസാനം │ കോൺടിഗിലെ പരിഷ്ക്കരണ സ്ഥാനം │
──────────────────────
│സ്കോർ │ │ എന്നതിന്റെ p-മൂല്യം Phred രൂപാന്തരപ്പെട്ടു
│ │ കണ്ടെത്തൽ - ഇതാണ് │
│ │ സിംഗിൾ-സൈറ്റ് കണ്ടെത്തൽ p-value │
──────────────────────
│strand │ │ അടങ്ങുന്ന സാമ്പിൾ സ്ട്രാൻഡ്
│ │ പരിഷ്ക്കരണം │
└──────────┴────────────

│ഘട്ടം │ ബാധകമല്ല │
──────────────────────
│ആട്രിബ്യൂട്ടുകൾ │ ബേസിന് പ്രസക്തമായ അധിക ഫീൽഡുകൾ │
│ │ മോഡുകൾ. IPDRatio പരമ്പരാഗതമാണ് │
│ │ IPDRatio, സന്ദർഭം │ ആണ്
│ │ റഫറൻസ് സീക്വൻസ് -20bp മുതൽ │ വരെ
പരിഷ്ക്കരണത്തിന് ചുറ്റും │ │ +20bp, │
│ │ കൂടാതെ കവറേജ് ലെവൽ ആണ് നമ്പർ │
│ │-ന് ശേഷം ഉപയോഗിച്ച IPD നിരീക്ഷണങ്ങളുടെ │
│ │ മാപ്പിംഗ് QV ഫിൽട്ടറിംഗ് കൂടാതെ │
│ │ കൃത്യത ഫിൽട്ടറിംഗ്. വരി എങ്കിൽ │
│ │ തിരിച്ചറിഞ്ഞതിൽ നിന്നുള്ള ഫലങ്ങൾ
│ │ പരിഷ്‌ക്കരണം ഞങ്ങൾ ഒരു │ കൂടി ഉൾപ്പെടുത്തുന്നു
│ │ │ ഐഡന്റിഫിക്കേഷൻ ക്യുവി ടാഗ്
│ │ പരിഷ്ക്കരണത്തിൽ നിന്ന് │
│ │ തിരിച്ചറിയൽ നടപടിക്രമം. │
│ │ ഐഡന്റിഫിക്കേഷൻQv എന്നത് │ ആണ്
│ │ │ phred-രൂപാന്തരപ്പെട്ട പ്രോബബിലിറ്റി
│ │ ഒരു തെറ്റായ തിരിച്ചറിയൽ, │
│ │ എന്ന് തിരിച്ചറിഞ്ഞ അടിസ്ഥാനങ്ങൾ
│ │ ഒരു പ്രത്യേക │ ഉള്ളത്
│ │ പരിഷ്ക്കരണം. frac, fracLow, │
│ │ fracUp കണക്കാക്കിയതാണ് │
│ │ വഹിക്കുന്ന തന്മാത്രകളുടെ അംശം │
│ │ പരിഷ്ക്കരണം, കൂടാതെ 5% │
│ │ വിശ്വാസ ഇടവേളകൾ
│ │ എസ്റ്റിമേറ്റ്. മെഥൈലേറ്റഡ് │
│ │ ഫ്രാക്ഷൻ എസ്റ്റിമേഷൻ ഒരു │ ആണ്
│ │ ബീറ്റാ-ലെവൽ സവിശേഷത, കൂടാതെ │
│ │ പര്യവേക്ഷണത്തിന് മാത്രം ഉപയോഗിക്കും │
│ │ ഉദ്ദേശ്യങ്ങൾ. │
└──────────┴────────────

motifs.gff
മോട്ടിഫ് ഫൈൻഡർ ടൂൾ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുകയാണെങ്കിൽ, അത് motifs.gff ജനറേറ്റ് ചെയ്യും, അത് പുനഃസംസ്കരിച്ച പതിപ്പാണ്.
ഇനിപ്പറയുന്ന മാറ്റങ്ങളോടെ modifications.gff. a-യിൽ കണ്ടെത്തിയ മാറ്റം സംഭവിക്കുകയാണെങ്കിൽ
മോട്ടിഫ് ഫൈൻഡർ മോട്ടിഫ് കണ്ടെത്തി, മോഡിഫ് ഡാറ്റ ഉപയോഗിച്ച് പരിഷ്‌ക്കരണം വ്യാഖ്യാനിക്കുന്നു. എ
മോട്ടിഫ് സ്ട്രിംഗ് അടങ്ങിയ 'motif' ആട്രിബ്യൂട്ട് ചേർത്തു, കൂടാതെ ഒരു ആട്രിബ്യൂട്ട് 'id' ചേർത്തു
ജോടിയാക്കാത്ത മോട്ടിഫുകൾക്കുള്ള മോട്ടിഫ് സ്ട്രിംഗ് ആയ മോട്ടിഫ് ഐഡി അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
ജോടിയാക്കിയ മോട്ടിഫുകൾക്കായി 'motifString1/motifString2'. ജീനോമിൽ ഒരു മോട്ടിഫ് ഉദാഹരണം നിലവിലുണ്ടെങ്കിൽ,
എന്നാൽ modifications.gff-ൽ കണ്ടെത്തിയില്ല, motifs.gff-ലേക്ക് ഒരു എൻട്രി ചേർത്തിരിക്കുന്നു, ഇത് സൂചിപ്പിക്കുന്നത്
ആ രൂപത്തിന്റെ സാന്നിധ്യവും ആ സൈറ്റിൽ നിരീക്ഷിക്കപ്പെട്ട ചലനാത്മകതയും.

motif_summary.csv
മോട്ടിഫ് ഫൈൻഡർ ടൂൾ റൺ ചെയ്യുകയാണെങ്കിൽ, പരിഷ്കരിച്ചതിനെ സംഗ്രഹിച്ച് motif_summary.csv ജനറേറ്റ് ചെയ്യപ്പെടും.
ഉപകരണം കണ്ടെത്തിയ രൂപരേഖകൾ. CSV-യിൽ കണ്ടെത്തിയ ഓരോ മോട്ടിഫിലും ഒരു വരി അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
താഴെയുള്ള നിരകൾ

┌───────────────────┬───────────────────────────── ─────┐
│നിര │ വിവരണം │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│motifString │ മോട്ടിഫ് സീക്വൻസ് കണ്ടെത്തി │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│centerPos │ │ ന്റെ മോട്ടിഫിൽ സ്ഥാനം
│ │ പരിഷ്ക്കരണം (0-അടിസ്ഥാനത്തിൽ) │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│അംശം │ ഇതിന്റെ ഉദാഹരണങ്ങളുടെ അംശം │
│ │ മുകളിൽ പരിഷ്‌ക്കരണ QV ഉള്ള മോട്ടിഫ് │
│ │ QV ത്രെഷോൾഡ് │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│nDetected │ ഇതിന്റെ ഉദാഹരണങ്ങളുടെ എണ്ണം │
│ │ മുകളിലെ ത്രെഷോൾഡുള്ള മോട്ടിഫ് │
└───────────────────┴───────────────────────────── ─────┘

│nGenome │ ഇതിന്റെ ഉദാഹരണങ്ങളുടെ എണ്ണം │
│ │ റഫറൻസ് സീക്വൻസിലുള്ള മോട്ടിഫ് │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│groupTag │ മോട്ടിഫിനെ തിരിച്ചറിയുന്ന ഒരു സ്ട്രിംഗ് │
│ │ ഗ്രൂപ്പിംഗ്. ജോടിയാക്കിയ മോട്ടിഫുകൾക്ക് ഇത് │
│ │ ആണ് │
│ │ " / ", │
│ │ ജോടിയാക്കാത്ത മോട്ടിഫുകൾക്ക് ഇത് തുല്യമാണ് │
│ │ motifString │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│partnerMotifString │ motifString of paired motif │
│ │ (മോട്ടിഫ് │
│ │ റിവേഴ്സ് കോംപ്ലിമെന്ററി │
│ │ motifString) │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│meanScore │ കണ്ടെത്തിയതിന്റെ ശരാശരി പരിഷ്ക്കരണ Qv │
│ │ സന്ദർഭങ്ങൾ │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│meanIpdRatio │ കണ്ടെത്തിയതിന്റെ ശരാശരി IPD അനുപാതം │
│ │ സന്ദർഭങ്ങൾ │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│മീൻ കവറേജ് │ കണ്ടെത്തിയതിന്റെ ശരാശരി കവറേജ് │
│ │ സന്ദർഭങ്ങൾ │
├───────────────────┼───────────────────────────── ─────┤
│ഒബ്ജക്റ്റീവ് സ്കോർ │ ഈ മോട്ടിഫിന്റെ ഒബ്ജക്റ്റീവ് സ്കോർ │
│ │ മോട്ടിഫ് ഫൈൻഡർ അൽഗോരിതം │
└───────────────────┴───────────────────────────── ─────┘

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ipdSummary ഓൺലൈനിൽ ഉപയോഗിക്കുക