alien_hunter - Dalam Talian di Awan

JADUAL:

NAMA

alien_hunter - Motif Tertib Pembolehubah Berinterpolasi untuk mengenal pasti secara mendatar
DNA yang diperolehi

SINOPSIS

alien_hunter [Pilihan]

DESCRIPTION

Alien_hunter adalah aplikasi untuk ramalan Pemindahan Gen Horizontal yang diduga
(HGT) dengan pelaksanaan Interpolated Variable Order Motifs (IVOMs). An
Pendekatan IVOM mengeksploitasi bias komposisi menggunakan taburan motif susunan berubah-ubah dan
menangkap dengan lebih pasti komposisi tempatan suatu urutan berbanding dengan susunan tetap
kaedah. Secara pilihan, ramalan boleh dihuraikan ke dalam urutan ke-2 keadaan 2 Hidden Markov
Model (HMM), dalam rangka kerja pengesanan titik perubahan, untuk mengoptimumkan penyetempatan
sempadan kawasan yang diramalkan. Ramalan (format lambang) boleh dibuat secara automatik
dimuatkan ke dalam pemapar genom Artemis boleh didapati secara percuma di:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.

INPUT: jujukan genomik mentah RAMALAN: Kawasan HGT berdasarkan Tertib Pembolehubah Interpolasi
Argumen Motif (IVOMs):


jujukan genomik mentah


nama fail untuk data output

Hujah pilihan:

-a untuk memuatkan fail ramalan ke dalam Artemis

-c mengoptimumkan sempadan yang diramalkan dengan pengesanan titik perubahan 2 keadaan HMM tertib kedua

Fail keluaran:


ramalan (fail tab) dalam format embl

.opt
ramalan dioptimumkan (HMM) (fail tab) dalam format embl

.plot
ramalan dalam format Plot Pengguna Artemis untuk dimuatkan secara manual menggunakan Graf -> Tambah
Plot Pengguna...

.opt.plot
ramalan dioptimumkan (HMM) dalam format Plot Pengguna Artemis untuk dimuatkan secara manual menggunakan
Graf -> Tambah Plot Pengguna...

.sco
markah atas semua tingkap gelongsor - untuk semakan pengagihan skor

Nota: Ramalan yang bertindih dengan operon rRNA disebut dalam kelayakan nota

Gunakan alien_hunter dalam talian menggunakan perkhidmatan onworks.net