ssake - ക്ലൗഡിൽ ഓൺലൈനിൽ

പട്ടിക:

NAME

ssake - ദശലക്ഷക്കണക്കിന് വളരെ ചെറിയ ഡിഎൻഎ സീക്വൻസുകൾ കൂട്ടിച്ചേർക്കുന്നു

സിനോപ്സിസ്

ഒരു പ്രിഫിക്‌സിലൂടെ k-mer തിരയൽ വഴി ദശലക്ഷക്കണക്കിന് ഹ്രസ്വ ഡിഎൻഎ സീക്വൻസുകളുടെ പ്രോഗ്രസീവ് അസംബ്ലി
മരവും 3' വിപുലീകരണവും.

ഓപ്ഷനുകൾ

-f Fasta ഫയൽ എല്ലാ [ജോടിയാക്കിയ (-p 1) / ജോടിയാക്കാത്ത (-p 0)] വായനകൾ (ആവശ്യമാണ്) അടങ്ങിയിരിക്കുന്നു
ജോടിയാക്കി വായിക്കുന്നു ആവശമാകുന്നു ഇപ്പോള് be വേർതിരിച്ച by ":"

സീക്വൻസുകൾ അടങ്ങുന്ന -s Fasta ഫയൽ പ്രത്യേകമായി വിത്തുകളായി ഉപയോഗിക്കുന്നതിന് (എങ്കിൽ മാത്രം വ്യക്തമാക്കുക
റീഡ് സെറ്റിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമാണ്, ഓപ്ഷണൽ)

-m ഓവർഹാംഗ് സമവായ സമയത്ത് വിത്തിനൊപ്പം ഓവർലാപ്പിംഗ് ബേസുകളുടെ ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ എണ്ണം
ബിൽഡ് അപ്പ് (ഡിഫോൾട്ട് -m 16)

-o ഒരു വിപുലീകരണ സമയത്ത് ഒരു ബേസ് വിളിക്കാൻ ആവശ്യമായ കുറഞ്ഞ എണ്ണം റീഡുകൾ (ഡിഫോൾട്ട് -o 3)

-r ഒരു ഓവർഹാംഗ് കൺസെൻസസ് ബേസ് സ്വീകരിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കുന്ന ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ അടിസ്ഥാന അനുപാതം (ഡിഫോൾട്ട് -r 0.7)

-t എല്ലാ സാധ്യതകളും തീർന്നിരിക്കുമ്പോൾ കോൺടിഗ് അറ്റത്ത് -t ബേസ്(കൾ) വരെ ട്രിം ചെയ്യുക
ഒരു വിപുലീകരണത്തിനായി (ഡിഫോൾട്ട് -t 0)>

-p പെയർ-എൻഡ് റീഡുകൾ ഉപയോഗിച്ചോ? (-p 1=അതെ, -p 0=ഇല്ല, ഡിഫോൾട്ട് -p 0)

-v വെർബോസ് മോഡിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്നു (-v 1=അതെ, -v 0=ഇല്ല, ഡിഫോൾട്ട് -v 0, ഓപ്ഷണൽ)

-b നിങ്ങളുടെ ഔട്ട്‌പുട്ട് ഫയലുകളുടെ അടിസ്ഥാന നാമം (ഓപ്ഷണൽ)

============ താഴെയുള്ള ഓപ്ഷനുകൾ -p 1 ഉപയോഗിച്ച് മാത്രം പരിഗണിക്കുന്നു ============

-d ജോടിയാക്കിയ അവസാന വായനകൾക്കിടയിൽ പ്രതീക്ഷിക്കുന്ന/നിരീക്ഷിച്ച ശരാശരി ദൂരം (ഡിഫോൾട്ട് -d 200, ഓപ്ഷണൽ)

ശരാശരി ദൂരത്തിൽ -e പിശക് (%) അനുവദനീയമാണ് ഉദാ -e 0.75 == ദൂരം +/- 75% (സ്ഥിരസ്ഥിതി -e
0.75, ഓപ്ഷണൽ)

-k സ്കാർഫോൾഡ് കണക്കാക്കുന്നതിനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ ലിങ്കുകളുടെ എണ്ണം (ജോഡികൾ വായിക്കുക) (ഡിഫോൾട്ട് -k 2, ഓപ്ഷണൽ)

രണ്ട് മികച്ച കോൺടിഗ് ജോഡികൾക്കിടയിലുള്ള പരമാവധി ലിങ്ക് അനുപാതം *ഉയർന്ന മൂല്യങ്ങൾ കുറഞ്ഞതിലേക്ക് നയിക്കുന്നു
കൃത്യമായ സ്കാർഫോൾഡിംഗ്* (ഡിഫോൾട്ട് -a 0.70, ഓപ്ഷണൽ)

-z ജോടിയാക്കിയ എൻഡ് റീഡുകൾ ട്രാക്ക് ചെയ്യുന്നതിനുള്ള ഏറ്റവും കുറഞ്ഞ കോൺടിഗ് വലുപ്പം (ഡിഫോൾട്ട് -z 50, ഓപ്ഷണൽ)

ജോടിയാക്കാത്ത സീക്വൻസ് റീഡുകൾ അടങ്ങിയ -g ഫാസ്റ്റ ഫയൽ (ഓപ്ഷണൽ)

onworks.net സേവനങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ssake ഓൺലൈനിൽ ഉപയോഗിക്കുക