kmer-mask - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

kmer-mask - kmer ഉള്ളടക്കം അനുസരിച്ച് ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് സീക്വൻസുകളുടെ മാസ്കും ഫിൽട്ടർ സെറ്റും

സിനോപ്സിസ്

kmer-മാസ്ക് {-നോവൽ|- സ്ഥിരീകരിച്ചു} [-എംഡിബി മെർ-ഡാറ്റബേസ്] [-മിസ് മെർ-വലിപ്പം] [-edb നിലവിലുള്ള ഡാറ്റാബേസ്] [-m
ചെറിയ വലിപ്പം] [-e വിപുലീകരണ വലുപ്പം] [- താഴ്ന്ന പരിധി l] [-ഉയരം h] [-t ത്രെഡുകൾ] [-v] [-h
ഹിസ്റ്റോഗ്രാം] [-പ്രമോട്ട് ചെയ്യുക|- തരംതാഴ്ത്തുക|- നിരസിക്കുക] -1 in.1.fastq [-2 in.2.fastq] -o ഔട്ട്പുട്ട്-പ്രിഫിക്സ്

വിവരണം

kmer ഉള്ളടക്കമനുസരിച്ച് മാസ്കും ഫിൽട്ടർ സെറ്റ് സീക്വൻസുകളും (വായിച്ചതായി കരുതപ്പെടുന്നു). മാസ്കിംഗ് ആകാം
ഡാറ്റാബേസിൽ അല്ലാത്ത നോവൽ സീക്വൻസ് നിലനിർത്തുന്നതിനോ അല്ലെങ്കിൽ സ്ഥിരീകരിച്ച സീക്വൻസ് നിലനിറുത്തുന്നതിനോ ആണ് ഇത് ചെയ്യുന്നത്
ഡാറ്റാബേസിൽ. ഫിൽട്ടറിംഗ് സീക്വൻസുകളെ പൂർണ്ണമായോ ഭാഗികമായോ മറയ്ക്കാതെയോ വേർതിരിക്കും.

ഓപ്ഷനുകൾ

-എംഡിബി മെർ-ഡാറ്റബേസ്
നിന്ന് ലോഡ് മാസ്കിംഗ് kmers മെറിൽ(1) മെർ-ഡാറ്റബേസ്

-മിസ് മെർ-വലിപ്പം

-edb നിലവിലുള്ള ഡാറ്റാബേസ്
ഒരു എന്നതിലേക്ക് മാസ്കിംഗ് കിലോമീറ്ററുകൾ സംരക്ഷിക്കുക നിലവിലുണ്ട്DB(1) ഫയൽ നിലവിലുള്ള ഡാറ്റാബേസ് വേഗത്തിൽ പുനരാരംഭിക്കുന്നതിന്

-1 in.1.fastq

-2 in.2.fastq
ഇൻപുട്ട് ഫയലുകൾ fastq, fastq.gz, fastq.bz2 അല്ലെങ്കിൽ fastq.xz ഫോർമാറ്റിൽ വായിക്കുന്നു. രണ്ടാമത്തേത്
ഓപ്ഷണൽ, എന്നാൽ ഇല്ലെങ്കിൽ ഔട്ട്പുട്ട് വർഗ്ഗീകരണത്തെ കുഴപ്പിക്കുന്നു.

-o പുറത്ത്
ഔട്ട്പുട്ട് റീഡുകളുടെ പ്രിഫിക്സ്

പുറത്ത്.പൂർണ്ണമായി മുഖംമൂടി.[12].fastq
താഴെയുള്ള 'ലോത്രഷോൾഡ്' ബേസുകൾ നിലനിർത്തി വായിക്കുന്നു

പുറത്ത്.ഭാഗികമായി മുഖംമൂടി.[12].fastq
ഇടയ്ക്ക് വായിക്കുന്നു

പുറത്ത്.നിലനിർത്തി.[12].fastq
'ഹൈറ്റ്‌റെഷോൾഡ്' ബേസുകളേക്കാൾ കൂടുതൽ നിലനിർത്തി വായിക്കുന്നു

പുറത്ത്.തള്ളിക്കളഞ്ഞു.[12].fastq
വൈരുദ്ധ്യമുള്ള നിലയുമായി വായിക്കുന്നു

-m ചെറിയ വലിപ്പം
തുടർച്ചയായി ഇത്രയും കിലോമീറ്ററുകൾക്ക് താഴെയുള്ള ഡാറ്റാബേസ് ഹിറ്റുകൾ അവഗണിക്കുക (0)

-e നീട്ടി-വലിപ്പം
കാണാതായ കിലോമീറ്ററുകളിലുടനീളം ഡാറ്റാബേസ് ഹിറ്റുകൾ വിപുലീകരിക്കുക (0)

-നോവൽ RETAIN നോവൽ സീക്വൻസ് ഡാറ്റാബേസിൽ ഇല്ല

- സ്ഥിരീകരിച്ചു
ഡാറ്റാബേസിൽ സ്ഥിരീകരിക്കപ്പെട്ട ക്രമം നിലനിർത്തുക

-പ്രമോട്ട് ചെയ്യുക
കുറച്ച് നിലനിർത്തിയ വായനയെ കൂടുതൽ നിലനിർത്തിയ വായനയുടെ നിലയിലേക്ക് ഉയർത്തുക
read1=പൂർണ്ണമായും മാസ്‌ക് ചെയ്‌തതും റീഡ്2=ഭാഗികമായി മാസ്‌ക് ചെയ്‌തതും -> രണ്ടും ഭാഗികമായി മാസ്‌ക് ചെയ്‌തതാണ്

- തരംതാഴ്ത്തുക
കൂടുതൽ നിലനിർത്തിയ വായനയെ കുറച്ച് നിലനിർത്തിയ വായനയുടെ നിലയിലേക്ക് തരം താഴ്ത്തുക
read1=പൂർണ്ണമായി മാസ്‌ക് ചെയ്‌തതും റീഡ്2=ഭാഗികമായി മാസ്‌ക് ചെയ്‌തതും -> രണ്ടും പൂർണ്ണമായും മാസ്‌ക് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു

- നിരസിക്കുക
പരസ്പരവിരുദ്ധമായ നിലയുള്ള ജോഡികൾ നിരസിക്കുക (DEFAULT) read1=പൂർണ്ണമായും മാസ്‌ക് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു
read2=partiallymasked -> രണ്ടും ഉപേക്ഷിച്ചു

സ്ഥിതിവിവരക്കണക്കുകൾ on stderr, അക്കം of സീക്വൻസുകളാണ് കൂടെ തുക നിലനിർത്തിയത്:
- താഴ്ന്ന പരിധി t
(0.3333)

-ഉയരം t
(0.6667)

-h ഹിസ്റ്റോഗ്രാം
നിലനിർത്തിയ ക്രമത്തിന്റെ അളവിന്റെ ഒരു ഹിസ്റ്റോഗ്രാം എഴുതുക

-t t ഉപയോഗം t ത്രെഡുകൾ കണക്കാക്കുക

-v പുരോഗതി കാണിക്കുക

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് kmer-mask ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക