raxmlHPC-PTHREADS - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനായി

പട്ടിക:

NAME

ഉപയോഗം - ക്രമരഹിതമായ ആക്‌സലറേറ്റഡ് പരമാവധി സാധ്യത

വിവരണം

AVX പിന്തുണയോടെ raxml ഉപയോഗിക്കുക (1 cpus)

8.2.4 ഒക്‌ടോബർ 02-ന് അലക്‌സാന്ദ്രോസ് സ്റ്റാമാറ്റാക്കിസ് പുറത്തിറക്കിയ RAxML പതിപ്പ് 2015 ആണ് ഇത്.

വളരെയധികം വിലമതിക്കപ്പെട്ട കോഡ് സംഭാവനകളോടെ: ആന്ദ്രെ അബെറർ (HITS) സൈമൺ ബെർഗർ
(ഹിറ്റ്‌സ്) അലക്‌സി കോസ്‌ലോവ് (ഹിറ്റ്‌സ്) കാസിയൻ കോബെർട്ട് (ഹിറ്റ്‌സ്) ഡേവിഡ് ഡാവോ (കിറ്റ്, ഹിറ്റ്‌സ്)
നിക്ക് പട്ടേംഗലെ (സാൻഡിയ) വെയ്ൻ ഫൈഫർ (SDSC) അകിഫുമി എസ്. തനാബെ (NRIFS)

ദയവായി RAxML-മാനുവലും പരിശോധിക്കുക

RAxML ഗൂഗിൾ ഗ്രൂപ്പ് വഴി ബഗുകൾ റിപ്പോർട്ട് ചെയ്യുക! കൃത്യമായ എല്ലാ ഇൻപുട്ട് ഫയലുകളും ഞങ്ങൾക്ക് അയക്കുക
അഭ്യർത്ഥന, HW, ഓപ്പറേറ്റിംഗ് സിസ്റ്റത്തിന്റെ വിശദാംശങ്ങൾ, കൂടാതെ എല്ലാ പിശക് സന്ദേശങ്ങളും അച്ചടിച്ചു
സ്ക്രീനിലേക്ക്.

raxmlHPC[-SSE3|-AVX|-PTHREADS|-PTHREADS-SSE3|-PTHREADS-AVX|-HYBRID|-HYBRID-SSE3|HYBRID-AVX]

-s sequenceFileName -n outputFileName -m സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ മോഡൽ

[-ഒരു ഭാരം ഫയലിന്റെ പേര്] [-ഒരു സെക്കൻഡറി സ്ട്രക്ചർ സബ്സ്റ്റ് മോഡൽ] [-ബി
bootstrapRandomNumberSeed] [-B wcCriterionThreshold] [-c numberOfCategories] [-C]
[-d] [-D] [-ഇ സാധ്യത എപ്സിലോൺ] [-E excludeFileName] [-f
a|A|b|B|c|C|d|D|e|E|F|g|G|h|H|i|I|j|J|k|m|n|N|o|p| P|q|r|R|s|S|t|T|u|v|V|w|W|x|y]
[-F] [-g groupingFileName] [-G placementThreshold] [-h] [-H] [-i
പ്രാരംഭ പുനഃക്രമീകരണ ക്രമീകരണം] [-I autoFC|autoMR|autoMRE|autoMRE_IGN] [-j] [-J
MR|MR_DROP|MRE|STRICT|STRICT_DROP|T_ ] [-k] [-K] [-L MR|MRE|T_ ]
[-M] [-o outGroupName1[,outGroupName2[,...]]][-O] [-p parsimonyRandomSeed] [-P
പ്രോട്ടീൻ മോഡൽ] [-ക്യു മൾട്ടിപ്പിൾ മോഡൽ ഫയലിന്റെ പേര്] [-ആർ ബൈനറി കൺസ്ട്രെയിന്റ് ട്രീ] [-ആർ
binaryModelParamFile] [-S secondaryStructureFile] [-t userStartingTree] [-T
numberOfThreads] [-u] [-U] [-v] [-V] [-w outputDirectory] [-W slidingWindowSize]
[-x റാപ്പിഡ്ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പ് റാൻഡം നമ്പർ സീഡ്] [-X] [-y] [-Y
quartetGroupingFileName|പൂർവ്വിക ശ്രേണി സ്ഥാനാർത്ഥികളുടെ ഫയലിന്റെ പേര്] [-z multipleTreesFile]
[-#|-N നമ്പർOfRuns|autoFC|autoMR|autoMRE|autoMRE_IGN]
[--mesquite][--silent][--no-seq-check][--no-bfgs]
[--asc-corr=stamatakis|felsenstein|lewis]
[--ഫ്ലാഗ്-ചെക്ക്][--auto-prot=ml|bic|aic|aicc]
[--epa-keep-placements=number][--epa-accumulated-threshold=threshold]
[--epa-prob-threshold=threshold] [--JC69][--K80][--HKY85]

-a ഓരോ നിരയ്ക്കും വ്യക്തിഗത വെയ്റ്റുകൾ നൽകുന്നതിന് ഒരു കോളം വെയ്റ്റ് ഫയലിന്റെ പേര് വ്യക്തമാക്കുക
വിന്യാസം. ആ ഭാരങ്ങൾ ഏതെങ്കിലും തരത്തിലും സംഖ്യയിലും വേർതിരിക്കുന്ന പൂർണ്ണസംഖ്യകളായിരിക്കണം
ഒരു പ്രത്യേക ഫയലിലുള്ള വൈറ്റ്‌സ്‌പെയ്‌സ്, ഒരു ഉദാഹരണത്തിനായി ഫയൽ "example_weights" കാണുക.

-A RAxML-ൽ നടപ്പിലാക്കിയിരിക്കുന്ന ദ്വിതീയ ഘടന സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ മോഡലുകളിലൊന്ന് വ്യക്തമാക്കുക.
PHASE മാനുവലിൽ ഉള്ള അതേ നാമകരണം ഉപയോഗിക്കുന്നു, ലഭ്യമായ മോഡലുകൾ: S6A, S6B,
S6C, S6D, S6E, S7A, S7B, S7C, S7D, S7E, S7F, S16, S16A, S16B

ഡിഫോൾട്ട്: 16-സ്റ്റേറ്റ് GTR മോഡൽ (S16)

-b ഒരു പൂർണ്ണസംഖ്യ സംഖ്യ (റാൻഡം സീഡ്) വ്യക്തമാക്കുകയും ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പിംഗ് ഓണാക്കുകയും ചെയ്യുക

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫാണ്

-B 0.0 നും 1.0 നും ഇടയിലുള്ള ഒരു ഫ്ലോട്ടിംഗ് പോയിന്റ് നമ്പർ വ്യക്തമാക്കുക, അത് കട്ട്ഓഫായി ഉപയോഗിക്കും
എംആർ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ബൂട്ട്‌സ്റ്റോപ്പിംഗ് മാനദണ്ഡങ്ങൾക്കുള്ള പരിധി. ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ക്രമീകരണം 0.03 ആണ്.

ഡിഫോൾട്ട്: 0.03 (ശുപാർശ ചെയ്‌ത അനുഭവ നിർണ്ണയ ക്രമീകരണം)

-c നിരക്ക് മോഡൽ ആയിരിക്കുമ്പോൾ RAxML-നുള്ള വ്യത്യസ്ത നിരക്ക് വിഭാഗങ്ങളുടെ എണ്ണം വ്യക്തമാക്കുക
വൈവിധ്യത്തെ CAT ആയി സജ്ജീകരിച്ചിരിക്കുന്നു വ്യക്തിഗത ഓരോ സൈറ്റിനും നിരക്കുകൾ തരം തിരിച്ചിരിക്കുന്നു
കണക്കുകൂട്ടലുകൾ ത്വരിതപ്പെടുത്തുന്നതിന് numberOfCategories വിഭാഗങ്ങൾ നിരക്ക്.

സ്ഥിരസ്ഥിതി: 25

-C "-L", "-fi" ഓപ്ഷനുകൾക്കായി വെർബോസ് ഔട്ട്പുട്ട് പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുക. ഇത് കൂടുതൽ ഉൽപ്പാദിപ്പിക്കും
അതുപോലെ കൂടുതൽ വാചാലമായ ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലുകൾ

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫാണ്

-d റാൻഡം സ്റ്റാർട്ടിംഗ് ട്രീയിൽ നിന്ന് ML ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ ആരംഭിക്കുക

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫാണ്

-D ML തിരയൽ ഏകീകരണ മാനദണ്ഡം. ബന്ധുവാണെങ്കിൽ ഇത് ML തിരയലുകൾ തകർക്കും
റോബിൻസൺ-ഫോൾഡ്സ് മരങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള ദൂരം തുടർച്ചയായി രണ്ട് അലസമായ SPR-ൽ നിന്ന് ലഭിച്ചു
സൈക്കിളുകൾ ചെറുതോ 1% ന് തുല്യമോ ആണ്. വളരെ വലിയ ഡാറ്റാസെറ്റുകൾക്ക് ശുപാർശ ചെയ്യുന്ന ഉപയോഗം
നികുതി വ്യവസ്ഥകൾ. 500-ലധികം ടാക്‌സകളുള്ള മരങ്ങളിൽ ഇത് എക്‌സിക്യൂഷൻ സമയം നൽകും
ഏകദേശം 50% മെച്ചപ്പെടുത്തലുകൾ, കുറച്ച് മോശമായ മരങ്ങൾ മാത്രം വിളവ് നൽകുമ്പോൾ.

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫാണ്

-e അന്തിമ ഒപ്റ്റിമൈസേഷനായി ലോഗ് സാധ്യത യൂണിറ്റുകളിൽ മോഡൽ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ പ്രിസിഷൻ സജ്ജമാക്കുക
ട്രീ ടോപ്പോളജി

സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0.1
മാറ്റമില്ലാത്ത സൈറ്റുകളുടെ എസ്റ്റിമേറ്റ് അനുപാതം ഉപയോഗിക്കാത്ത മോഡലുകൾക്ക്

മാറ്റമില്ലാത്ത സൈറ്റുകളുടെ എസ്റ്റിമേറ്റ് അനുപാതം ഉപയോഗിക്കുന്ന മോഡലുകൾക്ക് 0.001

-E ഒരു ഒഴിവാക്കൽ ഫയലിന്റെ പേര് വ്യക്തമാക്കുക, അതിൽ വിന്യാസ സ്ഥാനങ്ങളുടെ ഒരു സ്പെസിഫിക്കേഷൻ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
നിങ്ങൾ ഒഴിവാക്കാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്നു. ഫോർമാറ്റ് Nexus-ന് സമാനമാണ്, ഫയലിൽ എൻട്രികൾ അടങ്ങിയിരിക്കണം
"100-200 300-400" പോലെ, ഒരു കോളം എഴുതാതിരിക്കാൻ, ഉദാ, "100-100", നിങ്ങളാണെങ്കിൽ
ഒരു മിക്സഡ് മോഡൽ ഉപയോഗിക്കുക, ഉചിതമായ രീതിയിൽ പൊരുത്തപ്പെടുത്തപ്പെട്ട മോഡൽ ഫയൽ എഴുതപ്പെടും.

-f അൽഗോരിതം തിരഞ്ഞെടുക്കുക:

"-fa": ദ്രുതഗതിയിലുള്ള ബൂട്ട്‌സ്‌ട്രാപ്പ് വിശകലനം, ഒരു പ്രോഗ്രാമിൽ ഏറ്റവും മികച്ച സ്‌കോറിംഗ് ML ട്രീക്കായി തിരയുക
"-f A" പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക: നൽകിയിരിക്കുന്ന ഒരു വേരൂന്നിയ റഫറൻസ് ട്രീയിൽ നാമമാത്ര പൂർവ്വിക അവസ്ഥകൾ കണക്കാക്കുക
"-t" "-fb" ഉപയോഗിച്ച്: "-t" അടിസ്ഥാനമാക്കി നൽകിയിരിക്കുന്ന ഒരു ട്രീയിൽ ബൈപാർട്ടീഷൻ വിവരങ്ങൾ വരയ്ക്കുക
ഒന്നിലധികം മരങ്ങളിൽ

(ഉദാ, ഒരു ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പിൽ നിന്ന്) "-z" വ്യക്തമാക്കിയ ഫയലിൽ

"-f B": ഒരു മരത്തിൽ br-len സ്കെയിലറും മറ്റ് മോഡൽ പാരാമീറ്ററുകളും (GTR, ആൽഫ, മുതലായവ) ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യുക
"-t" നൽകി.
മരത്തിന് ശാഖകളുടെ നീളം ഉണ്ടായിരിക്കണം. ശാഖകളുടെ നീളം ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യില്ല,
ഒരു പൊതു മൂല്യം കൊണ്ട് സ്കെയിൽ ചെയ്തു.

"-fc": RAxML "-f C" വഴി വിന്യാസം ശരിയായി വായിക്കാൻ കഴിയുമോയെന്ന് പരിശോധിക്കുക: പൂർവ്വികർ
ജിയാജിയ്‌ക്കായുള്ള സീക്വൻസ് ടെസ്റ്റ്, ഉപയോക്താക്കൾ ടാക്‌സൺ പേരുകളുടെ ഒരു ലിസ്റ്റ് വഴി നൽകേണ്ടതുണ്ട്
-Y വൈറ്റ്‌സ്‌പെയ്‌സ് "-fd" കൊണ്ട് വേർതിരിച്ചിരിക്കുന്നു: പുതിയ ദ്രുത ഹിൽ ക്ലൈംബിംഗ്

ഡിഫോൾട്ട്: ഓണാണ്

"-f D": RELL ബൂട്ട്‌സ്‌ട്രാപ്പുകളുള്ള ദ്രുത മലകയറ്റം "-fe": മോഡൽ+ബ്രാഞ്ച് ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യുക
GAMMA/GAMMAI-ന് കീഴിൽ നൽകിയിരിക്കുന്ന ഇൻപുട്ട് ട്രീയുടെ ദൈർഘ്യം "-f E" മാത്രം: വളരെ വേഗത്തിൽ നടപ്പിലാക്കുക
പരീക്ഷണാടിസ്ഥാനത്തിലുള്ള ട്രീ സെർച്ച്, നിലവിൽ "-f F" ടെസ്റ്റിംഗിനായി മാത്രം: വേഗത്തിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക
പരീക്ഷണാടിസ്ഥാനത്തിലുള്ള ട്രീ സെർച്ച്, നിലവിൽ "-fg" ടെസ്റ്റിംഗിനായി മാത്രം: ഓരോ സൈറ്റ് ലോഗ് കണക്കാക്കുക
ഒരു അയിര് കൂടുതൽ മരങ്ങൾ ഉണ്ടാകാനുള്ള സാധ്യത കടന്നുപോയി

CONSEL-ന് വായിക്കാൻ കഴിയുന്ന ഒരു ഫയലിലേക്ക് "-z" എഴുതുക
മോഡൽ പാരാമീറ്ററുകൾ ആദ്യ മരത്തിൽ മാത്രം കണക്കാക്കും!

"-f G": ഓരോ സൈറ്റിന്റെ ലോഗ് കണക്കാക്കുക, ഒരു അയിര് കൂടുതൽ മരങ്ങൾ കടന്നുപോകാനുള്ള സാധ്യത
CONSEL-ന് വായിക്കാൻ കഴിയുന്ന ഒരു ഫയലിലേക്ക് "-z" എഴുതുക. മോഡൽ പാരാമീറ്ററുകൾ
ഓരോ മരത്തിനും വീണ്ടും കണക്കാക്കും

"-fh": "-t" വഴി പാസായ മികച്ച മരങ്ങൾക്കിടയിലുള്ള കമ്പ്യൂട്ട് ലോഗ് സാധ്യതാ പരിശോധന (SH-ടെസ്റ്റ്)
കൂടാതെ "-z" വഴി കടന്നുപോകുന്ന മറ്റ് മരങ്ങളുടെ ഒരു കൂട്ടം മോഡൽ പാരാമീറ്ററുകൾ കണക്കാക്കും
ആദ്യത്തെ മരത്തിൽ മാത്രം!

"-f H": "-t" വഴി കടന്നുപോകുന്ന ഏറ്റവും മികച്ച മരങ്ങൾക്കിടയിലുള്ള കമ്പ്യൂട്ട് ലോഗ് സാധ്യതാ പരിശോധന (SH-ടെസ്റ്റ്)
കൂടാതെ "-z" വഴി കടന്നുപോകുന്ന മറ്റ് മരങ്ങളുടെ ഒരു കൂട്ടം മോഡൽ പാരാമീറ്ററുകൾ ആയിരിക്കും
ഓരോ മരത്തിനും വീണ്ടും കണക്കാക്കി

"-fi": "-t" നൽകിയിരിക്കുന്ന ഒരു മരത്തിൽ IC, TC സ്കോറുകൾ (Salichos, Rokas 2013) കണക്കാക്കുക
ഒന്നിലധികം മരങ്ങളെ അടിസ്ഥാനമാക്കി
(ഉദാ, ഒരു ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പിൽ നിന്ന്) "-z" വ്യക്തമാക്കിയ ഫയലിൽ

"-f I": വേരൂന്നിയ മരങ്ങൾക്കായുള്ള ഒരു ലളിതമായ ട്രീ റൂട്ടിംഗ് അൽഗോരിതം.
ഉപവൃക്ഷത്തെ മികച്ച രീതിയിൽ സന്തുലിതമാക്കുന്ന ശാഖയിൽ വേരൂന്നിക്കൊണ്ട് ഇത് വൃക്ഷത്തെ വേരുറപ്പിക്കുന്നു
ഇടത്, വലത് ഉപവൃക്ഷത്തിന്റെ നീളം (ഉപവൃക്ഷങ്ങളിലെ ശാഖകളുടെ ആകെത്തുക). എ
ഒപ്റ്റിമൽ ബാലൻസ് ഉള്ള ബ്രാഞ്ച് എല്ലായ്പ്പോഴും നിലവിലില്ല! നിങ്ങൾ വൃക്ഷം വ്യക്തമാക്കേണ്ടതുണ്ട്
നിങ്ങൾ "-t" വഴി റൂട്ട് ചെയ്യാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്നു.

"-fj": ഒരു യഥാർത്ഥ അലൈൻമെന്റ് ഫയലിൽ നിന്ന് ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പ് ചെയ്ത അലൈൻമെന്റ് ഫയലുകളുടെ ഒരു കൂട്ടം സൃഷ്ടിക്കുക.
"-b" ഉള്ള ഒരു വിത്തും "-#" ഉള്ള പകർപ്പുകളുടെ എണ്ണവും നിങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കേണ്ടതുണ്ട്

"-f J": "-t" വഴി കടന്നുപോകുന്ന തന്നിരിക്കുന്ന ട്രീയിൽ SH-പോലുള്ള പിന്തുണ മൂല്യങ്ങൾ കണക്കാക്കുക. "-fk":
നഷ്‌ടമായ ഡാറ്റ ഉപയോഗിച്ച് പാർട്ടീഷൻ ചെയ്‌ത ഡാറ്റാ സെറ്റുകളിൽ നീളമുള്ള ബ്രാഞ്ച് ദൈർഘ്യം പരിഹരിക്കുക

ശാഖയുടെ നീളം മോഷ്ടിക്കുന്ന അൽഗോരിതം.
ഈ ഓപ്ഷൻ "-t", "-M", "-q" എന്നിവയുമായി സംയോജിച്ച് മാത്രമേ പ്രവർത്തിക്കൂ. അത് പ്രിന്റ് ഔട്ട് ചെയ്യും
ചെറിയ ശാഖകളുള്ള, എന്നാൽ അതേ സാധ്യതയുള്ള സ്കോർ ഉള്ള ഒരു വൃക്ഷം.

"-fm": "-t", "-z" എന്നിവയിലൂടെ കടന്നുപോകുന്ന രണ്ട് മരങ്ങൾ തമ്മിലുള്ള ദ്വിഭാഗങ്ങൾ താരതമ്യം ചെയ്യുക
യഥാക്രമം. ഇത് എല്ലാ ബൈപാർട്ടീഷനുകളും തമ്മിലുള്ള പിയേഴ്സൺ പരസ്പരബന്ധം തിരികെ നൽകും
രണ്ട് ട്രീ ഫയലുകളിൽ കണ്ടെത്തി. എന്നൊരു ഫയൽ
RAxML_bipartitionFrequencies.outpuFileName പ്രിന്റ് ചെയ്യപ്പെടും.
രണ്ട് സെറ്റുകളുടെ ജോഡി-വൈസ് ബൈപാർട്ടീഷൻ ഫ്രീക്വൻസികൾ

"-fn": നൽകിയിരിക്കുന്ന ഒരു ട്രീ ഫയലിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന എല്ലാ മരങ്ങളുടെയും ലോഗ് സാധ്യത സ്കോർ കണക്കാക്കുക
"-z" GAMMA അല്ലെങ്കിൽ GAMMA+P-Invar-ന് കീഴിൽ മോഡൽ പാരാമീറ്ററുകൾ കണക്കാക്കും
ആദ്യത്തെ മരം മാത്രം!

"-f N": നൽകിയിരിക്കുന്ന ഒരു ട്രീ ഫയലിൽ അടങ്ങിയിരിക്കുന്ന എല്ലാ മരങ്ങളുടെയും ലോഗ് സാധ്യത സ്കോർ കണക്കാക്കുക
"-z" GAMMA അല്ലെങ്കിൽ GAMMA+P-Invar എന്നതിന് കീഴിൽ മോഡൽ പാരാമീറ്ററുകൾ വീണ്ടും കണക്കാക്കും
ഓരോ മരവും

"-fo": ഹ്യൂറിസ്റ്റിക് കട്ട്ഓഫ് ഇല്ലാതെ പഴയതും വേഗത കുറഞ്ഞതുമായ ഹിൽ ക്ലൈംബിംഗ് "-fp": പ്രകടനം
അപൂർണ്ണമായ സ്റ്റാർട്ടിംഗ് ട്രീയിലേക്ക് ശുദ്ധമായ സ്റ്റെപ്പ്വൈസ് എംപി പുതിയ സീക്വൻസുകൾ ചേർത്ത് പുറത്തുകടക്കുക
"-f P": പാസ്സായ ഒരു ഫയലിൽ വ്യക്തമാക്കിയ ഉപവൃക്ഷങ്ങളുടെ ഒരു ഫൈലോജെനെറ്റിക് പ്ലേസ്മെന്റ് നടത്തുക
തന്നിരിക്കുന്ന റഫറൻസ് ട്രീയിലേക്ക് "-z" വഴി

ഇതിൽ "-t" വഴി കടന്നുപോകുന്ന ഈ ഉപവൃക്ഷങ്ങൾ അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
പരിണാമ പ്ലെയ്‌സ്‌മെന്റ് അൽഗോരിതം.

"-fq": ഫാസ്റ്റ് ക്വാർട്ടറ്റ് കാൽക്കുലേറ്റർ "-fr": ജോഡിവൈസ് റോബിൻസൺ-ഫോൾഡ്സ് (RF)
"-z" വഴി കടന്നുപോകുന്ന ഒരു ട്രീ ഫയലിലെ എല്ലാ ജോഡി മരങ്ങൾക്കിടയിലുള്ള ദൂരം

മരങ്ങൾക്ക് പൂർണ്ണസംഖ്യ പിന്തുണ മൂല്യങ്ങളായി പ്രതിനിധീകരിക്കുന്ന നോഡ് ലേബലുകൾ ഉണ്ടെങ്കിൽ പ്രോഗ്രാമും ചെയ്യും
രണ്ട് രുചികൾ കണക്കാക്കുക
വെയ്റ്റഡ് റോബിൻസൺ-ഫോൾഡ്സ് (WRF) ദൂരം

"-f R": ഒരു വലിയ റഫറൻസ് ട്രീ തമ്മിലുള്ള എല്ലാ ജോടി റോബിൻസൺ-ഫോൾഡ്സ് (RF) ദൂരങ്ങളും കണക്കാക്കുക
"-t" വഴി കടന്നുപോയി

നിരവധി ചെറിയ മരങ്ങൾ (വലിയ മരത്തിന്റെ ടാക്‌സയുടെ ഒരു ഉപവിഭാഗം ഉണ്ടായിരിക്കണം) കടന്നുപോയി
"-z".
ഈ ഓപ്ഷൻ വളരെ വലിയ ഫൈലോജെനികളുടെ വിശ്വാസ്യത പരിശോധിക്കാൻ ഉദ്ദേശിച്ചുള്ളതാണ്
അത് ഇനി ദൃശ്യപരമായി പരിശോധിക്കാൻ കഴിയില്ല.

"-fs": ഒരു മൾട്ടി-ജീൻ പാർട്ടീഷൻ ചെയ്ത വിന്യാസം അതാത് ഭാഗങ്ങളായി വിഭജിക്കുക
subalignments "-f S": ഒരു ലീവ് വൺ ഉപയോഗിച്ച് സൈറ്റ്-നിർദ്ദിഷ്ട പ്ലെയ്‌സ്‌മെന്റ് ബയസ് കണക്കാക്കുക
പരിണാമ പ്ലെയ്‌സ്‌മെന്റ് അൽഗോരിതം "-ft"-ൽ നിന്ന് പ്രചോദനം ഉൾക്കൊണ്ടുള്ള പരീക്ഷണം: ക്രമരഹിതമായ വൃക്ഷം ചെയ്യുക
ഒരു നിശ്ചിത സ്റ്റാർട്ടിംഗ് ട്രീ "-f T"-ൽ തിരയലുകൾ: ML-ന്റെ അന്തിമ സമഗ്രമായ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ നടത്തുക
ദ്രുതഗതിയിലുള്ള ബൂട്ട്‌സ്‌ട്രാപ്പ് തിരയലിൽ നിന്നുള്ള ട്രീ സ്റ്റാൻഡ്-എലോൺ മോഡിൽ "-ഫു": മോർഫോളജിക്കൽ എക്സിക്യൂട്ട് ചെയ്യുക
പരമാവധി സാധ്യത ഉപയോഗിച്ച് ഭാരം കാലിബ്രേഷൻ, ഇത് ഒരു ഭാരം വെക്റ്റർ തിരികെ നൽകും.

"-t" വഴി നിങ്ങൾ ഒരു രൂപാന്തര വിന്യാസവും ഒരു റഫറൻസ് ട്രീയും നൽകേണ്ടതുണ്ട്

"-fv": ഒരു കൂട്ടം പാരിസ്ഥിതിക ക്രമങ്ങളെ സമഗ്രമായി ഉപയോഗിച്ച് ഒരു റഫറൻസ് ട്രീ ആയി തരംതിരിക്കുക
ഉൾപ്പെടുത്തലുകൾ വായിക്കുക
നിങ്ങൾ സമഗ്രമല്ലാത്ത ഒരു റഫറൻസ് ട്രീ ഉപയോഗിച്ച് RAxML ആരംഭിക്കേണ്ടതുണ്ട്
എല്ലാ സീക്വൻസുകളും അടങ്ങുന്ന വിന്യാസം (റഫറൻസ് + അന്വേഷണം)

"-f V": ഒരു കൂട്ടം പാരിസ്ഥിതിക ക്രമങ്ങളെ സമഗ്രമായി ഉപയോഗിച്ച് ഒരു റഫറൻസ് ട്രീ ആയി തരംതിരിക്കുക
ഉൾപ്പെടുത്തലുകൾ വായിക്കുക
നിങ്ങൾ സമഗ്രമല്ലാത്ത ഒരു റഫറൻസ് ട്രീ ഉപയോഗിച്ച് RAxML ആരംഭിക്കേണ്ടതുണ്ട്
എല്ലാ സീക്വൻസുകളും അടങ്ങുന്ന വിന്യാസം (റഫറൻസ് + അന്വേഷണം) മുന്നറിയിപ്പ്: ഇതൊരു പരീക്ഷണമാണ്
മൾട്ടി-ജീൻ/മുഴുവൻ-ജീനോം ഡാറ്റാസെറ്റുകൾ കൂടുതൽ കാര്യക്ഷമമായി കൈകാര്യം ചെയ്യുന്നതിനുള്ള നടപ്പാക്കൽ!

"-fw": "-z" വഴി കടന്നുപോയ ഒരു കൂട്ടം മരങ്ങളിൽ ELW ടെസ്റ്റ് കണക്കാക്കുക
മോഡൽ പാരാമീറ്ററുകൾ ആദ്യ മരത്തിൽ മാത്രം കണക്കാക്കും!

"-f W": "-z" വഴി കടന്നുപോകുന്ന ഒരു കൂട്ടം മരങ്ങളിൽ ELW ടെസ്റ്റ് കണക്കാക്കുക
ഓരോ മരത്തിനും മോഡൽ പാരാമീറ്ററുകൾ വീണ്ടും കണക്കാക്കും

"-fx": ജോടി തിരിച്ചുള്ള ML ദൂരം കണക്കാക്കുക, ML മോഡൽ പാരാമീറ്ററുകൾ ഒരു MP-യിൽ കണക്കാക്കും
സ്റ്റാർട്ടിംഗ് ട്രീ അല്ലെങ്കിൽ "-t" വഴി കടന്നുപോകുന്ന ഒരു ഉപയോക്തൃ നിർവചിച്ച ട്രീ, GAMMA-അടിസ്ഥാനത്തിൽ മാത്രം അനുവദനീയമാണ്
നിരക്ക് വൈവിധ്യത്തിന്റെ മാതൃകകൾ

"-fy": പാഴ്‌സിമോണി ഉപയോഗിച്ച് ഒരു കൂട്ടം പാരിസ്ഥിതിക ക്രമങ്ങളെ ഒരു റഫറൻസ് ട്രീ ആയി തരംതിരിക്കുക
നിങ്ങൾ സമഗ്രമല്ലാത്ത ഒരു റഫറൻസ് ട്രീ ഉപയോഗിച്ച് RAxML ആരംഭിക്കേണ്ടതുണ്ട്
എല്ലാ സീക്വൻസുകളും അടങ്ങുന്ന വിന്യാസം (റഫറൻസ് + അന്വേഷണം)

"-f" എന്നതിനായുള്ള ഡിഫോൾട്ട്: പുതിയ അതിവേഗ ഹിൽ ക്ലൈംബിംഗ്

-F ഇതിലേക്ക് മാറാതെ തന്നെ വളരെ വലിയ മരങ്ങൾക്കായി CAT മോഡലിന് കീഴിൽ ML ട്രീ തിരയലുകൾ പ്രാപ്തമാക്കുക
അവസാനം GAMMA (ഓർമ്മ സംരക്ഷിക്കുന്നു). ഈ ഓപ്‌ഷൻ GAMMAയ്‌ക്കൊപ്പവും ഉപയോഗിക്കാം
മികച്ച സ്കോറുള്ള ML ട്രീയുടെ സമഗ്രമായ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ ഒഴിവാക്കാൻ മോഡലുകൾ
അവസാനം.

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫാണ്

-g ഈ വൃക്ഷത്തിന് ആവശ്യമില്ലാത്ത ഒരു മൾട്ടിഫർകേറ്റിംഗ് കൺസ്ട്രെയിന്റ് ട്രീയുടെ ഫയൽ നാമം വ്യക്തമാക്കുക
സമഗ്രമായിരിക്കാൻ, അതായത് എല്ലാ ടാക്സകളും അടങ്ങിയിരിക്കരുത്

-G ഒരു വ്യക്തമാക്കിക്കൊണ്ട് ML അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള പരിണാമ പ്ലെയ്‌സ്‌മെന്റ് അൽഗോരിതം ഹ്യൂറിസ്റ്റിക്‌സ് പ്രാപ്‌തമാക്കുക
ത്രെഷോൾഡ് മൂല്യം (ഇൻസേർഷൻ ബ്രാഞ്ചുകളുടെ അംശം സ്ലോ ഉപയോഗിച്ച് വിലയിരുത്തണം
ML ന് കീഴിൽ ഉൾപ്പെടുത്തലുകൾ).

-h ഈ സഹായ സന്ദേശം പ്രദർശിപ്പിക്കുക.

-H പാറ്റേൺ കംപ്രഷൻ പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുക.

ഡിഫോൾട്ട്: ഓണാണ്

-i ടോപ്പോളജിക്കൽ മാറ്റങ്ങളുടെ തുടർന്നുള്ള പ്രയോഗത്തിനായുള്ള പ്രാരംഭ പുനഃക്രമീകരണ ക്രമീകരണം
ഘട്ടം

-I ഒരു പിൻകാല ബൂട്ട്‌സ്റ്റോപ്പിംഗ് വിശകലനം. ഉപയോഗിക്കുക:

ഭൂരിപക്ഷ-നിയമത്തിനുള്ള "-I autoMR" ആവൃത്തി അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള മാനദണ്ഡത്തിന് "-I autoFC"
വിപുലീകൃത ഭൂരിപക്ഷ-നിയമ സമവായ മരത്തിനുള്ള കൺസെൻസസ് ട്രീ മാനദണ്ഡം "-I autoMRE"
MRE പോലെയുള്ള മെട്രിക്കുകൾക്കുള്ള മാനദണ്ഡം "-I autoMRE_IGN", എന്നാൽ ബൈപാർട്ടീഷനുകൾ ഉൾപ്പെടുന്നു
അവ അനുയോജ്യമാണോ എന്നതിന്റെ പരിധിയിൽ

അല്ലെങ്കിൽ അല്ല. ഇത് എംആർഇയെ അനുകരിക്കുന്നു, പക്ഷേ കണക്കുകൂട്ടാൻ വേഗമേറിയതാണ്.

"-z" വഴി നിരവധി ബൂട്ട്‌സ്‌ട്രാപ്പ് പകർപ്പുകൾ അടങ്ങിയ ഒരു ട്രീ ഫയലും നിങ്ങൾ കൈമാറേണ്ടതുണ്ട്.

-j സ്റ്റാൻഡേർഡ് സമയത്ത് ഫയൽ ചെയ്യാൻ ഇന്റർമീഡിയറ്റ് ട്രീ ഫയലുകൾ എഴുതണമെന്ന് വ്യക്തമാക്കുന്നു
ML, BS ട്രീ തിരയലുകൾ.

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫാണ്

-J "-ജെ എംആർ" അല്ലെങ്കിൽ വിപുലീകൃത ഭൂരിപക്ഷ റൂൾ ഉപയോഗിച്ച് ഭൂരിപക്ഷ റൂൾ കൺസെൻസസ് ട്രീ കണക്കാക്കുക
"-J MRE" ഉള്ള കൺസെൻസസ് ട്രീ അല്ലെങ്കിൽ "-J STRICT" ഉള്ള കർശനമായ കൺസെൻസസ് ട്രീ. എ
ഇച്ഛാനുസൃത സമവായ പരിധി >= 50%, T_ വ്യക്തമാക്കുക , ഇവിടെ 100 >= NUM ​​>= 50.
"-J STRICT_DROP", "-J MR_DROP" എന്നീ ഓപ്‌ഷനുകൾ തിരിച്ചറിയുന്ന ഒരു അൽഗോരിതം എക്സിക്യൂട്ട് ചെയ്യും
പട്ടേൻഗാലെ തുടങ്ങിയവർ നിർദ്ദേശിച്ചതുപോലെ റോഗ് ടാക്സ അടങ്ങിയ ഡ്രോപ്സെറ്റുകൾ. പേപ്പറിൽ
"മറഞ്ഞിരിക്കുന്ന ഫൈലോജെനെറ്റിക് കൺസെൻസസ് അനാവരണം ചെയ്യുന്നു". നിങ്ങൾ ഒരു മരവും നൽകേണ്ടതുണ്ട്
"-z" വഴി അൺറൂട്ട് ചെയ്യാത്ത നിരവധി മരങ്ങൾ അടങ്ങിയ ഫയൽ

-k ബൂട്ട്‌സ്‌ട്രാപ്പ് ചെയ്‌ത മരങ്ങൾ ശാഖകളുടെ നീളം കൊണ്ട് പ്രിന്റ് ചെയ്യണമെന്ന് വ്യക്തമാക്കുന്നു. ദി
മോഡൽ പാരാമീറ്ററുകൾ ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യുമെന്നതിനാൽ ബൂട്ട്‌സ്‌ട്രാപ്പുകൾ കുറച്ചുകൂടി പ്രവർത്തിക്കും
ഓരോ ഓട്ടത്തിന്റെയും അവസാനം GAMMA അല്ലെങ്കിൽ GAMMA+P-Invar യഥാക്രമം.

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫാണ്

-K നടപ്പിലാക്കിയ മൾട്ടി-സ്റ്റേറ്റ് സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ മോഡലുകളിലൊന്ന് (പരമാവധി 32 സംസ്ഥാനങ്ങൾ) വ്യക്തമാക്കുക
RAxML. ലഭ്യമായ മോഡലുകൾ ഇവയാണ്: ORDERED, MK, GTR

ഡിഫോൾട്ട്: GTR മോഡൽ

-L ഐസി സപ്പോർട്ടുകളാൽ ലേബൽ ചെയ്തിട്ടുള്ള കൺസെൻസസ് ട്രീകളും മൊത്തത്തിലുള്ള ടിസി മൂല്യവും കണക്കാക്കുക
2013-ൽ സാലിക്കോസിലും റോക്കാസിലും നിർദ്ദേശിച്ചു. ഒരു ഭൂരിപക്ഷ ഭരണ സമവായ ട്രീ കണക്കാക്കുക
"-L MR" അല്ലെങ്കിൽ "-L MRE" ഉള്ള വിപുലീകൃത ഭൂരിപക്ഷ ഭരണ സമവായ ട്രീ. ഒരു ആചാരത്തിന്
സമവായ പരിധി >= 50%, വ്യക്തമാക്കുക "-L T_ ", എവിടെ 100 >= NUM ​​>= 50. നിങ്ങൾ ചെയ്യും
റൂട്ട് ചെയ്യാത്ത നിരവധി മരങ്ങൾ അടങ്ങിയ ഒരു ട്രീ ഫയലും തീർച്ചയായും നൽകേണ്ടതുണ്ട്
"-z"!

-m ബൈനറി (മോർഫോളജിക്കൽ), ന്യൂക്ലിയോടൈഡ്, മൾട്ടി-സ്റ്റേറ്റ് അല്ലെങ്കിൽ അമിനോ ആസിഡിന്റെ മാതൃക
പകരക്കാരൻ:

ബൈനറി:

"-m BINCAT[X]"
: സൈറ്റ്-നിർദ്ദിഷ്ട ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ

പരിണാമ നിരക്കുകൾ വ്യത്യസ്‌തമായ numberOfCategories ആയി തരംതിരിച്ചിരിക്കുന്നു
കൂടുതൽ കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ കാര്യക്ഷമതയ്ക്കുള്ള നിരക്ക് വിഭാഗങ്ങൾ. അന്തിമ വൃക്ഷം വിലയിരുത്താം
ട്രീ സെർച്ച് ഓപ്‌ഷൻ അനുസരിച്ച് ബിംഗമ്മയ്ക്ക് കീഴിൽ സ്വയമേവ. കൂടെ
ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാം.

"-m BINCATI[X]"
: സൈറ്റ്-നിർദ്ദിഷ്ട ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ

പരിണാമ നിരക്കുകൾ വ്യത്യസ്‌തമായ numberOfCategories ആയി തരംതിരിച്ചിരിക്കുന്നു
കൂടുതൽ കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ കാര്യക്ഷമതയ്ക്കുള്ള നിരക്ക് വിഭാഗങ്ങൾ. അന്തിമ വൃക്ഷം വിലയിരുത്താം
ട്രീ സെർച്ച് ഓപ്‌ഷൻ അനുസരിച്ച് BINGAMMAI-ന് കീഴിൽ സ്വയമേവ. കൂടെ
ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാം.

"-m ASC_BINCAT[X]"
: സൈറ്റ്-നിർദ്ദിഷ്ട ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ

പരിണാമ നിരക്കുകൾ വ്യത്യസ്‌തമായ numberOfCategories ആയി തരംതിരിച്ചിരിക്കുന്നു
കൂടുതൽ കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ കാര്യക്ഷമതയ്ക്കുള്ള നിരക്ക് വിഭാഗങ്ങൾ. അന്തിമ വൃക്ഷം വിലയിരുത്താം
ട്രീ സെർച്ച് ഓപ്‌ഷൻ അനുസരിച്ച് ബിംഗമ്മയ്ക്ക് കീഴിൽ സ്വയമേവ. കൂടെ
ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാം. എ.എസ്.സി
പ്രിഫിക്‌സ് ഉറപ്പിക്കൽ പക്ഷപാതത്തിനുള്ള സാധ്യതയെ ശരിയാക്കും.

"-എം ബിംഗമ്മ[X]"
: നിരക്ക് വൈവിധ്യത്തിന്റെ GAMMA മോഡൽ (ആൽഫ പാരാമീറ്റർ കണക്കാക്കും).

ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും.

"-m ASC_BINGAMMA[X]" : നിരക്ക് വൈവിധ്യത്തിന്റെ GAMMA മോഡൽ (ആൽഫ പാരാമീറ്റർ ആയിരിക്കും
കണക്കാക്കിയത്).
ASC പ്രിഫിക്‌സ് അസ്‌സെർറ്റൈൻമെന്റ് ബയസിന്റെ സാധ്യതയെ ശരിയാക്കും. കൂടെ
ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാം.

"-എം ബിംഗമ്മായി[X]"
: BINGAMMA പോലെ തന്നെ, എന്നാൽ മാറ്റമില്ലാത്ത സൈറ്റുകളുടെ അനുപാതം.

ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും.

ന്യൂക്ലിയോടൈഡുകൾ:

"-m GTRCAT[X]"
: GTR + സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ നിരക്കുകളുടെ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ + സൈറ്റ്-നിർദ്ദിഷ്ട ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ

പരിണാമ നിരക്കുകൾ വ്യത്യസ്‌തമായ numberOfCategories ആയി തരംതിരിച്ചിരിക്കുന്നു
കൂടുതൽ കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ കാര്യക്ഷമതയ്ക്കുള്ള നിരക്ക് വിഭാഗങ്ങൾ. അന്തിമ വൃക്ഷം ആയിരിക്കാം
ട്രീ സെർച്ച് ഓപ്‌ഷൻ അനുസരിച്ച് GTRGAMMA പ്രകാരം വിലയിരുത്തപ്പെടുന്നു. ഓപ്ഷണൽ കൂടെ
"X" അനുബന്ധം നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാം.

"-m GTRCATI[X]"
: GTR + സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ നിരക്കുകളുടെ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ + സൈറ്റ്-നിർദ്ദിഷ്ട ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ

പരിണാമ നിരക്കുകൾ വ്യത്യസ്‌തമായ numberOfCategories ആയി തരംതിരിച്ചിരിക്കുന്നു
കൂടുതൽ കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ കാര്യക്ഷമതയ്ക്കുള്ള നിരക്ക് വിഭാഗങ്ങൾ. അന്തിമ വൃക്ഷം ആയിരിക്കാം
ട്രീ സെർച്ച് ഓപ്‌ഷൻ അനുസരിച്ച് GTRGAMMAI-ന് കീഴിൽ വിലയിരുത്തപ്പെടുന്നു. ഓപ്ഷണൽ കൂടെ
"X" അനുബന്ധം നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാം.

"-m ASC_GTRCAT[X]"
: GTR + സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ നിരക്കുകളുടെ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ + സൈറ്റ്-നിർദ്ദിഷ്ട ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ

പരിണാമ നിരക്കുകൾ വ്യത്യസ്‌തമായ numberOfCategories ആയി തരംതിരിച്ചിരിക്കുന്നു
കൂടുതൽ കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ കാര്യക്ഷമതയ്ക്കുള്ള നിരക്ക് വിഭാഗങ്ങൾ. അന്തിമ വൃക്ഷം ആയിരിക്കാം
ട്രീ സെർച്ച് ഓപ്‌ഷൻ അനുസരിച്ച് GTRGAMMA പ്രകാരം വിലയിരുത്തപ്പെടുന്നു. ഓപ്ഷണൽ കൂടെ
"X" അനുബന്ധം നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാം. ASC പ്രിഫിക്സ്
സ്ഥിരീകരണ പക്ഷപാതത്തിനുള്ള സാധ്യത ശരിയാക്കും.

"-m GTRGAMMA[X]"
: GTR + സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ നിരക്കുകളുടെ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ + നിരക്കിന്റെ GAMMA മോഡൽ

വൈവിധ്യം (ആൽഫ പാരാമീറ്റർ കണക്കാക്കും).
ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും.

"-m ASC_GTRGAMMA[X]" : GTR + സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ നിരക്കുകളുടെ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ + നിരക്കിന്റെ GAMMA മോഡൽ
വൈവിധ്യം (ആൽഫ പാരാമീറ്റർ കണക്കാക്കും). ASC പ്രിഫിക്സ് ശരിയാകും
സ്ഥിരീകരണ പക്ഷപാതത്തിനുള്ള സാധ്യത. ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് കഴിയും
അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കുക.

"-m GTRGAMMAI[X]"
: GTRGAMMA പോലെ തന്നെ, എന്നാൽ മാറ്റമില്ലാത്ത സൈറ്റുകളുടെ അനുപാതം.

ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും.

മൾട്ടി-സ്റ്റേറ്റ്:

"-m മൾട്ടികാറ്റ്[X]"
: സൈറ്റ്-നിർദ്ദിഷ്ട ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ

പരിണാമ നിരക്കുകൾ വ്യത്യസ്‌തമായ numberOfCategories ആയി തരംതിരിച്ചിരിക്കുന്നു
കൂടുതൽ കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ കാര്യക്ഷമതയ്ക്കുള്ള നിരക്ക് വിഭാഗങ്ങൾ. അന്തിമ വൃക്ഷം വിലയിരുത്താം
ട്രീ സെർച്ച് ഓപ്ഷന് അനുസരിച്ച് മൾട്ടിഗാമ്മയ്ക്ക് കീഴിൽ സ്വയമേവ. കൂടെ
ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാം.

"-m മൾട്ടികാറ്റി[X]"
: സൈറ്റ്-നിർദ്ദിഷ്ട ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ

പരിണാമ നിരക്കുകൾ വ്യത്യസ്‌തമായ numberOfCategories ആയി തരംതിരിച്ചിരിക്കുന്നു
കൂടുതൽ കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ കാര്യക്ഷമതയ്ക്കുള്ള നിരക്ക് വിഭാഗങ്ങൾ. അന്തിമ വൃക്ഷം വിലയിരുത്താം
ട്രീ സെർച്ച് ഓപ്‌ഷൻ അനുസരിച്ച് MULTIGAMMAI-ന് കീഴിൽ സ്വയമേവ. കൂടെ
ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാം.

"-m ASC_MULTICAT[X]"
: സൈറ്റ്-നിർദ്ദിഷ്ട ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ

പരിണാമ നിരക്കുകൾ വ്യത്യസ്‌തമായ numberOfCategories ആയി തരംതിരിച്ചിരിക്കുന്നു
കൂടുതൽ കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ കാര്യക്ഷമതയ്ക്കുള്ള നിരക്ക് വിഭാഗങ്ങൾ. അന്തിമ വൃക്ഷം വിലയിരുത്താം
ട്രീ സെർച്ച് ഓപ്ഷന് അനുസരിച്ച് മൾട്ടിഗാമ്മയ്ക്ക് കീഴിൽ സ്വയമേവ. കൂടെ
ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാം. എ.എസ്.സി
പ്രിഫിക്‌സ് ഉറപ്പിക്കൽ പക്ഷപാതത്തിനുള്ള സാധ്യതയെ ശരിയാക്കും.

"-m മൾട്ടിഗാമ്മ[X]"
: നിരക്ക് വൈവിധ്യത്തിന്റെ GAMMA മോഡൽ (ആൽഫ പാരാമീറ്റർ കണക്കാക്കും).

ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും.

"-m ASC_MULTIGAMMA[X]" : നിരക്ക് വൈവിധ്യത്തിന്റെ GAMMA മോഡൽ (ആൽഫ പാരാമീറ്റർ ആയിരിക്കും
കണക്കാക്കിയത്).
ASC പ്രിഫിക്‌സ് അസ്‌സെർറ്റൈൻമെന്റ് ബയസിന്റെ സാധ്യതയെ ശരിയാക്കും. കൂടെ
ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാം.

"-m മൾട്ടിഗമ്മായി[X]"
: MULTIGAMMA പോലെ തന്നെ, എന്നാൽ മാറ്റമില്ലാത്ത സൈറ്റുകളുടെ അനുപാതം.

ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും.

മൾട്ടി-സ്റ്റേറ്റ് പ്രദേശങ്ങൾ എൻകോഡ് ചെയ്യാൻ നിങ്ങൾക്ക് 32 വ്യത്യസ്ത പ്രതീക സംസ്ഥാനങ്ങൾ വരെ ഉപയോഗിക്കാം
ഇനിപ്പറയുന്ന ക്രമത്തിൽ ഉപയോഗിക്കണം: 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, എ, ബി, സി, ഡി, ഇ,
എഫ്, ജി, എച്ച്, ഐ, ജെ, കെ, എൽ, എം, എൻ, ഒ, പി, ക്യു, ആർ, എസ്, ടി, യു, വി അതായത്, നിങ്ങൾക്ക് 6 വ്യതിരിക്തതയുണ്ടെങ്കിൽ
ഇവ എൻകോഡ് ചെയ്യുന്നതിന് നിങ്ങൾ 0, 1, 2, 3, 4, 5 ഉപയോഗിക്കുമെന്ന് പ്രതീകം പ്രസ്താവിക്കുന്നു. പകരക്കാരൻ
മൾട്ടി-സ്റ്റേറ്റ് മേഖലകൾക്കുള്ള മോഡൽ "-K" ഓപ്ഷൻ വഴി തിരഞ്ഞെടുക്കാം

അമിനോ ആസിഡുകൾ:

"-m PROTCATmatrixName[F|X]"
: വ്യക്തമാക്കിയ AA മാട്രിക്സ് + സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ നിരക്കുകളുടെ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ + ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ
സൈറ്റ്-നിർദ്ദിഷ്ട

പരിണാമ നിരക്കുകൾ വ്യത്യസ്‌തമായ numberOfCategories ആയി തരംതിരിച്ചിരിക്കുന്നു
കൂടുതൽ കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ കാര്യക്ഷമതയ്ക്കുള്ള നിരക്ക് വിഭാഗങ്ങൾ. അന്തിമ വൃക്ഷം ആയിരിക്കാം
വൃക്ഷത്തെ ആശ്രയിച്ച്, PROTGAMMAmatrixName[F|X] എന്നതിന് കീഴിൽ യാന്ത്രികമായി വിലയിരുത്തപ്പെടുന്നു
തിരയൽ ഓപ്ഷൻ. ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും
അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികൾ.

"-m PROTCATImatrixName[F|X]"
: വ്യക്തമാക്കിയ AA മാട്രിക്സ് + സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ നിരക്കുകളുടെ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ + ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ
സൈറ്റ്-നിർദ്ദിഷ്ട

പരിണാമ നിരക്കുകൾ വ്യത്യസ്‌തമായ numberOfCategories ആയി തരംതിരിച്ചിരിക്കുന്നു
കൂടുതൽ കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ കാര്യക്ഷമതയ്ക്കുള്ള നിരക്ക് വിഭാഗങ്ങൾ. അന്തിമ വൃക്ഷം ആയിരിക്കാം
വൃക്ഷത്തെ ആശ്രയിച്ച്, PROTGAMMAImatrixName[F|X] എന്നതിന് കീഴിൽ യാന്ത്രികമായി വിലയിരുത്തപ്പെടുന്നു
തിരയൽ ഓപ്ഷൻ. ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും
അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികൾ.

"-m ASC_PROTCATmatrixName[F|X]"
: വ്യക്തമാക്കിയ AA മാട്രിക്സ് + സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ നിരക്കുകളുടെ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ + ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ
സൈറ്റ്-നിർദ്ദിഷ്ട

പരിണാമ നിരക്കുകൾ വ്യത്യസ്‌തമായ numberOfCategories ആയി തരംതിരിച്ചിരിക്കുന്നു
കൂടുതൽ കമ്പ്യൂട്ടേഷണൽ കാര്യക്ഷമതയ്ക്കുള്ള നിരക്ക് വിഭാഗങ്ങൾ. അന്തിമ വൃക്ഷം ആയിരിക്കാം
വൃക്ഷത്തെ ആശ്രയിച്ച്, PROTGAMMAmatrixName[F|X] എന്നതിന് കീഴിൽ യാന്ത്രികമായി വിലയിരുത്തപ്പെടുന്നു
തിരയൽ ഓപ്ഷൻ. ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും
അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികൾ. ASC പ്രിഫിക്‌സ് ഉറപ്പിക്കുന്നതിനുള്ള സാധ്യത ശരിയാക്കും
പക്ഷപാതം.

"-m PROTGAMMAmatrixName[F|X]"
: വ്യക്തമാക്കിയ AA മാട്രിക്സ് + സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ നിരക്കുകളുടെ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ + നിരക്കിന്റെ GAMMA മോഡൽ

വൈവിധ്യം (ആൽഫ പാരാമീറ്റർ കണക്കാക്കും).
ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും.

"-m ASC_PROTGAMMAmatrixName[F|X]" : വ്യക്തമാക്കിയ AA മാട്രിക്സ് + പകരക്കാരന്റെ ഒപ്റ്റിമൈസേഷൻ
നിരക്കുകൾ + നിരക്കിന്റെ GAMMA മോഡൽ
വൈവിധ്യം (ആൽഫ പാരാമീറ്റർ കണക്കാക്കും). ASC പ്രിഫിക്സ് ശരിയാകും
സ്ഥിരീകരണ പക്ഷപാതത്തിനുള്ള സാധ്യത. ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് കഴിയും
അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കുക.

"-m PROTGAMMAImatrixName[F|X]"
: PROTGAMMAmatrixName[F|X] എന്നതിന് സമാനമാണ്, എന്നാൽ മാറ്റമില്ലാത്തതിന്റെ അനുപാതം കണക്കാക്കിയാൽ
സൈറ്റുകൾ.

ഓപ്ഷണൽ "X" അനുബന്ധം ഉപയോഗിച്ച് നിങ്ങൾക്ക് അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളുടെ ഒരു ML എസ്റ്റിമേറ്റ് വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും.

ലഭ്യമായ AA സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ മോഡലുകൾ: DAYHOFF, DCMUT, JTT, MTREV, WAG, RTREV, CPREV,
VT, BLOSUM62, MTMAM, LG, MTART, MTZOA, PMB, HIVB, HIVW, JTTDCMUT, FLU, STMTREV,
DUMMY, DUMMY2, AUTO, LG4M, LG4X, PROT_FILE, GTR_UNLINKED, GTR ഓപ്ഷണൽ "F" ഉപയോഗിച്ച്
നിങ്ങൾക്ക് അനുഭവപരമായ അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികൾ ഉപയോഗിക്കണമെങ്കിൽ അനുബന്ധം വ്യക്തമാക്കാം. ഓട്ടോഫ് ഒപ്പം
AUTOX-നെ ഇനി പിന്തുണയ്‌ക്കില്ല, നിങ്ങൾ AUTO എന്ന് വ്യക്തമാക്കിയാൽ അത് പ്രോട്ട് സബ്‌സ്‌റ്റ് പരീക്ഷിക്കും.
അനുഭവപരമായ അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികൾ ഉള്ളതും ഇല്ലാത്തതുമായ മോഡലുകൾ ഇപ്പോൾ! അതിനായി ദയവായി ശ്രദ്ധിക്കുക
പാർട്ടീഷൻ ചെയ്‌ത മോഡലുകൾ കൂടാതെ നിങ്ങൾക്ക് ഓരോ ജീൻ AA മോഡലും വ്യക്തമാക്കാൻ കഴിയും
പാർട്ടീഷൻ ഫയൽ (വിശദാംശങ്ങൾക്ക് മാനുവൽ കാണുക). നിങ്ങൾ AA GTR കണക്കാക്കുകയാണെങ്കിൽ എന്നതും ശ്രദ്ധിക്കുക
പാർട്ടീഷൻ ചെയ്ത ഡാറ്റാസെറ്റിലെ പരാമീറ്ററുകൾ, അവ ഉടനീളം ലിങ്ക് ചെയ്യപ്പെടും (സംയുക്തമായി കണക്കാക്കുന്നത്).
ഓവർ-പാരാമെട്രൈസേഷൻ ഒഴിവാക്കാൻ എല്ലാ പാർട്ടീഷനുകളും

-M ഓരോ പാർട്ടീഷൻ ബ്രാഞ്ച് നീളവും കണക്കാക്കുന്നത് ഓണാക്കുക. പ്രഭാവം മാത്രമേ ഉള്ളൂ
"-q" എന്നതിനൊപ്പം ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ, വ്യക്തിഗത പാർട്ടീഷനുകളുടെ ബ്രാഞ്ച് ദൈർഘ്യം ആയിരിക്കും
വേർതിരിക്കപ്പെട്ട ഫയലുകൾക്കായി പ്രിന്റ് ചെയ്‌ത ബ്രാഞ്ച് ദൈർഘ്യത്തിന്റെ ശരാശരി ഭാരം കണക്കാക്കുന്നത്
ബന്ധപ്പെട്ട പാർട്ടീഷൻ ദൈർഘ്യം ഉപയോഗിച്ച്

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫാണ്

-n ഔട്ട്പുട്ട് ഫയലിന്റെ പേര് വ്യക്തമാക്കുന്നു.

-o ഒരൊറ്റ ഔട്ട്ഗ്രൂപ്പിന്റെ പേര് അല്ലെങ്കിൽ കോമയാൽ വേർതിരിച്ച ഔട്ട്ഗ്രൂപ്പുകളുടെ പട്ടിക വ്യക്തമാക്കുക, ഉദാ
"-o റാറ്റ്" അല്ലെങ്കിൽ "-o റാറ്റ്, മൗസ്", ഒന്നിലധികം ഔട്ട്‌ഗ്രൂപ്പുകൾ മോണോഫൈലറ്റിക് അല്ലാത്ത സാഹചര്യത്തിൽ
ലിസ്റ്റിലെ ആദ്യ പേര് ഔട്ട്‌ഗ്രൂപ്പായി തിരഞ്ഞെടുക്കും, ഇടയിൽ ഇടങ്ങൾ ഇടരുത്
ടാക്സൺ പേരുകൾ!

-O വിന്യാസത്തിൽ പൂർണ്ണമായും നിർണ്ണയിക്കാത്ത ക്രമം പരിശോധിക്കുന്നത് പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുക. പ്രോഗ്രാം ചെയ്യും
"-O" വ്യക്തമാക്കുമ്പോൾ ഒരു പിശക് സന്ദേശവുമായി പുറത്തുകടക്കരുത്.

ഡിഫോൾട്ട്: പരിശോധന പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കി

-p പാർസിമോണി അനുമാനങ്ങൾക്കായി ഒരു ക്രമരഹിത സംഖ്യ വിത്ത് വ്യക്തമാക്കുക. ഇത് നിങ്ങളെ അനുവദിക്കുന്നു
നിങ്ങളുടെ ഫലങ്ങൾ പുനർനിർമ്മിക്കുക, പ്രോഗ്രാം ഡീബഗ് ചെയ്യാൻ എന്നെ സഹായിക്കും.

-P ഉപയോക്തൃ-നിർവചിച്ച AA (പ്രോട്ടീൻ) സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ മോഡലിന്റെ ഫയൽ നാമം വ്യക്തമാക്കുക. ഈ ഫയൽ
420 എൻട്രികൾ അടങ്ങിയിരിക്കണം, ആദ്യത്തെ 400 എഎ സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷൻ നിരക്കുകളാണ് (ഇത് നിർബന്ധമായും
ഒരു സമമിതി മാട്രിക്സ് ആകുക) കൂടാതെ അവസാന 20 എന്നത് അനുഭവപരമായ അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികളാണ്

-q അലൈൻമെന്റിനുള്ള മോഡലുകളുടെ അസൈൻമെന്റ് അടങ്ങുന്ന ഫയലിന്റെ പേര് വ്യക്തമാക്കുക
സബ്സ്റ്റിറ്റ്യൂഷന്റെ ഒന്നിലധികം മോഡലുകൾക്കുള്ള പാർട്ടീഷനുകൾ. ഈ ഫയലിന്റെ വാക്യഘടനയ്ക്കായി ദയവായി
മാനുവൽ പരിശോധിക്കുക.

-r ഒരു ബൈനറി കൺസ്ട്രെയിന്റ് ട്രീയുടെ ഫയൽ നാമം വ്യക്തമാക്കുക. ഈ വൃക്ഷം ആവശ്യമില്ല
സമഗ്രമായത്, അതായത് എല്ലാ ടാക്സകളും അടങ്ങിയിരിക്കരുത്

-R മുമ്പ് ഉണ്ടായിരുന്ന ഒരു ബൈനറി മോഡൽ പാരാമീറ്റർ ഫയലിന്റെ ഫയൽ നാമം വ്യക്തമാക്കുക
RAxML ഉപയോഗിച്ച് സൃഷ്ടിച്ചത് -f ഇ ട്രീ മൂല്യനിർണ്ണയ ഓപ്ഷൻ. ഫയലിന്റെ പേര് നൽകണം
ആയിരിക്കും: RAxML_binaryModelParameters.runID

-s അലൈൻമെന്റ് ഡാറ്റ ഫയലിന്റെ പേര് PHYLIP ഫോർമാറ്റിൽ വ്യക്തമാക്കുക

-S ഒരു ദ്വിതീയ ഘടന ഫയലിന്റെ പേര് വ്യക്തമാക്കുക. ഫയലിൽ "." അടങ്ങിയിരിക്കാം വേണ്ടി
തണ്ടിന്റെ ഭാഗമല്ലാത്ത വിന്യാസ നിരകളും "()<>[]{}" എന്ന അക്ഷരങ്ങളും
തണ്ടിന്റെ പ്രദേശങ്ങളും വ്യാജനോട്ടുകളും നിർവ്വചിക്കുക

-t ന്യൂക് ഫോർമാറ്റിൽ ഒരു ഉപയോക്താവ് ആരംഭിക്കുന്ന ട്രീ ഫയൽ നാമം വ്യക്തമാക്കുക

-T PTHREADS പതിപ്പ് മാത്രം! നിങ്ങൾ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്ന ത്രെഡുകളുടെ എണ്ണം വ്യക്തമാക്കുക. ഉറപ്പാക്കുക
നിങ്ങളുടെ മെഷീനിൽ ഉള്ള CPU-കളുടെ എണ്ണത്തിൽ "-T" സജ്ജമാക്കുക
ഒരു വലിയ പ്രകടനം കുറയും!

-u നിരക്കിന്റെ GAMMA മോഡലിന്റെ വ്യതിരിക്തമായ ഏകദേശത്തിനായി മീഡിയൻ ഉപയോഗിക്കുക
വൈവിധ്യം

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫാണ്

-U വലിയ ഗ്യാപ്പിയിലെ വിടവ് നിരകൾക്കായി SEV-അടിസ്ഥാനത്തിലുള്ള നടപ്പിലാക്കൽ ഉപയോഗിച്ച് മെമ്മറി സംരക്ഷിക്കാൻ ശ്രമിക്കുക
വിന്യാസങ്ങൾ സാങ്കേതികത ഇവിടെ വിവരിച്ചിരിക്കുന്നു:
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/12/470 ഇത് DNA കൂടാതെ/അല്ലെങ്കിൽ മാത്രമേ പ്രവർത്തിക്കൂ
പ്രോട്ടീൻ ഡാറ്റയും കോഡിന്റെ SSE3 അല്ലെങ്കിൽ AVX-വെക്‌സ്‌റ്റോറൈസ്ഡ് പതിപ്പിനൊപ്പം മാത്രം.

-v പതിപ്പ് വിവരങ്ങൾ പ്രദർശിപ്പിക്കുക

-V സൈറ്റുകളുടെ മോഡലുകൾക്കിടയിൽ റേറ്റ് ഹെറ്ററോജെനിറ്റി പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുക, റേറ്റ് ഹെറ്ററോജെനിറ്റി ഇല്ലാതെ ഒന്ന് ഉപയോഗിക്കുക
പകരം. നിങ്ങൾ നിരക്ക് വൈവിധ്യത്തിന്റെ CAT മോഡൽ വ്യക്തമാക്കിയാൽ മാത്രമേ പ്രവർത്തിക്കൂ.

ഡിഫോൾട്ട്: നിരക്ക് വൈവിധ്യം ഉപയോഗിക്കുക

-w RAxML അതിന്റെ ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകൾ എഴുതുന്ന ഡയറക്ടറിയിലേക്കുള്ള പൂർണ്ണ (!) പാത

ഡിഫോൾട്ട്: നിലവിലെ ഡയറക്‌ടറി

-W ലീവ്-വൺ-ഔട്ട് സൈറ്റ്-നിർദ്ദിഷ്‌ട പ്ലെയ്‌സ്‌മെന്റ് ബയസ് അൽഗോരിതം മാത്രമുള്ള സ്ലൈഡിംഗ് വിൻഡോ വലുപ്പം
"-f S" എന്നതിനൊപ്പം ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ ഫലപ്രദമാണ്

ഡിഫോൾട്ട്: 100 സൈറ്റുകൾ

-x ഒരു പൂർണ്ണസംഖ്യ സംഖ്യ (റാൻഡം സീഡ്) വ്യക്തമാക്കുക, ദ്രുത ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പിംഗ് ഓണാക്കുക ശ്രദ്ധിക്കുക:
7.0.4 പതിപ്പിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായി RAxML ന്റെ മാതൃകയിൽ ദ്രുതഗതിയിലുള്ള BS പകർപ്പുകൾ നടത്തും
CAT-ന് കീഴിൽ സ്ഥിരസ്ഥിതിയായി അല്ല, "-m" വഴി നിങ്ങൾ വ്യക്തമാക്കിയിട്ടുള്ള വൈവിധ്യത്തെ റേറ്റുചെയ്യുക

-X താഴെയുള്ള "-y" ഓപ്ഷന് സമാനമാണ്, എന്നിരുന്നാലും പാർസിമോണി തിരയൽ കൂടുതൽ ഉപരിപ്ലവമാണ്.
RAxML ഒരു ക്രമരഹിത ഘട്ടം ഘട്ടമായുള്ള കൂട്ടിച്ചേർക്കൽ ഓർഡർ പാഴ്‌സിമണി ട്രീ മാത്രമേ ചെയ്യൂ
അധിക SPR-കളൊന്നും നടത്താതെയുള്ള പുനർനിർമ്മാണം. ഇത് സഹായകമായേക്കാം
വളരെ വിശാലമായ മുഴുവൻ-ജീനോം ഡാറ്റാസെറ്റുകൾ, ഇതിന് ടോപ്പോളജിക്കൽ കൂടുതൽ സൃഷ്ടിക്കാൻ കഴിയും
വ്യത്യസ്ത ആരംഭ മരങ്ങൾ.

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫാണ്

-y നിങ്ങൾക്ക് RAxML ഉപയോഗിച്ച് ഒരു പാർസിമോണി സ്റ്റാർട്ടിംഗ് ട്രീ മാത്രം കണക്കാക്കണമെങ്കിൽ "-y" വ്യക്തമാക്കുക,
ആരംഭിക്കുന്ന ട്രീയുടെ കണക്കുകൂട്ടലിനുശേഷം പ്രോഗ്രാം പുറത്തുകടക്കും

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫാണ്

-Y ക്വാർട്ടറ്റുകൾ വരയ്ക്കേണ്ട നാല് ഗ്രൂപ്പുകളെ നിർവചിക്കുന്ന ഒരു ക്വാർട്ടറ്റ് ഗ്രൂപ്പിംഗ് ഫയലിന്റെ പേര് നൽകുക
ഫയൽ ഇൻപുട്ട് ഫോർമാറ്റിൽ ഇനിപ്പറയുന്ന രൂപത്തിൽ 4 ഗ്രൂപ്പുകൾ അടങ്ങിയിരിക്കണം: (ചിക്കൻ, ഹ്യൂമൻ,
ലോച്ച്), (പശു, കരിമീൻ), (എലി, എലി, മുദ്ര), (തിമിംഗലം, തവള); സംയോജനത്തിൽ മാത്രമേ പ്രവർത്തിക്കൂ
കൂടെ -f q !

-z ഒന്നിലധികം മരങ്ങൾ അടങ്ങിയ ഫയലിന്റെ പേര് വ്യക്തമാക്കുക ഉദാ. ഒരു ബൂട്ട്സ്ട്രാപ്പിൽ നിന്ന്
"-t" നൽകിയിട്ടുള്ള ഒരു ട്രീയിലേക്ക് ബൈപാർട്ടീഷൻ മൂല്യങ്ങൾ വരയ്ക്കാൻ അത് ഉപയോഗിക്കും, It
"-fg" എന്നിവയുമായി സംയോജിപ്പിച്ച് ഓരോ സൈറ്റിന്റെയും ലോഗ് സാധ്യതകൾ കണക്കാക്കാനും ഉപയോഗിക്കാം
മറ്റ് രണ്ട് ഓപ്ഷനുകൾക്കായി ഒരു കൂട്ടം മരങ്ങൾ വായിക്കാൻ ("-fh", "-fm", "-fn").

-#|-N വ്യതിരിക്തമായ സ്റ്റാർട്ടിംഗ് ട്രീകളിലെ ബദൽ റണ്ണുകളുടെ എണ്ണം വ്യക്തമാക്കുക
"-b" ഓപ്‌ഷൻ ഉപയോഗിച്ച്, ഇത് ഒന്നിലധികം ബൂസ്‌ട്രാപ്പ് വിശകലനം ആവശ്യപ്പെടും, "-N" എന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക
"-#" ചിലപ്പോഴൊക്കെ ചില പ്രശ്നങ്ങൾക്ക് കാരണമായതിനാൽ ഒരു ബദലായി ചേർത്തിട്ടുണ്ട്
MPI ജോബ് സബ്മിഷൻ സിസ്റ്റങ്ങൾ, കാരണം അഭിപ്രായങ്ങൾ ആരംഭിക്കാൻ "-#" ഉപയോഗിക്കാറുണ്ട്. നിങ്ങൾ എങ്കിൽ
"-# autoMR" അല്ലെങ്കിൽ "-# autoMRE" അല്ലെങ്കിൽ "-# വ്യക്തമാക്കുക ബൂട്ട്‌സ്റ്റോപ്പിംഗ് മാനദണ്ഡം ഉപയോഗിക്കാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്നു
ഭൂരിപക്ഷ-നിയമ ട്രീ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള മാനദണ്ഡങ്ങൾക്കായുള്ള autoMRE_IGN" (കാണുക -I ഓപ്ഷൻ) അല്ലെങ്കിൽ "-#
ആവൃത്തി അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള മാനദണ്ഡത്തിന് autoFC". ബൂട്ട്‌സ്റ്റോപ്പിംഗ് ഇതിൽ മാത്രമേ പ്രവർത്തിക്കൂ
"-x" അല്ലെങ്കിൽ "-b" എന്നിവയുമായുള്ള സംയോജനം

ഡിഫോൾട്ട്: 1 ഒറ്റ വിശകലനം

--മെസ്ക്വിറ്റ് മെസ്‌ക്വിറ്റിന് പാഴ്‌സ് ചെയ്യാൻ കഴിയുന്ന ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകൾ പ്രിന്റ് ചെയ്യുക.

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ്

--നിശബ്ദത സമാന ക്രമങ്ങളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട മുന്നറിയിപ്പുകളുടെ പ്രിന്റൗട്ട് പൂർണ്ണമായും പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുന്നു
വിന്യാസത്തിൽ നിർണ്ണയിക്കാത്ത സൈറ്റുകൾ

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ്

--no-seq-ചെക്ക് സമാന ശ്രേണികൾക്കായി ഇൻപുട്ട് MSA പരിശോധിക്കുന്നത് പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുന്നു
നിർണ്ണയിക്കാത്ത സൈറ്റുകൾ.
ഈ ഓപ്‌ഷൻ പ്രവർത്തനക്ഷമമാക്കുന്നത് സമയം ലാഭിച്ചേക്കാം, പ്രത്യേകിച്ചും വലിയ ഫൈലോജെനോമിക്ക്
വിന്യാസങ്ങൾ. ഇത് ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് മുമ്പ്, "-fc" ഉപയോഗിച്ച് വിന്യാസം പരിശോധിക്കുന്നത് ഉറപ്പാക്കുക.
ഓപ്ഷൻ!

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ്

--no-bfgs പാർട്ടീഷൻ ചെയ്യാത്തവയിൽ GTR നിരക്കുകൾ ഒപ്റ്റിമൈസ് ചെയ്യുന്നതിന് BFGS രീതിയുടെ സ്വയമേവയുള്ള ഉപയോഗം പ്രവർത്തനരഹിതമാക്കുന്നു
ഡിഎൻഎ ഡാറ്റാസെറ്റുകൾ

ഡിഫോൾട്ട്: BFGS ഓണാണ്

--asc-corr നിങ്ങൾ ഉപയോഗിക്കാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്ന അസ്‌സെർടെയ്ൻമെന്റ് ബയസ് തിരുത്തലിന്റെ തരം വ്യക്തമാക്കാൻ അനുവദിക്കുന്നു.
3 ഉണ്ട്

ലഭ്യമായ തരങ്ങൾ: --asc-corr=ലെവിസ്: പോൾ ലൂയിസിന്റെ സ്റ്റാൻഡേർഡ് തിരുത്തൽ
--asc-corr=ഫെൽസെൻസ്റ്റീൻ: ജോ ഫെൽസെൻസ്റ്റീൻ അവതരിപ്പിച്ച ഒരു തിരുത്തൽ അത് അനുവദിക്കുന്നു
വ്യക്തമായി വ്യക്തമാക്കുക

ഒരാൾ തിരുത്താൻ ആഗ്രഹിക്കുന്ന മാറ്റമില്ലാത്ത സൈറ്റുകളുടെ എണ്ണം (അറിയാമെങ്കിൽ).

--asc-corr=സ്റ്റാമാറ്റാക്കിസ്: ഞാൻ തന്നെ അവതരിപ്പിച്ച ഒരു തിരുത്ത്, അത് വ്യക്തമായി അനുവദിക്കുന്നു
വ്യക്തമാക്കുക
ഒരാൾ തിരുത്താൻ ആഗ്രഹിക്കുന്ന ഓരോ പ്രതീകത്തിനും (അറിയാമെങ്കിൽ) മാറ്റമില്ലാത്ത സൈറ്റുകളുടെ എണ്ണം
വേണ്ടി.

--ഫ്ലാഗ്-ചെക്ക് ഈ ഓപ്‌ഷൻ ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ, എല്ലാ കമാൻഡ് ലൈൻ ഫ്ലാഗുകളും ഉണ്ടോ എന്ന് മാത്രം RAxML പരിശോധിക്കും
വ്യക്തമാക്കിയവ ലഭ്യമാണ്, തുടർന്ന് പുറത്തുകടക്കുക

എല്ലാ അസാധുവായ കമാൻഡ് ലൈൻ ഫ്ലാഗുകളും ലിസ്റ്റുചെയ്യുന്ന ഒരു സന്ദേശത്തോടൊപ്പം അല്ലെങ്കിൽ പ്രസ്താവിക്കുന്ന ഒരു സന്ദേശത്തോടൊപ്പം
എല്ലാ പതാകകളും സാധുവാണെന്ന്.

--ഓട്ടോ-പ്രൊട്ട്=ml|bic|aic|aicc ഓട്ടോമാറ്റിക് പ്രോട്ടീൻ മോഡൽ തിരഞ്ഞെടുക്കൽ ഉപയോഗിക്കുമ്പോൾ നിങ്ങൾക്ക് തിരഞ്ഞെടുക്കാം
ഈ മോഡലുകൾ തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിനുള്ള മാനദണ്ഡം.

RAxML ലഭ്യമായ എല്ലാ പ്രോട്ടുകളും പരിശോധിക്കും. LG4M, LG4X എന്നിവ ഒഴികെയുള്ള മോഡലുകൾ
ജിടിആർ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള മോഡലുകൾ, അനുഭവപരമായ അടിസ്ഥാന ആവൃത്തികൾ ഉള്ളതും അല്ലാതെയും. നിങ്ങൾക്ക് തിരഞ്ഞെടുക്കാം
ML സ്കോർ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള തിരഞ്ഞെടുപ്പിനും BIC, AIC, AICc മാനദണ്ഡങ്ങൾക്കും ഇടയിൽ.

ഡിഫോൾട്ട്: മില്ലി

--epa-keep-placements=അക്കം നിങ്ങൾ സൂക്ഷിക്കാൻ ആഗ്രഹിക്കുന്ന പ്ലെയ്‌സ്‌മെന്റുകളുടെ എണ്ണം വ്യക്തമാക്കുക
EPA അൽഗോരിതം വായിക്കുന്ന ഓരോന്നിനും.

അച്ചടിച്ച യഥാർത്ഥ മൂല്യങ്ങളും ക്രമീകരണങ്ങളെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കും എന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക
--epa-prob-threshold=ഉമ്മറം !

സ്ഥിരസ്ഥിതി: 7

--epa-prob-threshold=ഉമ്മറം സാധ്യതകൾ ഉൾപ്പെടുത്തുന്നതിന് ഒരു ശതമാനം പരിധി വ്യക്തമാക്കുക
എന്നതിനെ ആശ്രയിച്ച് ഒരു വായനയുടെ സ്ഥാനങ്ങൾ

ഈ വായനയ്‌ക്കുള്ള പരമാവധി പ്ലേസ്‌മെന്റ് ഭാരം. നിങ്ങൾ ഈ മൂല്യം 0.01 പ്ലെയ്‌സ്‌മെന്റായി സജ്ജമാക്കുകയാണെങ്കിൽ
പരമാവധി പ്ലെയ്‌സ്‌മെന്റിന്റെ 1 ശതമാനം പ്ലെയ്‌സ്‌മെന്റ് ഭാരമുള്ളവ ഇപ്പോഴും ആയിരിക്കും
എന്ന ക്രമീകരണമാണെങ്കിൽ ഫയലിലേക്ക് അച്ചടിച്ചു --epa-keep-placements അത് അനുവദിക്കുന്നു

സ്ഥിരസ്ഥിതി: 0.01

--epa-accumulate-threshold=ഉമ്മറം ഒരു സഞ്ചിത സാധ്യത ഭാരം പരിധി വ്യക്തമാക്കുക
അതിനായി വായനയുടെ വ്യത്യസ്ത പ്ലെയ്‌സ്‌മെന്റുകൾ അച്ചടിക്കുന്നു

ഫയൽ ചെയ്യാൻ. ഒരു വായനയ്ക്കുള്ള പ്ലെയ്‌സ്‌മെന്റുകൾ അവയുടെ പ്ലേസ്‌മെന്റിന്റെ ആകെത്തുക വരെ പ്രിന്റ് ചെയ്യപ്പെടും
ഭാരം പരിധി മൂല്യത്തിൽ എത്തിയിരിക്കുന്നു. ഈ ഓപ്‌ഷനും ആകാൻ കഴിയില്ലെന്നത് ശ്രദ്ധിക്കുക
എന്നിവയുമായി സംയോജിച്ച് ഉപയോഗിക്കുന്നു --epa-prob-threshold കൂടെയുമില്ല --epa-keep-placements!

--ജെസി69 എല്ലാ DNA പാർട്ടീഷനുകളും Jukes-Cantor മോഡലിന് കീഴിൽ പരിണമിക്കുമെന്ന് വ്യക്തമാക്കുക
ഡിഎൻഎ പാർട്ടീഷനുകൾക്കായുള്ള മറ്റെല്ലാ മോഡൽ സ്പെസിഫിക്കേഷനുകളും അസാധുവാക്കുന്നു.

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ്

--കെ80 എല്ലാ ഡിഎൻഎ പാർട്ടീഷനുകളും കെ80 മോഡലിന് കീഴിൽ വികസിക്കുമെന്ന് വ്യക്തമാക്കുക, ഇത് എല്ലാറ്റിനെയും മറികടക്കുന്നു
ഡിഎൻഎ പാർട്ടീഷനുകൾക്കായുള്ള മറ്റ് മോഡൽ സവിശേഷതകൾ.

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ്

--HKY85 എല്ലാ ഡിഎൻഎ പാർട്ടീഷനുകളും HKY85 മോഡലിന് കീഴിൽ വികസിക്കുമെന്ന് വ്യക്തമാക്കുക, ഇത് അസാധുവാക്കുന്നു
ഡിഎൻഎ പാർട്ടീഷനുകൾക്കുള്ള മറ്റെല്ലാ മോഡൽ സ്പെസിഫിക്കേഷനുകളും.

ഡിഫോൾട്ട്: ഓഫ്

8.2.4 ഒക്‌ടോബർ 02-ന് അലക്‌സാന്ദ്രോസ് സ്റ്റാമാറ്റാക്കിസ് പുറത്തിറക്കിയ RAxML പതിപ്പ് 2015 ആണ് ഇത്.

വളരെയധികം വിലമതിക്കപ്പെട്ട കോഡ് സംഭാവനകളോടെ: ആന്ദ്രെ അബെറർ (HITS) സൈമൺ ബെർഗർ
(ഹിറ്റ്‌സ്) അലക്‌സി കോസ്‌ലോവ് (ഹിറ്റ്‌സ്) കാസിയൻ കോബെർട്ട് (ഹിറ്റ്‌സ്) ഡേവിഡ് ഡാവോ (കിറ്റ്, ഹിറ്റ്‌സ്)
നിക്ക് പട്ടേംഗലെ (സാൻഡിയ) വെയ്ൻ ഫൈഫർ (SDSC) അകിഫുമി എസ്. തനാബെ (NRIFS)

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ഓൺലൈനിൽ raxmlHPC-PTHREADS ഉപയോഗിക്കുക