macsyfinder - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

macsyfinder - macsyfinder-നുള്ള മാനുവൽ പേജ് 1.0.2

വിവരണം

ഉപയോഗം: macsyfinder [-h] [--sequence-db SEQUENCE_DB]

[--db-type {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,unordered}]
[--replicon-topology {linear,circular}] [--topology-file TOPOLOGY_FILE] [--idx]
[--inter-gene-max-space INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE]
[--മിനിറ്റ്-നിർബന്ധിത-ജീനുകൾ-ആവശ്യമാണ് MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED] [--മിനിറ്റ്-ജീനുകൾ-ആവശ്യമാണ് MIN_GENES_REQUIRED]
MIN_GENES_REQUIRED] [--max-nb-genes MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES] [--multi-loci
MULTI_LOCI] [--hmmer HMMER_EXE] [--index-db INDEX_DB_EXE] [--e-value-search
E_VALUE_RES] [--i-evaue-select I_EVALUE_SEL] [--കവറേജ്-പ്രൊഫൈൽ COVERAGE_PROFILE]
[-d DEF_DIR] [-o OUT_DIR] [-r RES_SEARCH_DIR] [--res-search-suffix
RES_SEARCH_SUFFIX] [--res-extract-suffix RES_EXTRACT_SUFFIX] [-p PROFILE_DIR]
[--പ്രൊഫൈൽ-സഫിക്സ് PROFILE_SUFFIX] [-w WORKER_NB] [-v] [--ലോഗ് LOG_FILE] [--config
CFG_FILE] [--മുൻപ്-റൺ PREVIOUS_RUN] സിസ്റ്റങ്ങൾ [സിസ്റ്റങ്ങൾ ...]

ഡിഡെർം ബാക്ടീരിയയുടെ പ്രോട്ടീൻ സ്രവ സംവിധാനങ്ങൾ കണ്ടെത്തുന്നതിനുള്ള ഒരു ഉപകരണമാണ് MacSyFinder
ഒരു പ്രോട്ടീൻ ഡാറ്റാസെറ്റിൽ നിന്ന്.

പൊസിഷണൽ വാദങ്ങൾ:
സിസ്റ്റങ്ങൾ
കണ്ടുപിടിക്കാനുള്ള സംവിധാനങ്ങൾ. കീവേഡുമായി ബന്ധമില്ലാത്ത നിർബന്ധിത ഓപ്ഷനാണിത്
അത്. എല്ലാ പ്രോട്ടീൻ സ്രവീകരണ സംവിധാനങ്ങളും അനുബന്ധ അനുബന്ധങ്ങളും കണ്ടുപിടിക്കാൻ: ആയി സജ്ജമാക്കുക
"എല്ലാം" (കേസ് സെൻസിറ്റീവ്). അല്ലെങ്കിൽ, ഒന്നോ അതിലധികമോ സിസ്റ്റങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കാം.
ഉദാഹരണത്തിന്: "T2SS T4P".

ഓപ്ഷണൽ വാദങ്ങൾ:
-h, --സഹായിക്കൂ
ഈ സഹായ സന്ദേശം കാണിച്ച് പുറത്തുകടക്കുക

ഇൻപുട്ട് ഡാറ്റാസെറ്റ് ഓപ്ഷനുകൾ:
--sequence-db SEQUENCE_DB
ഫാസ്റ്റ ഫോർമാറ്റിലുള്ള സീക്വൻസ് ഡാറ്റാസെറ്റിലേക്കുള്ള പാത.

--db-തരം {unordered_replicon,ordered_replicon,gembase,unordered}
കൈകാര്യം ചെയ്യേണ്ട ഡാറ്റാസെറ്റിന്റെ തരം. "unordered_replicon" എന്നത് a എന്നതിനോട് യോജിക്കുന്നു
നോൺ-അസംബിൾഡ് ജീനോം, ഒരു മെറ്റാജെനോമിക് ഡാറ്റാസെറ്റിലേക്ക് "ഓർഡർ ചെയ്യാത്തത്", "ordered_replicon"
ഒരു അസംബിൾഡ് ജീനോം, സീക്വൻസ് ഐഡന്റിഫയറുകൾ ഉള്ള ഒരു കൂട്ടം റെപ്ലിക്കണുകളിലേക്ക് "ജെംബേസ്"
ഈ കൺവെൻഷൻ പിന്തുടരുക: ">RepliconName SequenceID".

--replicon-topology {ലീനിയർ, സർക്കുലർ}
റെപ്ലിക്കണുകളുടെ ടോപ്പോളജി (db_type ആണെങ്കിൽ മാത്രമേ ഈ ഓപ്ഷൻ അർത്ഥമുള്ളൂ
'ordered_replicon' അല്ലെങ്കിൽ 'gembase'.

--ടോപോളജി-ഫയൽ TOPOLOGY_FILE
ടോപ്പോളജി ഫയൽ പാത്ത്. ടോപ്പോളജി ഫയൽ ഒരാളെ ടോപ്പോളജി വ്യക്തമാക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു (ലീനിയർ അല്ലെങ്കിൽ
സർക്കുലർ) ഓരോ റിപ്ലിക്കണിനും (db_type ആണെങ്കിൽ മാത്രമേ ഈ ഓപ്ഷൻ അർത്ഥമുള്ളൂ
'ordered_replicon' അല്ലെങ്കിൽ 'gembase'. ടോപ്പോളജി ഫയൽ എന്നത് രണ്ടുള്ള ഒരു ടേബിൾ ഫയലാണ്
കോളങ്ങൾ: ഒന്നാമത്തേത് റെപ്ലിക്കൺ നാമമാണ്, രണ്ടാമത്തേത് അനുബന്ധ ടോപ്പോളജി:
"RepliconA ലീനിയർ"

--idx സീക്വൻസ് ഡാറ്റാസെറ്റിനായി സൂചികകൾ നിർമ്മിക്കാൻ നിർബന്ധിക്കുന്നു, അവ മുമ്പ് ഉണ്ടായിരുന്നെങ്കിൽ പോലും
കണക്കാക്കി ഡാറ്റാസെറ്റ് ലൊക്കേഷനിൽ അവതരിപ്പിക്കുന്നു (സ്ഥിരസ്ഥിതി = തെറ്റ്)

സിസ്റ്റങ്ങൾ കണ്ടെത്തൽ ഓപ്ഷനുകൾ:
--inter-gene-max-space INTER_GENE_MAX_SPACE INTER_GENE_MAX_SPACE
കോ-ലോക്കലൈസേഷൻ മാനദണ്ഡം: ഒരു പ്രൊഫൈലുമായി പൊരുത്തപ്പെടാത്ത ഘടകങ്ങളുടെ പരമാവധി എണ്ണം
പൊരുത്തപ്പെടുന്ന രണ്ട് ഘടകങ്ങൾക്കിടയിൽ അവ അനുവദനീയമായി കണക്കാക്കാൻ അനുവദിച്ചിരിക്കുന്നു. ഓപ്ഷൻ
'ഓർഡർ ചെയ്ത' ഡാറ്റാസെറ്റുകൾക്ക് മാത്രം അർത്ഥമുള്ളതാണ്. ആദ്യത്തെ മൂല്യം ഒരു സിസ്റ്റവുമായി പൊരുത്തപ്പെടണം, the
അനേകം ഘടകങ്ങൾക്ക് രണ്ടാമത്തേത്. ഈ ഓപ്ഷൻ നിരവധി തവണ ആവർത്തിക്കാം:
"--inter-gene-max-space T2SS 12 --inter-gene-max-space ഫ്ലാഗെല്ലം 20"

--മിനിറ്റ്-നിർബന്ധിത-ജീനുകൾ-ആവശ്യമാണ് MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED MIN_MANDATORY_GENES_REQUIRED
സിസ്റ്റം വിലയിരുത്തലിന് ആവശ്യമായ നിർബന്ധിത ജീനുകളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ എണ്ണം. ആദ്യത്തേത്
മൂല്യം ഒരു സിസ്റ്റം നാമവുമായി പൊരുത്തപ്പെടണം, രണ്ടാമത്തെ മൂല്യം ഒരു പൂർണ്ണസംഖ്യയായിരിക്കും. ഈ ഓപ്ഷൻ
നിരവധി തവണ ആവർത്തിക്കാം: "--നിർബന്ധിത-ജീനുകൾ-ആവശ്യമുള്ള T2SS 15
--മിനിറ്റ്-നിർബന്ധിത ജീനുകൾ-ആവശ്യമാണ് ഫ്ലാഗെല്ലം 10"

--മിനിറ്റ്-ജീനുകൾ-ആവശ്യമാണ് MIN_GENES_REQUIRED MIN_GENES_REQUIRED
സിസ്റ്റം വിലയിരുത്തലിന് ആവശ്യമായ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ജീനുകളുടെ എണ്ണം (രണ്ടും ഉൾപ്പെടുന്നു
'നിർബന്ധം', 'ആക്സസറി' ഘടകങ്ങൾ). ആദ്യ മൂല്യം a യുമായി പൊരുത്തപ്പെടണം
സിസ്റ്റത്തിന്റെ പേര്, ഒരു പൂർണ്ണസംഖ്യയിലേക്കുള്ള രണ്ടാമത്തെ മൂല്യം. ഈ ഓപ്ഷൻ നിരവധി തവണ ആവർത്തിക്കാം
തവണ: "--മിനിറ്റ്-ജീനുകൾ ആവശ്യമാണ് T2SS 15 --മിനിറ്റ്-ജീനുകൾ-ആവശ്യമാണ് ഫ്ലാഗെല്ലം 10"

--max-nb-genes MAX_NB_GENES MAX_NB_GENES
സിസ്റ്റം വിലയിരുത്തലിന് ആവശ്യമായ ജീനുകളുടെ പരമാവധി എണ്ണം. ആദ്യ മൂല്യം വേണം
ഒരു സിസ്റ്റം നാമവുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നു, ഒരു പൂർണ്ണസംഖ്യയിലേക്കുള്ള രണ്ടാമത്തെ മൂല്യം. ഈ ഓപ്ഷൻ ആകാം
പലതവണ ആവർത്തിച്ചു: "--max-nb-genes T2SS 5 --max-nb-genes കൊടിമരം 10

--മൾട്ടി-ലോസി MULTI_LOCI
നിർദ്ദിഷ്ട സിസ്റ്റങ്ങൾക്കായി മൾട്ടി-ലോസി സിസ്റ്റങ്ങളുടെ സംഭരണം അനുവദിക്കുക. സംവിധാനങ്ങളാണ്
കോമ വേർതിരിക്കപ്പെട്ട പട്ടികയായി വ്യക്തമാക്കിയിരിക്കുന്നു (--മൾട്ടി-ലോസി sys1,sys2) സ്ഥിരസ്ഥിതി തെറ്റാണ്

ഓപ്ഷനുകൾ വേണ്ടി ഹമ്മർ വധിക്കുക ഒപ്പം ഹിറ്റുകൾ ഫിൽട്ടറിംഗ്:
--ഹമ്മർ HMMER_EXE
Hmmer പ്രോഗ്രാമിലേക്കുള്ള പാത.

--index-db INDEX_DB_EXE
Hmmer-ന് ഉപയോഗിക്കേണ്ട സൂചിക. മൂല്യം ഒന്നുകിൽ 'makeblastdb' അല്ലെങ്കിൽ ആകാം
'formatdb' അല്ലെങ്കിൽ ഈ ബൈനറികളിലൊന്നിലേക്കുള്ള പാത (default = makeblastb)

--e-value-search E_VALUE_RES
Hmmer തിരയലിൽ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യപ്പെടേണ്ട ഹിറ്റുകൾക്കുള്ള പരമാവധി ഇ-മൂല്യം. (ഡിഫോൾട്ട് = 1)

--i-value-select I_EVALUE_SEL
സിസ്‌റ്റം കണ്ടെത്തലിനായി തിരഞ്ഞെടുക്കേണ്ട Hmmer ഹിറ്റുകൾക്കുള്ള പരമാവധി സ്വതന്ത്ര ഇ-മൂല്യം.
(സ്ഥിരസ്ഥിതി = 0.001)

--കവറേജ്-പ്രൊഫൈൽ COVERAGE_PROFILE
ഹിറ്റ് തിരഞ്ഞെടുക്കൽ അനുവദിക്കുന്നതിന് ഹിറ്റ് അലൈൻമെന്റിൽ മിനിമം പ്രൊഫൈൽ കവറേജ് ആവശ്യമാണ്
സിസ്റ്റം കണ്ടെത്തലിനായി. (സ്ഥിരസ്ഥിതി = 0.5)

പാത ഓപ്ഷനുകൾ:
-d DEF_DIR, --def DEF_DIR
സിസ്റ്റം ഡെഫനിഷൻ ഫയലുകളിലേക്കുള്ള പാത.

-o OUT_DIR, --ഔട്ട്-ദിയർ OUT_DIR
ഫലങ്ങൾ സംഭരിക്കുന്നതിനുള്ള ഡയറക്ടറിയിലേക്കുള്ള പാത. outdir വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ വീണ്ടും തിരയുക
അവഗണിക്കും.

-r RES_SEARCH_DIR, --റെസ്-സെർച്ച്-ഡയർ RES_SEARCH_DIR
MacSyFinder തിരയൽ ഫലങ്ങളുടെ ഡയറക്‌ടറികൾ സംഭരിക്കുന്നതിനുള്ള ഡയറക്‌ടറിയിലേക്കുള്ള പാത
(ഡിഫോൾട്ട് കറന്റ് വർക്കിംഗ് ഡയറക്ടറി).

--റെസ്-സെർച്ച്-സഫിക്സ് RES_SEARCH_SUFFIX
Hmmer റോ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾക്ക് നൽകേണ്ട പ്രത്യയം.

--res-extract-suffix RES_EXTRACT_SUFFIX
ഫിൽട്ടർ ചെയ്ത ഹിറ്റ് ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾക്ക് നൽകേണ്ട പ്രത്യയം.

-p PROFILE_DIR, --പ്രൊഫൈൽ-ദിയർ PROFILE_DIR
പ്രൊഫൈൽ ഡയറക്ടറിയിലേക്കുള്ള പാത.

--പ്രൊഫൈൽ-സഫിക്സ് PROFILE_SUFFIX
പ്രൊഫൈൽ ഫയലുകളുടെ പ്രത്യയം. ഓരോ 'ജീൻ' ഘടകത്തിനും, അനുബന്ധ പ്രൊഫൈൽ
'profile_dir' എന്നതിൽ തിരഞ്ഞത്, ജീൻ നെയിം + the അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഒരു ഫയലിൽ
പ്രൊഫൈൽ പ്രത്യയം. ഉദാഹരണത്തിന്, ജീനിന് 'gspG' എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്നതും പ്രത്യയം എന്നാണ്
'.hmm3', തുടർന്ന് പ്രൊഫൈൽ നിർദ്ദിഷ്ട സ്ഥലത്ത് സ്ഥാപിക്കുകയും പേര് നൽകുകയും വേണം
'gspG.hmm3'

പൊതുവായ ഓപ്ഷനുകൾ:
-w WORKER_NB, --തൊഴിലാളി WORKER_NB
MacSyFinder ഉപയോഗിക്കേണ്ട തൊഴിലാളികളുടെ എണ്ണം. ഉപയോക്താവ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്ന സാഹചര്യത്തിൽ
MacSyFinder ഒരു മൾട്ടിത്രെഡ് മോഡിൽ. (0 അർത്ഥമാക്കുന്നത് എല്ലാ കോറുകളും ഉപയോഗിക്കും, ഡിഫോൾട്ട് 1)

-v, --വെർബോസിറ്റി
വാചാലതയുടെ അളവ് വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു. 4 ലെവലുകൾ ഉണ്ട്: പിശക് സന്ദേശങ്ങൾ (സ്ഥിരസ്ഥിതി),
മുന്നറിയിപ്പ് (-v), വിവരങ്ങൾ (-വിവി) കൂടാതെ ഡീബഗ്.(-വി.വി)

--ലോഗ് LOG_FILE
'macsyfinder.log' ലോഗ് ഫയൽ സൂക്ഷിക്കേണ്ട ഡയറക്ടറിയിലേക്കുള്ള പാത.

--config CFG_FILE
ഉപയോഗിക്കേണ്ട ഒരു MacSyFinder കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയലിലേക്കുള്ള പാത.

--മുമ്പ്-റൺ PREVIOUS_RUN
മുമ്പത്തെ MacSyFinder റൺ ഡയറക്ടറിയിലേക്കുള്ള പാത. Hmmer ഒഴിവാക്കാൻ ഇത് ഒരാളെ അനുവദിക്കുന്നു
മുമ്പത്തെ റൺ ഫലങ്ങളും പരാമീറ്ററുകളും ഉപയോഗിക്കുന്നതിനാൽ, അതേ ഡാറ്റാസെറ്റിലെ തിരയൽ ഘട്ടം
Hmmer കണ്ടെത്തൽ സംബന്ധിച്ച്. ഈ മുമ്പത്തെ റണ്ണിൽ നിന്നുള്ള കോൺഫിഗറേഷൻ ഫയൽ ആയിരിക്കും
ഉപയോഗിച്ചു. (ഓപ്ഷനുകളുമായുള്ള വൈരുദ്ധ്യം --config, --sequence-db, --പ്രൊഫൈൽ-സഫിക്സ്,
--reextract-suffix, --e-value-res, --db-തരം, --ഹമ്മർ)

കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, MacSyFinder വെബ്സൈറ്റ് സന്ദർശിച്ച് MacSyFinder ഡോക്യുമെന്റേഷൻ കാണുക.

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് macsyfinder ഓൺലൈനിൽ ഉപയോഗിക്കുക