ലോക്കസ്പോക്കസ് - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ലോക്കസ്‌പോക്കസ് - തന്നിരിക്കുന്ന ജീൻ വ്യാഖ്യാനത്തിനായുള്ള ലോക്കസ് കോർഡിനേറ്റുകൾ കണക്കാക്കുക

സിനോപ്സിസ്

ലോക്കസ്പോക്കസ് [ഓപ്ഷനുകൾ] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]

വിവരണം

അടിസ്ഥാന ഓപ്ഷനുകൾ:

-d|--ഡീബഗ്
ടെർമിനലിലേക്ക് വിശദമായ ഡീബഗ്ഗിംഗ് സന്ദേശങ്ങൾ അച്ചടിക്കുക (സാധാരണ പിശക്)

-h|--സഹായം
ഈ സഹായ സന്ദേശം പ്രിന്റ് ചെയ്‌ത് പുറത്തുകടക്കുക

-v|--പതിപ്പ്
പതിപ്പ് നമ്പർ പ്രിന്റ് ചെയ്ത് പുറത്തുകടക്കുക

ഐലോകസ് പാഴ്‌സിംഗ്:

-l|--ഡെൽറ്റ: INT
ഇന്റർവെൽ ലോക്കി പാഴ്‌സ് ചെയ്യുമ്പോൾ, ജീൻ ലോക്കി വിപുലീകരിക്കാനും ഉൾപ്പെടുത്താനും ഇനിപ്പറയുന്ന ഡെൽറ്റ ഉപയോഗിക്കുക
സാധ്യതയുള്ള നിയന്ത്രണ മേഖലകൾ; സ്ഥിരസ്ഥിതി 500 ആണ്

-s|--സ്കൈപെൻഡ്സ്
ഇന്റർവെൽ ലോക്കി എണ്ണുമ്പോൾ, വ്യാഖ്യാനിക്കാത്തത് ഒഴിവാക്കുക (അപൂർണ്ണമായിരിക്കാം)
ക്രമത്തിന്റെ രണ്ടറ്റത്തും iLoci

-e|--അവസാനം
സീക്വൻസുകളുടെ രേഖപ്പെടുത്താത്ത അറ്റങ്ങളിൽ അപൂർണ്ണമായ iLocus ശകലങ്ങൾ മാത്രം റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക
(പൂരകമായി --സ്കിപെൻഡ്സ്)

-y|--സ്കിപിലോസി
ഇന്റർജെനിക് iLoci റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യരുത്

പരിഷ്കരണ ഓപ്ഷനുകൾ:

-r|--ശുദ്ധീകരിക്കുക
ഡിഫോൾട്ടായി ജീനുകൾക്ക് ഓവർലാപ്പ് ഉണ്ടെങ്കിൽ അതേ iLocus ൽ ഗ്രൂപ്പുചെയ്യപ്പെടും; 'ശുദ്ധീകരിക്കുക'
ഓവർലാപ്പുചെയ്യുന്ന ജീനുകളെ കൂടുതൽ സൂക്ഷ്മമായി കൈകാര്യം ചെയ്യാൻ മോഡ് അനുവദിക്കുന്നു

-c|--സിഡിഎസ്
ജീൻ ഓവർലാപ്പ് നിർണ്ണയിക്കുന്നതിന് UTR- കൾക്ക് പകരം CDS ഉപയോഗിക്കുക; 'ശുദ്ധീകരിക്കുക' മോഡ് സൂചിപ്പിക്കുന്നു

-m|--മിനോവർലാപ്പ്: INT
ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ എണ്ണം രണ്ട് ജീനുകൾ ഒന്നായി ഗ്രൂപ്പുചെയ്യാൻ ഓവർലാപ്പ് ചെയ്യണം
ഐലോകസ്; സ്ഥിരസ്ഥിതി 1 ആണ്

ഔട്ട്പുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ:

-n|--namefmt: STR
പുതുതായി ഡിഫോൾട്ട് ഐഡി ഫോർമാറ്റ് അസാധുവാക്കാൻ ഒരു printf-ശൈലി ഫോർമാറ്റ് സ്ട്രിംഗ് നൽകുക
ലോക്കി സൃഷ്ടിച്ചു; loci, 'iLocus%lu' എന്നിവയ്‌ക്കായുള്ള സ്ഥിരസ്ഥിതി 'locus%lu' (locus1, locus2, മുതലായവ) ആണ്
(iLocus1, iLocus2, മുതലായവ) ഇടവേള ലോക്കിനായി; ഫോർമാറ്റ് സ്‌ട്രിംഗിൽ a ഉൾപ്പെടണമെന്ന് ശ്രദ്ധിക്കുക
സിംഗിൾ %lu സ്‌പെസിഫയർ ഒരു നീണ്ട സൈൻ ചെയ്യാത്ത പൂർണ്ണസംഖ്യ ഉപയോഗിച്ച് പൂരിപ്പിക്കണം

-i|--ilens: FILE
ഓരോ ഇന്റർജെനിക് ഐലോകസിന്റെയും ദൈർഘ്യമുള്ള ഒരു ഫയൽ സൃഷ്ടിക്കുക

-g|--ജീനിമാപ്പ്: FILE
ഓരോ ജീൻ വ്യാഖ്യാനത്തിൽ നിന്നും നൽകിയിരിക്കുന്നതിലേക്കുള്ള അതിന്റെ അനുബന്ധ സ്ഥാനത്തേക്ക് ഒരു മാപ്പിംഗ് പ്രിന്റ് ചെയ്യുക
ഫയല്

-o|--ഔട്ട്ഫയൽ: FILE
ഫലങ്ങൾ എഴുതുന്ന ഫയലിന്റെ പേര്; സ്ഥിരസ്ഥിതി ടെർമിനൽ (സ്റ്റാൻഡേർഡ്
output ട്ട്‌പുട്ട്)

-T|--റെറ്റൈനിഡുകൾ
ഇൻപുട്ട് ഫയലുകളിൽ നിന്ന് യഥാർത്ഥ ഫീച്ചർ ഐഡികൾ നിലനിർത്തുക; ഇൻപുട്ട് ചെയ്താൽ വൈരുദ്ധ്യങ്ങൾ ഉണ്ടാകും
ഡ്യൂപ്ലിക്കേറ്റഡ് ഐഡി മൂല്യങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു

-t|--ട്രാൻസ്മാപ്പ്: FILE
ഓരോ ട്രാൻസ്‌ക്രിപ്റ്റ് വ്യാഖ്യാനത്തിൽ നിന്നും അതിന്റെ അനുബന്ധ ലോക്കസിലേക്ക് ഒരു മാപ്പിംഗ് പ്രിന്റ് ചെയ്യുക
നൽകിയ ഫയൽ

-V|--വെർബോസ്
GFF3 ഔട്ട്‌പുട്ടിൽ എല്ലാ ലോക്കസ് സബ്ഫീച്ചറുകളും (ജീനുകൾ, RNAകൾ മുതലായവ) ഉൾപ്പെടുത്തുക; സ്ഥിരസ്ഥിതി
ലോക്കസ് സവിശേഷതകൾ മാത്രം ഉൾപ്പെടുന്നു

ഇൻപുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ:

-f|--ഫിൽട്ടർ: TYPE
ലോക്കി/ഐലോസി നിർമ്മിക്കുന്നതിൽ ഉപയോഗിക്കേണ്ട ഫീച്ചർ തരങ്ങളുടെ കോമയാൽ വേർതിരിച്ച ലിസ്റ്റ്; സ്ഥിരസ്ഥിതിയാണ്
'ജീൻ'

-p|--മാതാവ്: CT:PT
രക്ഷിതാവില്ലാതെ $CT എന്ന തരത്തിലുള്ള ഒരു ഫീച്ചർ നിലവിലുണ്ടെങ്കിൽ, ഈ ഫീച്ചറിനായി ഒരു രക്ഷിതാവിനെ സൃഷ്ടിക്കുക
$PT തരം ഉപയോഗിച്ച്; ഉദാഹരണത്തിന്, mRNA: ജീൻ ഒരു രക്ഷിതാവായി ഒരു ജീൻ സവിശേഷത സൃഷ്ടിക്കും
ഏതെങ്കിലും ഉയർന്ന തലത്തിലുള്ള mRNA സവിശേഷത; ഈ ഓപ്ഷൻ ഒന്നിലധികം തവണ വ്യക്തമാക്കാം

-u|--സ്യൂഡോ
തെറ്റായി ലേബൽ ചെയ്ത സ്യൂഡോജെനുകൾ ശരിയാക്കുക

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ലോക്കസ്പോക്കസ് ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക