Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator അല്ലെങ്കിൽ MAC OS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്റർ എന്നിങ്ങനെയുള്ള ഞങ്ങളുടെ ഒന്നിലധികം സൗജന്യ ഓൺലൈൻ വർക്ക്‌സ്റ്റേഷനുകളിലൊന്ന് ഉപയോഗിച്ച് OnWorks സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കാൻ കഴിയുന്ന സോപ്‌ഡെനോവോ2 കമാൻഡ് ഇതാണ്.
പട്ടിക:
NAME
soapdenovo2 - ഒരു ഡി നോവോ ഡ്രാഫ്റ്റ് അസംബ്ലി നിർമ്മിക്കാൻ കഴിയുന്ന ഹ്രസ്വ-വായന അസംബ്ലി രീതി
സിനോപ്സിസ്
soapdenovo_63mer soapdenovo_127mer
അവതാരിക
ഡി നോവോ ഡ്രാഫ്റ്റ് അസംബ്ലി നിർമ്മിക്കാൻ കഴിയുന്ന ഒരു പുതിയ ഹ്രസ്വ-വായന അസംബ്ലി രീതിയാണ് SOAPdenovo
മനുഷ്യന്റെ വലിപ്പമുള്ള ജീനോമുകൾക്കായി. Illumina GA കൂട്ടിച്ചേർക്കാൻ പ്രത്യേകം രൂപകൽപ്പന ചെയ്തതാണ് പ്രോഗ്രാം
ചെറിയ വായനകൾ. റഫറൻസ് സീക്വൻസുകൾ നിർമ്മിക്കുന്നതിനും കൊണ്ടുപോകുന്നതിനും ഇത് പുതിയ അവസരങ്ങൾ സൃഷ്ടിക്കുന്നു
പര്യവേക്ഷണം ചെയ്യപ്പെടാത്ത ജീനോമുകളുടെ കൃത്യമായ വിശകലനങ്ങൾ ചെലവ് കുറഞ്ഞ രീതിയിൽ.
1) ദൈർഘ്യമേറിയ വായനകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് 127 വരെ വലിയ kmer പിന്തുണയ്ക്കുക. മൂന്ന് പതിപ്പുകൾ നൽകിയിരിക്കുന്നു.
I. 31mer പതിപ്പ് kmer-നെ മാത്രം പിന്തുണയ്ക്കുന്നു <=31.
II. 63mer പതിപ്പ് kmer-നെ മാത്രം <=63 പിന്തുണയ്ക്കുകയും മെമ്മറി ഉപഭോഗം ഇരട്ടിയാക്കുകയും ചെയ്യുന്നു
31mer പതിപ്പ്, kmer <=31-നൊപ്പം പോലും ഉപയോഗിക്കുന്നു.
III. 127mer പതിപ്പ് kmer-നെ മാത്രം പിന്തുണയ്ക്കുന്നു <=127 ഒപ്പം മെമ്മറി ഉപഭോഗത്തേക്കാൾ ഇരട്ടി
63mer പതിപ്പ്, kmer <=63-നൊപ്പം പോലും ഉപയോഗിക്കുന്നു.
ദൈർഘ്യമേറിയ kmer ഉള്ളതിനാൽ, നോഡുകളുടെ അളവ് ഗണ്യമായി കുറയുമെന്ന് ദയവായി ശ്രദ്ധിക്കുക,
അതിനാൽ, ഷിഫ്റ്റ് ചെയ്ത പതിപ്പിനൊപ്പം മെമ്മറി ഉപഭോഗം സാധാരണയായി ഇരട്ടിയേക്കാൾ ചെറുതാണ്.
കൂടുതൽ വിവരങ്ങൾക്ക്, /usr/share/doc/soapdenovo2 അല്ലെങ്കിൽ soapdenovo എന്നതിലെ മാനുവൽ നോക്കുക
വെബ് സൈറ്റ്.
onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് soapdenovo2 ഓൺലൈനായി ഉപയോഗിക്കുക
