masai_mapper - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

മസൈ_മാപ്പർ - മസായി മാപ്പർ

സിനോപ്സിസ്

masai_mapper [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

ഏകദേശ വിത്തുകളും ഒന്നിലധികം വിത്തുകളും അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള വേഗതയേറിയതും കൃത്യവുമായ വായനാ മാപ്പറാണ് മസായ്
ബാക്ക്ട്രാക്കിംഗ്.

കാണുക http://www.seqan.de/projects/masai കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്.

(സി) എൻറിക്കോ സിറാഗുസയുടെ പകർപ്പവകാശം 2011-2012.

-h, --സഹായിക്കൂ

ഈ സഹായ സന്ദേശം പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു.

--പതിപ്പ്

പതിപ്പ് വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുക

മാപ്പിംഗ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-എംഎം, --മാപ്പിംഗ്-മോഡ് STR

മാപ്പിംഗ് മോഡ് തിരഞ്ഞെടുക്കുക. എല്ലാറ്റിലും ഒന്ന്, എല്ലാം മികച്ചത്, ഏത് മികച്ചതും. ഡിഫോൾട്ട്: ഏതെങ്കിലും മികച്ചത്.

-mb, --മാപ്പിംഗ്-ബ്ലോക്ക് NUMBER

ഒരേസമയം മാപ്പ് ചെയ്യേണ്ട പരമാവധി എണ്ണം വായനകൾ. പരിധിയിൽ [10000..inf]. ഡിഫോൾട്ട്:
2147483647.

-e, --പിശകുകൾ NUMBER

ഓരോ വായനയ്ക്കും പരമാവധി പിശകുകൾ. പരിധിയിൽ [0..32]. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 5.

-sl, --വിത്ത്-നീളം NUMBER

കുറഞ്ഞ വിത്ത് നീളം. പരിധിയിൽ [10..100]. സ്ഥിരസ്ഥിതി: 33.

-ng, --വിടവുകളില്ല

വായനകൾ വിടവുകളോടെ വിന്യസിക്കരുത്.

ജീനോം ഇൻഡക്സ് ഓപ്ഷനുകൾ:

-x, --സൂചിക STR

ജനിതക സൂചിക തരം തിരഞ്ഞെടുക്കുക. esa, sa, qgram, fm എന്നിവയിൽ ഒന്ന്. സ്ഥിരസ്ഥിതി: sa.

-xp, --സൂചിക-പ്രിഫിക്സ് STR

ഒരു ജനിതക സൂചിക പ്രിഫിക്‌സ് നാമം വ്യക്തമാക്കുക. സ്ഥിരസ്ഥിതി: ജീനോം ഫയൽനാമം പ്രിഫിക്സ് ഉപയോഗിക്കുക.

ഔട്ട്പുട്ട് ഓപ്ഷനുകൾ:

-o, --ഔട്ട്പുട്ട്-ഫയൽ FILE

ഒരു ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ വ്യക്തമാക്കുക. ഡിഫോൾട്ട്: റീഡ്സ് ഫയൽ നെയിം പ്രിഫിക്സ് ഉപയോഗിക്കുക. സാധുവായ ഫയൽ തരങ്ങൾ
ഇവയാണ്: റോ, സാം.

-nc, --സിഗരറ്റ് വേണ്ട

CIGAR സ്ട്രിംഗ് ഔട്ട്പുട്ട് ചെയ്യരുത്. ഇത് SAM ഔട്ട്പുട്ടിനെ മാത്രമേ ബാധിക്കുകയുള്ളൂ.

ഡീബഗ് ഓപ്‌ഷനുകൾ:

-എൻവി, --പരിശോധിക്കുന്നില്ല

വിത്ത് ഹിറ്റുകൾ പരിശോധിക്കരുത്.

-nd, --നല്ല-ഡമ്പ്

ഫലങ്ങൾ ഉപേക്ഷിക്കരുത്.

-എൻഎം, --ഒന്നിലധികം

ഒന്നിലധികം ബാക്ക്‌ട്രാക്കിംഗ് പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുക.

പതിപ്പ്

masai_mapper പതിപ്പ്: 0.7.1 [14053] അവസാന അപ്ഡേറ്റ് 2013-05-16

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് masai_mapper ഓൺലൈനിൽ ഉപയോഗിക്കുക