mauveToXMFA - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനായി

പട്ടിക:

NAME

addUnalignedIntervals - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
alignmentProjector - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
backbone_global_to_local - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
bbAnalyze - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
createBackboneMFA - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
getAlignmentWindows - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
getOrthologList - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
makeBadgerMatrix - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
mauveToXMFA - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
mfa2xmfa - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
projectAndStrip - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
randomGeneSample - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
സ്കോർ അലൈൻമെന്റ് - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
stripGapColumns - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
സ്ട്രിപ്പ് സബ്സെറ്റ്എൽസിബികൾ - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
toGrimmFormat - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
toMultiFastA - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
toRawSequence - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
uniqueMerCount - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
uniquifyTrees - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം
xmfa2maf - mauveAligner പാക്കേജിന്റെ ഭാഗം

വിവരണം

ഈ ഉപകരണങ്ങൾ mauveAligner പാക്കേജിൽ പെടുന്നു. അവ വ്യക്തമായി രേഖപ്പെടുത്തിയിട്ടില്ല, പക്ഷേ
ഇവിടെ ആവർത്തിക്കുന്ന ഒരു സിനോപ്സിസ് ലൈൻ അച്ചടിക്കുന്നു.

അലൈൻ ചെയ്ത ഇടവേളകൾ ചേർക്കുക <ഇൻപുട്ട് ഇടവേള ഫയൽ> <ഔട്ട്പുട്ട് ഇടവേള ഫയൽ>

അലൈൻമെന്റ് പ്രൊജക്ടർ <ഇൻപുട്ട് xmfa> <ഔട്ട്പുട്ട് xmfa> <mfa സെക് ഇൻപുട്ട്> <mfa സെക് ഔട്ട്പുട്ട്> <പട്ടിക of
seqs ലേക്ക് ഉൾപ്പെടുന്നു, തുടങ്ങുന്ന at 0>

നട്ടെല്ല്_ആഗോളത്തോട്_പ്രാദേശികം <xmfa ഫയൽ> <നട്ടെല്ല് ഫയൽ> <ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ>

bb വിശകലനം ചെയ്യുക <xmfa ഫയൽ> <ഗൈഡ് മരം> <നട്ടെല്ല് seqpos ഫയൽ> <നട്ടെല്ല് കുപ്പായക്കഴുത്ത് ഫയൽ> <വിശദീകരണം
സെക് സൂചിക> <ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ>

വ്യാഖ്യാനിച്ച seq സൂചിക 0-ൽ ആരംഭിക്കുന്നു.

createBackboneMFA <ഇൻപുട്ട് ഇടവേള ഫയൽ> <ഔട്ട്പുട്ട് മ്ഫ പേര്>

getAlignmentWindows <എക്സ്എംഎഫ്എ വിന്യാസം> <ജാലകം നീളം> <ജാലകം ഷിഫ്റ്റ് തുക> <അടിസ്ഥാനം ഔട്ട്പുട്ട്
ഫയലിന്റെ പേര്>

OrthologList നേടുക OrthologList നേടുക <ഇൻപുട്ട് xmfa> <നട്ടെല്ല് സെക് ഫയൽ> <റഫറൻസ് ജീനോം> <സിഡിഎസ്
ഓർത്തോലോഗ് ഫയലിന്റെ പേര്> <സിഡിഎസ് വിന്യാസം അടിസ്ഥാനം പേര്>

makeBadgerMatrix makeBadgerMatrix <ഇൻപുട്ട് xmfa> <ഔട്ട്പുട്ട് ബാഡ്ജ് ഫയൽ> <എൽസിബി ഏകോപിപ്പിക്കുക ഫയൽ>

mauveToXMFA mauveToXMFA <മൗവ് വിന്യാസം ഇൻപുട്ട്> <എക്സ്എംഎഫ്എ ഔട്ട്പുട്ട്>

mfa2xmfa <എംഎഫ്എ വിന്യാസം ഇൻപുട്ട്> <എക്സ്എംഎഫ്എ വിന്യാസം ഔട്ട്പുട്ട്> [വിന്യസിച്ചിട്ടില്ല ഫാസ്റ്റ്എ ഔട്ട്പുട്ട്]

projectAndStrip <ഇൻപുട്ട് xmfa> <ഔട്ട്പുട്ട് xmfa> ...

ന്യൂമെറിക് സീക്വൻസ് ഐഡന്റിഫയറുകൾ 0-ൽ ആരംഭിക്കുന്നു.

ക്രമരഹിതമായ ജീൻ സാമ്പിൾ <ഇൻപുട്ട് xmfa> <നട്ടെല്ല് സെക് ഫയൽ> <സാമ്പിൾ ജീനോം> <നമ്പർ of ജീനുകൾ>
<ഔട്ട്പുട്ട് അടിസ്ഥാനം പേര്> [റാൻഡം വിത്ത്]

സ്കോർ അലൈൻമെന്റ് <ശരിയാണ് വിന്യാസം> <കണക്കെടുത്തത് വിന്യാസം> [വികസിച്ചു ക്രമം ഫയൽ] [മുദ്രാവാക്യം]

സ്ട്രിപ്പ്GapColumns <ഇൻപുട്ട് XMFA> <ഔട്ട്പുട്ട് XMFA>

സ്ട്രിപ്പ് സബ്സെറ്റ്എൽസിബികൾ <ഇൻപുട്ട് xmfa> <ഇൻപുട്ട് bbcols> <ഔട്ട്പുട്ട് xmfa> [മിനിറ്റ് എൽസിബി വലിപ്പം] [മിനിറ്റ് ജീനോമുകൾ]
[യാദൃശ്ചികമായി ഉപസാമ്പിൾ ലേക്ക് X kb]

ഗ്രിം ഫോർമാറ്റിലേക്ക് <മൗവ് വിന്യാസം> <ജീനോം 1 ബി.സി നീളം>... N ബി.സി നീളം>

മൾട്ടിഫാസ്റ്റ്എയിലേക്ക് <ഇൻപുട്ട് ഇടവേള ഫയൽ> <ഔട്ട്പുട്ട് അടിസ്ഥാനം പേര്>

toRawSequence <ഇൻപുട്ട് ക്രമം> <ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ>

അതുല്യമായ MerCount <ക്രമീകരിച്ചു മേർ ലിസ്റ്റ്>

ഏകീകൃത മരങ്ങൾ <അനുബന്ധം ഇൻപുട്ട് ഫയൽ> <അനുബന്ധം ഔട്ട്പുട്ട് ഫയൽ>

ഇൻപുട്ട് ഫയലിലെ എല്ലാ മരങ്ങൾക്കും ഒരേ ടാക്‌സയും ഒരേ ടാക്‌സണും ഉണ്ടായിരിക്കണം
ലേബലുകൾ

xmfa2maf <xmfa ഇൻപുട്ട്> <മാഫ് ഔട്ട്പുട്ട്>

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് mauveToXMFA ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക