ഇതാണ് PASHA എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന Linux ആപ്പ്: പാരലലൈസ്ഡ് ഷോർട്ട് റീഡ് അസംബ്ലി അതിന്റെ ഏറ്റവും പുതിയ പതിപ്പ് Pasha-1.0.10.tar.bz2 ആയി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്യാം. വർക്ക് സ്റ്റേഷനുകൾക്കായുള്ള സൗജന്യ ഹോസ്റ്റിംഗ് ദാതാവായ OnWorks-ൽ ഇത് ഓൺലൈനായി പ്രവർത്തിപ്പിക്കാം.
PASHA എന്ന് പേരിട്ടിരിക്കുന്ന ഈ ആപ്പ് ഓൺലൈനായി ഡൗൺലോഡ് ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക: OnWorks-നൊപ്പം സമാന്തരമായ ഹ്രസ്വ വായന അസംബ്ലി സൗജന്യമായി.
ഈ ആപ്പ് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിന് ഈ നിർദ്ദേശങ്ങൾ പാലിക്കുക:
- 1. നിങ്ങളുടെ പിസിയിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൗൺലോഡ് ചെയ്തു.
- 2. ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജറിൽ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിൽ നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമം നൽകുക.
- 3. അത്തരം ഫയൽമാനേജറിൽ ഈ ആപ്ലിക്കേഷൻ അപ്‌ലോഡ് ചെയ്യുക.
- 4. ഈ വെബ്സൈറ്റിൽ നിന്ന് OnWorks Linux ഓൺലൈനോ Windows ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ MACOS ഓൺലൈൻ എമുലേറ്ററോ ആരംഭിക്കുക.
- 5. നിങ്ങൾ ഇപ്പോൾ ആരംഭിച്ച OnWorks Linux OS-ൽ നിന്ന്, നിങ്ങൾക്ക് ആവശ്യമുള്ള ഉപയോക്തൃനാമത്തോടുകൂടിയ ഞങ്ങളുടെ ഫയൽ മാനേജർ https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX എന്നതിലേക്ക് പോകുക.
- 6. ആപ്ലിക്കേഷൻ ഡൌൺലോഡ് ചെയ്യുക, അത് ഇൻസ്റ്റാൾ ചെയ്ത് പ്രവർത്തിപ്പിക്കുക.
പാഷ: സമാന്തര ഹ്രസ്വ വായന അസംബ്ലി
Ad
വിവരണം
ഡി ബ്രൂജിൻ ഗ്രാഫുകൾ ഉപയോഗിച്ച് വലിയ ജീനോമുകൾക്കായുള്ള പാരലൽ ഷോർട്ട് റീഡ് അസംബ്ലറാണ് പാഷ. പങ്കിട്ട-മെമ്മറി മൾട്ടി-കോർ സിപിയു, ഡിസ്ട്രിബ്യൂട്ടഡ്-മെമ്മറി കമ്പ്യൂട്ട് ക്ലസ്റ്ററുകൾ എന്നിവ പ്രയോജനപ്പെടുത്തി, മിതമായ കമ്പ്യൂട്ടിംഗ് ഉറവിടങ്ങൾ ഉപയോഗിച്ച് ന്യായമായ സമയത്ത് വലിയ ജീനോമുകളുടെ ഉയർന്ന നിലവാരമുള്ള ഡി-നോവോ അസംബ്ലി നടത്താനുള്ള കഴിവ് PASHA തെളിയിച്ചു. മൂന്ന് ചെറിയ യഥാർത്ഥ പെയർ-എൻഡ് ഡാറ്റാസെറ്റുകൾ ഉപയോഗിച്ചുള്ള ഞങ്ങളുടെ വിലയിരുത്തൽ കാണിക്കുന്നത്, വെൽവെറ്റ്, എബിഎസ്എസ്, SOAPdenovo എന്നീ മൂന്ന് മുൻനിര അസംബ്ലറുകളെ അപേക്ഷിച്ച് താരതമ്യപ്പെടുത്താവുന്ന ജീനോം കവറേജും തെറ്റായ അസംബ്ലി നിരക്കും ഉള്ള മികച്ച അസംബ്ലികൾ നിർമ്മിക്കാൻ PASHA-യ്ക്ക് കഴിയുമെന്നാണ്. കൂടാതെ, ഒരൊറ്റ സിപിയുവിൽ മൂന്ന് ഡാറ്റാസെറ്റുകൾക്കും ഏറ്റവും വേഗതയേറിയ വേഗത PASHA കൈവരിക്കുന്നു. മനുഷ്യ ജീനോമിനെ സംബന്ധിച്ചിടത്തോളം, PASHA ABySS-നൊപ്പം മത്സരാധിഷ്ഠിത അസംബ്ലി നിലവാരം കൈവരിക്കുകയും ഏകദേശം 21 മണിക്കൂറിനുള്ളിൽ അസംബ്ലി പൂർത്തിയാക്കുകയും ചെയ്യുന്നു, ഇത് അതേ ഹാർഡ്‌വെയർ കോൺഫിഗറേഷനുകളിൽ ABySS നേക്കാൾ 2.38× വേഗതയുള്ളതാണ്.
ഉപയോക്തൃ ഇന്റർഫേസ്
കൺസോൾ/ടെർമിനൽ
പ്രോഗ്രാമിംഗ് ഭാഷ
സി ++
Categories
https://sourceforge.net/projects/pasha/ എന്നതിൽ നിന്നും ലഭിക്കാവുന്ന ഒരു ആപ്ലിക്കേഷനാണിത്. ഞങ്ങളുടെ സൗജന്യ ഓപ്പറേറ്റീവ് സിസ്റ്റങ്ങളിലൊന്നിൽ നിന്ന് ഏറ്റവും എളുപ്പമുള്ള രീതിയിൽ ഓൺലൈനിൽ പ്രവർത്തിപ്പിക്കുന്നതിനായി ഇത് OnWorks-ൽ ഹോസ്റ്റ് ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു.
