ഉരുകൽ - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ഉരുകൽ - ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് ഹൈബ്രിഡേഷന്റെ ഏറ്റവും അടുത്തുള്ള അയൽക്കാരന്റെ കണക്കുകൂട്ടൽ

സിനോപ്സിസ്

ഉരുകുന്നു [ഓപ്ഷനുകൾ]

വിവരണം

ഉരുകൽ ഒരു ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് ഡ്യൂപ്ലെക്സിനായി, ഹെലിക്സിന്റെ എൻതാൽപ്പിയും എൻട്രോപ്പിയും കണക്കാക്കുന്നു-
കോയിൽ സംക്രമണം, തുടർന്ന് അതിന്റെ ഉരുകൽ താപനില. മൂന്ന് തരം ഹൈബ്രിഡൈസേഷനാണ്
സാധ്യമായത്: DNA/DNA, DNA/RNA, RNA/RNA. പ്രോഗ്രാം ഏറ്റവും അടുത്തുള്ള രീതി ഉപയോഗിക്കുന്നു-
അയൽക്കാർ. ഉദാഹരണത്തിന്, തെർമോഡൈനാമിക് പാരാമീറ്ററുകളുടെ സെറ്റ് എളുപ്പത്തിൽ മാറ്റാൻ കഴിയും
ഒരു പരീക്ഷണാത്മക മുന്നേറ്റത്തെ തുടർന്ന്. രണ്ട് അർത്ഥത്തിലും മെൽറ്റിംഗ് ഒരു സ്വതന്ത്ര പ്രോഗ്രാമാണ്
കാലാവധി. ഇത് ചെലവില്ലാതെ വരുന്നു, ഇത് ഓപ്പൺ സോഴ്‌സ് ആണ്. കൂടാതെ ഇത് ഐഎസ്ഒ സിയിലും കോഡ് ചെയ്തിരിക്കുന്നു
ഏത് ഓപ്പറേറ്റിംഗ് സിസ്റ്റത്തിലും കംപൈൽ ചെയ്യാൻ കഴിയും. എങ്ങനെയെന്ന് കാണിക്കാൻ ചില perl സ്ക്രിപ്റ്റുകൾ നൽകിയിരിക്കുന്നു
കൂടുതൽ അഭിലഷണീയമായ പ്രോഗ്രാമുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നതിനുള്ള ഒരു ബ്ലോക്കായി ഉരുകൽ ഉപയോഗിക്കാം.

ഓപ്ഷനുകൾ

ഓപ്ഷനുകൾ തുടർച്ചയായി പരിഗണിക്കുന്നു. രണ്ടിന്റെ മൂല്യം തമ്മിൽ വൈരുദ്ധ്യമുണ്ടെങ്കിൽ
ഓപ്ഷനുകൾ, രണ്ടാമത്തേത് സാധാരണയായി ആദ്യത്തേത് മായ്ക്കുന്നു.

-Afile.nn
ഉപയോഗിക്കേണ്ട പ്രോഗ്രാമിനെ അറിയിക്കുന്നു file.nn അടുത്തുള്ള അയൽക്കാരന്റെ ഒരു ബദൽ സെറ്റായി
നിർദ്ദിഷ്ട ഹൈബ്രിഡൈസേഷൻ തരത്തിനായുള്ള ഡിഫോൾട്ടിനുപകരം പരാമീറ്ററുകൾ. ദി
ഉരുകലിന്റെ സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ ചില ഫയലുകൾ ഉപയോഗിക്കാൻ തയ്യാറാണ്: all97a.nn
(അല്ലാവി മറ്റുള്ളവരും 1997), bre86a.nn (Breslauer et al 1986), san96a.nn (സാന്താലൂസിയ et al
1996), sug96a.nn (സുഗിമോട്ടോ മറ്റുള്ളവരും 1996) san04a.nn (Santalucia et al 2004) (DNA/DNA),
fre86a.nn (ഫ്രിയർ et al 1986), xia98a.nn (Xia et al 1998), (RNA/RNA), കൂടാതെ sug95a.nn
(Sugimoto et al 1995), (DNA/RNA).

ഈ സമയത്ത് വ്യക്തമാക്കിയ ഒരു ഡയറക്‌ടറിയിൽ പ്രോഗ്രാം ഫയലിനായി നോക്കും
ഇൻസ്റ്റലേഷൻ. എന്നിരുന്നാലും, ഒരു പരിസ്ഥിതി വേരിയബിൾ NN_PATH നിർവചിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, ഉരുകിപ്പോകും
ആദ്യം ഇതിൽ തിരയുക. ശ്രദ്ധിക്കുക, ഓപ്ഷൻ -A സ്ഥിരസ്ഥിതി പരാമീറ്റർ മാറ്റുന്നു
ഓപ്ഷൻ നിർവചിച്ചിരിക്കുന്ന സെറ്റ് -എച്ച്.

-Cകോംപ്ലിമെന്ററി_സീക്വൻസ്
3' മുതൽ 5' വരെയുള്ള പൂരക ശ്രേണിയിൽ പ്രവേശിക്കുന്നു. ഉണ്ടെങ്കിൽ ഈ ഓപ്ഷൻ നിർബന്ധമാണ്
രണ്ട് സ്ട്രോണ്ടുകൾ തമ്മിലുള്ള പൊരുത്തക്കേടുകളാണ്. ഇത് ഉപയോഗിച്ചില്ലെങ്കിൽ, പ്രോഗ്രാം കണക്കുകൂട്ടും
ഓപ്‌ഷനോടൊപ്പം നൽകിയ ക്രമത്തിന്റെ പൂരകമായി ഇത് -എസ്.

-Ddnadnade.nn
ഫയൽ ഉപയോഗിക്കാൻ പ്രോഗ്രാമിനെ അറിയിക്കുന്നു dnadnade.nn സംഭാവന കണക്കാക്കാൻ
തൂങ്ങിക്കിടക്കുന്നത് ഹെലിക്‌സ്-കോയിൽ ട്രാൻസിഷന്റെ തെർമോഡൈനാമിക്കിലേക്ക് അവസാനിക്കുന്നു. തൂങ്ങിക്കിടക്കുന്ന അറ്റങ്ങളാണ്
ഏകദേശ മോഡ് കണക്കിലെടുക്കുന്നില്ല.

-Fഘടകം
ന്യൂക്ലിക് ആസിഡിന്റെ പ്രഭാവം മോഡുലേറ്റ് ചെയ്യാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന ഒരു തിരുത്തൽ ഘടകമാണിത്
ഉരുകൽ താപനിലയുടെ കണക്കുകൂട്ടലിലെ ഏകാഗ്രത. വിഭാഗം അൽഗോരിതം കാണുക
വിവരങ്ങൾക്ക്.

-Gx.xxe-xx
മഗ്നീഷ്യം സാന്ദ്രത (നിമിഷം പരമാവധി സാന്ദ്രത ഇല്ല). പ്രഭാവം
ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് ഡ്യുപ്ലെക്സുകളുടെ തെർമോഡൈനാമിക് സ്ഥിരതയിലുള്ള അയോണുകൾ സങ്കീർണ്ണമാണ്,
തിരുത്തൽ പ്രവർത്തനങ്ങൾ ഏറ്റവും മികച്ച ഏകദേശ കണക്കുകളാണ്. പ്രസിദ്ധീകരിച്ചത്
Owczarzy et ന്റെ divalent Mg2+ അയോണുകൾക്കായുള്ള Tm തിരുത്തൽ സൂത്രവാക്യം al(2008) കഴിയും
ഡിഎൻഎയിലെ മോണോവാലന്റ്, ഡൈവാലന്റ് അയോണുകളുടെ മത്സരാധിഷ്ഠിത ബൈൻഡിംഗ് കണക്കിലെടുക്കുക.
എന്നിരുന്നാലും ഈ ഫോർമുല ഡിഎൻഎ ഡ്യൂപ്ലെക്സുകൾക്ക് മാത്രമാണ്.

-h EXIT_SUCCESS-നൊപ്പം ഒരു ചെറിയ സഹായവും പുറത്തുകടക്കലും പ്രദർശിപ്പിക്കുന്നു.

-Hഹൈബ്രിഡൈസേഷൻ_തരം
ഹൈബ്രിഡൈസേഷൻ തരം വ്യക്തമാക്കുന്നു. എങ്കിൽ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് അടുത്തുള്ള അയൽക്കാരനെ ഇത് സജ്ജീകരിക്കും
ഓപ്‌ഷൻ വഴി ബദൽ സെറ്റുകളൊന്നും നൽകിയിട്ടില്ല -A (ഓപ്ഷനുകൾ വായിച്ചതായി ഓർക്കുക
തുടർച്ചയായി). കൂടാതെ, ഈ പരാമീറ്റർ ഉപയോഗിക്കേണ്ട സമവാക്യം നിർണ്ണയിക്കുന്നു
സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം അടുത്തുള്ള അയൽക്കാരന്റെ സമീപനത്തിന്റെ പരിധി കവിയുന്നു
(രചയിതാവ് ഏകപക്ഷീയമായി സജ്ജീകരിച്ചത്). സാധ്യമായ മൂല്യങ്ങൾ dnadna, dnarna ഒപ്പം നദ്ന
(പര്യായപദം), കൂടാതെ ർണാർന. അനുയോജ്യതയുടെ കാരണങ്ങളാൽ മുമ്പത്തെ മൂല്യങ്ങൾ
ഉരുകുന്നതിന്റെ പതിപ്പുകൾ A,B,C,F,R,S,T,U,W എങ്കിലും ഇപ്പോഴും ലഭ്യമാണ് ശക്തമായി
ഒഴിവാക്കി. ഓപ്ഷൻ ഉപയോഗിക്കുക -A ഒരു ഇതര തെർമോഡൈനാമിക് സെറ്റ് ആവശ്യമാണ്
പരാമീറ്ററുകൾ. പ്രധാനപ്പെട്ടത്: ഡ്യൂപ്ലെക്‌സ് ഒരു DNA/RNA ഹെറ്ററോഡൂപ്ലെക്‌സ് ആണെങ്കിൽ, അതിന്റെ ക്രമം
ഓപ്‌ഷനോടൊപ്പം DNA സ്‌ട്രാൻഡ് നൽകേണ്ടതുണ്ട് -എസ്.

-Iഇൻപുട്ട്_ഫയൽ
റണ്ണിന്റെ പാരാമീറ്ററുകൾ അടങ്ങുന്ന ഒരു ഇൻപുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര് നൽകുന്നു. ഇൻപുട്ട്
കമാൻഡ് ലൈനിലെ പോലെ ഫോർമാറ്റ് ചെയ്‌ത ഓരോ വരിയിലും ഒരു പാരാമീറ്റർ അടങ്ങിയിരിക്കണം. ഓർഡർ
പ്രധാനമല്ല, അതുപോലെ ശൂന്യമായ വരികളും. ഉദാഹരണം:

###ആരംഭം###
-ഹ്ദനദ്ന
-Asug96a.nn
-SAGCTCGACTC
-CTCGAGGTGAG
-എൻ 0.2
-P0.0001
-v
-Ksan96a

###അവസാനിക്കുന്നു###

-ifile.nn
inosine ജോഡിയുടെ ഒരു ഇതര സെറ്റായി file.nn ഉപയോഗിക്കാൻ പ്രോഗ്രാമിനെ അറിയിക്കുന്നു
നിർദ്ദിഷ്ട ഹൈബ്രിഡൈസേഷൻ തരത്തിനായുള്ള ഡിഫോൾട്ടിനുപകരം പരാമീറ്ററുകൾ.
ഉരുകലിന്റെ സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഡിസ്ട്രിബ്യൂഷൻ ചില ഫയലുകൾ ഉപയോഗിക്കാൻ തയ്യാറാണ്:
san05a.nn
(Santalucia et al 2005) ഡിഎൻഎ ഡ്യൂപ്ലെക്സുകളിലെ ഡിയോക്സിനോസിൻ, bre07a.nn (ബ്രന്റ് എം
സ്നോസ്കോ
et al 2007)ആർഎൻഎ ഡ്യൂപ്ലെക്സുകളിലെ ഇനോസിൻ. എല്ലാ ഇനോസിനും അല്ല എന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക
പൊരുത്തപ്പെടുന്നില്ല
വോബിളിന്റെ ജോഡികൾ അന്വേഷിച്ചു. അതിനാൽ അത് അസാധ്യമായേക്കാം
കണക്കാക്കുക
ഇനോസിൻ ജോഡികളുള്ള ഒരു ഡ്യുപ്ലെക്സിന്റെ Tm. മാത്രമല്ല, ആ ഇനോസിൻ ജോഡികളല്ല
പിടിച്ചു
ഏകദേശ മോഡ് വഴി അക്കൗണ്ടിലേക്ക്.

-Kഉപ്പ്_തിരുത്തൽ
സോഡിയത്തിലെ സാന്ദ്രതയ്ക്ക് മറ്റൊരു തിരുത്തൽ തിരഞ്ഞെടുക്കാൻ ഒരാളെ അനുവദിക്കുന്നു. നിലവിൽ,
ഒരാൾക്ക് തിരഞ്ഞെടുക്കാം wet91a, san96a, san98a. വിഭാഗം അൽഗോരിതം കാണുക. ടി.പി. ബി.ഐ.
"-k" "x.xxe-xx"
പൊട്ടാസ്യം സാന്ദ്രത (നിമിഷം പരമാവധി സാന്ദ്രത ഇല്ല). പ്രഭാവം
അയോണുകളുടെ
ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് ഡ്യുപ്ലെക്സുകളുടെ തെർമോഡൈനാമിക് സ്ഥിരത സങ്കീർണ്ണമാണ്
ശരിയാക്കുന്നു
ഫംഗ്‌ഷനുകൾ ഏറ്റവും മികച്ച ഏകദേശ കണക്കിലാണ്. പ്രസിദ്ധീകരിച്ച Tm തിരുത്തൽ
ഫോർമുല
Owczarzy et al (2008) ന്റെ സോഡിയം അയോണുകൾ അതിനാൽ ബഫറുകൾക്കും ബാധകമാണ്
Tris അല്ലെങ്കിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
കെ.സി.എൽ. മോണോവാലന്റ് K+, Na+, Tris+ അയോണുകൾ DNA ഡ്യൂപ്ലെക്സുകളെ സ്ഥിരപ്പെടുത്തുന്നു
സമാന ശക്തിയോടെ, ഡ്യുപ്ലെക്‌സ് സ്ഥിരതയിൽ അവയുടെ സ്വാധീനം സങ്കലനമാണ്.
എന്നിരുന്നാലും ഈ ഫോർമുല
ഡിഎൻഎ ഡ്യൂപ്ലെക്സുകൾക്ക് മാത്രമുള്ളതാണ്.

-L EXIT_SUCCESS ഉപയോഗിച്ച് നിയമപരമായ വിവരങ്ങൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യുകയും പുറത്തുകടക്കുകയും ചെയ്യുന്നു.

-Mdnadnamm.nn
ഫയൽ ഉപയോഗിക്കാൻ പ്രോഗ്രാമിനെ അറിയിക്കുന്നു dnadnamm.nn സംഭാവന കണക്കാക്കാൻ
ഹെലിക്സ്-കോയിൽ സംക്രമണത്തിന്റെ തെർമോഡൈനാമിക്സുമായി പൊരുത്തപ്പെടുന്നില്ല. എല്ലാം അല്ല എന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക
പൊരുത്തമില്ലാത്ത ക്രിക്കിന്റെ ജോഡികൾ അന്വേഷിച്ചു. അതിനാൽ അത് അസാധ്യമായേക്കാം
പൊരുത്തമില്ലാത്ത ഡ്യൂപ്ലെക്സിന്റെ Tm കണക്കാക്കാൻ. മാത്രമല്ല, ആ പൊരുത്തക്കേടുകൾ എടുത്തിട്ടില്ല
ഏകദേശ മോഡ് വഴി അക്കൗണ്ടിലേക്ക്.

-Nx.xxe-xx
സോഡിയം സാന്ദ്രത (0 നും 10 മീറ്ററിനും ഇടയിൽ). തെർമോഡൈനാമിക്സിൽ അയോണുകളുടെ പ്രഭാവം
ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് ഡ്യുപ്ലെക്സുകളുടെ സ്ഥിരത സങ്കീർണ്ണവും തിരുത്തൽ പ്രവർത്തനങ്ങളും ആണ്
ഏറ്റവും മികച്ച ഏകദേശ കണക്കുകളാണ്. മാത്രമല്ല, അവ പൊതുവെ വിശ്വസനീയമാണ്
[0.1,10M] ഉൾപ്പെടുന്ന [Na+] എന്നതിന്. മറ്റ് അയോണുകൾ ഇല്ലെങ്കിൽ
പരിഹാരം, നമുക്ക് സോഡിയം തിരുത്തൽ മാത്രമേ ഉപയോഗിക്കാൻ കഴിയൂ. മറ്റൊരു സാഹചര്യത്തിൽ, ഞങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു
ഓവ്സാർസിയുടെ
അൽഗോരിതം.

-Ooutput_file
സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഔട്ട്പുട്ടിന് പകരം ഈ ഫയലിലേക്കാണ് ഔട്ട്പുട്ട് നിർദ്ദേശിച്ചിരിക്കുന്നത്. യുടെ പേര്
ഫയൽ ഒഴിവാക്കാം. ഫോമിന്റെ ഒരു ഓട്ടോമാറ്റിക് പേര് പിന്നീട് ജനറേറ്റുചെയ്യുന്നു
meltingYYYYMMMDD_HHhMMm.out (തീർച്ചയായും, POSIX കംപ്ലയിന്റ് സിസ്റ്റങ്ങളിൽ, നിങ്ങൾക്ക് അനുകരിക്കാം
ഇത് പ്രോഗ്രാം തീയതി ഉപയോഗിച്ച് നിർമ്മിച്ച ഒരു ഫയലിലേക്ക് stdout റീഡയറക്‌ടുചെയ്യുന്നതിലൂടെ).

-Px.xxe-xx
ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് സ്ട്രോണ്ടിന്റെ അധിക സാന്ദ്രത (0 നും 0.1 മീറ്ററിനും ഇടയിൽ).

-p കലോറിമെട്രിക് പാരാമീറ്ററുകളുടെ സെറ്റുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കണമെന്ന് കരുതുന്ന ഡയറക്‌ടറി തിരികെ നൽകുക
EXIT_SUCCESS-ൽ നിന്ന് പുറത്തുകടക്കുക. പരിസ്ഥിതി വേരിയബിൾ NN_PATH സജ്ജീകരിച്ചിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, അത് തിരികെ നൽകും.
അല്ലെങ്കിൽ, സമാഹരിക്കുന്ന സമയത്ത് സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി നിർവചിച്ച മൂല്യം തിരികെ നൽകും.

-q തെറ്റായി നൽകിയ പരാമീറ്ററിന്റെ സംവേദനാത്മക തിരുത്തൽ ഓഫാക്കുക. ഓടാൻ ഉപയോഗപ്രദമാണ്
ഒരു സെർവർ അല്ലെങ്കിൽ ഒരു ബാച്ച് സ്ക്രിപ്റ്റ് വഴി. ഡിഫോൾട്ട് ഓഫാണ് (അതായത് ഇന്ററാക്ടീവ് ഓൺ). ദി
സ്വിച്ച് രണ്ട് ഇന്ദ്രിയങ്ങളിലും പ്രവർത്തിക്കുന്നു. അതിനാൽ എങ്കിൽ -q ഒരു ഇൻപുട്ട് ഫയലിൽ സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു, മറ്റൊന്ന്
-q കമാൻഡ് ലൈനിൽ നിശബ്ദ മോഡ് ഓഫ് ചെയ്യും (രണ്ടാണെങ്കിൽ ഒരേ കാര്യം -q സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു
അതേ കമാൻഡ് ലൈനിൽ).

-Sക്രമം
ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ് ഡ്യുപ്ലെക്‌സിന്റെ ഒരു സ്‌ട്രാൻഡിന്റെ ക്രമം, 5' മുതൽ 3' വരെ നൽകി. പ്രധാനം: എങ്കിൽ
ഇതൊരു ഡിഎൻഎ/ആർഎൻഎ ഹെറ്ററോഡൂപ്ലെക്സാണ്, ഡിഎൻഎ സ്ട്രാൻഡിന്റെ ക്രമം നൽകേണ്ടതുണ്ട്.
യുറിഡിൻ, തൈമിഡിൻ എന്നിവ ഒരേപോലെ കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു. അടിസ്ഥാനങ്ങൾ മുകളിലോ അല്ലെങ്കിൽ ആകാം
ചെറിയക്ഷരം.

-TXXX ഏകദേശ കണക്കുകൂട്ടലിന് മുമ്പുള്ള വലുപ്പ പരിധി. അടുത്തുള്ള അയൽക്കാരന്റെ സമീപനം
ശ്രേണിയുടെ ദൈർഘ്യം ഈ പരിധിക്ക് താഴെയാണെങ്കിൽ മാത്രമേ ഉപയോഗിക്കൂ.

-tx.xxe-xx
ട്രൈസ് ബഫർ കോൺസൺട്രേഷൻ (നിമിഷത്തേക്ക് പരമാവധി ഏകാഗ്രത ഇല്ല).
ന്യൂക്ലിക് ആസിഡിന്റെ തെർമോഡൈനാമിക് സ്ഥിരതയിൽ അയോണുകളുടെ പ്രഭാവം
duplexes സങ്കീർണ്ണമാണ്, തിരുത്തൽ പ്രവർത്തനങ്ങൾ മികച്ചതാണ്
ഏകദേശ കണക്കുകൾ. സോഡിയം അയോണുകളുടെ പ്രസിദ്ധീകരിച്ച Tm തിരുത്തൽ സൂത്രവാക്യം
ഓവ്‌സാർസി തുടങ്ങിയവർ al(2008)അതിനാൽ Tris അല്ലെങ്കിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന ബഫറുകൾക്കും ഇത് ബാധകമാണ്
കെ.സി.എൽ. മോണോവാലന്റ് കെ+, നാ+, ട്രിസ്+ അയോണുകൾ ഡിഎൻഎ ഡ്യൂപ്ലെക്സുകളെ സമാനമായി സ്ഥിരപ്പെടുത്തുന്നു
ശക്തി, ഒപ്പം
ഡ്യൂപ്ലെക്‌സ് സ്ഥിരതയിൽ അവയുടെ സ്വാധീനം സങ്കലനമാണ്. എന്നിരുന്നാലും, ഈ ഫോർമുല അതിനുള്ളതാണ്
ഡിഎൻഎ
ഡ്യൂപ്ലെക്സുകൾ. ശ്രദ്ധിക്കുക, Tris+ അയോൺ കോൺസൺട്രേഷൻ ആകെയുള്ളതിന്റെ പകുതിയോളം വരും
ട്രൈസ് ബഫർ
ഏകാഗ്രത.

-v വെർബോസ് മോഡ് നിയന്ത്രിക്കുക, നിലവിലെ റണ്ണിനെക്കുറിച്ച് കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾ നൽകുന്നു (ശ്രമിക്കുക
നിങ്ങൾക്ക് രസകരമായ എന്തെങ്കിലും ലഭിക്കുമോ എന്ന് നോക്കാൻ ഒരിക്കൽ). ഡിഫോൾട്ട് ഓഫാണ്. സ്വിച്ച്
രണ്ട് അർത്ഥത്തിലും പ്രവർത്തിക്കുന്നു. അതിനാൽ എങ്കിൽ -v ഒരു ഇൻപുട്ട് ഫയലിൽ സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു, മറ്റൊന്ന് -v on
കമാൻഡ് ലൈൻ വെർബോസ് മോഡ് ഓഫ് ചെയ്യും (രണ്ടാണെങ്കിൽ ഒരേ കാര്യം -v സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു
അതേ കമാൻഡ് ലൈൻ).

-V പതിപ്പ് നമ്പർ പ്രദർശിപ്പിക്കുകയും EXIT_SUCCESS-നൊപ്പം പുറത്തുകടക്കുകയും ചെയ്യുന്നു.

-x G+C ഉള്ളടക്കത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കി, ഒരു ഏകദേശ ടിഎം കണക്കാക്കാൻ പ്രോഗ്രാമിനെ നിർബന്ധിക്കുക. ഈ ഓപ്ഷൻ
ജാഗ്രതയോടെ ഉപയോഗിക്കേണ്ടതുണ്ട്. എപ്പോൾ അത്തരം ഒരു കണക്കുകൂട്ടൽ കൂടുതലായി തെറ്റാണെന്ന് ശ്രദ്ധിക്കുക
ഡ്യുപ്ലെക്സിന്റെ നീളം കുറയുന്നു. മാത്രമല്ല, ഇത് ന്യൂക്ലിക്കിനെ കണക്കിലെടുക്കുന്നില്ല
ആസിഡ് കോൺസൺട്രേഷൻ, ഇത് ശക്തമായ തെറ്റാണ്.

അൽഗോരിതം

തെർമോഡൈനാമിക്സ് of ഹെലിക്സ്-കോയിൽ പരിവർത്തനം of ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ്
ഹെലിക്സ്-കോയിൽ സംക്രമണം പ്രവർത്തിക്കുന്നു എന്ന വസ്തുതയെ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ളതാണ് ഏറ്റവും അടുത്തുള്ള അയൽക്കാരൻ സമീപനം
ഒരു zipper. പ്രാരംഭ അറ്റാച്ച്മെന്റിന് ശേഷം, ഹൈബ്രിഡൈസേഷൻ പാർശ്വസ്ഥമായി വ്യാപിക്കുന്നു.
അതിനാൽ, ഈ പ്രക്രിയ ഓരോ സ്ട്രോണ്ടിലും (ക്രിക്കിന്റെ) അടുത്തുള്ള ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകളെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു.
ജോഡികൾ). ഒരേ അടിസ്ഥാന ജോഡികളുള്ള രണ്ട് ഡ്യൂപ്ലെക്‌സുകൾക്ക് വ്യത്യസ്ത സ്ഥിരത ഉണ്ടായിരിക്കാം, ഒപ്പം ഓണുമാണ്
നേരെമറിച്ച്, വ്യത്യസ്‌ത സീക്വൻസുകളുള്ള രണ്ട് ഡ്യൂപ്ലെക്‌സുകൾ, എന്നാൽ ക്രിക്കിന്റെ ജോഡികളുടെ സമാന സെറ്റുകൾ
ഒരേ തെർമോഡൈനാമിക്സ് ഗുണങ്ങൾ ഉണ്ടായിരിക്കും (സുഗിമോട്ടോ et al. 1994 കാണുക). ഈ പ്രോഗ്രാം
പ്രാഥമിക പരാമീറ്ററുകളിൽ നിന്ന് ആദ്യം ഹൈബ്രിഡൈസേഷൻ എൻതാൽപ്പിയും എൻട്രോപ്പിയും കണക്കാക്കുന്നു
ഓരോ ക്രിക്കിന്റെയും ജോഡി.

DeltaH = deltaH(ഇനിഷ്യേഷൻ) + SUM(deltaH(ക്രിക്കിന്റെ ജോഡി))
DeltaS = deltaS(ഇനിഷ്യേഷൻ) + SUM(deltaS(ക്രിക്കിന്റെ ജോഡി))

ന്യൂക്ലിക് ആസിഡിനെക്കുറിച്ചുള്ള ആഴത്തിലുള്ള അവലോകനങ്ങൾക്കായി വെറ്റ്മൂർ ജെജി (1991), സാന്താലൂസിയ (1998) എന്നിവ കാണുക.
ഹൈബ്രിഡൈസേഷനും അടുത്തുള്ള അയൽപക്ക പാരാമീറ്ററുകളുടെ വ്യത്യസ്ത സെറ്റിലും.

പ്രഭാവം of പൊരുത്തക്കേടുകൾ ഒപ്പം തൂങ്ങിക്കിടക്കുന്നു അറ്റത്ത്
പൊരുത്തമില്ലാത്ത ജോഡികളും കണക്കിലെടുക്കുന്നു. എന്നിരുന്നാലും തെർമോഡൈനാമിക് പാരാമീറ്ററുകൾ
സാധ്യമായ എല്ലാ കേസുകളിലും ഇപ്പോഴും ലഭ്യമല്ല (പ്രത്യേകിച്ച് രണ്ട് സ്ഥാനങ്ങളും ആയിരിക്കുമ്പോൾ
പൊരുത്തപ്പെടുന്നില്ല). അത്തരമൊരു സാഹചര്യത്തിൽ, പ്രസക്തമായ ഫലങ്ങളൊന്നും കണക്കാക്കാൻ കഴിയാതെ പ്രോഗ്രാം ഉപേക്ഷിക്കും
ഒരു മുന്നറിയിപ്പുമായി.

രണ്ടും ഒന്നാമത്തേയും സ്ഥാനങ്ങളേയും പൊരുത്തപ്പെടുത്താൻ കഴിയില്ല. അത്തരമൊരു സാഹചര്യത്തിൽ, ഫലം
പ്രവചനാതീതമാണ്, എല്ലാ കേസുകളും സാധ്യമാണ്. ഉദാഹരണത്തിന് (അല്ലാവിയും സാൻലൂസിയയും 1997 കാണുക),
ഡ്യൂപ്ലക്സ്

AT
GTGAGCTCAT
TACTCGAGTG
ടി.എ

എന്നതിനേക്കാൾ സ്ഥിരതയുള്ളതാണ്

AGTGAGCTCATT
TTACTCGAGTGA

തൂങ്ങിക്കിടക്കുന്ന അറ്റങ്ങൾ, അതായത് യുമാച്ച്ഡ് ടെർമിനൽ ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ കണക്കിലെടുക്കാം.

ഉദാഹരണം
ഡെൽറ്റH(
AGCGATGAA-
-CGCTGCTTT
) = DeltaH(AG/-C)+DeltaH(A-/TT)
+DeltaH(initG/C)+DeltaH(initA/T)
+DeltaH(GC/CG)+DeltaH(CG/GC)+2xDeltaH(GA/CT)+DeltaH(AA/TT)
+Delta(AT/TG പൊരുത്തക്കേട്) +DeltaG(TC/GG പൊരുത്തക്കേട്)

(DeltaS-നും ഇതേ കണക്കുകൂട്ടൽ നടത്തുന്നു)

ദി ഉരുകുന്നു താപനില
അപ്പോൾ ഉരുകൽ താപനില ഇനിപ്പറയുന്ന ഫോർമുല ഉപയോഗിച്ച് കണക്കാക്കുന്നു:

Tm = DeltaH / (DeltaS + Rx ln ([ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ്]/F))
Tm in K ([Na+] = 1 M ന്)
+ f([Na+]) - 273.15
തിരുത്തൽ ഉപ്പ് സാന്ദ്രതയ്ക്ക് (സോഡിയം കാറ്റേഷനുകൾ മാത്രമേ ഉള്ളൂവെങ്കിൽ
പരിഹാരം) ഡിഗ്രി സെൽഷ്യസിൽ താപനില ലഭിക്കാൻ. (വാസ്തവത്തിൽ ചില തിരുത്തലുകൾ ഉണ്ട്
നേരിട്ട് ഡെൽറ്റാസിൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ട്, സാൻലൂസിയ 1998-ലേത് കാണുക)

തിരുത്തൽ വേണ്ടി The ഏകാഗ്രത of ന്യൂക്ലിക് ആസിഡ്
രണ്ട് സ്ട്രോണ്ടുകളുടെയും ഏകാഗ്രത സമാനമാണെങ്കിൽ, സ്വയം പൂരകമാണെങ്കിൽ F 1 ആണ്
ഒലിഗോ ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ, 4 അല്ലെങ്കിൽ. ഒരു സ്ട്രാൻഡ് അധികമാണെങ്കിൽ (ഉദാഹരണത്തിന് PCR-ൽ
പരീക്ഷണം), F ആണ് 2 (യഥാർത്ഥത്തിൽ ഫോർമുലയുടെ വ്യത്യാസം ഉപയോഗിക്കേണ്ടതുണ്ട്
മൊത്തം സാന്ദ്രതയേക്കാൾ ഏകാഗ്രത, എന്നാൽ അധികമായാൽ മതിയാകും
മൊത്തം ഏകാഗ്രത സ്ട്രോണ്ടിന്റെ ഏകാഗ്രതയ്ക്ക് സമാനമാണെന്ന് അനുമാനിക്കാം
അധികമാണ്).

എന്നിരുന്നാലും ശ്രദ്ധിക്കുക, മെൽറ്റിംഗ് സ്വയം അസംബ്ലി ഇല്ല എന്ന അനുമാനം ഉണ്ടാക്കുന്നു, അതായത് കണക്കുകൂട്ടൽ ചെയ്യുന്നു
സ്വയം പൂരകത്വം ശരിയാക്കാൻ എൻട്രോപിക് പദമൊന്നും എടുക്കരുത്.

തിരുത്തൽ വേണ്ടി The ഏകാഗ്രത of ഉപ്പ്
ലായനിയിൽ സോഡിയം അയോണുകൾ മാത്രമേ ഉള്ളൂവെങ്കിൽ, നമുക്ക് ഇനിപ്പറയുന്ന തിരുത്തലുകൾ ഉപയോഗിക്കാം:

അതിനിടയിൽ തിരുത്തൽ തിരഞ്ഞെടുക്കാം wet91a, 1991 വെറ്റ്മൂരിൽ അവതരിപ്പിച്ചു അതായത്
16.6 x ലോഗ്([Na+] / (1 + 0.7 x [Na+])) + 3.85

san96a SantaLucia et al അവതരിപ്പിച്ചു. 1996 അതായത്
12.5 x ലോഗ്[Na+]

ഒപ്പം san98a 1998 ൽ സാന്റാലൂസിയയിൽ അവതരിപ്പിച്ചു അതായത് ഇല്ലാതെ എൻട്രോപിക് പദത്തിന്റെ ഒരു തിരുത്തൽ
എൻതാൽപ്പിയുടെ പരിഷ്ക്കരണം
DeltaS = DeltaS([Na+]=1M) + 0.368 x (N-1) x ln[Na+]

ഇവിടെ N എന്നത് ഡ്യൂപ്ലെക്‌സിന്റെ ദൈർഘ്യമാണ് (സാന്താലൂസിയ 1998 യഥാർത്ഥത്തിൽ 'N' ഉപയോഗിച്ചത് അല്ലാത്തവയുടെ സംഖ്യയാണ്.
ടെർമിനൽ ഫോസ്ഫേറ്റുകൾ, അത് നമ്മുടെ N-1 ന് തുല്യമാണ്). ശ്രദ്ധിക്കുക, ഈ തിരുത്തലാണ്
cal.mol-1.K-1-ൽ പ്രകടിപ്പിക്കുന്ന എൻട്രോപ്പി മൂല്യങ്ങൾ ശരിയാക്കാൻ ഉദ്ദേശിച്ചുള്ളതാണ്!!!

തിരുത്തൽ വേണ്ടി The ഏകാഗ്രത of അയോണുകൾ എപ്പോൾ മറ്റ് മോണോവാലന്റ് അയോണുകൾ അത്തരം as ട്രൈസ്+ ഒപ്പം K+ or
ഒഴിവുള്ളത് Mg2 + അയോണുകൾ ആകുന്നു ചേർത്തു
Na+ അയോണുകൾ മാത്രമേ ഉള്ളൂ എങ്കിൽ, ഉപ്പ് സാന്ദ്രതയ്ക്കായി നമുക്ക് തിരുത്തൽ ഉപയോഗിക്കാം (കാണുക
മുകളിൽ). വിപരീത സാഹചര്യത്തിൽ, ഞങ്ങൾ മഗ്നീഷ്യം, മോണോവാലന്റ് അയോണുകളുടെ തിരുത്തൽ ഉപയോഗിക്കും
Owczarzy et al (2008) ൽ നിന്ന്. (ഡിഎൻഎ ഡ്യൂപ്ലെക്സുകൾക്ക് മാത്രം)

[Mon+] = [Na+] + [K+] + [Tris+]

എവിടെ [Tris+] = [Tris ബഫർ]/2. (-t എന്ന ഓപ്ഷനിൽ, ഇത് ട്രൈസ് ബഫർ കോൺസൺട്രേഷൻ ആണ്
നൽകിയത്).

[Mon+] = 0 ആണെങ്കിൽ, ഡൈവാലന്റ് അയോണുകൾ മാത്രമാണ് നിലവിലുള്ള അയോണുകൾ
ഉരുകൽ താപനിലയും:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e +fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

എവിടെ: a = 3.92/100000. b = 9.11/1000000. c = 6.26/100000. d = 1.42/100000. ഇ =
4.82/10000. f = 5.25/10000. ഗ്രാം = 8.31/100000. Fgc എന്നത് GC ബേസ് ജോഡികളുടെ അംശമാണ്
സീക്വൻസും Nbp എന്നത് ക്രമത്തിന്റെ ദൈർഘ്യവുമാണ് (അടിസ്ഥാന ജോഡികളുടെ എണ്ണം).

[Mon+] > 0 ആണെങ്കിൽ, നമുക്ക് മത്സരാധിഷ്ഠിത ഡിഎൻഎ ബൈൻഡിംഗ് ഉണ്ടാകാം എന്നതിനാൽ നിരവധി കേസുകളുണ്ട്
മോണോവാലന്റ്, ഡൈവാലന്റ് കാറ്റേഷനുകൾക്കിടയിൽ:

അനുപാതം [Mg2+]^(0.5)/[Mon+] 0.22 ന് താഴെയാണെങ്കിൽ, മോണോവാലന്റ് അയോൺ സ്വാധീനം
പ്രബലമായ, ഡൈവാലന്റ് കാറ്റേഷനുകളെ അവഗണിക്കാം, ഉരുകൽ താപനില ഇതാണ്:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + (4.29 x Fgc - 3.95) x 1/100000 x ln([mon+]) + 9.40 x 1/1000000
x ln([Mon+]) x ln([Mon+])

എവിടെ: Fgc എന്നത് ക്രമത്തിലുള്ള GC ബേസ് ജോഡികളുടെ അംശമാണ്.

[Mg2+]^(0.5)/[Mon+] എന്ന അനുപാതം [0.22, 6[ ൽ ഉൾപ്പെടുത്തിയിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ, നമ്മൾ രണ്ടും കണക്കിലെടുക്കണം
Mg2+, മോണോവാലന്റ് കാറ്റേഷനുകളുടെ സാന്ദ്രത. ഉരുകൽ താപനില ഇതാണ്:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e + fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

എവിടെ: a = 3.92/100000 x (0.843 - 0.352 x [Mon+]0.5 x ln([Mon+])).
b = 9.11/1000000. c = 6.26/100000.
d = 1.42/100000 x (1.279 - 4.03/1000 x ln([mon+]) - 8.03/1000 x ln([mon+] x
ln([mon+]). ഇ = 4.82/10000. f = 5.25/10000. g = 8.31/100000 x (0.486 -
0.258 x ln([mon+]) + 5.25/1000 x ln([mon+] x ln([mon+] x ln([mon+]).

Fgc എന്നത് ക്രമത്തിലെ GC ബേസ് ജോഡികളുടെ ഭിന്നസംഖ്യയാണ്, Nbp എന്നത് ശ്രേണിയുടെ ദൈർഘ്യമാണ്
(അടിസ്ഥാന ജോഡികളുടെ എണ്ണം).

അവസാനമായി, അനുപാതം [Mg2+]^(0.5)/[Mon+] 6-നേക്കാൾ ഉയർന്നതാണെങ്കിൽ, ഡൈവാലന്റ് അയോൺ സ്വാധീനം
പ്രബലമായ, മോണോവാലന്റ് കാറ്റേഷനുകളെ അവഗണിക്കാം, ഉരുകൽ താപനില ഇതാണ്:

1/Tm(Mg2+) = 1/Tm(1M Na+) + a - bx ln([Mg2+]) + Fgc x (c + dx ln([Mg2+]) + 1/(2 x (Nbp -
1)) x (- e + fx ln([Mg2+]) + gx ln([Mg2+]) x ln([Mg2+]))

എവിടെ: a = 3.92/100000. b = 9.11/1000000. c = 6.26/100000. d = 1.42/100000. ഇ =
4.82/10000. f = 5.25/10000. ഗ്രാം = 8.31/100000.

Fgc എന്നത് ക്രമത്തിലെ GC ബേസ് ജോഡികളുടെ ഭിന്നസംഖ്യയാണ്, Nbp എന്നത് ശ്രേണിയുടെ ദൈർഘ്യമാണ്
(അടിസ്ഥാന ജോഡികളുടെ എണ്ണം).

നീളമുള്ള സീക്വൻസുകളാണ്
ഏറ്റവും അടുത്ത അയൽക്കാരന്റെ സമീപനം സ്ഥാപിച്ചിട്ടുണ്ടെന്ന് മനസ്സിലാക്കേണ്ടത് പ്രധാനമാണ്
ചെറിയ ഒലിഗോ ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ. അതിനാൽ ഏകദേശ മോഡിൽ ഉരുകുന്നത് ഉപയോഗിക്കുന്നത്
താരതമ്യേന ചെറിയ സീക്വൻസുകൾക്ക് മാത്രമേ ശരിക്കും കൃത്യതയുള്ളൂ (സീക്വൻസുകൾ രണ്ടാണെങ്കിലും
ചുരുക്കത്തിൽ, നമുക്ക് <6 ബിപി പറയാം, കൈകാലുകളുടെ സ്വാധീനം വളരെ പ്രാധാന്യമർഹിക്കുന്നു
വിശ്വാസ്യത വളരെ കുറയുന്നു). ദൈർഘ്യമേറിയ സീക്വൻസുകൾക്കായി ഒരു ഏകദേശ മോഡ് രൂപകൽപ്പന ചെയ്തിട്ടുണ്ട്.
ഓപ്‌ഷൻ നൽകുന്ന മൂല്യത്തേക്കാൾ സീക്വൻസ് ദൈർഘ്യം കൂടുതലാണെങ്കിൽ ഈ മോഡ് സമാരംഭിക്കും
-T (ഡിഫോൾട്ട് ത്രെഷോൾഡ് 60 bp ആണ്).

ഉരുകൽ താപനില ഇനിപ്പറയുന്ന ഫോർമുലകളാൽ കണക്കാക്കുന്നു:

DNA/DNA:
Tm = 81.5+16.6*log10([Na+]/(1+0.7[Na+]))+0.41%GC-500/size

DNA/RNA:
Tm = 67+16.6*log10([Na+]/(1.0+0.7[Na+]))+0.8%GC-500/size

RNA/RNA:
Tm = 78+16.6*log10([Na+]/(1.0+0.7[Na+]))+0.7%GC-500/size

എന്നിരുന്നാലും ഈ മോഡ് ശക്തമായി നിരുത്സാഹപ്പെടുത്തി.

കലര്പ്പായ അഭിപ്രായങ്ങൾ
പിഎച്ച് 71-ൽ ഹൈബ്രിഡൈസേഷൻ നടത്തുമ്പോൾ മാത്രമേ ഉരുകൽ നിലവിൽ കൃത്യമാകൂ.

ജലീയ മാധ്യമത്തിൽ നടത്തുന്ന ഹൈബ്രിഡൈസേഷനുകൾക്ക് മാത്രമേ കണക്കുകൂട്ടൽ സാധുതയുള്ളൂ.
അതിനാൽ ഫോർമൈഡ് പോലുള്ള ഡിനാറ്ററിംഗ് ഏജന്റുകളുടെ ഉപയോഗം പൂർണ്ണമായും അസാധുവാക്കുന്നു
ഫലങ്ങൾ.

അവലംബം

അല്ലാവി എച്ച്ടി, സാന്റാലൂസിയ ജെ. (1997). ഇന്റേണൽ GT പൊരുത്തക്കേടുകളുടെ തെർമോഡൈനാമിക്സും NMR
ഡിഎൻ‌എ. ബയോകെമിസ്ട്രി 36: 10581-10594

അല്ലാവി എച്ച്ടി, സാന്റാലൂസിയ ജെ. (1998). ഏറ്റവും അടുത്തുള്ള അയൽക്കാരന്റെ തെർമോഡൈനാമിക്സ് പാരാമീറ്ററുകൾ
ഡിഎൻഎയിലെ ആന്തരിക ജിഎ പൊരുത്തക്കേടുകൾ. ബയോകെമിസ്ട്രി 37: 2170-2179

അല്ലാവി എച്ച്ടി, സാന്റാലൂസിയ ജെ. (1998). ഡിഎൻഎയിലെ ആന്തരിക സിടി പൊരുത്തക്കേടുകളുടെ തെർമോഡൈനാമിക്സ്.
ന്യൂക്ലിക് ആസിഡുകൾ താമസിക്കുക XXX: 26- നം.

അല്ലാവി എച്ച്ടി, സാന്റാലൂസിയ ജെ. (1998). ഇന്റേണൽ എസിയുടെ അടുത്തുള്ള നെയ്ബർ തെർമോഡൈനാമിക്സ്
ഡിഎൻഎയിലെ പൊരുത്തക്കേടുകൾ: സീക്വൻസ് ആശ്രിതത്വവും പിഎച്ച് ഇഫക്റ്റുകളും. ബയോകെമിസ്ട്രി XXX: 37- നം.

ബൊമ്മാരിറ്റോ എസ്., പെയറെറ്റ് എൻ., സാന്റലൂസിയ ജെ. (2000). ഡിഎൻഎ സീക്വൻസുകൾക്കായുള്ള തെർമോഡൈനാമിക് പാരാമീറ്ററുകൾ
തൂങ്ങിക്കിടക്കുന്ന അറ്റങ്ങൾ. ന്യൂക്ലിക് ആസിഡുകൾ താമസിക്കുക 28: 1929-1934

Breslauer KJ, Frank R., Bl�ker H., Marky LA (1986). ഡിഎൻഎ ഡ്യൂപ്ലെക്സ് സ്ഥിരത പ്രവചിക്കുന്നു
അടിസ്ഥാന ക്രമത്തിൽ നിന്ന്. പ്രോസി നാറ്റ്ൽ അക്കാഡ് സയൻസ് യുഎസ്എ 83: 3746-3750

ഫ്രീയർ എസ്.എം., കീർസെക് ആർ., ജെയ്ഗർ ജെ.എ., സുഗിമോട്ടോ എൻ., കരുതേഴ്സ് എം.എച്ച്., നീൽസൺ ടി., ടർണർ ഡി.എച്ച്.
(1986). ആർഎൻഎ ഡ്യൂപ്ലെക്‌സ് സ്ഥിരതയുടെ പ്രവചനങ്ങൾക്കായുള്ള മെച്ചപ്പെട്ട ഫ്രീ-എനർജി പാരാമീറ്ററുകൾ.
ബയോകെമിസ്ട്രി XXX: 83- നം

Owczarzy R., Moreira BG, You Y., Behlke MB, Walder JA (2008) സ്ഥിരത പ്രവചിക്കുന്നു
മഗ്നീഷ്യം, മോണോവാലന്റ് കാറ്റേഷനുകൾ എന്നിവ അടങ്ങിയ ലായനികളിലെ ഡിഎൻഎ ഡ്യൂപ്ലെക്സുകൾ. ബയോകെമിസ്ട്രി 47:
5336-5353.

പെയ്‌റെറ്റ് എൻ., സെനെവിരത്‌നെ പിഎ, അല്ലാവി എച്ച്‌ടി, സാന്റലൂസിയ ജെ. (1999). അടുത്തുള്ള അയൽക്കാരൻ
ആന്തരിക AA, CC, GG, TT പൊരുത്തക്കേടുകളുള്ള ഡിഎൻഎ സീക്വൻസുകളുടെ തെർമോഡൈനാമിക്സ്, എൻഎംആർ.
ആശ്രിതത്വവും pH ഇഫക്റ്റുകളും. ബയോകെമിസ്ട്രി 38: 3468-3477

സാന്റാലൂസിയ ജെ. ജൂനിയർ, അല്ലാവി എച്ച്ടി, സെനെവിരത്നെ പിഎ (1996). അടുത്ത അയൽക്കാരനെ മെച്ചപ്പെടുത്തി
ഡിഎൻഎ ഡ്യൂപ്ലെക്സ് സ്ഥിരത പ്രവചിക്കുന്നതിനുള്ള പാരാമീറ്ററുകൾ. ബയോകെമിസ്ട്രി 35: 3555-3562

സുഗിമോട്ടോ എൻ., കറ്റോ എം., നകാനോ എസ്., ഒഹ്മിച്ചി ടി., സസാക്കി എം. (1994). ആർഎൻഎ/ഡിഎൻഎ ഹൈബ്രിഡ് ഡ്യുപ്ലെക്സുകൾ
ഒരേ പോലെയുള്ള അടുത്ത അയൽക്കാരന്റെ അടിസ്ഥാന ജോഡികൾക്ക് സമാനമായ സ്ഥിരതയുണ്ട്. FEBS അക്ഷരങ്ങൾ ക്സനുമ്ക്സ:
74-78

സുഗിമോട്ടോ എൻ., നകാനോ എസ്., കറ്റോ എം., മാറ്റ്‌സുമുറ എ., നകമുത എച്ച്., ഒഹ്മിച്ചി ടി., യോനേയാമ എം.,
സസാക്കി എം. (1995). ആർഎൻഎ/ഡിഎൻഎ ഹൈബ്രിഡിന്റെ സ്ഥിരത പ്രവചിക്കാനുള്ള തെർമോഡൈനാമിക് പാരാമീറ്ററുകൾ
ഡ്യൂപ്ലെക്സുകൾ. ബയോകെമിസ്ട്രി 34: 11211-11216

സുഗിമോട്ടോ എൻ., നകാനോ എസ്., യോനെയാമ എം., ഹോണ്ട കെ. (1996). മെച്ചപ്പെട്ട തെർമോഡൈനാമിക് പാരാമീറ്ററുകൾ
ഡിഎൻഎ ഡ്യൂപ്ലെക്സുകളുടെ സ്ഥിരത പ്രവചിക്കാൻ ഹെലിക്സ് ഇനീഷ്യേഷൻ ഘടകം. നക് ആസിഡുകൾ താമസിക്കുക ക്സനുമ്ക്സ:
4501-4505

വാറ്റ്കിൻസ് NE, സാന്റലൂസിയ ജെ. ജൂനിയർ (2005). ഡിയോക്സിനോസിനിന്റെ ഏറ്റവും അടുത്തുള്ള അയൽക്കാരൻ ടി-ഹെർമോഡൈനാമിക്സ്
ഡിഎൻഎ ഡ്യൂപ്ലെക്സുകളിൽ ജോഡികൾ. ന്യൂക്ലിക് ആസിഡുകൾ ഗവേഷണം 33: 6258-6267

റൈറ്റ് ഡിജെ, റൈസ് ജെഎൽ, യാങ്കർ ഡിഎം, സ്നോസ്കോ ബിഎം (2007). അടുത്തുള്ള അയൽക്കാരനായ പാരാമീറ്ററുകൾ
ആർഎൻഎ ഡ്യൂപ്ലെക്സുകളിൽ ഇനോസിൻ-യുറിഡിൻ ജോഡികൾ. ബയോകെമിസ്ട്രി 46: 4625-4634

Xia T., SantaLucia J., Burkard ME, Kierzek R., Schroeder SJ, Jiao X., Cox C., Turner
ഡിഎച്ച് (1998). വിപുലീകരിച്ച അടുത്തുള്ള അയൽക്കാരന്റെ മോഡലിനായുള്ള തെർമോഡൈനാമിക്സ് പാരാമീറ്ററുകൾ
വാട്സൺ-ക്രിക്ക് ബേസ് ജോഡികൾക്കൊപ്പം ആർഎൻഎ ഡ്യൂപ്ലെക്സുകളുടെ രൂപീകരണം. ബയോകെമിസ്ട്രി 37: 14719-14735

അവലോകനത്തിനായി കാണുക:

സാന്റാലൂസിയ ജെ. (1998) പോളിമർ, ഡംബെൽ, ഒലിഗോ ന്യൂക്ലിയോടൈഡ് ഡിഎൻഎ എന്നിവയുടെ ഏകീകൃത ദൃശ്യം-
അയൽക്കാരനായ തെർമോഡൈനാമിക്സ്. പ്രോസി നാറ്റ്ൽ അക്കാഡ് സയൻസ് യുഎസ്എ 95: 1460-1465

SantaLucia J., Hicks Donald (2004) The Thermodynamics of DNA structural motifs. അന്നു.
ബയോഫിസ് റവ. സ്ട്രക്റ്റ്. 33: 415 -440

വെറ്റ്മർ ജെജി (1991) ഡിഎൻഎ പ്രോബ്സ്: ന്യൂക്ലിക് ആസിഡിന്റെ തത്വങ്ങളുടെ പ്രയോഗങ്ങൾ
ഹൈബ്രിഡൈസേഷൻ. ക്രിട്ട് റവ ബയോകെം മോൽ ബയോൾ 26: 227-259

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് മെൽറ്റിംഗ് ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക